寶可夢世界關東地區真新鎮小智家。
自從小智成為了寶可夢世界錦標賽冠軍之後，一夜之間身價暴漲，除了豐厚的獎金之外，還獲得了很多商業代言機會，狠狠地大賺了一筆。
之後，小智以大木博士助手的身份，遊歷於各個地區，幫助大木博士收資料，順便，和更多的寶可夢進行對戰。
前段時間，小智前往了帕底亞地區的一處古代遺蹟，在遺蹟外面的海灘邊，發現了一隻紫色的寶可夢，通過大木博士的好友克拉維爾校長才知道，這一隻寶可夢名叫密勒頓，似乎是來自於寶可夢世界的禁地第零區的寶可夢。
不過，現在的密勒頓完全沒有任何戰鬥能力，只能夠作為小智的交通工具而存在，不過不得不說，這交通工具騎起來是真的拉風。
之後，小智進入到了帕底亞地區的遠古遺蹟之中，機緣巧合之下，獲得了一枚太晶珠。
本來太晶珠這種東西在帕底亞地區也不是什麼很稀奇的東西，只要通過帕底亞學院的測試都可以獲得，但是小智的這一枚太晶珠很特殊，那就是使用之後不用再去充能，它會自動回復能量。
不過說實話這個作用其實也沒想像之中的那麼大，因為這個恢復能量也是需要時間的，而一場對戰的時間肯定不足以讓小智使用兩次太晶珠，所以最多就是省去了一個打完對戰要去充能的時間。
不過打完對戰要去寶可夢中心對自己的寶可夢做全面檢查這件事情那基本上事訓練家的常識，所以，也省不下什麼時間來，只能說聊勝於無吧！
但是另外一個作用可就不能被無視了，那就是每一次太晶化，小智可以自行選擇被太晶化的寶可夢的太晶屬性，換句話說就是想要太晶化什麼屬性小智可以臨時自己決定，這絕對是一個史詩級的加強，讓小智在對戰之中，可以做出很多針對。
不過，想要得到這一枚太晶珠也不是這麼容易的，因為這一枚太晶珠有著兩個實力強大的寶可夢作為守護，都是從超古代時期活下來的寶可夢，一隻蒼炎刃鬼，一隻紅蓮鎧騎。
這兩隻寶可夢的實力很強，一對一的情況下，小智感覺到它們已經不弱於自己的一線主力寶可夢了，不過很可惜的是，自己的一線主力之中，有一隻在屬性上完克蒼炎刃鬼和紅蓮鎧騎的寶可夢，於是，蒼炎刃鬼和紅蓮鎧騎，就被擊敗了。
這一下，小智也算是得到了蒼炎刃鬼和紅蓮鎧騎的承認，於是，小智直接收服了蒼炎刃鬼和紅蓮鎧騎。
這一下，小智的一線主力陣容之中又多出來了兩位，於是回到家之後，小智第一時間將自己的寶可夢們都給召集了起來。
自從小智家擴建之後，經過大木博士的批准，自己家後院和大木博士家後院被打通了，現在小智的寶可夢們生活的空間更大了，在小智的召集下，他的寶可夢們都集結了過來。
首先是關東地區的老面孔，巴大蝴，比雕，妙蛙種子，傑尼龜，噴火龍，巨鉗蟹、肯泰羅，臭臭泥以及已經進化成為棄世猴的火爆猴，除此之外，還有當年戰勝了常磐道館之後，坂木送給自己的一隻獨角蟲進化而來的大針蜂。
順便，還有後來加入進來的寶可夢，超夢。
橘子聯盟時期的乘龍，卡比獸，以及，拉帝亞斯。
然後是白銀大會時期的大竺葵，火爆獸，小鋸鱷，赫拉克羅斯，一隻被喬伊小姐託付過來的霸主鯉魚王進化成的霸主暴鯉龍，一隻機緣巧合下獲得的九尾，以及在白銀山訓練之後回歸隊伍的班吉拉斯。
之後是超世代時期的大王燕，蜥蜴王，鐵螯龍蝦，煤炭龜，冰鬼護以及在在一艘廢棄船隻上遇到的被拋棄的巨沼怪，因為機緣巧合本來是新人寶可夢卻提前進化成力壯雞之後被喬伊小姐託付給自己的火焰雞。
而因為自己拯救了豐源地區的危機，小智還獲得了豐源地區前任冠軍大吾贈送的一隻鐵啞鈴，現在已經進化成為了巨金怪，順便，在保護基拉祈的時候，收服了一隻沙漠蜻蜓和一隻阿勃梭魯。
順便，在化解了固拉多和蓋歐卡的危機之後，固拉多和蓋歐卡為了感謝小智幫助了自己，決定跟隨小智了。
當然，在那之前，固拉多和蓋歐卡將大地之神和海洋之神的神位交給了另外兩個還在沉睡之中但是實力強大的同族。
不過可惜的就是，在裂空的訪問者的時候，無論是裂空座還是代歐奇希斯，小智都沒有能夠收服。
之後是神奧聯盟時期的土台龜，烈焰猴，姆克鷹，泳氣鼬以及烈咬陸鯊。在參加山梨博士暑期課堂的時候，小智和一隻夜黑魔人一起對戰幽靈，之後，那一隻夜黑魔人決定跟隨小智。
順便，還有讓小智見到面的亞克諾姆也在，以及，劇場版之中一起並肩作戰的達克萊伊。
另外，騎拉帝納和阿爾宙斯因為神職的原因無法追隨小智，但是，還是說之後有問題會來幫助小智。
之後是合眾聯盟時期的流氓鱷，君主蛇，炎武王，水水瀨……（不多寫了，實在是不熟。就那幾隻不增加了。）
卡洛斯時期的甲賀忍蛙，烈箭鶲，摔跤鷹，黏美露龍，音波龍還有，因為一次偶然機會，被一個老爺爺託付給自己的妖火紅狐，寶可夢研究所，因為自己拼命相救最終決定跟隨自己的冰雪龍，現在已經進化成為了冰雪巨龍。
至於劇場版之中還有蒂安希和胡帕。
隨後的阿羅拉地區的狙射樹梟，熾焰咆哮虎，黃昏鬃岩狼人，四顎針龍，美錄梅塔，索爾迦雷歐，一隻阿羅拉九尾。
隨後的旅途時期，這個時期比較特殊，是小智和小茂一起在櫻木博士的研究所幫忙採集資料，一開始的時候，櫻木博士還讓小智挑選了一隻伽勒爾地區的御三家，而小智的選擇是炎兔兒。
之後就是大家熟悉的快龍、鰓魚龍、耿鬼、路卡利歐、蔥游兵。
在龍之島上面，小智除了快龍之外，還意外收服了一隻寶貝龍，之後遺蹟裡面，還收服了一隻巨大的泥偶巨人，後來還復活了一隻化石翼龍。
而在第一次見到丹帝的時候，丹帝覺得小智天賦不錯，於是將自己的轟擂金剛猩的孩子託付給了小智，現在，那一隻敲音猴也已經進化成為了轟擂金剛猩。
之後，戰勝了奇巴納之後，奇巴納希望小智可以帶著自己的那一份去對戰丹帝，於是，也將自己的鋁鋼龍的後代交給了小智。
幸運的是，這一隻鋁鋼龍可沒有繼承奇巴納那一隻的超極巨化，小智可不想學奇巴納玩什麼超極巨鋁鋼龍。
現在，鋁鋼龍已經進化成為了鋁鋼橋龍。
除此之外，小智在野外還收服了一隻稚山雀，現在已經進化成為了鋼鎧鴉，畢竟家門鳥那可是小智的標配，怎麼可能不收服。
然後就還有一隻多龍巴魯托，和一隻長毛巨魔。
八大師之戰結束之後，收到丹帝的邀請，小智去見到了丹帝的師傅馬士德，馬士德覺得小智很有天賦，就希望小智可以和自己一起修行，於是，就跟馬士德學習了一段時間。
這一下，小智可謂是得到了馬士德的真傳，同時得到了惡之捲軸和水之捲軸，之後，讓跟隨著自己的兩隻熊徒弟，分別進化成了一擊流和連擊流武道熊師。
之後在一個小山村之中，小智遇到了一個被村民遺忘的寶可夢蕾冠王，蕾冠王覺得自己繼續留在村子裡面也沒什麼用了，就想要跟小智一起去看看外面的世界，順便，小智幫蕾冠王找到了他的雪暴馬和幽靈馬。
理論上，這三隻寶可夢都被小智收服了，而蕾冠王可以隨意騎馬，到時候，就可以達到一級神的水準。
但是自始至終，小智也沒怎麼用過騎馬之後的蕾冠王，因為即使是分開，他們的實力也很強，就用不到合體了。
至於神獸方面，無極汰那危機之後，蒼響跟著小智，藏瑪然特則是跟著小茂，至於無極汰那，現在已經沉睡在了小智的極巨腕帶之中，帶給小智的好處就是，小智可以隨時隨地施展極巨化了。
以上，就是小智之前的所有寶可夢，而在小智釋放出來蒼炎刃鬼和紅蓮鎧騎之後，他們都感覺到了很多股強大的氣息，面前的這些寶可夢，很多實力都不在自己兩隻寶可夢之下，看來，追隨小智是一個非常正確的選擇。