敷島，一個被神秘氛圍籠罩的小島。七年前，一艘名為「竜神號」的船隻，滿載著相當於十億日元的金子，突然在這裡的海面出現，隨後又神秘消失，只留下無盡的傳說和人們的猜測。
如今，這艘幽靈船再次成為了話題。村長三上，一個精明幹練的中年男子，決定利用這個噱頭吸引遊客。他邀請了著名偵探毛利小五郎來島上進行演講，而背後的真正目的，是希望小五郎能夠找到那批失蹤的金子。
演講當天，海風微拂，陽光灑在海面上，波光粼粼。小五郎站在臨時搭建的講台上，正準備開始他的演講。然而，就在他準備開口的那一刻，一個突如其來的黑影從台下衝出，直撲向他！
「啊！」小五郎驚呼一聲，身體猛地往後一仰，險些摔下講台。台下的觀眾也發出一陣驚呼。
柯南和蘭迅速反應，一左一右地扶住小五郎。「爸爸，你沒事吧？」蘭關切地問道。
小五郎站穩腳跟，臉色凝重地望向台下。他看到了兩個神色慌張的男子，一個是島上的守衛浜田，另一個是旅行社的職員上原。他們兩人似乎認識，而且都顯得非常緊張。
「沒事，只是虛驚一場。」小五郎故作鎮定地說道，但他的眼神卻透露出一種不安。
演講結束後，小五郎決定暗中調查這件事。他告訴柯南和蘭，他懷疑那批失蹤的金子與剛才的襲擊事件有關。柯南和蘭決定跟隨小五郎一起行動。
夜幕降臨，敷島被一層神秘的黑紗籠罩。小五郎帶著柯南和蘭，悄悄地追蹤著那個襲擊他的武士。他們穿過曲折的小巷，繞過一座座古老的建築，最終來到了一個偏僻的角落。
然而，就在這時，一個黑影突然從小五郎的背後衝出，一記重拳狠狠地打在他的後腦勺上！小五郎眼前一黑，暈了過去。
「爸爸！」柯南和蘭驚呼一聲，迅速衝上前去扶住小五郎。但那個黑影卻已經消失了。
當他們醒來時，發現自己身處一個陰暗的倉庫里。小五郎的頭還隱隱作痛，他掙扎著站起來，環顧四周。他看到了浜田的屍體，以及一把沾滿血跡的刀。而那把刀，正是他平時隨身攜帶的！
「這是怎麼回事？我為什麼會在這裡？浜田他……」小五郎喃喃自語道，他的心中充滿了疑惑和恐懼。
就在這時，倉庫的門突然被推開了。幾個警察沖了進來，他們的手中拿著槍，對準了小五郎。
「毛利小五郎，你涉嫌殺害浜田守衛，現在我們要將你逮捕歸案！」警察冷冷地說道。
「不！這不是我做的！我是被陷害的！」小五郎大聲喊道，但他的聲音卻被警察的呵斥聲淹沒了。
柯南和蘭也試圖為小五郎辯解，但警察們根本不聽他們的解釋。他們將小五郎帶走了，留下柯南和蘭在倉庫里無助地哭泣。
然而，柯南並沒有放棄。他知道，真正的兇手一定還在島上。他決定獨自行動，揭開這個案件的真相。
柯南開始回憶起之前的種種線索。他想起演講時浜田和上原的緊張神色，想起追蹤武士時那個神秘的黑影，想起倉庫里那把沾滿血跡的刀……
突然，柯南的腦海中閃過一個念頭。他意識到，那個武士很可能就是上原偽裝的！而上原和浜田之間，也一定有著某種不可告人的秘密！
柯南決定去找上原談談。他穿過敷島的街道，來到了旅行社的辦公室。上原正在裡面忙碌著，他的神色看起來有些慌張。
「上原先生，我有一些關於浜田守衛被殺的事情想問你。」柯南推開門，走了進去。
上原的臉色一變，他強作鎮定地說道：「哦，是柯南啊。有什麼事嗎？」
「我知道是你殺了浜田守衛，然後陷害給小五郎先生的。」柯南冷冷地說道，他的眼神中透露出一種堅定。
「你……你在說什麼啊！我怎麼可能做那種事情！」上原驚呼道，但他的聲音卻有些顫抖。
柯南沒有理會他的辯解，繼續說道：「你和浜田守衛是舊識，七年前那艘幽靈船上的金子就是你們偷的。但是浜田守衛想要獨吞那些金子，所以你就殺了他，然後陷害給小五郎先生。」
上原的臉色變得異常難看，他知道柯南已經掌握了真相。他突然從抽屜里拿出一把刀，沖向柯南！
「你這個小鬼！我不會讓你破壞我的計劃的！」上原吼道，他的眼中閃爍著瘋狂的光芒。
柯南迅速躲閃，同時用麻醉針發射器對準了上原的後頸。麻醉針準確地射入了上原的體內，他瞬間失去了意識，倒在了地上。
柯南鬆了一口氣，他知道自己已經成功破解了這個案件。他迅速聯繫了警察，將上原和真相一起交給了他們。而小五郎也終於被洗清了冤屈，重新獲得了自由。
在離開敷島的時候，柯南回頭望了一眼那片神秘的海域。他知道，那艘幽靈船和它背後的秘密，終究還是會被人們揭開。而他，也會繼續前行，揭開更多的真相，守護這個世界的和平與正義。