小智、小剛和小霞在前往枯葉市的途中，來到了一個被稱為神奇寶貝鄉的地方，這裡有許多野生的寶可夢。
小智記得好像就是在這裡收服了自己的大管家妙蛙種子，這隻妙蛙種子不僅作為戰鬥夥伴，陪著小智參加了很多次道館和比賽，在妙蛙種子時期就可以學會進化後才能學會的陽光烈焰，還因為小智去了其他地方使用當地地方的寶可夢，沒有攜帶以往的神奇寶貝時，好好照顧其他寶可夢，被留在大木博士的研究所中，負責調解寶可夢之間的矛盾。妙蛙種子展現出了領導能力，連那隻桀驁不馴的噴火龍都得聽妙蛙種子的，就可以看出妙蛙種子的實力了能夠號召其他寶可夢一起解決問題，比如開鑿新湖泊來解決水源問題。
可惜的是，妙蛙種子不想進化還是由於未來記憶里，小火龍進化為火恐龍後不聽小智的話，後面進化成噴火龍後，更是陽奉陰違的行為，導致了妙蛙種子在一場妙蛙花族群的帶領下，進行的大規模進化，也在進化的時候卡住了，就是害怕自己進化後，對小智的話陽奉陰違。第三個就是，在妙蛙種子被前任主人拋下後，再來到精靈寶可夢鄉時，誤食了不變之石，導致了，妙蛙種子不能進化。
不過這次，小智不會讓這種事發生了，妙蛙種子如果是不想進化，那就不用進化，如果不是那自己已經準備好積分購買系統商城的物品幫助妙蛙種子。
就在小智想著的時候，一隻走路草被其他神奇寶貝欺負著。
「海星星，使用水槍」，小霞已經拿出海星星幫助走路草了。
「為什麼，走路草會被其他神奇寶貝欺負呀」，小剛還是比較疑惑的，畢竟走路草這種溫和的草系神奇寶貝基本都和其他神奇寶貝相處的很好的。
「皮卡皮卡皮卡丘」，小智的皮卡丘跑過去安慰著走路草，用自己的手掌拍拍
「哆～哆～」
突然，兩根藤蔓從河流那邊灌木叢伸出來，將皮卡丘擊退，然後一隻似蟾蜍，有著鮮紅色的眼睛和藍綠色的帶有深綠色斑紋的皮膚，背上還有一顆種子的神奇寶貝，拉著走路草就走了。
「噠吶～噠吶」
「是妙蛙種子哎」，小霞感慨，畢竟御三家在野外可不常見
「我們跟上去看看吧」，小智看了一下妙蛙種子的資料，准冠軍的潛力的妙蛙種子呀，現在已經是精英級（28級)的實力，不過並沒有攜帶物之類，也就是說妙蛙種子應該不是攜帶不變之石不想進化。
小智跟了上去，然後遇見了一個木屋，一個姐姐正在照顧著這些神奇寶貝。
小剛看見這個漂亮的大姐姐，立刻沖了過去，
「你好，小生叫小剛，是一位寶可夢培育師，這位美麗的女士，可以邀請你吃一頓晚餐嘛」
「小剛，你幹嘛」，小霞立刻沖了過去，然後拉開了這個丟人現眼的人，然後對小翠說，「抱歉呀，小剛腦子可能有些……」
「你們好，我叫小翠，是這個精靈寶可夢鄉的主人」
「這些寶可夢怎麼回事呀，各種系的寶可夢都有」，小剛開口問道，畢竟很少會有怎麼多種寶可夢在一起，還有天敵關係的也在一起。
小智知道原因，但是拿出了許多樹果，然後讓皮卡丘給他們分一下。
「這個呀，他們都是因為對戰輸了，然後被拋棄的寶可夢，然後聚集在一起，我在這裡照顧他們」
「小翠小姐真是一位人美心善的訓練家呀」
小翠笑了笑，沒有接話。
「小翠小姐沒有想過送他們到聯盟嘛」，小智問道
「沒有，他們已經不想在戰鬥了，也不願回到野外生活」，小翠苦笑
「那小翠小姐有沒有考慮一下，去研究所工作，帶著這些精靈」，小智繼續問道
在一番交流後，小翠知道了是帶著這些神奇寶貝去大木博士的研究所，很是開心，也同意了下了，不過要等一個固執的精靈說好。
小智他們也同意了，而且小智的目標就是那隻妙蛙種子。商量好了以後，便開始和那些精靈商量，並收入精靈球，好傳送回大木博士的研究所。小智也和大木博士溝通了，大木博士也同意了下來，畢竟他的後院挺空的。
在精靈寶可夢鄉的寧靜之中，妙蛙種子帶著它的走路草夥伴悠閒地漫步回到木屋，享受著這片寶地的和平與安寧。然而，當它的視線中突然出現了小智一行人的身影時，妙蛙種子的神情驟然緊張起來，它立刻變得有些兇狠，仿佛是在保護自己的領地和走路草不受外來者的傷害。
小翠，察覺到了妙蛙種子的不安，便迅速上前，用她那柔和的聲音和親昵的撫摸來安慰這隻受驚的寶可夢。她的話語雖然沒有聲音，但她的心意卻清晰地傳達給了妙蛙種子，讓它逐漸平靜下來。
在小翠的引導下，妙蛙種子和小智一行人之間建立起了初步的信任。小智，渴望與妙蛙種子建立更深層次的聯繫，提出了一場友好的對決。在一番溝通後，雙方都同意以寶可夢對戰的方式來測試彼此的實力和決心。
對決中，小智派出了他的皮卡丘，而妙蛙種子則勇敢地接受了挑戰。兩隻寶可夢展開了一場激烈但公平的戰鬥，最終，皮卡丘憑藉其出色的表現和強大的電力攻擊，成功地擊敗了妙蛙種子。戰鬥結束後，小智向妙蛙種子伸出了手，請求它加入自己的隊伍，一起追求成為寶可夢大師的夢想。
妙蛙種子，在經過一番深思熟慮後，接受了小智的請求。它意識到與小智並肩作戰，能夠更好地成長和保護更多的寶可夢。小智溫柔地為妙蛙種子準備了一顆寶可夢球，並在它同意後，將其收入球中，正式成為自己的夥伴。
在告別了小翠和寶可夢鄉之後，小智一行人重新踏上了前往枯葉市的旅程。