不知何種原因，數碼世界開始出現大量數據斷層，數碼世界崩塌，史上最強病毒風暴來襲，13位傳說中的騎士拼命挽救，但仍有無數不幸的數碼獸被捲入其中，化為數碼蛋墜入人類世界，因此步入新世紀的人類成立了數碼馴獸師協會，並建立馴獸師學院，將所有撿到數碼蛋並孵出數碼獸的人類錄取培養成為強大的馴獸師以備不時之需。數碼獸可以和搭檔一起在協會分會登記身份生活在人類世界。
至於數碼世界為什麼會出現斷層?為什麼數碼蛋會墜至人類世界?人類從未停止探索，可一切仍然是謎。但人類中也湧現出卓越的馴獸師——七大執政官，他們是第一代學員中的佼佼者，曾經病毒風暴入侵人類世界，就是他們和自己的夥伴一起抵擋住，拯救了人類世界。一切都有條不紊地發展著，直到2099年——一個特殊的事情在皇家騎士和世界樹間發生……
會議室門開了，一個黑色的身影走了進來「你終於來了……」
沒等世界樹話說完，那個身影搶先開口：「世界樹，你想幹什麼?」
「不許無理，誰允許你這麼和世界樹大人說話的?」杜納斯獸看他這麼無禮，怒吼道。
「我無理?!別鬧了杜納斯獸，你今天出門難道沒帶腦子嗎？事情鬧了這麼長時間了，現在我們的世界和人類世界融合越來越嚴重，我們拼命修補世界樹竟然毫無動靜!更嚴重的是這麼強的病毒風暴怎麼可能只是世界遷徙造成的，世界樹，你難道不準備給我們一個解釋嗎？」黑色身影輕蔑地瞥了一眼他
「你……」杜納斯獸顯然被剛才的話嗆住。
「都閉嘴！你們兩個，現在還沒搞清楚什麼情況，不能妄下定論！出了這麼大的事我們都很著急,但越是這樣我們越要冷靜。」奧米加獸打斷兩人的爭執。
「好吧，現在我只想問世界樹大人，您的那個計劃是什麼?還有，您打算怎麼解決這個問題？」黑色身影聳聳肩。
「我不是已經說過了嗎，時代變遷，我們必須改造我們的世界，否則數碼世界就會發生不好的事情。至於病毒風暴只是擴充中出現的變異罷了，再過一段時間自然會消失，你們只需做好防衛和救援工作就好了。」世界樹說完。一時間，會議室陷入了死一般的沉寂。
良久，黑色身影開口，語氣充滿嘲諷：「哦，您是想吞噬人類世界來擴充數碼世界嗎……」
「阿爾法獸，注意你的言辭！」奧米加獸對於他的態度大為不滿。
被稱為阿爾法獸的黑色身影並未理會奧米加獸，自顧自地說：「讓人類成為數碼獸的奴隸以達到您心中的所謂『完美世界』嗎……」沒人注意到他緊握的拳頭。「然後呢，讓人類走向滅絕的道路統治兩個世界、次元甚至平行時空，隨便生殺，而我們，只是你實現野心的工具，可以隨便丟棄是嗎?！」阿爾法獸起身向前走去。
紅蓮騎士獸攔在他身前：「別想太多了，阿爾法獸，事情沒那麼複雜。」
「沒那麼複雜？在我們被選中為皇家騎士時就宣誓過永遠效忠於世界樹，永遠守護數碼世界，我們第一點做到了，但第二點呢，我們確實在守護秩序，但世界樹的行為名義上是為了數碼世界，為了數碼獸，但越來越多的數碼獸無辜受難，而且……」他頓了頓：「為什麼數碼蛋要降落到人類世界？說實話，我沒見過擴大規模要入侵其他世界，我們完全可以利用其它平行世界來更好的實現目的。」紅蓮騎士獸啞口無言，看向世界樹。
「我想不通，為什麼你要關心一個與我們無關的世界呢?阿爾法獸。」世界樹語氣冰冷。
「哼，」阿爾法獸冷笑一聲：「您這相當於承認了吧，世界樹。」他飛了起來，眼裡冒出危險的紅光：「我是和人類世界沒有任何關係，但世界樹的所做所為已經嚴重的打破了兩個世界的秩序，這違背了我們加入皇家騎士的初衷以及我們身上背負的職責!我既然選擇了皇家騎士這一職位，就應該嚴守騎士的職責，完成自己的使命，而不是跟著上司的改變而動搖!」
話畢,一直不說話的傑斯獸開口了：「阿爾法獸，我知道你很想改變兩個世界的命運，但你現在又有什麼能力呢，先下來，況且……」他意味深長地看向世界樹：「現在公然和世界樹大人開戰,是不會改變什麼的，你自己還有可能……不用我多說了吧。」言罷，他走了出去。阿爾法獸沉吟片刻，不愧是最為了解自己的夥伴，在言語和動作間就能看穿自己的想法，他瞥了一眼世界樹，跟著走了出去。
果然，傑斯獸在外面等著自己，的確，他剛才注意到了阿爾法獸緊握的雙拳和顫抖的身體，也感受到了他的決心。「但現在你能做的，只有拼命彌補。」他說，這既是對世界樹的不滿，也是對摯友的擔憂。箇中情誼，早已表達得淋漓盡致。
「只能這樣了，」阿爾法獸嘆了口氣，他早已做好了犧牲的準備。
「也許你可以逐一聯絡其餘騎士，這樣勝算能更大一點，不過我想問你，人類世界對你而言是什麼意義？」傑斯獸眼神堅定。
望著摯友的目光，阿爾法獸自嘲的笑笑：「對你們而言人類世界只是一個世界那麼簡單，但我只能這樣跟你說，人類世界承載了我的太多太多回憶，剩下的就別問了。」
傑斯獸識相的不再追問，講起了他的計劃：「杜納斯獸是為了正義作戰，可以拿這個攻略他。紅蓮騎士獸對世界樹已經有了略微不滿，斯雷普獸更不必說，至於我師傅肯定會站在我這邊……」
「所以你也打算幫我？」阿爾法獸感到了溫暖。
「呵，畢竟誰也不願放棄那麼美麗的世界……啊!」傑斯獸突然痛苦地跪在地上，
「怎麼了?」阿爾法獸連忙詢問。
突然一股寒風破空而來!阿爾法獸本能地躲過，回過頭去，他看到奧米加獸化身為X抗體形態向他揮出一劍，緊接著一條龍飛撲過來，這分明是君主獸X抗體的招式，阿爾法獸不敢怠慢：「王龍劍！」他一聲大吼，一把劍從時空裂縫中被抽出，阿爾法獸王龍劍形態登場!他躲過了兩波攻擊飛到空中，又一發毀天滅地將他命中，他開啟未知網域，剛想進去卻被一隻大手緊攥著拽了出來，是艾克薩獸X抗體!「可惡!」
空中響起世界樹嘲弄的聲音：「他們的X抗體都是我給予的，只有你比較難控制，所以為了世界，神將賜予你如願以償的犧牲!」
「別胡說八道了!我們不需要你這樣的神!」阿爾法獸一邊逃跑一邊喊。
「哦？那他們呢!」說話間所有皇家騎士出現在眼前。
這時他才注意到他們的眼睛都閃著異樣的白光——他們都被世界樹控制了!阿爾法獸暗罵一聲，開啟傳送門鑽了進去，手中的王龍劍不受控制地飛了出去現出原形，王龍獸也因為X抗體的原因淪為了世界樹的傀儡，那世界樹為什麼不控制自己呢？難道他一開始就想讓自己……來不及細想，王龍獸將他打了出去，正對上了所有皇家騎士的大招。
「不……」他只來得及發出半聲，就看見那個熟悉的身影出現，是他!向自己揮出了終結的一劍!他墜入人類世界，最後一眼，他看見了傑斯獸複雜的眼神，他閉上眼睛：「就這樣……結束了……嗎……」阿爾法獸化作數碼蛋，就此隕落。
偌大的會議室里，皇家騎士們沉默地圍坐在世界樹旁邊——他們被世界樹刪除了那一戰的記憶，「阿爾法獸背叛導致隕落，爆發出的力量填補了塌陷，消滅了風暴，勇士們，繼續加油吧。」缺失了一人的會議室迴響著世界樹機械的聲音，那個反對的聲音再也不會出現了……
新聞播報著數碼世界停止陷落的喜訊，舉世歡慶，一個十五六歲的少年邁著輕快的腳步跑著回家，猛然一抬頭，感覺什麼東西要來了……
世界樹的計劃還在繼續，陰謀拉開帷幕
……
只是人類，會讓他如願以償嗎?當那顆奇特的數碼蛋發出耀眼的光芒之時，反擊，才剛剛開始……