就在馮國璋情緒萬分低落之時，6月6日，也就是南京會議被迫閉幕5天後，袁世凱在總統府「駕崩」了！
噩耗傳來，馮國璋驚異萬分。袁世凱最近身體欠佳他是知道的，他也曾根據書童看到癩蛤蟆的傳聞斷言袁世凱活不過端午節，不過那是氣話，他自己對此也並不敢確信。如今袁項城真的在端午節的第二天去世了，他反倒無法接受這個事實了。
「人，真是太脆弱了！」從驚異中清醒過來，馮國璋喟然長嘆，「就在不久前還通過倪嗣沖操縱南京會議，怎麼突然就陰陽相隔了呢？」
「聽說是被二陳一湯氣死的。」馮國璋的夫人周砥說。
「二陳一湯？」馮國璋驀然一驚。
「二陳」指的是陝西鎮守使陳樹藩、四川將軍陳宧，「一湯」是湖南將軍湯薌銘。
5月9日陳樹藩在陝西宣布獨立，袁世凱深受打擊，已意識到自己視為家奴的北洋將領也有公開倒戈的可能，但不曾料到打擊會接踵而至，而且一個比一個沉重，一個比一個致命！
5月22日，陳宧通電宣布四川獨立，並致電袁世凱，稱「與袁個人斷絕關係」。陳宧是袁克定的拜把兄弟，是從「四川軍務會辦」區區芝麻官提升為四川巡按使，然後又任四川將軍，督理四川軍務，因此對袁世凱感恩戴德。袁世凱做夢都不會想到，這樣一個自稱「受恩深重，難以回報」的心腹將領竟然會公然背叛自己！讀著這份來電，他的手不停地顫抖，電文尚未讀完，便一頭栽倒人事不省了。
5月29日，湯薌銘通電宣布湖南獨立，消息傳來，袁世凱再度驚厥。受此打擊，幾乎瀕臨崩潰的邊緣。袁世凱自護國戰爭爆發後便心力交瘁，在各方面壓力下精神高度緊張，健康狀況急轉直下，又受此接二連三的打擊，從此臥床不起，很快撒手人寰。
有人說袁世凱「病起六君子，命送二陳湯」。而這「二陳湯」的「藥方」，準確說是馮國璋為袁世凱開出的。若沒有馮國璋的策動，這幾人，尤其是陳宧及湯薌銘，斷不會如此決絕地站出來與袁世凱作對。
袁世凱的逝世，使全國糾纏了兩個多月的退位問題迎刃而解，但大總統的位子也與馮國璋無緣了。
常言說「近水樓台先得月」，不久前被袁世凱重新起用任命為國務總理的段祺瑞控制了中央政權。袁世凱生前提名的總統候選人依次是：黎元洪、徐世昌、段祺瑞，由於黎元洪在候選人中名列第一，加上他是副總統，所以成為最名正言順的總統繼承人。段祺瑞何嘗不想當總統，但因為他本身是國務總理，按南方承認的「舊約法」，做總統可謂名不正言不順。尤其形勢緊急，為避免南方出難題，段祺瑞採取徐世昌的建議，於袁世凱去世的當天下午，國務院發表公報，宣告黎元洪繼任總統。
黎元洪當了總統，令馮國璋心裡很不是滋味，尤其他在一個月前剛剛通電發布的「和平解決」時局八條中，否認黎元洪為副總統，從而否定了黎元洪的總統繼承權，這讓他心裡難免尷尬。但既然自己與總統的位子無緣，何不表現得大度些，隨即給黎元洪發去了賀電。
但馮國璋心裡清楚，把黎元洪推上總統的位子，不過是段祺瑞的權宜之計。以段祺瑞剛愎自用的個性，黎元洪這個總統定然不好做，而黎元洪也不會心甘情願做傀儡，接下來肯定會有好戲看，甚至這種政治格局很快會改變。
既如此，何不退而求其次？馮國璋想到了黎元洪繼任總統的晉身之階——副總統。馮國璋原本與南方進步勢力素有往來，只要改變一下前段給南方留下的不理想的政治形象，當選副總統便絕非不可能。
改變政治形象的機會很快來了。黎元洪出任總統後，南北陣營中許多問題亟待解決，首先發生的便是新舊約法之爭。黎元洪一上任，南方就提出恢復舊約法、召集國會和懲辦帝制禍首等一系列要求，以段祺瑞為首的北洋系要人卻對此遲遲不肯接受。馮國璋抓住時機，一面私下與梁啓超、陸榮廷、唐繼堯、孫洪伊等人加緊聯繫磋商，一面致電北京政府，於6月15日、19日、20日到22日，數次請求、敦促恢復舊約法與國會，令段祺瑞十分反感。但段祺瑞不想事情鬧大，索性答應了南方的要求。馮國璋因此得到黎元洪和南方的好感與青睞。
與此同時，馮國璋釋放江蘇轄區內在押革命黨人，加強與進步人士的往來，8月末派代表赴上海慰問蔡鍔，9月末歡迎梁啓超蒞寧。黃興逝世後，一方面派代表赴上海弔祭，一方面致電中央報請為黃興鑄造銅像以示中央走民主共和之路的決心。同時積極聯絡會見進步人士，商談國是，發表政見，為他當選副總統打下了良好基礎。
馮國璋與國會中「韜園派」首領孫洪伊素有交情，二人不斷有書信往來。孫是段內閣內務總長，因政見不同，與段祺瑞時有摩擦，尤其受不了段的心腹、秘書長徐樹錚的擠壓，為了與之抗衡，提出補選馮國璋為中華民國副總統的議案，以期「以馮制段」。
當時各派議員在很多問題上爭吵不休，各方面都打著自己的小算盤，但在選舉馮國璋為副總統一事上，卻出乎意料的意見統一。原進步黨首領梁啓超等人早與馮國璋建立起良好關係；當時孫洪伊是支持孫中山的，因此孫中山亦無異議；黎元洪當選總統以來，一直與馮國璋互為尊重，由於府、院矛盾日趨尖銳，黎元洪也想以馮國璋為軍事奧援，共同對付段祺瑞。
而段祺瑞本人對副總統毫無興趣，雖總理位在總統、副總統之下，但總統尚被視為榮譽職銜，副總統便更是徒有虛名了。雖開始時曾認為沒有必要補選副總統，但轉念一想，若能以此虛職將馮國璋從江蘇調到北京，豈不是件好事。一旦馮國璋離開江蘇，到北京就職，就等於失去了軍事後盾，被段祺瑞控制起來。能夠減少一個對手，何樂而不為呢？
10月30日，馮國璋順利當選副總統。但馮國璋還沒有傻到為了一個虛名放棄地盤、放棄軍隊的地步。正是由於有實力雄厚的軍隊做後盾，段祺瑞再也不能像幾年前「劫持」副總統黎元洪那樣，將馮國璋「劫持」到北京，只好任其留任江蘇，兼任江蘇督軍。11月8日，馮國璋在南京舉行副總統就職儀式。
馮國璋此舉可謂歪打正著，也是「機會只光顧有準備的頭腦」，或者說馮國璋還是有些遠見的，總之這個有名無實的副總統，僅僅在半年之後便給他帶來了實實在在的實惠——晉升民國代理大總統。而給他製造這個機會的，則是他的「盟友」——長江巡閱使張勳。
早在袁世凱逝世之初，張勳便想趁北京政局未穩之機實現他的復辟大業。在袁世凱逝世第三天，即6月8日，張勳便派其參謀長惲毓昌到南京拜見馮國璋，想要爭取馮國璋的支持。
明白了張勳的意圖，馮國璋心裡一聲冷笑：「真是自不量力！」想到南京會議時張勳的「搗亂」，馮國璋憋在心裡的一口惡氣至今未出，便想戲弄一番這個頭腦發昏的糊塗蟲，於是隨口對惲毓昌說：「那就讓少軒（張勳字）帶萬名官兵先行，我派兵5000隨後就到。」
惲毓昌沒有想到馮國璋竟會如此爽快，想到回去報喜空口無憑，便請求馮國璋寫一封信函為證，馮國璋當即答應寫好後派人送到驛館。第二天，馮國璋讓文書代寫了一封致張勳的私函，大致內容為：
「值此中原無主之際，兄若舉義旗發兵北上，弟當部署所部以繼其後……」
張勳見到馮國璋的信函後萬分高興。豈料，張勳尚未來得及進一步與馮國璋磋商復辟大計，馮國璋突然變卦了。
惲毓昌走後，馮國璋接見了日本駐南京領事船津辰次郎，船津辰次郎意味深長地對馮國璋說：「我們對張勳的活動和圖謀了如指掌，已經派兵入京保護僑民，如果需要，我們還會增派軍隊。」船津辰次郎的話讓馮國璋警鈴大作，想到張勳若真把事情鬧大了，自己也難脫干係，馮國璋覺得這個玩笑就開得太大了，為撇清與張勳的關係，他立刻給張勳發去急電：
「事宜從緩，以免為外人干涉造成藉口。」
馮國璋突然變卦，讓張勳一時摸不著頭腦，他又通過馮國璋的秘書長復辟弟子胡嗣瑗再次試探。馮國璋只好對胡嗣瑗說：「少軒這會兒搞復辟，太不合時宜，如此註定失敗的事情，我是不會支持的。」
「可是您之前還答應派兵援助，怎麼這麼快就……」
「那是惲毓昌誤解了我的意思，」馮國璋打斷道，「我的意思是，讓少軒率官兵一萬在前邊打，我5000士兵隨後就去給他們收屍！」
見馮國璋態度堅決，胡嗣瑗只好悻悻轉達張勳。而張勳很看重馮國璋的態度，他認為袁世凱復辟失敗就是因為忽略了馮國璋的作用，所以馮國璋的堅決反對讓張勳不得不暫緩進行復辟計劃。然而，時隔不到一年，府院之爭的日趨白熱化，讓隔岸觀火的張勳再一次蠢蠢欲動。
1917年2月3日，美國宣布與德國絕交，在是否對德宣戰這一問題上，府院產生激烈鬥爭。為了達到主戰目的，段祺瑞以手下的十幾個督軍組成「督軍團」，強迫黎元洪在對德宣戰書上蓋章，之後，又以「公民團」干涉國會討論，導致內閣成員負氣辭職。
張勳看準時機，給孤立無援的黎元洪發去密電，稱將無條件支持黎元洪，隨時可以奉命進京，維持治安。黎元洪早就受夠了段祺瑞的頤指氣使，突然看到張勳這根救命稻草，也不多想，就緊緊抓住。適逢段祺瑞私自向日本借款一事被披露，黎元洪有了張勳做奧援，一下子有了底氣，乾脆一不做二不休，於5月21日免了段祺瑞的總理職務。而黎元洪此舉，激怒了督軍團，這也正中張勳下懷。
張勳立刻召集各省督軍代表到徐州開會，明確提出復辟清廷的計劃。而最終促使張勳付諸行動的，除了諸督軍外，更重要的是兩位舉足輕重的大人物——段祺瑞與馮國璋。
此次參加會議的段祺瑞的代表徐樹錚含糊其辭地表示，芝老雖不能公開表態支持復辟，但亦不會提出反對意見。私下裡準備將計就計，借張勳此舉扳倒黎元洪，剷除國會，當然最後去張就是名正言順了。在徐樹錚的策動下，與會代表在一塊復辟盟誓的黃綾子上簽了名。
馮國璋的代表是其秘書長胡嗣瑗，胡嗣瑗在黃緞上簽名之後表示：副總統不會反對復辟。但張勳仍不放心，在他看來，除段祺瑞外，馮國璋與陸榮廷的支持直接關係到復辟的成敗。因為馮國璋代表了北洋勢力，陸榮廷代表了西南勢力。因此，張勳又親自給馮國璋寫信，以取得馮國璋支持復辟的確鑿「保證」。
馮國璋雖然知道復辟不得人心，倒行逆施必然滅亡，袁項城復辟身敗名裂已是前車之鑑，但他仍然支持張勳復辟，只是不能公開支持，其目的便是借張勳之手趕走黎元洪，自己名正言順做總統！由於馮國璋生性疏懶，平時動筆之事都是由秘書或文書代勞，因此給張勳的回信也就由胡嗣瑗代為捉刀了。信中表示了對張勳的支持，並說「謹當追隨其間，遇事總與我兄取一致行動」。
暗中對張勳復辟表示了支持之後，為了應對輿論，馮國璋又來了個一百八十度大轉彎。當各省督軍從徐州回省紛紛宣布獨立時，馮國璋大義凜然地站出來，公開表示：「我身為副總統，就要履行副總統的義務，我的義務便是服從並竭力輔佐大總統，我已經向宣布獨立的各省發電勸阻，今後能做的，只有聽從中央安排。」
馮國璋暗中支持張勳復辟，除了想要得到大總統的寶座外，還有一個重要原因，就是想趁機收回徐州。張勳身為安徽督軍卻長期盤踞徐州，將隴海線徐州以東的廣大江蘇區域據為己有，讓馮國璋非常不滿。馮國璋曾三番五次請他移駐安慶，但張勳都以自己兼任長江巡閱使有權管理江蘇地界為由，予以拒絕。如今慫恿張勳復辟，再將他打倒，即使不能獲取大總統的寶座，奪回徐州也定然不在話下。
但張勳復辟失敗後，隱藏其背後的支持者逐漸浮出水面，人們對胡嗣瑗代為簽名、代為捉刀提出質疑。由於胡嗣瑗是圖謀清室復辟的宗社黨人，馮國璋出於歷史的原因及對清室的感情，平素對胡嗣瑗的活動不太過問，因此人們普遍認為，胡嗣瑗代馮簽字、代馮回信均非馮國璋授意，乃擅自做主。
這或許也是馮國璋處事圓滑所致，馮國璋一生中多次在有爭議的重大事件中或前途未卜的緊要關頭，由心腹部下代其出面應承或表態。一旦成功，坐享其成；如若失敗，則責任全由心腹部下承擔。因此，馮國璋對張勳復辟支持與否變得撲朔迷離，成為永久疑案。
6月1日，在各省督軍紛紛宣布獨立的情況下，黎元洪無力收拾殘局，只好電請張勳入京調停時局。就在張勳抵達北京，為復辟做準備之時，馮國璋發表通電，公開指責張勳企圖復辟帝制的舉動，令他立刻離京，以平民憤。馮國璋知道，張勳絕不會在此時放棄復辟大計，既然木已成舟，他便開始為日後開脫做準備了。
果然，張勳一意孤行，於7月1日凌晨擁溥儀登基，復辟清廷。同日，段祺瑞開始籌劃討伐戰爭。而黎元洪自知難辭其咎，於7月2日任命馮國璋為代理大總統，同時恢復段祺瑞國務總理一職，然後慌慌張張躲進了東交民巷。
馮國璋在被任命代理大總統的第二天，即與段祺瑞聯名通電，嚴斥張勳，列舉張勳八大罪狀，並宣稱「刻日興師問罪，殄此元兇」。旋即，由馬廠第八師和駐保定第三師組成的討逆軍，在段祺瑞的指揮下開進北京，征討張勳的辮子軍。
7月4日，馮國璋接見英、日領事，在領事詢問他對帝制的態度時，馮國璋以堅定的口吻說：「對於復辟帝制，我自始至終都是一個態度，那就是堅決反對！不惜動用一切手段！」說著，馮國璋還狠狠地拍了一下桌子。
與此同時，馮國璋派兵攻占徐州，一舉收回了張勳占據已久的徐海地區，並收編了該地區大部分部隊，收穫甚豐。
7月12日，張勳逃入東交民巷荷蘭使館，其復辟大業隨之以失敗而告終。