自從新一化名為柯南跟小蘭一起住後，他們的生活便平靜了下來。每天上學、放學，和毛利小五郎一起解決案件，日子過得平淡而充實。然而，這種平靜並沒有持續太久。
一天早晨，工藤困莉像往常一樣起床準備去上學。他走出家門，沿著熟悉的道路前往阿木博士家。當他走到家附近的一條小路上時，突然注意到一群身穿黑衣的陌生人。她心裡頓時湧起一股不祥的預感，腳步也不自覺地停了下來。
他緊張地盯著那群黑衣人，發現他們似乎正在四處張望，像是在尋找著什麼東西。工藤困莉覺得有些奇怪，因為在這個社區里，從來沒有出現過這樣穿著神秘的人。他不禁開始懷疑這些人的來意，但又不敢貿然上前詢問。
猶豫片刻後，工藤困莉決定先不去管那些黑衣人，而是儘快趕到阿木博士家。她加快步伐，一路小跑來到阿木博士家門口，按下門鈴。不一會兒，門開了，阿木博士出現在門口。
「阿木博士，早上好！」工藤困莉一邊打招呼，一邊走進屋內。他迫不及待地將剛才在路上遇到的情況告訴了阿木博士，並表達了自己的擔憂：「我覺得今天有點不對勁。剛剛在來你家的路上，看到一群黑衣人。我對他們的感覺很奇怪，因為我們在這裡住了這麼久，從來沒有見過穿黑衣服的人。而且，我覺得他們好像在找什麼東西。不過，我沒有看得太仔細，怕被他們發現，所以就趕緊過來了。」
阿木博士聽了工藤困莉的話，皺起眉頭思考起來。他知道工藤困莉的直覺一向很準，所以對於他的擔憂不能掉以輕心。他安慰道：「別擔心，可能只是一些普通的陌生人路過而已。也許他們有其他事情要做，與我們無關。不過，為了安全起見，最近還是小心一點比較好。如果再看到那些黑衣人，儘量避開他們，不要引起不必要的麻煩。」
工藤困莉點點頭，表示明白。雖然他心裡仍然感到不安。
阿木博士問：「會不會是把新衣弄變小的那群人來了？」
工藤困利搖了搖頭，說道：「應該不會，按他們這種人應該是依附於某個大組織，而且根據新一講述他們應該有任務要再加上他們不知道我們的地址所以應該不會大費干戈的過來。」
阿木博士點了點頭，表示同意，然後問道：「那我們繼續研究新一的解藥吧。」
工藤困莉微微一笑，說道：「好啊！」
是的，因為工藤困莉對生物學的研究會比較深一點，所以阿木博士在新一走的那天后就過來找工藤克利尋求他一起幫忙，工藤空麗也是爽快的答應了。
這時，困莉坐在沙發上，心中暗自思忖著：「我記得這個時間點應該是黑衣人去新一的家裡面尋找線索，看看新一有沒有真的死去。那我應該怎麼辦呢？」他皺起眉頭，思考著應對之策。如果我這時躲在阿木博士家裡面，嫌疑應該會更大，這樣新一很有可能暴露。
工藤困莉眼神堅定地看著阿木博士，認真地說道：「阿木博士，我有一個想法。我想暫時離開這裡，引開黑衣人的注意，給新一爭取更多的時間和安全空間。」
阿木博士擔憂地看著他，勸道：「困莉，這太危險了。黑衣人可能還在附近搜索，你出去很容易被發現。而且，我們還不知道他們到底是什麼目的。」
困莉深吸一口氣，堅定地回答：「我知道，但我不能坐以待斃。我要保護新一，哪怕付出一些代價。只要能讓他安全，一切都是值得的。」
阿木博士無奈地嘆了口氣，他知道困莉已經下定決心。雖然他擔心他的安危，但也明白他對新一的深情厚意。
最後，困莉跟阿木博士說今天就先不研究了，她要在阿木博士家裡待一會兒，然後出去買點水果再回去。
是的，工藤困莉不想讓新一陷入困境，所以決定犧牲自己來保護新一。當然，困莉也是在賭那群黑衣人會用對付新一的藥來對付自己，如果真是那樣，就不會有太大的問題了。
阿木博士聽完困莉的計劃，焦急地問道：「困莉，你確定要這麼做嗎？這太冒險了！」
困莉微笑著點頭，語氣堅定地說：「我確定，阿木博士。請相信我，我會小心謹慎的。」
說完，困莉轉身離開了阿木博士的實驗室，留下阿木博士在原地擔憂地望著她離去的背影……
困莉和阿木博士說這也是沒辦法的事相信我吧，阿木博士嘆了口氣說怪我保護不住你啊，工藤克利安慰的博士說這也是沒辦法的事畢竟是為了新一我這個作為弟弟的，總得保護一下哥哥是吧，畢竟他小時候都保護了我那麼多次，長大了也該讓我來保護他一次了。過了一會兒，工藤困莉就從阿木博士家裡離開了。
阿木博士看著眼前這個美麗動人、聰明伶俐的男孩，心中不禁湧起一股溫暖的情感。他微笑著叮囑道：「工藤困莉，一定要小心啊！」他的聲音充滿了關切和擔憂。
其實，早在早晨工藤困麗向阿木博士透露自己的計劃時，阿木博士便深知困麗如今正置身於何等危險的境地之中。然而，面對這一局勢，他卻感到束手無策。作為一名科學家，他無法直接參與到這場危機當中，只能眼睜睜地看著困麗獨自面對。
阿木博士默默地祝願困莉一切順利，期待她所採取的每一個行動都能取得圓滿成功。他知道，儘管困莉年輕，但他擁有非凡的智慧和勇氣，一定能夠克服重重困難。此刻，他只能將所有的希望寄托在困莉身上，相信他會創造奇蹟。
「可能你一個人會有些困難……」阿木博士的聲音里充滿了擔憂和關切。
「謝謝您的理解，博士。」工藤困莉微笑著回答道，她的眼神堅定而明亮，透露出對未來的信心與勇氣。然後，他轉過身去，向著遠方走去，陽光灑在他的身上，給他披上了一層金色的光輝。
阿木博士看著他離去的背影，心中感慨萬千。這個曾經總是躲在哥哥身後、膽小怕事的小男孩，如今已經長大成人，變得勇敢堅強。他相信，無論遇到什麼困難和挑戰，工藤困莉都會堅持下去，並最終戰勝一切。