雷神把辛諾克的頭顱丟到地獄，因為辛諾克是古神，所以可活著cos路易十六。
亡靈劉康和亡靈吉塔娜在陰間無領導之時自己當領導，他們把辛諾克的頭顱供奉在骸骨神殿裡，並讓亡靈戰士們每天前來參拜。
卻不曾想，這一舉動正中雷神下懷，雷神以亡靈戰士們聚集可能要攻打陽間為由，讓特種部隊配合他去炸毀宮殿。
剛一到地獄，雷神就拿起護符到處亂炸，掩護索尼婭小隊和凱西小隊進入骸骨神殿。
亡靈劉康後知後覺，等他反應過來時，索尼婭小隊已經在地下空間所有承重柱上安裝了炸彈。
他一怒之下炸毀天花板，將索尼婭小隊困在了地下空間，這個時候在上層牽制亡靈大軍的凱西救不了自己的母親，索尼婭也知道自己回天乏術，選擇了英勇就義，雷神強行帶著凱西小隊離開了被炸塌的骸骨神殿回到了陽間。
亡靈劉康和亡靈吉塔娜看著殘骸感到絕望。
就在這時，時間女神克羅尼卡出現，在亡靈劉康驚愕的目光中倒流了時間，恢復了骸骨神殿。
克羅尼卡除了時間女神外還有一個更重要的身份——她是上古眾神的母親，而她此時出現就是因為她的兒子辛諾克被雷神殺了。
但其實這個原因並不重要，克羅尼卡在意的是宇宙間的陰陽平衡，但這個平衡很難拿捏，所以克羅尼卡經常改寫歷史。
但每次重啟的世界都會存在各種瑕疵，這讓克羅尼卡感到不滿意。
特別是這一次，雷神主動出擊讓她決定親自下場讓雷神在這條時間線里徹底消失……
同時特種部隊休息室里，風沙四起，從風沙中走出三個人影，是年輕時的凱奇、索尼婭和賈克斯。
雷神也在風沙中化為烏有，辛諾克的護符掉在了地上。
異世界也受到了震動，科塔爾汗正在審判收集者（喜歡收集各種東西），突然風沙中走出了以雷神、邵康為首，劉康、吉塔娜、空佬、巴拉卡、卡諾等人紛紛出現。
因為他們剛剛結束92年的真人快打比賽，所以這裡兩條時間線合併後分為92年人物和中年人物。
92邵康見到這條時間線內科塔爾汗從將軍變成了可汗感到憤怒，於是兩位異世界的王打在了一起。陽間戰士認為敵人的敵人就是朋友，果斷力挺科塔爾汗。
在陽間戰士的幫助下，科塔爾汗打敗了布萊克（帶槍牛仔）、緋紅（化血為器）、巴拉卡。
關鍵時刻，沃拉接受克羅尼卡的旨意救走了邵康一行人。
因為雷神的特殊性，兩條時間線合併後也只能有一個雷神，所以克羅尼卡先利用這一點抹殺了紅眼雷神，接下來就要除掉92年雷神，但這並不容易。
所以她讓邵康前來保護重要道具——時之砂，條件就是除掉雷神後，邵康可以繼續稱王稱霸。
另一邊，特種部隊眾人正對眼前的景象感到迷惑，92劉康和空佬也來了 剛一到達這裡特種部隊就監測到了地獄軍團攻打少林寺的消息，兩人扯了一陣嘴皮子後再次踏上拯救少林的道路。
重點：兩條時間線的人物有平行二重身，受時間法則影響，92年人物一旦死亡將會導致中年人物消失，而中年人物消失則不會影響92年人物。
劉康和空佬第一個遇上的對手是92年的蠍子。
此時的蠍子還被復仇之火蒙蔽，並聽命於克羅尼卡。但在克羅尼卡的授意下，所有人不能殺死92空佬和劉康，否則亡靈劉康和亡靈空佬就會消失。
克羅尼卡派出時間使者格拉斯到少林寺收集龍之源泉，這是她啟動時之砂不可或缺的能量。
劉康二人被時停控在原地，眼睜睜地看著克羅尼卡收集龍之源泉。
此時克羅尼卡急需人手，所以也到處給人畫餅，她籠絡了92塞克托（生化人，可以製造機械林鬼）、佛斯特（奎良的徒弟）、怒影賽博特。
奎良和半藏得知後要阻止塞克托，於是偷偷潛入機械林鬼工廠，經過幾次戰鬥後喚回塞拉斯的本心。
塞拉斯以生命為代價關閉了機械林鬼的伺服器。
塞克托也宕機下線，怒影和佛斯特帶走了塞克托，並把他交給了格拉斯。
格拉斯找到92卡諾和布萊克，希望他能幫忙修復塞克托，並以塞克托為藍本批量複製。
就在他倆猶豫之際，中年卡諾出現，慫恿兩人吃下來克羅尼卡畫的大餅。
……
異世界這邊，科塔爾汗想要找到邵康就要先找到沃拉，沃拉被傑德三兩下打倒，忠心耿耿的她馬上暴露了邵康的位置。
科塔爾汗一行趕到後卻發現這裡駐紮了大量塔卡坦人，一些小小的夫妻矛盾後，鏡頭切向了特種部隊這邊（不用感到疑惑，不影響劇情）。
被修復好的塞克托帶著機械林鬼襲擊了特種部隊。
92卡諾和中年卡諾帶走了92凱奇和索尼婭，這時候眾人當然不敢輕舉妄動，因為這兩位任何一位出事都會導致凱西原地消失。
雷神將眾人聚集到半藏的白井流花園，並講述了前因後果，統一戰線。
吉塔娜也正在遊說西瓦，希望可以聯合首肯族的力量對抗邵康。但西瓦舉棋不定，因為塔卡坦族人多，他們支持誰首肯族就支持誰。
眾人得知了邵康將在競技場處決科塔爾汗，於是動身前往競技場，期間還拯救了傑德，並說服了巴拉卡帶領塔卡坦人為自由而戰。
最終在首肯族和塔卡坦族的幫助下，吉塔娜打敗了邵康並弄瞎了他的雙眼。
這一舉動獲得了科塔爾的認可，他決定讓位給吉塔娜。
至此，異世界新王加冕……
雷神這邊考慮到尚宗之島也有精華能量，克羅尼卡肯定不會放過。於是眾人兵分兩路，凱西和凱奇去營救92凱奇和索尼婭，傑奎琳帶著92賈克斯去調查尚宗之島。
獲救後的索尼婭一槍爆頭了92卡諾，中年卡諾也隨之灰飛煙滅，這對宿敵的恩怨就此了結。
尚宗快樂島這邊，92賈克斯和傑奎琳勢如破竹，找到了正在吸取能量的克羅尼卡的王冠。
卻沒想到中年賈克斯被策反（因為不想女兒進入部隊從而經受像自己一樣殘酷的命運）。
經過纏鬥後最終小賈和傑奎琳如願拿到了王冠，並準備帶走老賈。
卻不曾想美德女神西德琳從天而降，她不願傷害人類的性命，但母上大人的命令不可違背，她要帶走王冠。
最後在碾壓的實力下，西德琳將老賈和王冠一起帶回了克羅尼卡的時間要塞。