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隆武二十三年正月十六，年剛過，刑部忽然發出公文，重審東昌張氏案，同時，詹事府和兩春坊的官員，進行了調整，而刑部郎中姚文然也忽然被貶飭為甘肅七品巡查使，並且立刻離京，須臾不得留。
這是兩個非常明確的信號，隆武陛下對東昌張氏案的處置十分不滿。
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乾清宮。
太子朱和埕跪在御前，為姚文然求情。
「當初朕用他做你的律法老師，乃是看重他熟稔律法，但不想他律法雖熟，但卻是空有其表。」
「眼中有法，心中卻無法。」
「身為刑律官，他首先想到的不是法，而是道貌岸然的程朱理學。」
「這樣的人，不能在刑部任職。」
「朕以前用他為你的老師，是一個失誤。」
「程朱理學乍聽起來有諸般好處，但其歸根結底，就是一句話，那就是，存天理滅人慾！」
「但人的欲望，怎麼可能被滅呢？」
「程朱兩人有沒有做到呢？」
「見道於紙，談道於口，考道於筆而已。」
「穿衣吃飯，才是真正的人倫物理。」
「也是一個皇帝最應該為天下百姓考慮的，讓每一個百姓都能穿上衣，吃上飯，才是真正的理。」
「張氏寡居三年，窮苦潦倒，幼子幼女無人養活，夫家上下無人過問，聽到她要改嫁，卻蜂擁前來問罪，甚至動手毆打，將他們家族的名譽看到比張氏三口的性命都大，這豈是理？」
「張氏冤死，無人領罪，這又豈是理？」
「這是禮教吃人啊。」
「理不應該只在紙上，更應該在每個人的心裡，在法律的條文裡。」
「所以，你不要再為姚文然求情了，其重理學不重法律，貶到他甘肅，正是應該。」
「讀書人可以崇尚程朱理學，當成空中樓閣來朝拜，但皇帝不行，法律更不行，皇帝和法律都必須實實在在、踏踏實實。」
「你是太子，切不可忘啊。」
朱慈烺扶起太子，將他按在桌邊，語重心長的教誨。
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隆武二十三年五月，東昌張氏案重審，主謀流放四千里極寒之地，從犯都判了仗刑。
作為典型案件，刑部將此案案卷下發各省，一時，寡婦改嫁，再無人敢明目張胆的阻止。
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也是五月，遼東，在最後通牒無效之後，吳三桂閻應元連同遼東總兵劉肇基，在遼東經略高斗樞的指揮下，向盤踞在黑龍江上游區域的羅剎人發起進攻，羅剎人城堡堅固，火器犀利，但大明將士勇猛，火器也不妨多讓，三個總兵奮力殺敵，羅剎人連連敗退，倉惶逃竄，最後退入了雅克薩城。
雅克薩棱堡形狀，磚石砌就，堅固無比，不懼重炮，羅剎人自認為可以堅守。
歷史上，清軍面對雅克薩城確實是無計可施，只能長期圍困，直到一年多後，羅剎人糧絕，不得不議和，同意退出大清疆界，隨後才議定《尼布楚條約》。
但這一世不同，面對堅固的雅克薩城，大明軍一面用火炮壓制，一面挖掘坑道，使用巨型炸藥，連續不停的轟炸掘進，九月末，羅剎人自以為堅固，可以抵擋大明軍數萬兵馬的雅克薩城被大明軍攻破，殘餘的羅剎人派出使者，商議投降，大明軍不應，二十天後，羅剎人最後堅守的一座小棱堡也被攻破，大明軍派出野女真殺入。
----經過這麼長的時間，野女真早已經是明白，羅剎不是鬼，而是人，心中的畏懼早就消去，代之的是兄弟姐妹被殺的血海深仇，如今，面對打光了火藥，負隅頑抗的羅剎人，他們一個個紅著眼珠子，野獸一般的沖了上去，連砍帶殺，將殘餘羅莎消滅乾淨。甚至連羅剎人死後的屍體都不放過，只為了給親人報仇，
戰後清點，羅剎人連一句完整的屍體都沒有了。
雅克薩城失守，守軍全部被殺，尼布楚的羅剎人大驚失色，連夜逃遁。
十月末，大雪飄飄揚揚落下之際，吳三桂派出的一支百人隊伍順利進入尼布楚，豎起大明的日月旗。
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遼東戰平的同時，西邊亦有戰事。
七月。
厄魯特蒙古大軍侵擾河套。
三邊總督史可法正是重病，只能令寧夏巡撫李岩和安西將軍周遇吉，代他領兵前往作戰。
不想大軍剛出發，青海又發生了大叛亂。賊有萬人。
此時，蘭州已經沒有了重兵，也沒有大將，面對青海叛亂，眾幕僚都以為當稟報朝廷，等待朝廷的援兵，史可法卻說，蘭州距離京師將近三千里，往來一兩月，消息不便，即便是從陝西調兵，亦需要相當的時間，現在叛賊剛起，還沒有成氣候，如果甘等內地救兵，賊亂必然擴大，因此他決定，帶領蘭州剩餘兵馬，沿途再收攏兵馬，前去討賊。
幕僚勸阻，以他病重不可。
史可法心意已決，令人為自己預備了一口棺材，以示必死之心。
八月十一日，史可法以染病、疲憊之軀，抬棺出征，
大明軍士氣大振，李過千里疾援，十一月，在青海擊潰叛軍，追出五十里，殺的叛軍血流成河。
青海遂定。
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消息傳到京師，隆武帝又是振奮又是擔心，即令太醫院派最好的醫生，往西北給史可法看病。
直到傳來確切的消息，史可法已經漸漸康復，並沒有因為激烈的戰事而加重病情後，他才算是鬆了一口氣。
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十二月，隆武帝調史可法入京師，擢寧夏巡撫李岩為三邊總督。
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也是十二月。
隆武帝冊封皇二子朱和增為遼寧郡王，以表彰他的功績，原來，朱和增從講武堂畢業之後，就依照講武堂的分配，以「曾勝」的化名，去到遼東軍中擔任軍官，戍邊三年，更是雅克薩之戰中，跟隨遼東總兵劉肇基作戰，立下功績。
從頭至尾，戰友都不知道他的身份，直到朱和增離開軍中，返回京師之前，
眾人才知道，原來年輕有為，作戰勇猛的曾勝曾千總，居然是當今的二皇子殿下！
雖然有軍功，有意於軍政，也被封為了遼寧郡王，意在遼東，但隆武陛下卻並沒有令二皇子繼續帶兵，而是令他到都察院行走，和言官御史們打交道去了。
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隆武二十四年六月。
孫傳庭兩任首輔，十年作滿，且已經年高76歲，身體十分不好，雖然隆武帝還想在軍事上用他，但孫傳庭的身體實在是無法支撐了，於是准他致仕。
--孫傳庭一生戎馬，從陝西河南，一路轉戰到遼東，危難中，為大明最後的一面屏障，殫精竭力，如履薄冰，傳庭死，大明亡，今世雖然沒有那麼的艱難，但軍事上戰功赫赫，政治上，協助隆武帝繼續改革，施政雷厲風行，毫不拖泥帶水，十年首輔，上下沒有人不懼怕的，說他是大明柱石一點都不為過。
因此，隆武帝親題「大明柱石」，令篆刻懸掛在孫傳庭的老家，同樣給孫傳庭「配享太廟」的尊榮，宴席之後，更親自送孫傳庭到午門。創下大明朝的第一次。
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消息傳出，天下人都感慨，隆武帝重情重義，從前任蔣德璟到現在孫傳庭，隆武帝給下的榮譽，勝過前朝所有。
而經過蔣德璟和孫傳庭，大明首輔一人之下萬人之上的尊崇地位，已經是得到了確定。
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倪元璐、路振飛年事已高，亦同年致仕。
史可法進為大明首輔，左懋第為次輔，堵胤錫為四輔。遼東經略高斗樞升大學士，進入內閣。
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孫傳庭致仕不久即病故，隆武帝大慟，輟朝三日，追諡「文正」。
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七月。
海參崴巡撫張煌言任滿十年，回京述職。
隆武帝在文華殿接見，並走出御案，在階前迎接。
海參崴乃是苦寒遙遠之地，十年巡撫，修建海參崴城，擴建港口，開拓邊地，收服野女真，聚攏百姓將近十萬人，如今，海參崴已經從過去的不毛之地，變成了塞外海邊的一座堅城，港口水師戰船林立，城頭的日月軍旗隨風飄揚，永鎮邊疆。
張煌言，功莫大焉。
其後，張煌言升任遼東經略。
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八月，沙皇派使來朝，譴責大明軍手段血腥，不給羅剎軍投降的機會。
隆武帝沒有見他，只令內閣將羅剎軍在遼東暴行和獸行的資料整理，中俄文對照，交給他，令他交給沙皇，同時再一次的重申，大明願意和羅剎國友好相處，永為和睦的鄰居，但前提是，羅剎國必須遵守邊界，黑龍江流域，庫頁島，大小興安嶺，尼布楚一代的都已經是大明的疆土，任何國家不得侵犯，否則大明必讓之付出代價！
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九月。
又一件大事在朝堂上掀起風波，那就是科舉改制。
自隆武陛下繼位以後，科舉就已經是大改過了一次，殿試之時增加《農業》《數學》《物理》三科，以為考試的題目，分數最高者，即為狀元，身為皇帝的隆武帝，不再硃筆欽點。
殿試改了之後，各省的鄉試也隨之改進，也都加入了《農業》《數學》《物理》，從此，讀書人不再只是手捧「四書五經」，各種新式學科的書本，在各地迅速流行開來。
十幾年過去了，效果顯著，《農業》《數學》《物理》已經是深入人心，選出來的官員自然也都能很好的接受先進科學，不會再把科學當成是異端邪說。同事的，也能夠更好的學以致用，而不是只會之乎者也，聖人治國。
朱慈烺以為時機成熟，準備再次改制科舉，實行百分制，將《農業》《數學》《物理》等實用科學，推到和《四書五經》同等的地位上，也就是說，以後將是四科同列，以四科的總成績，決定一個人是否能成為秀才，以及後續的舉人和進士。
消息一出，朝堂譁然，立刻掀起了不少的反對之聲。
雖然自從隆武二年，科舉改制，四書五經從神壇跌落，不再是國家取士的唯一標準，但依然是高過《農業》《數學》《物理》一頭，不論是鄉試殿試，都是先看過四書五經的成績，合格後，才會看三樣新式學科，也就是說，四書五經依然是國家取士的最重要門檻，四書五經不好，其他就不必談。
但如果施行百分制，四科同考，四書五經就再沒有高高在上的地位了。
這對頑固保守派是不可接受的。
於是，他們紛紛上疏反對。
「太子你怎麼看？」
「父皇英明睿智，目光高遠，做事自有道理，何必和他們見識？」
太子回答的四平八穩。
朱慈烺卻微微皺眉，他隱隱感覺，太子其實並不支持科舉改制。
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雖然不少人反對，但隆武帝強力推行。
眼見不能抵擋。很多朝臣跪在宮門之外，哭諫。
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乾清殿。
隆武帝朱慈烺慢慢放下手中的名單，那上面，都是哭諫官員的名字。他快速一掃，忽然發現，其中竟然有不少是和太子走的比較近的保守派。
---不同於唐宋對太子的猜忌，大明朝對太子寬容至極，朱慈烺就更是如此，自從太子從講武堂畢業，進入朝堂以來，朱慈烺不但身體力行，處處做太子的榜樣，同時也不住的向他灌輸後世的先進思想和學科，但漸漸的，朱慈烺隱隱有所察覺，那就是太子是一個內心非常有主見的人，對於他所說的後世的先進思想和科學，並不是全盤接受。
人有自主思考能力是好的。
但朱慈烺卻忍不住有所憂慮，因為在自主思想之外，他發現太子對新鮮事物的接受程度一點都不高，和開明派官員好像也有距離，反倒是和保守派官員走的比價近。
放下名單之後，朱慈烺面色凝重，他在想，難道太子心中真是有不同的看法？
又或者，太子是一個保守派嗎？
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科舉改制之外，還有一件大事就是朝廷投入錢糧，在全國推行五年義務教育，讓每一個百姓都能認字讀書，此策，亦在朝中掀起相當的反對，不說因此朝廷每年要多支出的巨大錢糧數目，只聖人的教誨，唯上智和下愚不可移，就是不可被接受的。
推行五年義務教育，民智開啟，所有人都成了讀書人，沒有了工匠，沒有了農人，那朝廷還怎麼統治？
……