不過雖然確定了犯罪嫌疑人，可警方卻並不知道王軍此時在什麼地方，專案組再次召開緊急會議，討論接下來的追捕方案。
在會議中有人提出，應該對第一人民醫院進行布控，王軍很有可能再次回到這裡。
但更多人卻提出了不同意見，認為王軍不會再回來，正常人做下這麼大的案子，第一時間肯定是跑的越遠越好，根本不會再自投羅網。
不過專案組領導認為，王軍1993年就在餘杭槍擊了三人，現在還在警方的追查之中，但他偏偏再次返回這塊非親非故之地，所以對於王軍，不能以正常人的犯罪心理去看待。
最後會議決定，對餘杭市第一人民醫院進行24小時布控，每組警力以及聯防隊員不少於五人。
警方這邊正在對王軍進行全力抓捕，王軍那邊也沒閒著，雖然此案已經轟動了全國，但他覺得這並不算什麼大事，自己的悍匪生涯才剛剛起步。
王軍在採訪視頻中這樣說道：「我對這件事並沒什麼感想，挺自然的，其實你們說這是個大事，但對於我來講，這算個什麼事，不就是殺了三個人嗎！」
王軍在1月25號作案之後，便騎著摩托車直接去了杭州，他把摩托車藏在了距杭州市區五公里的筧橋衛生院，隨後用假身份證登記，住進了杭州市內的新橋飯店，而且一住就是三天。
在這段期間裡，他剪碎了裝錢的旅行袋，又分了四次把搶來的部分贓款，分別存入了他事先用假名字開好戶的四家銀行，另外又租了一個保險箱，存放了餘款和作案手槍。
除了存入銀行的錢有具體數字之外，王軍從始至終都不知道自己究竟搶了多少錢，他這種既貪財如命，又視若無睹的表現，才符合一個悍匪的心理特徵。
有了錢之後，王軍並沒有花天酒地的貪圖享樂，而是再一次刺激了他想成為頂級悍匪的願望，而成為頂級悍匪的一個基本條件，那就是火力必須夠猛。
1月28日，王軍帶著五萬元現金，登上了開往廣西柳州的火車，打算四赴越南買槍，結果一覺醒來，發現錢不翼而飛，在火車上被人偷了。
無奈之下，他只能返回杭州，2月1日，王軍帶著錢捲土重來，經過東興市再次來到越南芒街。
這回財大氣粗的王軍，點名要買美制無聲手槍，價錢無所謂，可是黑市上暫時沒貨，只有五四手槍，而且價格已經漲到了2萬元一支。
王軍二話沒說，掏出四萬元要了兩支，另外還有一百多發子彈，臨走的時候，他還心有不甘的扔下了兩萬元定金，讓對方有好槍給自己留著，並且約定了取貨時間。
2月12號，王軍再次返回杭州，他本想提一筆22萬元的存款，然後去廣州暫避風頭，可是銀行有規定，提取大額現金，需要提前一周預約，王軍只能等待。
可回到旅店的王軍百無聊賴，看著新買來的兩把五四手槍，他突然產生了一個極具刺激性的想法，那就是再赴餘杭，看看警方具體是怎麼辦案的。
這個想法一出來，王軍再也無法遏制自己，1999年2月12號傍晚，距離125持槍搶劫案18天之後，王軍悄悄的回到了餘杭。
這天下午，聯防隊員孫炳壽準時來到餘杭市第一人民醫院進行蹲守，晚上七點鐘，孫炳壽巡邏的時候，住院部大門口迎面走過來的一名男子，引起了他的注意。
此人高高的個子，體態修長，面容清秀俊朗，三十多歲的年紀，和模擬畫像中犯罪嫌疑人的特徵非常相似。
孫炳壽心裡一驚，馬上悄悄的跟了上去，可那人走著走著，突然拐進了廁所，孫炳壽沒敢跟進去，而是站在旁邊的病房門口等他出來。
此人正是王軍，他拐進廁所，並不是為了方便，而是覺察到了身後好像有人，為了以防萬一，他想把插在後腰上的兩把手槍，調整到前面更容易快速拔出的位置。
可他在廁所門後聽了聽，發現腳步聲消失了，以為是自己嚇唬自己，馬上又走出了廁所，隨後拐進了很少有人走動的消防通道。
孫炳壽知道，這麼短的時間內，此人肯定沒有上廁所，於是便更加懷疑，馬上追過來問他：「你是什麼人，來這裡幹嘛？」
王軍頭也不回的說道：「我去看看病人。」隨後便往樓上走去。
孫炳壽轉身就跑回了1樓56號病房，這裡是他們的蹲守點，他進屋便對其他蹲守人員小聲說道：「快走，有情況！」
這個屋裡有特警陸建偉，武警中隊長張炳德，以及另外兩名武警戰士，幾個人跟著孫炳壽來到了消防通道。
孫炳壽帶頭，順著消防通道樓梯就往樓上走，沒想到在三樓通往四樓的拐彎處，正好和下樓的王軍來了個面對面。
王軍此時已經預感到情況不妙，伸手就想掏槍，但孫炳壽搶先一步，上去一把就抱住了他的大腿。
與此同時，一擁而上的陸建偉和張炳德兩個人，一邊一個死死的拽住了王軍的兩個胳膊，三人同時用力把王軍按倒在地。
就在王軍倒地的一瞬間，他掙開了右手，從後腰掏出了一支手槍，張炳德眼疾手快，一把就搶了過來。
而另一旁的陸建偉，一隻手緊緊的按住了王軍的左胳膊，另一隻手掏出槍頂在了他的太陽穴上，同時大喊一聲：「別動，再動打死你！」
可王軍毫不理會，依然拼命掙扎，想掏出另外一支手槍，張炳德見此情形，抬起槍柄，狠狠的砸在了王軍頭上，另外兩名武警戰士此時也擠上前來，幾人合力搶下了王軍的另外一支手槍。
幾人制服王軍之後，在他身上搜出已經上膛的五四手槍兩把，裝滿子彈的彈夾兩個，另外還有子彈91發。
可以想像的出，如果孫炳壽慢了一步，或者被王軍掙脫了，那後果將不堪設想。
王軍落網之後，態度非常囂張，他告訴警方，其實自己並不缺錢，之所以搶銀行，一部分原因是為了尋找刺激，另外就是想做一點轟動的大事。
當警方問他為什麼作案之後又再次回來，王軍是這樣回答的：「我就是想回來看看你們能不能查到我頭上，另外我剛買了兩支新手槍，我一直希望能有一場激烈的槍戰。」
在專案組強大的攻勢之下，面對鐵證的王軍，對自己的犯罪事實供認不諱，1999年6月9日，杭州市中級人民法院以搶劫罪、故意殺人罪、非法持槍罪，判處王軍死刑，7月30號，王軍被押赴刑場執行槍決。