木葉四十八年，村子某處一座封印陣台上面正躺著一個金髮嬰兒，面前半趴著一道巨大的獸影，這正是九尾，而此刻九尾尖銳的爪子正刺穿著兩人。
只見玖辛奈邊咳血邊顫聲的說道:
「鳴人，不能挑食，要每天吃飽，茁壯的長大，記得每天都要洗熱水澡……」
「另外要結交朋友，朋友不多也沒有關係，有幾個值得信賴的夥伴就夠了。」
「說到忍者三禁，你還要小心自來也老師……」
水門在後面也靜靜地著看著這一幕，玖辛奈這時慚愧的說道:「抱歉，水門，就我說的起勁。」
水門搖了搖頭:「不，沒關係。」
又對著鳴人說道:「爸爸想說的，和你那囉嗦的媽媽一樣。」
隨後就開始施展八卦封印，將自己兩人的查克拉意念封印在了封印空間深處，為封印九尾在上了一把鎖。
因為封印的緣故原本正哇哇大哭的鳴人昏睡了過去，隨後兩人眷戀的看了一眼失去了生息，向後倒去。
隨著兩人死去，結界消失了，三代猿飛日斬帶著守在外面的一眾忍者奔向了封印陣台，抱起了昏睡的鳴人隨即看向了倒在地上的水門和玖辛奈無奈嘆息道「留下幾人收斂屍體，其他人迅速去救助村裡的難民」隨後抱著鳴人去了火影大樓。
木葉的三大顧問志村團藏，水戶門炎，轉寢小春，早就來到了火影大樓。見猿飛日斬抱著鳴人走來，志村團藏上前
「日斬，把這孩子交給我，我會把他訓練成最強的戰爭機器。」
雖然封印九尾的時候團藏並沒有在場，但是他在現場附近安排了根部的人，所以，他也知道四代把九尾封印在了鳴人身上。他可不會在乎鳴人是誰的兒子，此刻他內心的想法不外乎是火影之位，四代戰死，如果他把九尾據為己有，那火影之位就非他莫屬了
「不可能，這可是四代的兒子，就算他是九尾人柱力，也不能把他當做戰爭武器培養。他以後將會是火之意志繼承人」
猿飛日斬盯著團藏語氣森冷。
同為二代火影的弟子，他怎麼可能不知道團藏此時的想法，並且四代夫婦剛剛戰死，無論如何都不可能把鳴人交給團藏。
「哼，如果九尾再次衝破封印呢？」這時的團藏仍不死心。
「這不勞你操心，如果九尾再次作亂，我會親手封印它」說罷猿飛日斬抱著鳴人走進了辦公室。
望著猿飛日斬的背影，團藏眯著的眼睛裡閃爍著寒光「日斬，你會後悔的」
隨即也朝著根部大本營走去。回到大廳，團藏召集幾個戴著面具的忍者
「你們去村里散布漩渦鳴人是邪惡九尾的化身，隨時會失控，不久將會重現九尾之亂。」只見幾名單膝跪地的忍者答了聲「是，團藏大人」隨後就四散而開，朝村里疾馳而去。
火影辦公室
猿飛日斬正仔細檢查著鳴人身上的封印「這就是八卦封印麼？果然一絲九尾的氣息都感覺不到。」在確定鳴人身上封印沒有問題後，猿飛日斬把鳴人送到了木葉醫院。
「照顧好他，不能有一丁點損失」說完不待身旁的護士回應就轉身走了。
護士看著昏睡的鳴人沒有多想，只當鳴人是剛才九尾之亂之後留下的孤兒。隨即把鳴人放在病床上便轉身走出了病房。
幾天後，漩渦鳴人是九尾妖狐的傳言在村中越傳越烈，幾乎到了人盡皆知的地步。
這傳言很快就被猿飛日斬知曉，這時的他已經重新接任火影，一是因為九尾之亂造成的死傷太過嚴重，村民們需要一個發泄點，二是波風水門仇家太多，如果讓那些仇家之道他還有個孩子活著，還成為了九尾人柱力，那接下來木葉可能又要迎來戰爭了，所以他並沒有站出來澄清這個謠言，而是選擇隱藏鳴人是四代之子的事實。只是安排了幾個暗部忍者去看守著鳴人
木葉醫院，鳴人病房的門被人大力推開，只見一個身材肥胖穿著護士服的中年女人一臉猙獰的走向睡著的鳴人「就是你這妖狐害了我丈夫和兒子，你也去死吧」一邊說著一邊掐住鳴人的脖子，把他從床上提了起來。
睡熟的小鳴人突然被人掐住脖子猛然驚醒哇哇大哭起來，可是這女人並沒有因為哭聲而鬆手，而是更加用力，鳴人的哭聲也越來越小。
就在鳴人臉色被掐的發紫快沒氣息的時候兩個戴著面具的忍者跳窗而入，掰開了那女人的手，把鳴人放在床上拖著她離開了病房，但是他們也沒多說什麼，畢竟三代只是交代了只要人柱力別死了就行。
不一會猿飛日斬到了醫院，看了眼暈過去的鳴人並沒有多說什麼，只是叮囑院長人柱力絕對不能死。
因為三代的不管不問，鳴人所遭受的折磨越來越多，時不時會有人用針扎睡熟的他，剛沖的奶粉不管多燙都直接餵進去，就好像鳴人哭的越大聲她們越高興。三個月以後猿飛日斬把鳴人接出了醫院送到了孤兒院。
到了孤兒院小鳴人的情況並沒有好轉，繼續被折磨著，只是換了一個地方罷了。
隨著鳴人慢慢的長大，當他學走路時摔倒了沒人去扶，當他可以吃飯的時候他的飯里總會多一些沙子，菜總是餿的。沒人願意陪他玩，他想去和別的小孩玩時，他們都會叫他滾，罵他是妖狐。每當看到別的小孩一起玩時鳴人都會坐在旁邊羨慕的看著。
猿飛日斬偶爾也會去看一下鳴人，每當鳴人問他為什麼別人都欺負他，不喜歡他時，猿飛日斬都會洗腦般的告訴鳴人
「小鳴人喲，因為一些原因，大家都討厭你，你要努力得到大家的認可，讓大家都喜歡你。」
或許是因為一直被三代這樣洗腦，亦或許是因為體內阿修羅查克拉的影響，鳴人並沒有怨恨，藍色的大眼睛仍然天真。只是覺得可能真的是自己做錯了什麼事，並沒有多想其他。
三歲時鳴人向三代說了想自己一個人生活，三代也沒多想，答應了鳴人，給鳴人安排了一間房子，還承諾了每個月給鳴人生活費，從此鳴人開始了獨居生活。