以山內義保為岐阜城代，略略克定美濃一國之後，山內軍繼續向洛陽進發。
織田信長在近江配置的江北橫山城主羽柴秀吉，以及江南宇佐山城主森可成此刻正風雨飄搖。
羽柴秀吉雖然從設樂原戰場上一路潰奔回清須，但是他起家在墨股，領知在橫山，與尾張在鄉武士團最大的聯繫即在於寧寧這個尾張武士團出身的老婆而已。
在尾張他並沒有多少實力，且當時清須風雨飄搖，朝不保夕。好不容易出人頭地的羽柴秀吉稍微一想，便棄了清須，逕往江北橫山而來。
由於橫山城交通要隘的軍事地位，進可爭取江北，退則只需獻城便是大功一樁。
當然事事從來不是順心如意的，江北豪強在山內軍進入尾張後便也得知了織田信長敗死的消息。原本恭順於織田家的江北諸國豪瞬間掀起對織田氏的反亂，短短兩日就起兵三千餘會攻橫山。
幸得留守橫山的羽柴秀吉親弟羽柴秀長智略深沉，堅守不潰，為其兄回城爭取了時間。
羽柴秀吉隨即派出竹中半兵衛重治向山內家「獻出」江北全境，並聲稱為下馬太郎殿下守備上洛通道橫山。
自然不會有人戳破他的藉口，入據岐阜的足利義章欣然接受了他的投降，隨即發兵進入江北。江北豪強不過土雞瓦犬，數千眾烏合之軍在山內軍面前不堪一擊。
這等「貳臣賊子」，在京極則反京極投淺井，在淺井則反淺井投織田，在織田聞消息又反織田，足利義章自然不會有好臉色看，一律擒拿論死。唯有江北小谷城主淺井長政，以首倡義幟的「功勞」，安堵江北小谷城一萬貫，仍稱江北守護職安定地方。
淺井長政趕到橫山，拜見足利義章，口稱願為驅策，必永世不忘再造之恩。
這種話足利義章自然不過是聽聽罷了，羽柴秀吉和淺井長政同時配置在江北，就沒準備讓任何一家獨大。
而且為了保障江北，足利義章的御側近，一起長大的松下虎松繼承遠江頭陀寺松下氏之家門。以松下義政（井伊直政）之名，與養父松下一青從遠江轉封近江佐和山城一萬貫。
大軍之所以在江北滯留，自然是因為江南森可成正遭到畿內山門山法師，六角氏餘黨，琵琶湖川並眾等多方勢力的圍攻。
一個死掉的森可成，一個無主的江南，對足利義章而言才是最好的結果。
只聚集起一千餘人馬的森可成在六七千一揆眾的強攻下奮力死戰，可惜四面無援，信長兵敗身死的消息又傳至江南，土民蜂起。
敗死！
結果毋庸置疑！
當森可成敗死的消息傳到橫山，足利義章這才準備動身。大概是這一消息刺激到了在眞島的足利義昭，這位現任將軍終於雄起了一回，召集山門公人，以及丹波波多野氏等勢力，攻打山城守護原田直政。
原田直政很快就敗退洛陽，京都奉行村井貞勝手上也無有幾個兵馬。那些信長收買的奉公眾早跑了個無影無蹤，別說前來添勢，不幫著足利義昭攻打京都就算不錯了。
當森可成敗死的消息確定之後，二人一商量，如果信長還活著，那起碼還要考慮考慮盡忠的事。現而今信長都涼透了，還是以洛陽為籌碼，向足利義章投降吧！
一個完整的洛陽總比一個破爛的洛陽要好！
這兩人的投降得到了足利義章的允許，當然是無條件投降，本身也不過是占有洛陽才有些許資本罷了，並不是據有軍鎮兵馬的豪強。
免其一死，放歸尾張就是最大的優待！
天正二年元月初六，足利義章進入洛陽，將軍宣下。尊足利義昭為大御所，「指導」幕政。
畿內諸勢力雖大多持反織田之態勢，但是照舊分三六九等。大和筒井順慶尊信長為主，不論何等情由，以從賊論處，沒收全領，並由河邊家吉統兵五千前往處斷。
越前桂田長俊等將，乃是信長安堵之武士，一律論做大逆，由村上義光帶三千眾並督率江北眾將往攻。
三好三人眾罪大惡極，先殺畠山昭高，與之戰鬥的畠山高政又歿於與之對戰陣中。加上弒殺公方之前罪，罪無可逭。
足利義章留細川采女總鎮洛陽之後，帶兵急攻，河內守護三好義繼立刻響應，和泉上守護細川藤孝同樣出陣，倒是大和松永久秀態度曖昧。
阿波守護代筱原長房頗識實務，在山內眾與九鬼眾水軍進入大阪灣之後，主動撤兵，退保阿波。
毫無疑問的，三好三人眾在和泉法門寺與七萬幕府討伐軍會戰，不過區區二萬人的軍隊，只是半個小時就被摧垮。
岩成友通當場討死，三好政康等也在之後的討捕中被土民襲擊，足利義章判其「竹鋸引」之刑，以告慰其父山內義勝，以及先將軍足利義輝之靈。
另一兇手松永久通惶惶而不可終日，最終在其父松永久秀的帶領下，前往足利義章陣中。雖然足利義章恨極此人，但最終判處沒收所領多聞山二萬貫，流放高野山。
松永氏經此削弱，僅存大和兩郡一萬餘貫。松永久秀無可奈何，最終答應。
整個畿內便只剩下唯一一個不便處理的硬骨頭———石山本願寺。
足利義章一方面率領七萬餘大軍進入攝津，對攝津諸國人彈壓，另一方面也提出會見顯如上人的要求。
本願寺內尚未及爭論，大阪灣內受到山內氏邀請的南蠻商船以及山內氏自身所擁有之兩艘炮艇猛烈對空開炮。
上百門大炮射擊，地動山搖。即使是佛陀顯聖想必也將在大炮的射擊下神形崩潰，更不要提石山城內的普通僧眾了。
跟隨山內軍上洛的願證寺父子進入石山城，說得顯如上人出城來見。
足利義章與顯如上人相談甚歡，甚至連續三日舉辦茶會、連歌會。而後一個勁爆的消息被公開，先將軍足利義輝之女，將與顯如上人嫡子聯姻！