孫傳芳一生共有一妻一妾。1909年，孫傳芳從日本留學歸來後，在三姐的安排下，在濟南娶了元配夫人張氏。張氏原名張蘭君，孫傳芳後為其改名張貴馨。張貴馨比孫傳芳小兩歲，相貌端正，粗通文墨，擅長女紅，婚後二人雖相處和諧，但聚少離多。
投靠王占元後，孫傳芳經常出入王府，王夫人身邊有個十來歲的漂亮小丫頭，孫傳芳十分喜歡，經常逗著她玩。王夫人見後，曾開玩笑說：「等這小美人長大了，你就把她討回家。」孫傳芳聽後當了真，從此對這個小丫頭十分上心。
六年過去了，小丫頭出落成美麗動人的大姑娘，由於她愛穿白色裙衫，走在王府里如同仙女下凡，王夫人便給她起名何潔仙。孫傳芳不再像以前那樣逗何潔仙玩，但每逢進王府，何潔仙給他遞水時，便趁機用手指在她手心撓一下，每次都能看到何潔仙滿臉通紅的羞澀表情。
然而，就在孫傳芳尋思如何同王占元開口，納何潔仙為妾時，他發現王占元竟對何潔仙圖謀不軌，若不是王夫人管得嚴，恐怕何潔仙早就成了王占元的姨太。孫傳芳無奈，為了之後仕途暫時拋開娶何潔仙的念頭。
王占元兼任兩湖巡閱使後辭掉第二師師長，孫傳芳原以為自己將是第二師師長的不二人選，不料王占元將第二師交給了各方面都不如孫傳芳的王金鏡，讓孫傳芳非常不滿。湘鄂戰爭之初，孫傳芳索性稱病不出，而王金鏡屢屢敗退，王占元急得如熱鍋上的螞蟻，請不動孫傳芳，只好將何潔仙送給孫傳芳，希望孫傳芳能夠出面帶兵，挽救危局。如此一來，孫傳芳終於圓了多年的夙願，娶回何潔仙。
何潔仙當慣了丫頭，在與孫傳芳入洞房時，端來一水盆要侍候孫傳芳洗漱。孫傳芳一把接過水盆，放到地上，摟住何潔仙說：「你已經是孫夫人了，該輪到別人伺候你了，這些事以後就交給下人去做。」
孫傳芳對何潔仙百般寵愛，卻不想何潔仙竟患上癆病，嫁給孫傳芳不足一年便撒手人寰。孫傳芳痛哭流涕，親手埋葬了何潔仙，並將何潔仙生前最愛的一塊白絲帕留下，隨身攜帶，以示與何潔仙永不分離。
1922年，孫傳芳駐紮宜昌，被邀請出席宜昌女子師範學校的畢業典禮，並負責為優秀畢業生頒獎。宜昌女子師範學校校長得知孫傳芳的姨太太過世，便勸他留意師範學校的女生，若有喜歡的，一定幫忙做媒。
孫傳芳在給優秀學生頒獎時，念道：「周佩馨」後，一個二八女子翩然上台，她端莊典雅地氣質一下子吸引了孫傳芳，這時校長在旁邊介紹：「周佩馨琴棋書畫樣樣精通，尤其擅長丹青工筆。」周佩馨名字中的一個「馨」字，更讓孫傳芳相信她是他命中注定之人，當即決定討她做姨太太。於是，孫傳芳併攏雙腳，向周佩馨敬了一個軍禮，微笑著說道：「周小姐，請你嫁給我。」
周佩馨被孫傳芳這一舉動嚇壞了，立馬哭著跑了出去。當日，孫傳芳便在校長的帶領下，來到周家求婚。孫傳芳文武雙全，威名赫赫，周家羨慕孫傳芳的權勢，一口答應了這門婚事。後來孫傳芳將周佩馨送到天津，與原配夫人張貴馨住在一起，但兩人相處不合，時有爭吵，孫傳芳只好另購宅院，將兩人分開。
1925年，孫傳芳任皖、贛、蘇、閩、浙五省聯軍總司令兼江蘇總司令時，又將周佩馨接到南京同住。這一時期，孫傳芳除了禁止模特兒、還禁止女性穿旗袍，認為旗袍露胳膊露腿，實在有傷風化。但周佩馨是新女性，認為孫傳芳思想守舊，不可理喻，並公開與他唱反調，穿著旗袍大搖大擺地到杭州靈隱寺進香。
周佩馨此舉立刻被支持劉海粟聘用人體模特兒的人拿來大做文章，並在上海《小公報》上嘲諷孫傳芳：「以五省總司令赫赫權威，與幾個窮苦女子、無力文人劉海粟作對，以虎搏兔，勝之不武……這次劉先生縱然被其征服，封禁模特兒，恐怕他的尊夫人援旗袍之舊例，給他來個反加提倡，或者以身作則，本身先做個模特兒，給他一人看不算稀奇，還要供大家鑑賞。嗨，那才好玩得很，看孫大司令還維持舊禮教不？」
孫傳芳對周佩馨雖然氣惱，但終究沒有責怪她，反而不再禁止女性穿旗袍。
1931年孫傳芳到天津定居後，元配夫人張貴馨不久因病去世，經他的外甥程登科周旋，孫傳芳將周佩馨扶正。在孫傳芳人生的最後幾年裡，他與周佩馨夫唱婦隨，生活美滿。
孫傳芳被殺當日，噩耗傳到英租界20號咪多士道孫宅，周佩馨猶聞晴天霹靂，頓時呆若木雞。待孫傳芳屍體運回宅邸，周佩馨撫屍痛哭，幾度昏厥。孫傳芳在山東齊魯大學執教的次子孫家震、在燕京大學就讀的三子孫家鈞聞訊後，都在第一時間趕回家中。
1935年11月14日，也就是孫傳芳去世第二天，孫府舉行了大殮。孫傳芳身穿紅緞繡花僧袍，並配以佛珠，頭戴僧冠，屍體槍傷處均被縛以紅綢。孫傳芳的壽材是孫家從曾任北京軍政府國務院總理潘復家臨時購置的，該壽材原為潘復為其父所備，孫軍花8000元買到。壽材為金絲楠木打制，相當考究。孫傳芳入殮時，舉宅肅立，在哀樂聲里，孫家把孫傳芳盛殮在金絲楠木的棺材中，孫府男女老幼哭成一片。
孫傳芳遇刺後，平津各大報紙紛紛以頭版頭條競相報導。11月15日，靳雲鵬在天津《大公報》發表聲明：「馨遠系余勸其學佛，平時作功夫甚為認真，誠心懺悔。除每星期一、三、五來林誦經外，在家作功夫更勤，每日必三次拜佛，每日必行大拜（二十四拜）。所以兩年以來神色大變，與前判若兩人。其夫人作功亦甚勤。立志悔過，專心懺悔而猶遭此慘變，殊出人意料之外，幾使人改過無由，自新也不可得……此風萬不可長，人非聖賢誰能無過，貴在知過改過，若努力猶遭不測，則無路可想，孫傳芳遭遇若是，靳雲鵬傷類之感如斯。」
隨後，盧香亭也以孫部舊日袍澤和屬員對新聞界講述了當年浙奉戰爭經過：「凡兩軍對壘又有勝者生，敗者死的成例，孫、施之戰，非一家一鄉之事，施之死於戰爭乃為兵家常事，仇字既不成立，恨之更談不上。施從濱為戰而死，非其一人，則數十年來為職務而打死之人，更不知有多少。若被施打死者之子女群起尋施報仇，恐千百施從濱不足償此孽債。國有法度，不僅率兵將者可以殺人致死，即司法機關，亦有殺人之權，若系冤枉，盡可據情控告，自有國法制裁，乃不此之圖。假若是風一開，不僅為國家者人人自危，而國法亦等於無用。」
孫家則向報界表示：「孫家雖有子嗣，無意報復施家，特向輿論界聲明。」但請求官方嚴懲殺人兇手施劍翹。
在天津地方法院的開庭審訊中，孫家聘請的律師孫觀圻從三方面分析施劍翹的罪行：其一，無視國法；其二，孫、施兩家結仇於十年前兩軍交戰之際，施敗而孫勝，敗而不降，當誅勿論，何況兩軍相爭，難分曲直，以此結冤，殺人報仇，實不可憫恕；其三，施劍翹暗自策劃刺殺孫傳芳出於冷酷，手段殘忍，犯罪之後，非但不自慚，反以膽量過人自炫，蠱惑民心。孫觀圻強調，如果不重判施劍翹，勢必助長暗殺之風與報復之悲劇。
孫觀圻言畢，施家聘請的律師余棨昌即反駁道：兩軍交戰，不可虐殺俘虜，自古皆然，何況現代戰爭？孫傳芳一不聽部下進勸，二不將俘虜交軍事法庭審判，擅自作主，殺人取樂，實屬不該……
由於社會大多數人同情「俠女」、「孝女」施劍翹，呼籲輕判或特赦施劍翹，最終，施劍翹被判處7年有期徒刑，並在服刑11個月後被國民政府特赦，恢復自由。孫傳芳家人及好友、僚屬本來對於7年有期徒刑的輕判就心懷不滿，如今施劍翹又被國民政府特赦，更是怨恨不已，但也是無能為力。
無法為父親「報仇」，孫家兒女只能以厚葬方式彌補和自我安慰。他們出資16萬元，花費三年多時間，在孫傳芳生前於北平西山臥佛寺旁購置的塋地上，建造起孫氏祠堂和孫氏陵墓。1939年3月7日，孫傳芳與元配夫人張貴馨，繼配夫人周佩馨同葬於孫氏陵墓。
孫傳芳生前曾對子女提起，死後一定要與何潔仙同葬一穴，但孫家子女並沒有照辦，何潔仙獨自被埋在孫氏陵園最後面的北牆腳下，這是一座土墳，碑上寫著：少亡人何潔仙之墓。
歷史評說
說起孫傳芳，很多人視他於「湘鄂戰爭」後改換門庭為投機，認為他在福建趕走王永泉為不義，其過程更是體現了他的狡詐。但筆者認為，此看法未免有失公允。
在湘鄂戰爭中，鄂軍實力較湘軍相差甚遠，孫傳芳也曾盡力一搏，但敗退在所難免。而王占元「辭職」後，孫傳芳手握兩師兵力，既不能與湘軍對抗，又不能與吳佩孚抗衡，而其上司王占元已下野，改換門庭勢在必然，投靠吳佩孚並非是對王占元的背叛，無可厚非。
在孫傳芳占領福建的過程中，雖然王永泉的投降使他兵不刃血進入福建，但王永泉的目的是以投直換取直系好感，然後將孫傳芳架空。而孫傳芳實力在王永泉之上，自然不能接受給王永泉當傀儡。可以說，正是因為王永泉把握著軍政大權不放，使得孫傳芳「外被群雄所困，內又見扼於王（永泉）」，因此決定剪除王永泉。他對王永泉表面欺騙，背後殺了個回馬槍，作為軍閥用兵之計謀，亦無可厚非。
孫傳芳占領福建後，周蔭人因不滿位居其下，不斷與之發生摩擦，孫傳芳為避免與周蔭人兵戎相見，導致兩敗俱傷，主動將福建督理讓給周蔭人，自己承擔邊防事務，因此得到周蔭人的臣服。從這一點看，孫傳芳待人寬容，不拘小節，頗有遠見。
此外，孫傳芳坐鎮東南時，公開財政，並由地方推廣到軍隊，由於監管有力很少發生弊端，「這種開誠布公制度在晚近治軍者多未曾見」；「廢除苛捐雜稅」，明文規定「苛捐雜稅有害商民者，惡除之」，使得「蘇省首裁附加捐稅，民譽大起，農民以負擔減輕而漲地價，聞最貴者每畝價一百五十元」。同時他善於用人，善於聽取多方意見。
孫傳芳一生有兩個大的失誤，其一，為出任五省聯軍總司令達到人生頂峰時，過於狂妄自大，輕易殺掉被俘高級將領施從濱，為此付出生命代價；其二，對奉戰爭的勝利使他目空一切，對北伐軍不屑一顧，錯失與吳佩孚合作之良機。而對蔣介石的「合作」要求置之不理，最終在40多歲的盛年被迫退出民國政治舞台。
在天津做愚公時，孫傳芳面對日本人的威逼利誘，堅決不做漢奸，值得肯定。
孫傳芳是北洋後起軍閥中最有縱橫之才者，而他風光於軍閥消亡階段，這就註定他難有大的作為，頗有生不逢時之感。倘若他最後投向蔣介石，結局定然會大不一樣。