「不認識的天花板呢……」碇真嗣睜開眼睛，最後的意識讓他把平板電腦丟出了九號機的指縫中。
（那個……請不要玩這種老梗好麼。這不是我當年的台詞嗎？——Q版碇真嗣）
（安啦安啦，我又不是沒當過貨真價實的碇真嗣。——by伊安）
「喲凌波，真是丟人啊，竟然因為缺氧暈過去了。」碇真嗣確認了一下自己的生理狀態。「果然有點虛弱啊……」
「跟我來。」黑色綾波麗面無表情的轉身離開。
「明明都破敗成這種樣子了，竟然這些設備還能運行，NERV也不容易啊……」和黑色綾波麗乘坐這有軌電車緩緩下降到了舊地下都市內。
「這個電梯竟然還能動？」走進舊NERV本部內，碇真嗣意外的發現，竟然還是沿著最初駕駛員進入NERV本部的路線在走，還以為隨著最後的戰鬥，這些設施都廢棄了呢。
走到某個通路，碇真嗣聽到了鋼琴的聲音，順著聲音找過去，一個美少年抬頭看向碇真嗣。
然後……兩人面面相覷。
看到渚薰，碇真嗣不驚訝，但是嘴巴咧到後腦勺，牙齒是鯊魚鋸齒牙的渚薰自己真沒見過。
而渚薰，見到碇真嗣不驚訝，但是一個身體塞著兩個靈魂，然後背後還接著一個巨大的思維網絡的碇真嗣這個自己還真沒見過。
在上面，碇真嗣比了個口型「鯊魚牙太嚇人了吧，這又不是富江。」
作為回應，渚薰把獵奇版的臉變回了正常臉。
同樣比了個口型「聊一聊」
碇真嗣點了點頭。
隨後，碇真嗣就被帶到了十三號機的孵化場。
「這就是最後的EVA了嗎。」聽著孵化器里傳來的心跳聲，碇真嗣嘟囔了一句。
「沒錯，EVA第十三號機，由你和那邊的少年來駕駛那個機體。」「砰」的一聲，一道從天而降的聚光燈達到孵化室的一處平台上。照亮了早就站在那裡的碇源堂。
碇真嗣沒搭理碇源堂，反而順著AT立場反應找到了苦逼兮兮的在一邊拉閘的冬月副司令。
碇真嗣左手揮了一下，渚薰瞬間理解，向右邁了一步。
幾乎同時，照亮黑色綾波麗的燈光熄滅，另一束燈光打開，照亮了……渚薰曾經站立的地方，照了個寂寞。
冬月看到這一幕，嘴角扯了一下，但是還是照顧碇源堂的面子沒笑出聲。
但是碇真嗣就沒給面子了，咧著嘴回頭向用AT立場搓出來的等離子團給自己照明的渚薰比了個大拇指。
「……幼稚。」碇源堂扭頭就走。「對話到此結束。」
「父親，你不跟我說一下到底發生了什麼事情嗎？」
碇源堂腳下沒停。
「父親，突然跟我說又要乘坐新的EVA，不告訴我要幹什麼嗎？」
碇源堂腳下沒停。
「害……」碇真嗣嘆了口氣，你這忽悠都懶得忽悠，我這不是白演了麼？
「父親，母親托我給你帶個話。」
碇源堂的步子直接就停下了。
「擅自改變計劃以及沒好好照顧我的事情她記住了，母親讓你等著。母親還說，別以為她在初號機里就看不到外面的事情，你跟律子小姐和直子小姐事情她都給你記著呢。」
「唯……」肉眼可見的，碇源堂都抖了起來。「唯，她還跟你說了什麼？」
「？」黑色綾波麗懵逼的一歪頭，司令這啥反應？
另一邊，已經看過好幾次類似反應的渚薰和見過更有趣事態發展的伊安都樂的跪在地上錘地。
但是，碇真嗣還是站在那裡，面色冷峻。
「母親讓你繼續計劃，把世界破壞成這個樣子了，給我好好負起責任來。」
「……我知道了。」
碇源堂邁著起碼輕快了兩百斤的步伐離開了。
但是，沒多久又回來了。
「真嗣……唯在哪？」
「母親現在不想見你，你改寫的計劃漏洞太多，需要打太多的補丁，現在母親再給你的那個亂七八糟的，完全靠運氣實現的計劃查漏補缺呢，母親還說，你之後不要被變數修理的那麼狼狽的時候還一臉嚴肅的說「一切都在計劃之中」了，你這也就能忽悠冬月老師這種懶得跟你計較的人，太丟人了。」
「是嗎……那麼什麼時候能見到唯……」
「完成第十三號機的覺醒以及卡西烏斯槍的復原之後，母親會抽空見你的。但是，在這之前，請好好工作。」
「嗯……」
「另外，麻煩好好說話。」
「嗯？」
「把我需要做什麼明確的說出來，拜託你去死也好，駕駛EVA拔出兩把朗基奴斯槍也好，把要做的事情都給出說明，謎語人真的太煩了。」
「……你為什麼知道現在下面是兩把朗基奴斯槍？」
（Q版碇真嗣扭頭看向看了半天戲的伊安，示意請開始你的表演。）
「代表希望的卡西烏斯和代表絕望的朗基奴斯槍，本身就是一體兩面的東西，如果說，下去的是代表希望的初號機，到時候看到的應該是兩把卡西烏斯之槍，而這台代表絕望的十三號機下去的話，看到的多半就是兩把朗基奴斯槍。
但是……現在最大的變量反而是我，知曉了第三次衝擊的目的和後果，並完全沒有絕望的我，駕駛十三號機下去的話，究竟會看到什麼呢？雖然唯君給出了你的計劃的推演，但是有些細節還沒辦法確定。
畢竟，現在變量太大了。而這種基於象徵性的儀式對變量又過于敏感。所以說，很多事情需要隨機應變了。
碇源堂先生，你有做好當第十三號機下去之後看到兩把卡西烏斯之槍的預案嗎？
另外，你做好了關於「碇真嗣」已經完成補完，成為「半神」存在的預案了嗎？」
碇唯和凌波唯，在碇真嗣被從初號機中打撈出來後，用了一天的時間制定的計劃——碇真嗣養成計劃，以碇唯（Q）和明日香（Q）和碇真嗣（Q）的相遇為關鍵點，由碇唯完成對碇真嗣關於「親情」的補完，由明日香（Q）對碇真嗣進行「愛情」的補完，藉助已經一度強行成為「神明」的初號機、異世界的十七個使徒和異世界已經成為神明的碇真嗣三人對本世界的「生命之樹」進行改造，在「神明」和「天使」之間開闢了名為「半神」的位階。並對碇真嗣（Q）的靈魂進行了升格。
自此，碇真嗣（Q）擁有了近似完備的靈魂，讓碇真嗣（Q）在不喪失對EVA的控制能力的同時，擁有了能強行壓制EVA的力量。
而讓碇真嗣（Q）完成升格的最後一步，就是碇真嗣和明日香的會面。