馮國璋出任蘇督之初，正是北洋派一統天下之時，在長江中下游，暫時沒有其他政治力量可向他「江寧霸主」的地位提出挑戰。而江蘇老百姓在歷經了「辮子軍」的殘暴統治之後，對有「儒將」之稱的馮國璋督理江蘇，也都抱有很大希望。馮國璋趁此機會開始營造根據地，大力培植自己的勢力。此間，對治理江蘇頗有政績，使江蘇經濟文化方面都有一定發展，個人的政治軍事勢力逐漸形成。尤其與他的老部下江西都督李純、湖北都督王占元形成了以馮國璋為首的「長江三督」，其勢力已為袁世凱手下的北洋將領之最，這是袁世凱始料不及的。加上馮國璋以往已有過與袁世凱不合拍之舉，這便加深了袁世凱對羽翼已豐的馮國璋的猜忌與防範。
袁世凱在當了終身制總統後猶嫌不足，還要過把皇帝癮。而馮國璋對袁世凱的擁戴與效忠也是有限度的，變更國體，且不說倒行逆施將引起社會動亂，單就帝位世襲一事馮國璋便不能接受。1914年下半年，復辟帝制的輿論開始沸沸揚揚，馮國璋將信將疑，後來聽說總統府已恢復了清廷的跪拜大禮，馮國璋決定一探虛實。
1915年春節，馮國璋特地從南京趕到北京，給袁世凱拜年。此時他已探明總統府恢復跪拜大禮屬實，此次拜年將與以往不同，要給袁世凱下跪，心裡非常反感，但無論如何表面文章還是要做的，這個年也還是要拜的。去總統府之前，他先到府學胡同段祺瑞的私宅，想拉上段祺瑞一起去拜年。不料，段祺瑞壓根兒就沒想去拜年。
「我不去了，若總統問起，就說我病了。」段祺瑞一臉的不悅。
「怎麼？你這不好好嗎？又和總統鬧意見啦？」馮國璋故作糊塗。
「啪！」段祺瑞突然一拍桌子，朝著馮國璋發泄起心中不滿，「我平生最恨跪拜這個長人變矮子的禮節，想當年慈禧太后和光緒帝西安避難歸來，我都不曾跪，而慈禧太后也沒怪罪我，如今讓我跪袁項城，門兒都沒有！」
段祺瑞性子直，喜怒哀樂全掛在臉上，不像馮國璋那樣處事圓滑。馮國璋見段祺瑞動了怒，趕緊笑著打哈哈，耐心勸說：「跪拜之禮只是個形式，實在是無關緊要的事情，何必因此引來誤會，招惹些不必要的麻煩？」
最終，段祺瑞抵不住馮國璋的勸說，被馮國璋拉著一起去了總統府。見到袁世凱，馮國璋趕緊下跪，嘴裡還念著溢美之詞，見段祺瑞還直挺挺地站在身邊，他連忙拽了拽段祺瑞的袖口，段祺瑞這才不情願地跟著跪下。馮國璋抬眼看向袁世凱，生怕剛才的舉動被袁世凱看到，卻見袁世凱滿面紅光，情不自禁地笑著。
馮國璋膝蓋還沒碰到地，就被袁世凱一把扶住，連稱「不敢當、不敢當」。袁世凱同時將就要跪下的段祺瑞拉起。袁世凱此舉，讓馮國璋內心的不滿稍稍有些平息。
然而，讓馮國璋大出意料且無法忍受的是，當他又拉著段祺瑞去給袁克定拜年時，這位大公子的架子遠比他老子的架子大得多，二人行跪拜之禮時，袁克定竟然端坐不動，二人禮畢，袁克定稍稍抬了一下手，那意思就像皇上叫臣子平身的一樣，馮國璋心裡非常氣憤，心想袁項城要當了皇帝，這位皇太子就伺候不起！
段祺瑞更是怒不可遏，一出總統府便對馮國璋說：「老頭子還客氣兩句，你瞧那位大爺，哪裡把我們當人看！這要真當上皇太子，還有我們的活路麼？」
「自家關起門來行個什麼禮，這很簡單；真要復辟，沒那麼容易！」
馮國璋的言外之意，是指南方的進步勢力不會容許袁世凱倒行逆施，袁世凱不至於如此糊塗，搬起石頭砸自己的腳。話雖如此，回到南京後，馮國璋還是提高了警覺，時時關注著北京的動向。
6月15日這天，進步黨領袖、參政院參議梁啓超突然來訪，令馮國璋深感意外。梁啓超南下省親北歸，特意到南京拜訪馮國璋，為的就是想弄清袁世凱復辟帝制是否屬實。在他看來，馮國璋是袁世凱的心腹大將，復辟帝制這等大事袁世凱應該不會隱瞞馮國璋。
早在年初的時候，袁克定宴請梁啓超，作陪的只有楊度一人。席間，袁克定與楊度一唱一和，大力詆毀共和制，一再向梁啓超探詢「變更國體」的意見，令梁啓超深感吃驚。復辟帝制，必先輿論造勢，讓人以為復辟帝制是受萬民擁戴而為之。梁啓超是「輿論界之驕子」，自然明白袁大公子此次宴請之目的。他深知歷史潮流不可抗拒，參與復辟只會成為眾矢之的，遂以只研究政體不研究國體相搪塞。為遠離是非之地，梁啓超隨後遷居天津。
「不知華甫兄是否聽總統說起過復辟帝制之事？」梁啓超在講了自己的疑慮後問。
「從未聽總統說起。」
「如今共和剛剛四載，局勢稍稍平定。若行帝制，必將釀成大亂。這禍國殃民、害人害己之事，希望華甫兄能站出來阻止！」
當天，馮國璋在都督府設家宴款待梁啓超，兩人長時間會談，探討應對措施。並決定一同赴京，探詢復辟內幕。6月22日，馮國璋與梁啓超一道動身北上。
馮國璋一到北京，便率先去總統府謁見袁世凱。馮國璋先是向袁世凱報告了江蘇的軍政情況，沒有直接詢問復辟帝制之事。袁世凱似乎明白馮國璋所來為何，為避免尷尬，簡明扼要地回答了幾句，便面露疲憊之色，想就此結束談話。馮國璋忍不住了，只好公開提問，「投石問路」：
「最近南方傳說總統欲改變國體，不知可有此事，請總統秘示，以便在地方上及早準備。」
袁世凱聞言，猛地抬起眼皮，定定地看著馮國璋，矢口否認：
「華甫，沒想到你也會相信這些傳言，連你也不明白我的心思。哎，實跟你說了吧，這些傳言早就有人對我說過，無外乎捕風捉影，許多人都說我國實行共和制，國人程度不夠，要我多負點責任，於是有人就往復辟上想；另外，新約法規定大總統有頒賞爵位的權力，於是又有人覺得這是改變國體的先兆。其實不然，滿蒙回族都可以授爵，漢人為什麼不能授爵？我不過是為了使漢人獲得這種權利，結果就有人無事生非！」
袁世凱生怕不能說服馮國璋，頓了一下，用極親切的口吻說：
「你我都是自家人，我不妨坦白對你講，我現在的地位和皇帝有什麼差別，我何必費盡周折去搞復辟？如果說是為了子孫，可你看看我的兒子們：大兒子身有殘疾，二兒子想要做名士，三兒子不識時務，其餘的則都年幼，哪個可以託付國事？何況帝王家多無好結果，我豈能貽害他們！你再看看我現在的身體，唉，真是一日不如一日，我哪裡還會有稱帝的心思？」
袁世凱的一番「肺腑之言」，句句說得懇切，按說馮國璋不能不信，但袁世凱的狡詐他早已深有領教，實在不敢輕信。為了探得實底，就又側面試探。
「是啊，南方人言嘖嘖，都是不明了總統的心思，不過將來中國轉弱為強，到了天與人歸之時，總統雖謙讓為懷，恐怕推也推不掉吧。」
「什麼話！」袁世凱怫然作色，「我有一個孩子在倫敦求學，我已經讓他在那裡購置薄產，倘若有人再逼我，我就到那裡做我的菟裘，從此不問國事。」
見袁世凱動了怒，馮國璋不得不相信，袁世凱所言都是真的。像改換國體這樣的大事，既捂不住又蓋不住，遲早會大白天下，袁世凱有什麼必要瞞著他的心腹大將呢？就這樣，馮國璋完全相信了袁世凱的說法。
隨後，馮國璋將與袁世凱的對話如實告訴了梁啓超，梁啓超據此推測，帝制近期內不會發生。理由與馮國璋的看法相同，如此大事袁世凱完全沒有必要隱瞞他的心腹大將，尤其如此推心置腹，信誓旦旦。否則只能將手握重兵的心腹大將推向對立面。
7月6日，馮國璋通過梁啓超向報界發表了與袁世凱的談話內容，駁斥了各方謠言，10日，他一身輕鬆地離開了北京，返回南京。
然而，讓馮國璋沒有想到的是，僅僅一個月，一切便起了天翻地覆的變化。8月10日，袁世凱的機關報《亞細亞日報》刊登了一篇《共和與君主論》，作者是袁世凱的美國顧問古德諾，他在文中公然鼓吹君主制，說中國「民智低下」，照搬西方的民主共和，只會導致國家大亂，公然鼓吹君主制。
8月14日，楊度、嚴復、劉師培等六人聯名通電，發表組織「籌安會」宣告，敲響了袁世凱登基稱帝的緊鑼密鼓。
復辟帝制的行動已然公開，馮國璋感到一切來得太突然，太不可思議，他抱著最後一線希望，聯繫了總統府機要局局長張一麟，想問明白事情真相，可得到的答覆只有四個字「事出有因」。直到這時，馮國璋才如夢初醒，知道自己又一次被袁世凱愚弄了！他氣憤地對左右親信說：
「袁項城真是越來越會做戲了，原來不明白總統心思的只有我這個傻瓜！他還口口聲聲說把我當做自家人，自家人就是用來如此愚弄和戲耍的嗎？」
馮國璋氣得一夜未眠，不停地大罵袁世凱沒有良心，不僅欺騙清廷的孤兒寡母，連忠誠的部下、多年的老友也拿來當猴耍！儘管他從心裡反對帝制，但如果袁世凱明明白白告訴他想要復辟帝制的意圖，念及袁世凱多年來對自己的恩情，他斷不會公開反對，頂多私下裡勸阻一下。但如今不同了，他一次次被袁世凱欺騙，已經傷透了心。從此，他對袁世凱態度驟變，毅然站到了袁世凱的對立面。
籌安會成立後，袁世凱的乾兒子段芝貴即向各省將軍（鎮壓二次革命後，袁世凱改各省都督為將軍）、巡按使發密電，要求他們對袁世凱稱帝表態。許多將軍迫於袁世凱的威力，回電錶示贊成。在表示贊同的19位將軍中，唯獨沒有江蘇的馮國璋、徐州的張勳、廣西的陸榮廷與直隸的朱家寶。
馮國璋非但沒有回電錶示擁護帝制，而且聯合張勳等人，發表通電，這個通電並未對復辟帝制表示態度，而是對籌安會的形式、段芝貴等人的活動提出質疑，主張此等大事應當「由國務卿定稿領銜，聯合文武長官列名陳請，提交參議院代行立法公議，以昭公證，而免參差」。而國務卿徐世昌是反對帝制的，馮國璋等人的態度便有了明確答案。馮、張的通電立即得到雲南唐繼堯、廣西陸榮廷的公開支持。
11月20日，馮國璋又秘密緻電陸榮廷，介紹梁啓超到廣西與之晤談。而梁啓超此行，為後來廣西宣布獨立打下了基礎。
馮國璋此舉給了段芝貴等人當頭一棒，他們原以為即使有封疆大吏反對，也無外乎西南方面的唐繼堯與陸榮廷，沒想到馮國璋、張勳這樣的北洋元老會出問題。而袁世凱在整個復辟帝制活動中，用隱瞞欺騙的手段，將馮國璋、段祺瑞等心腹大員排除在外，其目的便是為了遏制他們的勢力。眼見這些人羽翼豐滿，身居高位，若再讓他們參加復辟帝制活動，難免會使他們身價加碼，對將來繼位的兒子造成功高震主之局，成為袁氏江山之後患。對於這些人的反對，他完全沒有當一回事，因為最終只需他們表示贊同即可，即使不贊同，只要不公開反對，就不會對帝制構成威脅。
於是，袁世凱派出心腹阮忠樞南下遊說馮國璋，勸說馮國璋，對帝制「雖不必明白贊成，亦不必正面反對」。馮國璋也不想與袁世凱撕破臉，而且帝制已經搞得差不多了，只好密電袁世凱：「俯同民好，早定大計，而奠久安長治之基」。
1915年12月12日，袁世凱正式宣布接受帝制；18日，即調任馮國璋為陸軍參謀總長。表面上看起來，是對馮國璋的提升重用，但對此調虎離山，明升暗降，將其調到身邊監視控制的把戲，馮國璋心知肚明，於是軟磨硬抗，以「害病」為由拒不進京就職，袁世凱鞭長莫及，只好任其在南京「遙領」。隨後進行大封爵，馮國璋被封為一等公爵。