霧隱村在失去一個水影和六尾人柱力後，再度失去了剛剛復活的三尾。
如此，霧隱村遭到了極大的削弱，眼下即使不想和木葉結盟也無可奈何了，以霧隱村現在的實力，在五大忍村中已經與砂隱村 成了一對臥龍鳳雛。
卡卡西到了霧隱村簽訂合約一事就這樣暢通無阻地完成了。
從此木葉與砂隱和霧隱兩村都結了盟，並且之後砂隱與霧隱之間也結了盟約。
木葉的五代火影宇智波澈、砂隱的五代風影葉倉以及霧隱村的五代水影照美冥三人作為各自村子的影親自在盟約上簽了字。
這三個忍村分別是三個大國的軍事機構，三村結盟也就意味著一個跨越國界的龐大勢力儼然形成。
世人便將這三國同盟稱之為同盟國。
不等其他國家對此有什麼反應，接下來的一系列事件便奪去了忍界眾人的注意力。
雲隱村的二尾人柱力以及復活在背北部海域的八尾被奪。
岩隱村的四尾人柱力和五尾人柱力戰敗失蹤。
瀧隱村的七尾人柱力也被人擄走。
就連砂隱村那剛剛在沙漠中重生的一尾守鶴也被人擄走。
加上先前已經被擄走的霧隱村的三尾和六尾，眼下只有木葉的九尾還算安然無恙。
這場風波席捲整個忍界，讓陪伴在漩渦鳴人身邊的猿飛日斬和自來也也不由得提高了警惕。
但這改變不了木葉仍然是這場風波幕後黑手的嫌疑，畢竟只有木葉的尾獸還尚存。
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忍界大戰是《火影忍者》漫畫中的一個歷史事件，它反映出忍者之間的不信任，造成很多悲劇。前三次忍界大戰均為忍者五大國之間利益的競爭，第四次忍界大戰則是為了實現構建忍界命運共同體、平衡忍者五大國利益這一目標而聯手抗敵的戰役，第五次忍界大戰是為摧毀整個忍界。
第一次忍界大戰：金角銀角弒殺二代目雷影與二代目火影。[1][2]
第二次忍界大戰：自來也、綱手、大蛇丸與半藏一戰，獲得「三忍」之名。加藤斷戰死。旗木朔茂殺死蠍的父母。長門等雨隱村小孩成為孤兒。[3][4]
第三次忍界大戰：波風水門與旗木卡卡西聲名遠揚，但失去隊友宇智波帶土與野原琳。[5][6]
第四次忍界大戰：五大國忍者聯軍聯合阻止曉組織的「月之眼計劃」。
第五次忍界大戰：漩渦鳴人、漩渦博人、宇智波佐助阻撓「零」組織毀滅忍界的計劃。（遊戲原創）
在第一次忍界大戰中，金角銀角在雷影與火影的結盟儀式上突然掀起政變。二人以六道忍具和九尾查克拉的力量，讓第二代雷影和第二代火影受到了瀕臨死亡的重傷。
之後，扉間與部下猿飛日斬、水戶門炎、轉寢小春、志村團藏、秋道取風、宇智波鏡一同被大約有20人的金角部隊追擊，眾人商量需要讓其中一個人擔當誘餌來引誘敵軍，以保證其他隊友能夠有時間順利逃脫。扉間為選擇正確的繼承人而暗中考驗著部下。團藏雖然抱持著想要自告奮勇擔當誘餌的心念，但在關鍵時刻卻因膽怯而沒有說出。此時日斬挺身而出，提出讓自己擔當誘餌。最終扉間為了木葉隱村的未來而決定親自擔當誘餌，臨行前對日斬的行為表示讚許，並授命日斬成為下一代的火影，之後便因掩護日斬等人而犧牲。
註：官方設定集《陣之書》中顯示，扉間與他的六位部下被金角部隊所包圍。為了保護部下，他自願擔任誘餌，並以火影的身份將意志託付給下一個世代，然後就在戰場上為掩護部下而犧牲。
第一次忍界大戰後約20年，國家間的經濟差距加大，以加大公平的特權為由，各國的武鬥派勢力抬頭。推行以武力來擴大領土，第二次忍界大戰開始。雨隱村淪為五大國主戰場，戰亂不斷。
雨隱與砂隱交戰，戰場上山椒魚半藏所釋放的毒全都被千代破解，還被千代發現了山椒魚填補毒氣需要五分鐘的缺點，這讓半藏感到十分頭疼，因此，半藏稱呼千代是「傀儡老太婆」，千代稱呼半藏是「戴通氣管的老頭」。
雨隱與木葉隱村交戰，戰場上半藏通靈出山椒魚井伏釋放大範圍毒物令，木葉隱村的大量忍者倒下，最後戰場上僅剩下自來也、綱手、大蛇丸三人仍在堅持，半藏非常賞識他們，因此賦予他們「木葉三忍」的名號。
這場戰爭結束後，許多忍者與居民流離於餓死的邊緣，木葉隱村的兩名上忍為了搜刮食物資源，進入長門的家中殺死了長門的父母，導致長門輪迴眼力量暴走殺死了這兩位木葉上忍。之後長門與同樣在這場戰爭中成為孤兒的彌彥和小南相遇，三人靠偷竊維持生存，後來他們遇到尚未回國的木葉三忍，自來也決定留在雨隱收三人為徒。
砂隱與木葉隱交戰，戰場上號稱「木葉白牙」的旗木朔茂出手斬殺了蠍的父母，導致千代十分憎恨旗木朔茂。千代製作的毒全都被木葉隱的綱手破解，也讓千代感到十分感到棘手。
同年，綱手的弟弟繩樹誤入爆炸符坑，被炸死。綱手的戀人加藤斷也喪命於此場戰役，發現屍體時內臟被掏空。給綱手的心靈留下了極大的創傷，這也導致了後來綱手患上了暈血症。
木葉隱村部隊被雨隱半藏逼到僅剩三忍的絕境，其餘在場的木葉隱村忍者全部陣亡。
長門的父親被木葉隱村的一隊忍者小隊誤當成敵對忍者殺害，隨後殺害了長門的母親。
蠍的父母被木葉白牙旗木朔茂殺害。
繩樹誤入爆炸符坑被炸死。
加藤斷重傷致死，發現屍體時內臟被掏空使綱手開始對三代目火影猿飛日斬不敬並患上暈血症。
在第三次忍界大戰中，雲隱村的雷影后補艾與奇拉比以絕牛雷犁熱刀威震忍界，戰勝眾多岩隱忍者。
不久後，艾的父親三代雷影為給同伴爭取脫身時間以一己之力對抗萬名岩隱上忍並且大戰三天三夜最終力竭而死。三代雷影死後，其子艾繼承了雷影的名號。
木葉VS雲隱
木葉與雲隱交戰，波風水門與秋道堂東、犬冢顎等人組成小隊奔馳戰場，眾人遇到了雲隱AB組合：三代目雷影之子艾（後來的第四代雷影）以及其義弟八尾人柱力奇拉比
岩隱與木葉交戰，東死人率領岩隱大軍進攻火之國，成功將美村葉卷率領的木葉防禦部隊逼到只剩下四個人的困境，後被及時趕到戰場的波風水門解決。
魔蛭使用影分身之術與劍術砍傷卡卡西的胳肢窩，後被波風水門從背後襲擊。
大石使用忍法·迷彩隱使身體透明化以此順利掠走野原琳，並砍傷卡卡西的左眼。後被開啟雙勾玉寫輪眼的宇智波帶土手持苦無擊殺。
火光使用土遁·岩屋崩使山洞的岩石瞬間倒塌，帶土生死不明。並利用刀刃擊碎木葉白牙的忍刀。後被移植帶土寫輪眼的卡卡西以千鳥擊殺。
須磨志率領岩隱大軍及時趕到使用土遁·裂土轉掌攻擊卡卡西等人，後被及時趕回的波風水門解決。
最終，水門帶領卡卡西一起摧毀了神無毗橋，但帶土在神無毗橋之戰生死不明，被木葉認定已死亡（實際上宇智波帶土被宇智波斑所救），旗木卡卡西獲得寫輪眼，日後以「寫輪眼卡卡西」之名威震忍界。
霧隱與木葉交戰，枇杷十蔵與西瓜山河豚鬼、栗霰串丸、通草野餌人、無梨甚八、黑鋤雷牙七人將年幼的邁特·凱、不知火弦間、惠比壽三人包圍。千鈞一髮之際，凱的父親邁特·戴趕到，為保護三人抱著必死的覺悟，開啟「八門遁甲之陣」迎戰七人眾，使得凱三人得以趁機撤退。
經過一場大戰，邁特·戴最終犧牲，而七人眾亦死傷慘重。（漫畫原作中未交待七人眾在這一戰中的傷亡情況，唯一能確定的是河豚鬼倖存。動畫中枇杷十藏、西瓜山河豚鬼、黑鋤雷牙三人倖存，通草野餌人、栗霰串丸、無梨甚八以及雙刀·鮃鰈的持有者共四人死亡。）[1]
止水與霧隱上忍青交戰時，止水遠距離發動幻術，瞬間讓遠處霧隱忍者青的兩名部下倒在地上。青自知自己不是止水的對手，於是便帶領著部下迅速撤退。
宇智波斑的陰謀
被巨石壓中的宇智波帶土恰好在宇智波斑的隧道附近，被斑所救。斑用柱間細胞為他填補了被壓毀的右半邊身體，在救治帶土的同時，也在帶土心臟內留下了符咒，並用言語誘惑他為自己的月之眼計劃服務，對帶土不斷「灌輸」月之眼的「思想」，被帶土拒絕。接下來的幾個月，帶土一直在絕和飛的幫助下進行艱苦的康復訓練，終於將新身體運用自如。雖然無法離開地下，但帶土從來沒有放棄回到木葉的願望。
在神無毗橋之戰後不久，斑特意挑了波風水門在執行其他任務的時間，操控霧隱暗部忍者抓走琳，將尾獸三尾磯撫封印在野原琳的體內，並在琳的心臟處布下符咒使其無法傷害自己。然後霧隱暗部忍者在斑的操控下，將琳與卡卡西趕往木葉村，目的是讓琳將尾獸釋放破壞木葉。
被斑所救的帶土從白絕那兒得知琳與卡卡西被霧隱忍者包圍的事後，決定前去營救二人。琳為了守護木葉，主動選擇了死在卡卡西的雷切之下。而帶土恰好抵達目的地，目睹了卡卡西用千鳥貫穿琳胸膛的一幕。震驚之下，二人的寫輪眼產生共鳴，同時開啟萬花筒寫輪眼，隨後卡卡西承受不了精神上的衝擊和強大的瞳力昏迷過去。
而傷心憤怒的帶土隨即大開殺戒，並在萬花筒寫輪眼的力量下操縱木遁，將在場霧隱暗部屠殺殆盡。親眼看見了最重要的同伴互相殘殺的帶土，從此墮入黑暗，曾經對忍者充滿深深的善意一下子變成了對忍者世界的深度的憎恨，並否定忍者世界的一切（之前TV340集裡帶土曾經對卡卡西說出「不珍惜同伴的人連廢物都不如」的名言後面還說過「如果有人說那不是忍者的話，那我就要打倒所謂的忍者！」），認同斑的說法實施月之眼計劃，導致後來第四次忍界大戰的發生！
雷之國的三代目雷影陣亡。
土之國的魔蛭、火光、大石、須磨志、東死人等在場的岩隱村忍者全部陣亡。
邁特戴捨命重創水之國的第一批忍刀七人眾，在場的霧隱村暗部成員全部陣亡。[1]
火之國的防禦部隊僅剩美村葉卷和他的三名部下，其餘在場的木葉忍者全部陣亡。
宇智波帶土下落不明，被木葉認定已死亡（實際上被斑所救）。[2]
野原琳死亡（為保護村子自願死在卡卡西的雷切之下）。
第四次忍界大戰（第四次忍界大戦，Daiyoji Ninkai Taisen），日本漫畫《火影忍者》及其衍生作品中最重要的一個篇章。起因是宇智波帶土藉助宇智波斑名號，為了實現月之眼計劃，在五影大會上要求五影交出九尾與八尾而遭到拒絕，為此向忍界宣戰。
此次忍界大戰與前三次忍界大戰性質不同，是眾人為了守護整個忍者世界，聯合反抗月之眼計劃的戰爭，此次大戰也比前三次大戰戰況更加慘烈。
參戰雙方分別為【五大國+鐵之國組成的忍者聯軍】VS【曉的白絕大軍+兜的穢土轉生大軍】，忍者聯軍約八萬，白絕大軍十萬。大戰最初的目的是為了保護八尾人柱力奇拉比和九尾人柱力漩渦鳴人，但發展到最後，此戰已經衍變為為了保護所有的人而戰，並成為不同忍村之間建立相互信任的契機。
後期，宇智波帶土成為十尾人柱力，但最後被鳴人等人擊敗並被感化，使帶土重拾自我。宇智波斑藉機復活成為十尾人柱力，發動無限月讀。而黑絕此時背叛宇智波斑，與輝夜裡應外合利用斑的身體將其復活，斑也因此失敗。最終第七班與查克拉之祖大筒木輝夜激戰並聯手將其與黑絕一起封印，曉正式滅亡。之後六道仙人與復活的歷代五影的靈魂將第七班、九隻尾獸以及瀕死狀態的宇智波斑送回原本的世界，至此！第四次忍界大戰宣告徹底完結。
戰爭結束後，宇智波佐助與漩渦鳴人在終結之谷進行宿命之戰，最後二人兩敗俱傷，各斷一臂。佐助認同鳴人的道路並主動認輸，兩人聯手解開了無限月讀。
至此，大戰結束，忍界恢復昔日的和平。