在打贏尼比道館挑戰賽並取得灰色徽章後的小葉回到寶可夢中心時，發現有一個陌生女子正靠在牆邊無所事事地看著人來人往的寶可夢中心，當他走過時女子卻拉住了他的手腕，在他詫異的視線中拿出一張名片。
「自我介紹一下，我是尼比科學博物館的工作人員青木美都。」女子摘下墨鏡，講述著她的來意「今日因尼比科學博物館突然遭受入侵，使得我們的安保人員為了保護各位的安全，使用了失禮的手段將您們送出了尼比科學博物館。對此我們深表歉意，於是由我來為您送達尼比科學博物館的一點心意，以及邀請您明天免費遊覽博物館，了卻被突然中斷參觀的遺憾。」
待小葉接過她手中包裝精美的禮物與一張門票後，青木美都便自覺地告辭離去。
在回到寶可夢中心為訓練家免費提供的住所後，小葉與藤藤蛇一起拆開了這份禮物。
「化石！」小葉與藤藤蛇對視一眼，都從對方眼中看到了驚訝。
但很快藤藤蛇便用藤蔓從用透明玻璃封閉起來的化石底下又取出來一張卡片，交給小葉閱讀後他們才鬆了一口氣。
「原來只是仿製品啊。」小葉將化石放在書包的夾層中收好，說道「如果這是真的化石的話，尼比科學博物館就這麼白送過來我還不太敢收下，既然是仿製品的話就沒有任何負擔了。」
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第二天帶著藤藤蛇吃完早飯後的小葉便又踏上了前往尼比科學博物館的道路。
按照流程，交門票、查背包後，小葉再一次踏入了這片他嚮往的地方。
一層、二層的展品小葉沒有花費多少時間就看完了，內心震撼之餘對三層的那個寶石碎片更是期待。
可結果卻讓小葉大失所望。
不知道為什麼，明明它形狀和顏色光澤都沒有和先前報紙看的有任何不同，但是小葉總覺得它變了，真的從一個有著神秘力量的寶石變為不小心摔碎玻璃後的碎片殘渣了。
小葉聽著周圍記者打探消息的試探與參觀者們對於這個未知事物的吹捧，他覺得愈發無聊起來，便打算離去。
走之前他想起了那個昨天將他送到寶可夢中心的黑衣夾克男子，於是隨便抓了一個工作人員詢問他的蹤跡。
「昨天早上的事情嗎？」工作人員抱歉地笑了笑說道「不好意思，我不太清楚。我是昨晚才被調來這裡工作的，要不我幫您問問其他人？」
「麻煩你了。」
小葉點點頭坐到一旁的椅子上，不一會兒那個工作人員便走了過來，在小葉期待地目光中說道「不好意思，我們好像都是昨天中午接到通知，昨天晚上才被緊急調來尼比市工作的，具體情況我們也不太清楚。」
也就是說原先整所尼比科學博物館的工作人員都被調走了？
小葉怪不得覺得今天的博物館內冷冷清清的，原來少了許多解說人員對於展品的解釋，大概是因為緊急調來的人員還沒有經過培訓無法上任吧？
可是為什麼？
難道就因為昨天突然響起的警報就要調離一整所博物館的工作人員嗎？
小葉猜不到原因，只好把這份謝意留在心底，等著下次見面時再好好地感謝他。
小葉離開博物館後找了一家甜品店後一頭扎了進去，講述了他希望借用廚房製作一些甜品的事情，為了防止被拒絕，他還特地說可以支付這段時間內甜品店的損失。
「沒事的，請用吧。」甜品店的老闆娘是個很慈祥的婦人，她並沒有擔心自己會因為無法製作甜點而導致客流量的丟失「反正這家店營業額本來就不怎麼好。甜品只是我的興趣罷了，販賣甜品只是為了消磨時間而已。」
「不管怎麼說還是要謝謝您。」小葉道謝後便開始清潔手部，戴上帽子和手套之類的工具，向著廚房的方向走去。
「不用謝，等做完後讓我嘗一些就好。」老闆娘說完後便繼續坐回椅子上，看著電視中甜品大賽的決賽，將整個人投入進去。
小葉感覺自己的情緒有些低落，每當他心情不好的時候就會自己動身來製作些甜品。
整整一個白天的時間，小葉都在廚房中沒怎麼出來，直到夜幕降臨時他才緩過神來，將自己今天做的大半的甜點都放在已經陷入睡眠中的老闆娘桌上後，他才悄悄地帶著藤藤蛇離開了這裡。
藤藤蛇坐在小葉的肩膀上，看著街道兩邊的店鋪樓房亮起了各色各樣的燈，一個個彩色大字閃閃發光，街上各種樂曲混在一起，夾雜著吆喝聲、鳴笛聲、寶可夢的叫聲，熱鬧非凡。
還有小葉隨時投餵在附近店鋪上買的小吃，心情別提有多好了。
小葉也沉浸在熱鬧非凡的城市中，帶著藤藤蛇走到了尼比市中心花園處。五顏六色的彩旗拉起了花園的圍牆，空中的繩子上掛著五彩繽紛的彩燈，一閃一閃，好像是綴滿珍珠的彩帶。
花園的中央有一座噴泉，伴著歡快的音樂響起，噴泉開始隨著音樂的節奏上下擺動，在彩燈的照耀下映出各種顏色，讓他看入了迷。
熙熙攘攘的人群將小葉和藤藤蛇包夾其中，很快他們便隨著人流離開了這如同秘密花園一般的仙境，來到了另一處著名的景點。
「看，藤藤蛇！」小葉指著高聳入雲亮著彩光的建築喊道「那是摩天輪！」
藤藤蛇同樣伸出手指指著摩天輪，眼中滿是渴望。
「傳說摩天輪的每個盒子裡都裝滿了幸福，當我們仰望摩天輪的時候就是在仰望幸福。」不遠處一個熟悉的身影彎下腰，將臉貼到那個較矮身影的臉龐，語氣柔和地開口道。
「真的嗎？」被哥哥緊貼著臉頰的女孩用她那稚嫩的嗓音說道「那我要和哥哥一起坐摩天輪！我不要當仰望幸福的人，我要當幸福的人！」
隨後女孩便拉起哥哥的手，一步步向著摩天輪走去。
小葉看著他們離去的背影，瞳孔一縮。隨後像瘋魔了一樣扒開附近的人群，從人為創造出來的縫隙中穿過，在路人的咒罵聲中小葉伸出手掌追逐著他們越來越遠的背影。
「等一下！」
小葉的眼中只有那對兄妹的身影，他竭盡全力地跑向他們，但卻始終無法觸及。
坐在肩上的藤藤蛇還不知道發生了什麼就被帶動地移動起來，這使得它不得不用藤鞭將自己固定在小葉肩上，否則就會被擁擠的人流給擠走。
終於在那對兄妹即將踏上摩天輪時，小葉攔在了他們的面前。
哥哥看著眼前少年的視線在他和妹妹的臉上遊走，下意識地將妹妹護在身後，放硬語氣詢問道「幹什麼？」
小葉望著眼前兩幅和昨天早晨在尼比科學博物館前一模一樣的面孔，放輕語氣小心翼翼地問道「你們…昨天有去尼比科學博物館嗎？」
「尼比科學博物館？」哥哥眉頭緊鎖，毫不猶豫地說道「沒有，你找錯人了。」
隨後他便拉著妹妹踏上了摩天輪，只留下迷茫的小葉站在地面上，看著摩天輪越升越高的盒子逐漸離開他的視線。
「我沒事，藤藤蛇。」小葉輕輕地抓住藤藤蛇伸向他臉的藤蔓，低聲說道「是啊，他們不是一個人。一點都不像。」
小葉神色黯然地抱著藤藤蛇悄然離開了摩天輪附近，正當他走向寶可夢中心時藤藤蛇卻拍了拍他的臉，指了指尼比道館的位置。
「對，對……」小葉趕忙轉變腳步向著尼比道館走去「該接百變怪回家了。」
在尼比道館被武能的大岩蛇囫圇吞棗地塞了一堆知識的百變怪，在看見自己的訓練家終於來接自己時眼淚都落下來了，它委屈地朝著小葉跑去，哭訴著它這一天被大岩蛇強行灌輸它聽不懂的知識的痛苦。
小葉抱起百變怪，柔聲細語地撫平它那受傷的心靈，待向武能道謝後剛準備離去便被叫住了。
「等一等，小葉。」武能指了指尼比道館的二樓說道「你忘東西了。」
「忘東西了？」小葉從未記得他在尼比道館中有拿出過什麼東西，又何談遺忘了什麼東西？
但出於禮貌，小葉沒有直截了當地拒絕武能，而是順著武能的意思被次郎領向一個房間。
他剛進房間，門就被次郎關上了。房內沒有什麼特別的東西，只有一張木桌子上放著一個黑箱子。
武能說他忘記的東西難不成就在這裡面？
就當小葉向前邁步想要打開箱子時，一向乖巧的百變怪卻阻止了他的腳步。
只見百變怪變身成藤藤蛇，伸出藤鞭將小葉捆住的同時將他向下拉著。被迫一屁股坐下來的小葉並未感覺到有絲毫的疼痛，垂頭看去原來百變怪為了防止他摔傷，特意用藤蔓墊在底下當做緩衝。
「怎麼了，百變怪？」小葉掛著笑問道「等回去再陪你玩好不好？」
百變怪卻搖了搖頭，嘴角向下擺出一副不開心的模樣，然後舉起雙手用力提拉著雙頰，被迫擺出了一副笑容，但是非常的丑。
這時藤藤蛇也自發的從精靈球中掙脫出來，站到了百變怪的身邊，點點頭表示自己對於百變怪做法的贊同。
「你們是覺得我不開心嗎？」小葉抬起頭依然用清亮的聲音說道「沒有的事情，我心情很好……」
話音未落，小葉便感覺臉頰兩側划過了什麼濕潤的液體。
他閉上眼睛仰著頭，輕輕地說道「真的沒事，不用在意我。」
小葉用盡全力緊閉雙眼，他感覺自己闔住的雙眸已經蓄滿了水氣，但凡自己膽敢將眼皮掀開一絲縫隙，裡面的淚水就會噴涌而出。
水滿則溢。
再怎麼克制流淚的衝動也無法完全阻止眼淚落下，當有一滴眼淚從眼眶中滑落時，就再也不受控制。
百變怪撤掉了禁錮小葉的藤鞭，用手擦著小葉臉上的淚珠，想要為他止住眼淚。
而淚水就像是決了堤的河流一樣，來勢洶洶根本無法克制！他只能將頭埋在胸前，兩隻手的指甲深深嵌入肉中，避開藤藤蛇它們的視線。
「小葉。」這時武能拉開房門站在門外，對著埋著頭努力止住眼淚的小葉說道「無意聽見你們的對話，但是我身為道館館主也身為你的長輩需要奉勸你一句話。」
「如果你真的很愛你的寶可夢，請和它們共享你的喜怒哀樂，真正的尊重它們，理解它們。而不是像養寵物一樣將自己認為是正確的事情強加於它們身上。」
藤藤蛇聽見武能的話後立刻直立身形，眼尾充斥著戾氣，擺出攻擊姿態對著站在門口的武能。
「我、我沒有把它們當做寵物。」小葉哽咽地辯解道「它們是我的夥伴，是我的搭檔，是我的家人。」
「不，你雖然騙得了別人，但是你騙不了自己。」武能搖搖頭說道「你知道我為什麼會對小智說他一點希望也沒有嗎？」
房內一片沉默，只有藤藤蛇虎視眈眈伸出藤鞭的窸窣聲。
武能卻沒有在意寶可夢的警惕繼續說道「因為他太熱愛寶可夢了，真正把寶可夢當成了他的夥伴，所以在我眼裡他一點奪冠的希望都沒有。」
「就拿現在來說，你覺得自己一個人抗下所有苦惱不告訴你的寶可夢是為了它們好，但是你有問過它們的意見嗎？」
小葉聞言抬眸望著依然關切地看著它的百變怪，見自己的訓練家抬起頭的它立刻湊了上來抱住了他的腦袋，再次抹去他的淚珠。
「再比如，當你因為藤藤蛇被大岩蛇捆綁後就想要棄權的舉動，你有在意過依然努力地揮舞著藤鞭的藤藤蛇嗎？」
小葉渾身一顫，視線轉向了對著武能齜牙咧嘴的藤藤蛇，它的動作仿佛是在警告武能不要多嘴。
「你沒有，你從來沒有考慮過寶可夢的想法。」武能關上了房門，給他們留出屬於自己的空間「因為在你的心裡，寶可夢從來就不是和你平等的存在。」
武能離開後房間又恢復了一片死寂，藤藤蛇收回藤鞭走到小葉的眼前，搖著頭表示自己從來沒有覺得小葉對它們不好的意思。
百變怪也氣得張牙舞爪起來，戀戀不捨地把自己在常磐森林中私藏已久的蘋果拿出來，放在小葉的嘴邊。
在百變怪的心中，如果心情不好，吃飽了睡一覺起來就什麼都忘記了。
「武能叔叔說得對。」小葉抹了一把臉，看著眼中滿是信任自己的藤藤蛇和百變怪說道「我確實不該將我的意志強加於你們身上。對不起，藤藤蛇、百變怪。」
「今天我的表現讓你們很失望吧？」小葉將兩隻寶可夢抱入懷中，低聲說道「是我的恐懼影響了百變怪，才使得百變怪輸掉了比賽。也是我沒有顧及藤藤蛇還想繼續戰鬥的決心，輕而易舉就放棄了近在咫尺的勝利。」
「對不起，真的對不起……」小葉漸漸用力將懷抱收緊，淚水再一次不爭氣地落下來。
「我今天不知道怎麼了，又看見了在博物館面前突然消失的兩個人。」小葉平復了一下情緒，將自己今晚失態的原因道來「當時我的心中只有一個想法，那就是攔住他們，確認他們是真實存在在這裡。」
他將藤藤蛇和百變怪放開，右手握拳放在胸口，感受手下躍動的心跳說道「自從看見那個妹妹流著淚離開後，我的心裏面就空落落的像少了什麼東西一樣。我能猜到，是他們取走了尼比科學博物館的神秘寶石。」
「但是！」小葉突然猛地拔高了聲音，解釋道「我並不在乎寶石去了哪裡，我只想知道他們現在是不是安全的，為什麼離開的時候是妹妹孤身一人離開的！」
說完他像是失去了力氣一樣靠在牆邊，痴痴地笑了起來「很奇怪是吧？明明只是素不相識的兩人，我卻對他們這麼關注，像神經病一樣。」
百變怪和藤藤蛇沒有多言，而是就這麼坐在小葉身旁陪著他，看著他將自己的苦惱與悲傷全盤托出。直到他漸漸沒了聲音，緩緩地睡過去為止。
這時房間的大門再次被打開，武能靜悄悄地走入，抱著熟睡的小葉將他帶入客房，輕輕地放在床上。
「我說謊了。」武能為小葉掖了掖被角，並不在意跟在自己身後的兩隻寶可夢自語道「我認為小智沒有希望的原因是他只有對於寶可夢的一腔熱愛，除此之外什麼也沒有。和當年的我一模一樣，遲早會摔一個大跟頭的。」
「而你有著不錯的能力，但針對寶可夢的熱愛這一方面卻走錯了路。如果不早些糾正的話，你和寶可夢之間的隔閡會越來越大，直到一刀兩斷為止。」
「所以，就按照我之前說的那樣，希望你可以一直保持著這份『冷靜』走到最後。在旅途中多利用『冷靜』審視自己的不足並及時改正，這才是岩石能矗立千百年而不會崩塌的原因。」