與政府平行的是法院、監察院。
法院的架構變化不大，但是在審判的時候大部分還是使用大清律例。隨著江北商業活動越來越頻繁，商業糾紛愈加複雜，這些糾紛在大清律例裡面很難找到依據。
淮海軍現在是沒有立法機構的，董書恆現在也不準備弄這個機構。他現在對淮海軍的機構設置上還是本著實用、高效、廉潔這幾個要點。
最近他讓人翻譯了很多國外的法典。其中拿破崙頒布的《法國民法典》最讓他看中，都說拿破崙最大的成就不是軍事方面，而是頒布了一部《民法典》，果真如此。這部法典的立法理念非常先進，怪不得一百年後人們還能繼續使用它。
董書恆也專門學習過法律，後世中國法律基本上承襲的德日的大陸法系，殊不知法國才是大陸法系的鼻祖。
董書恆認為中國以後還是要走大陸法系的路線。像英國那樣的普通法系，以判例為主，會導致培養法律人才的難度增大，不符合當前中國的國情。
大陸法系要培養一個法律人才只要學習法典，了解立法精神基本上就可以了。而普通法系，要培養法律人才，必須要有長時間的法律薰陶，或者實踐讓這個人能夠從龐雜的判例中自己體會出審判的奧義，這就像是研究中國的玄學一般。
為了解決這個問題，董書恆跟約翰·塞納合作建立的聖約翰大學將專門成立一個政法學院。培養大陸法系的人才，為今後建立完備的法律體系做好準備。
當然，遠水解不了近渴，法學院的學生現在都還不知道在哪裡呢。
就當前的問題，董書恆給的解決方法是「抄襲」。拿破崙法典中哪些法條能方便解決咱們現在的問題，那麼就抄下來。一個法典太長，那就拆開它，把《債法》、《合同法》、《物權法》等單獨抄出來，以淮海軍法令的形式發布施行。
程序法上根據淮海軍的實際情況編寫一部《訴訟法》，也不分民訴刑訴了，簡單的才更實用。
這樣湊活著，法院就能「開張」了。
對於董書恆這樣的安排，伍挺是支持的。他是一個老刑名師爺，對國人的思維很了解。中國人判案還是習慣依據律條，老百姓也都覺得法官判案應該依律來判。你說你根據自己對法的精神的理解來判案，老百姓肯定不接受。
董書恆要求法院系統的所有法官都要輪流接受培訓。既然要抄法國民法典，像孟德斯鳩的《論法的精神》這樣介紹近代法學思想的啟蒙書籍肯定是要讀一讀、學一學的。
他手下的這些法官大部分都是以前的刑名師爺，不求完全改變他們，至少也要讓他們被動地學習一些新的法學思想。等到他自己培養的法學人才進入法院系統，才能夠真正從根本上改變當前的法治狀況。
……
監察院與法院、政府並列，其職責就是監察內部人員，處理違紀違法行為。
李虎的為人，董書恆是信任的。監察院前面一段時間搞的內部大整頓，確實樹立了監察院的威信，因為每一個案子監察院都做得鐵證如山。
為了完善監察院的職能，董書恆這次要求監察院以後在每個重要部門都設立監察室。直接直屬於監察院縱向管理。
為了防止監察室的人與駐在單位的人串通一氣，董書恆規定監察室的人在一地的任職不得超過兩年。
在軍隊中營級以上設立監察委員這個崗位，監察委員負責監督軍紀，呈報軍功獎勵，任何時候不得干預軍事指揮。但是對於軍事主官的問題有上報的權力。
這樣監察院就建立了覆蓋到淮海軍政、軍系統的各個方面，構建了一個全方位的網絡。
上午安排好了一府兩院的工作，下午董書恆單獨就軍隊整編開會討論。因為很多地方涉密，政府、法院、監察院除了高層以外，其他人都休會休息。
會議進入了最重要的環節——軍隊的整改組、擴編。
會議開始是一個表彰環節，董書恆為之前在揚州戰役中表現突出的部隊，頒發集體獎勵。
之後，董書恆發表了講話。肯定了淮海軍的部隊的建設情況。
最後，董書恆以陸海軍總司令的名義宣讀改組、整編方案。
總司令之下設立總參謀部。
劉青南任副總司令，嚴仕坤擔任總參謀長，原來的參軍室併入總參謀部，彭玉麟以及普魯士退役上校漢斯擔任副總參謀長，另外還有幾名專業能力強的普魯士軍官加入參謀部。
董書恆覺得普魯士作為現代參謀制度的發源地，與他們軍官的嚴謹作風制密不可分。所以他才會不遺餘力地引進普魯士的軍官，想通過他們影響自己手下的軍官。
總參謀部負責作戰情報的分析，作戰計劃的制定。戰時要負責向一線派遣作戰參謀。
……
總後勤部。
由原淮海公司採購部部長韓雲擔任部長。總管淮海軍海陸軍的物資採購、儲備、供應。兵工廠、彈藥長以及高郵軍用造船廠將劃給總後勤部管理。這個部門很容易滋生腐敗，董書恆覺得必須交給自己信任的人管。
總作訓部兼民兵司令部。
由原武裝部部長馬宗武擔任部長兼民兵副總司令。作訓部負責新兵的徵募、訓練，民兵的日常訓練管理，同時管理全軍士兵軍籍，晉升獎懲……
淮海軍陸軍野戰部隊擴編為三個師。除了一些特殊兵種以外，董書恆不準備設置旅一級單位。以後淮海軍將以師為單位展開作戰。軍一級的單位目前還不需要，而且淮海軍也還沒那麼多部隊。
野戰部隊為四個師一個縱隊。
教導師。
在原來教導團的基礎上擴建而來。
師長：劉青南（本人強烈要求留下一線部隊，不願意在參謀部做。不過董書恆還是讓他兼任了陸軍的副總司令。)
下轄:
炮團：1200人（擁有75毫米加農炮16門，50毫米榴彈炮25門，60毫米迫擊炮30門。）
三個步兵團：6000人
騎兵營:500人
警衛營：500人
工兵營500人
特戰營500人
還有一些隨軍專業人員。
……
教導師將會同原來江北大營的一些人馬駐守浦口，建立新的江北大營，以後將是進軍江寧或者安徽的主要力量。
原101團擴編為第一師，編制與教導師基本相同，師長王從志。第一師將移防徐州。徐州是江蘇的門戶，又是交通樞紐，歷來是兵家必爭之地。
隨著自身的壯大，現在董書恆感覺到清廷對自己的容忍快要到達臨界點了。說不定什麼時候就要對自己動手，所以他要先放一支重兵在徐州，進可沿運河而上，直搗京師，退可以守住淮海軍的門戶。
原102團擴編為第二師駐守江南的常州、蘇州。從東面封鎖住太平軍，關鍵時候可以從東部進攻太平軍的天京大本營。
山東的陸軍蔡樹森部會同林威部組建第三師。蔡樹森現在桂中行手下組建新軍，已經有了三個團的兵力。林威的騎兵團也已經滿員。
現在林威在桂中行給清廷的奏報上已經被招安，並且得到了一個沂州游擊的頭銜。正好方便他的騎兵團在魯南地區活動。
蔡樹森與林威部現在主要負責剿滅山東的捻匪與響馬。一方面能讓自己在山東站穩腳跟，另一方面也方便桂中行立功升官。
同時利用剿匪，蔡樹森和林威沒收了大量的惡霸地主土地。這些人跟土匪都有勾結，沒有證據留給他造一個證據。這些土地會轉交到農墾局手中變成淮海軍的農場。
就這樣，淮海軍利用農場一步步地滲透山東。
呂飛燕手中的部隊比較特殊，仍然稱為太行縱隊，之所以這麼稱呼就是為了不限制其編制。只要呂飛燕在太行的條件允許，理論上她可以不斷地擴編部隊。
各地的守備部隊仍然以團為單位，但是根據需要重新劃分防區，外圍的縣守備部隊的密度相對會高一些。另外守備部隊會根據需要隨時設立，就比如上海的守備團。
這次主力部隊擴編原來的一些守備團軍官被抽回了主力部隊。然後又從軍校的畢業生中挑選人才重新安排入守備部隊，這些新晉軍官，將在守備部隊，磨練一下，積累經驗。
董書恆認為最優秀的軍官應該到一線野戰部隊鍛鍊。守備部隊算是二線部隊，擔任的作戰任務相對輕一些。
海軍方面由董書恆擔任總司令，劉大海擔任副總司令。這次任命之後，劉大海將在水師中抽調軍官並且去沿海民兵中招募水兵，籌建南洋水師。
彭玉麟以副總參謀長的身份兼任長江水師的司令。
張強依然擔任運河水師司令，不過今後運河水師的的活動範圍將轉移到山東境內的運河段。
馬連奎擔任太湖水師司令，在太湖西山島上建設一個水軍基地，這個駐地將駐守水師陸戰隊的一個團，輻射太湖沿岸地區。
最後，是建立兩個軍校，原來的陸軍學堂在原址擴建為高郵陸軍軍官學校。
另外，在海洲成立一個海軍軍官學校，趁著現在還沒有跟英法鬧翻，從英法聘用海軍教習，培養專業的海軍軍官。
董書恆不覺得向自己的敵人學習有什麼不好。即使這個老師本性是壞的，只要他的知識是真的，就值得我們去學習，因為知識本身有沒有善惡之分。
通過這次擴軍，淮海軍陸軍野戰部隊將達到近四萬人，這還不包括太行縱隊。海軍將擁有三個內河水師、一個遠洋水師。
其實，董書恆也知道這麼快速地擴軍會影響到軍隊的戰鬥力，軍官的能力也跟不上。
所以他要求即使是師級軍官也要定期地參加軍校學習。當然高級軍官要學習的知識更多更廣。
董書恆認為一個好的高級軍官不僅要懂軍事還要懂戰略、懂政治。
有空的時候他也會給高級軍官們上戰略課、上國際形勢課。軍官們還要去學習國際政治、歷史，研習國內外的經典戰例。
……