在中石器時代，印度尼西亞的原居民的生產，漁撈仍占重要地位，而在沿海一帶的居民尤其如此。漁撈方法有了改進，他們不僅用魚叉或長矛刺魚，而且已經知道用魚網或魚習。在有些河流里還用一種有毒的植物，藥昏了魚來捕魚的，或者在溪流里築起了石子小堤，在缺口上放上魚曾，魚循著急流上來攢入到竹做的魚雪中。印度尼西亞居民當時常常到海邊去捕大海龜，以致在後一時期海龜的殼成為國際上名貴品，即所謂玳瑁。在沼澤地帶他們有時也捕殺鱷魚，如果鱷魚傷害了人畜的話。在新石器時代，無疑地已出現了獨木船和獨木加舷板船，溝通了島嶼和島嶼之間的聯繫，把石葉.石片文化廣闊地在群島上散布開來。獨木船和獨木加舷板船，不僅是交通的工具，同樣也是漁撈的工具。可見當時的印度尼西亞居民的漁撈活動範圍已經從沿海地區擴展到廣闊的海洋上了。
打獵也還是某些部落的重要生產。打獵是被看作集體的公共事業，大都在氏族的頭人領導下進行。氏族中所有男子都參加。他們帶著獵狗，使用弓和毒箭。他們那時最常見的獵物是鹿，其次是野獵；他們也獵取猴子.有些地方，打中鹿的時候，就地把鹿分給氏族內的各家族；打中猴子的時候，整隻帶回氏族的公所，供祭後再分。獸的血則放在竹筒里歸全村落人飲食。這種共同勞動的打獵生活，在有些部落里產生了一種大晏制度。也就是共同勞動和共同享用的原始共產主義生活的反映，全部落在大晏日中有種種禁忌，有的甚至禁止夫婦同居，有的部落在大晏日還必須獵得活的猴子。這種打獵生活使印度尼西亞居民非常熟稔鹿的習性，直到後來產生了具有獨特傳統的「聰敏的小鹿」的文學故事。同時，在有些部落里還以「犬」為他們的圖騰的，認為他們是「犬」的子孫。這些都表明：某些部落當時還是以打獵為主。
看來在新石器時代中國南方和印度支那一帶，已經有了飼養畜類的畜牧業.從印度尼西亞的地下發掘中，證明當時印度尼西亞居民已馴養了獵和雞之類的家畜家禽。蘇門答脂的巴塔族是以放牧大牲畜牛而聞名的。蘇拉威西的托拉查族也是如此，兩者都是原始馬來族，即在新石器時代遷入的。畜牧業當時已發展了。徵之於印度支那一帶盛產象和牛類，長期以來居住在那裡的少數民族有以牛的多寡作為財富的標誌，致送聘禮，有以牛為禮金的等等習俗，畜牧業的發達也可以肯定是在新石器時代。在越南中部新石器遺址中有象牙乎鐲出現，可能正是畜養象的證跡。
人們最初發展畜牧業，主要是為提供食物的儲備的，當初飼
養牛和水牛，不是一開始就用來耕田的。印度尼西亞人的部落最初還只限刀耕火耨的鋤耕農業，他們也是主要在這一農業生產時期逐漸遷移到印度尼西亞群島來的。他們從印度支那沿海地帶移入到馬來半島以及印度尼西亞群島各地，最初也是停住在沿海地帶。他們在沿海地帶也許是開始與原來居住於沿海地帶的部落發生衝突，或者驅逐了他們，或者相互融合起來，並且也接受了原住部落居民的生產和生活知識，知道了採制西米樹製成食物。這就大大增加了他們的糧食儲備。同時，他們也已經知道種植管狀塊根，例如水芋。這也許同樣是原住民地方學來的。他們肯定已有畜牧業，蘇門答臘的巴塔族，人類學者認為是原始馬來人，但他們以巴塔作為自己的族名，正因為他們是以遊牧為業的。Batak的意義之一，即為遊牧。但隨著時間的先後，部落所從事的生產自有所側重，某些部落先是以畜牧業為主，之後走上了更進一步的農業耕作。在這些遷移部落中有個米南加保部落，他們進入到蘇門答臘中西部的巴東高原，可能也是以畜牧業為主的部落。因為這一部落的名稱就帶有飼養牛的意義。而在柬埔寨的傳說中也有以飼牛而成為國王的故事，在遷移到印度尼西亞的部落中有以畜牧為主的部落是很有可能的。就因為他們以畜牧業為主，所以避開蘇門答臘東部平原的沼澤地帶而進入更利於放牧的巴塔高原和巴東高原。
在中石器時代，印變尼西亞的原住民的生產，儘管還是以漁獵為主，但已擴大了採集經濟的範圍。採集勞動經驗的積累，可食植物的品類的增多，再加上熱帶植物生長迅速和繁茂，使他們知道各種塊根塊莖是可食的。尤其象西米樹這種植物的採集使他們能獲得大量的食物。這在中石器時代石鋸的出現和石器中便於採掘的尖狀器的發達，使我們有深刻的印象。
但新石器時代遷移到印度尼西亞的部落，則在印度支那時已經知道了鋤耕農業，並且首先知道了栽種稻穀類，這不僅在新石器的工具類型上我們可以作出這種判斷，並且由於這一新石器文化同中國南方新石器文化關係之密切而得到證明；在中國南方新石器發掘中卻已有盛在陶器內的稻穀發現。這種稻穀的種植知識，無疑是會傳到印度支那來的。在爪哇新石器工具中已有石磨和石磨棒，即為稻穀生產已出現的證明。恩格斯說：「穀物的種植在這裡首先是由牲畜飼料的需要所引起的，只是到了後來，才成為人類食物的重要來源。」
鋤耕農業在有些島上也許已發展為灌溉農業，但在有些島上或者因為有野生繁茂的西米樹可以作為食糧，或者因為在海岸沼澤鄰近地帶，不利於鋤耕農業，而西米樹的採伐更易得到糧食，反而放棄了鋤耕農業，也有可能的。此外在沿海沼澤地帶，不大適宜於栽培穀類作物，他們就栽種水芋，而出現了所謂芋田。芋田的工作大都是由女子負擔的。婦女們在水芋成熟的時候，就撐著獨木船去採集芋頭。但不論怎樣，鋤耕農業和穀類種植在當時不僅出現，而且有所發展了。
在農業中，種植稻穀是當時印度尼西亞居民的最主要的生產。印度尼西亞地處熱帶，一年可分為兩季，即旱季和麗季。在雨季的時候，稻子不用灌溉也能生長的很好。所以在印度尼西亞既可種植水稻，也可種植陸稻(旱稻)。在印度尼西亞普遍流行一種「米母親」的習俗。認為米和人一樣是有靈魂的，並且給米以一種人類靈魂相同的名稱。蘇拉威西的托拉查人稱米的靈魂和人的靈魂為「塔旺納」。巴塔人稱米靈魂為「東迪」。爪哇人、望加錫人和武吉斯人稱米靈魂為「桑曼吉」或「西曼加」。這種對自然祟拜的觀念長期保存下來，正是印度尼西亞的先民是一個從事種植稻穀的民族的標誌。
農業的發展自然也隨伴著手工業的發展。手工業中最重要的一種行業就是造船業。造船技術也有它本身發展的規律，由於生產工具的改進，獨木船已經發展為在獨水船船身上加上舷板，擴大了船的體積和容量，並加上帆，就便於遠海航行。舷板是先把木頭削成了平面的板，然後用水濕潤了木頭，再用火燃炙使它彎曲過來，合成為船頭船尾的尖形的。但在稍晚的一些年代裡，那種完全用木板構成的船也出現了。
但從總的看來，這一時期，印度尼西亞的居民的生產是以農業為主的。農業的定居生活就改進了自己的居住情況和日用生活器具。高樁居屋的建築形式也逐漸從印度支那傳播過來。如果說，在中石器時期，印度尼西亞有些地方的原住民是營洞穴生活的，但也已經出現了一種圓屋和樹上家屋，象安達曼群島上民科比人，和菲律賓的海膽人(兩者都是尼格里多人)那樣。那麼這時候，至少是從印度支那中部高原遷來的部落，已經不象同時期在越南北部和巾部的新石器時代人還有營穴居生活的，而是主要建築起屋子來，營地面生活了。這種屋子的形式，就是在地上打下了一定數量的高樁，再在這高樁上搭上地板，升起柱子，蓋上屋頂。這在中國西南部少數民族中叫做「干闕」的就是。這種高樁居屋自然也同熱帶島居生活有關的，在島上既多沼澤地帶，又多濕氣，就地面建築居屋並不是很適宜的。同樣，同他們農業定居生活也有關係。一般的高樁居壁的下部，就是家畜、家禽的飼養地。
此外，陶器和樹皮布的製造也更普遍了，編織植物纖維的手工業也日漸發達了。據民族學的考察：樹皮布製造的傳統是維達——尼格里多人傳布下來的，而陶器的製造則是開始於印度尼西亞人遷來的時候。這種原始的製造陶器和樹皮布的新石器時代的傳統至今在印度尼西亞的偏僻地區，偶然還可以發現。
居住於中蘇拉威西西部的托拉查人還保存租制陶器的技術，他們取來粘土，把它在陰涼處埋藏起來，覆以新鮮的芭燕葉。之後把它取出，在扁平的石塊上用圓石敲打，並不時灑水，最後揉成團，用手把粘土捏成各種器形。大抵用大指姆從裡向外推，其餘手指則在外面捏制。然後在陶坯內部襯一屬圓石塊，用木棒在外面敲打，直到每處厚毒均勻為止。最後用手指把器口的邊緣向外轉翻，使它有個向外卷的口唇。
樹皮布的製造在某些偏遠處也還流行。做樹皮布的樹木，大抵是榕樹、桑樹和楮樹之類，用環剝法剝下樹皮，除去堅硬的外層，然後把內層軟皮摺起來，有時還把它煮過，包在棕櫚葉內發酵三天，直到纖維軟得可以打制時為止。一條樹皮一般為1米長10里米寬，一層層疊成氈，放在木板上，用錘打器敲打。錘打器往往接著一條彈性的藤條。經過充分錘打後，就成為一塊塊軟皮。也就是所謂塔帕(Tapa)或幅亞(Fuya),再予以風乾，塗上一種果漿，便柔軟如布了。這一種工作，大都是婦女擔任的。
應該指出：當時印度尼西亞人的部落遷移到印度尼西亞來，時間上既有先後，所到的島嶼又各自分散，各個部落到達的文化水平未必一致，各個集團的社會組織形態也是參差不齊的。有的還停留在母系氏族社會，有的則已過渡到父系氏族社會。或者還由於遷移過程中遭遇原住部落的抵抗，發生戰鬥，而出現一些畸形的組織形態，即所謂「雙系制」。
有人考察了存在於印度尼西亞社會的氏族制，作出這樣的區分：巴塔人、加約入、尼亞斯人、民大威人以及努沙登加拉居民是實行父系氏族制的；米南加保人和恩加諾島居民是實行母系制的；而托拉查人、達雅克人、爪哇人以及菲律賓的伊果羅人是實行雙系制的。
印度尼西亞的母系氏族社會，在某些地方可能到十二、三世紀時還存在。蘇門答臘的米南加保是一個特殊的例子。但據中國宋朝趙汝適的《諸蕃志》指出：自爪哇「東至海，水勢漸低，女人國在焉，愈東則尾閭之所泄，非復人世。」所謂「女人國」顯然是母系氏族社會的誤傳。看來，東部印度尼西亞，當時是有母系氏族部落分布著的。蘇門答臘的西海岸外的恩加諾島一向被稱為女人島，就是母系氏族制社會的誤傳。但整個印度尼西亞的歷史趨向，是應以最發達的爪哇為準則的。爪哇在銅鐵器時代，巨石文化所表現的社會形態已表明有深刻的階級分化現象。在印度尼西亞，大約在新石器時代晚期，已轉入於父系氏族制社會了。而有人把爪畦歸入於「雙系制」,這或者存在於爪哇某些地方而已，或者是由於部落的征服和被征服，部落的混合過程中產生的。
印度尼西亞典型的母系氏族制可從米南加保的母系氏族制的殘餘中看出來。印度尼西亞語言中有「蘇庫」(Suku)一詞，原義是四肢，或腳，也有四分之一的意思。但轉義為氏族或部落，或者稱「氏族「為「蘇庫沙卡」(Sukusakat)。看來「蘇庫沙卡」更確切的意義是氏族的聯合，即部落。當時的部落是有四個氏族結成的。「蘇庫」有四分之一的意思就是證明。四個氏族實行族外婚，在同一部落內則又是族內婚。四個氏族又分為兩組，即兩個氏族合成一組，稱做「拉臘斯」(Laras),原義為「和諧」、「一致」,這裡則有「胞族」的意義。大概是防止氏族間的血族通婚的，每一組的氏族內不許相互通婚，而只許同另一組的氏族通婚。氏族之下又出現家族公社，稱沙一布亞一帕魯伊(Sa-buah-parui)(意為同胞),象米南加保就是母系氏族家族公社。他們的家族只包括從一個女性祖宗所傳下來的子孫，不包括男性的子孫。他們有「共同的居住地，共同的墳墓地，共同的家屋，共同的稻田」,這種大家族公社住在一個村落的一個分區里，以最長輩的婦女的男性親人為族長，稱為邦胡魯(Pang-hulu),即頭人。(到農村公社時，這個詞兒也就成為村長的意思)。火家族公社下面還有小的家庭公社，稱做朱臘伊(Curai),意即「一球」或「一束」。每個家庭住在一個屋子裡，以最長輩的婦女的一個最老兄弟為家長，稱做馬麥克(Mamak),即舅父。部落的政治依靠二種會議，第一種是一個村落里各大家族公社的族長會議，第二種會議是四個氏族的氏族長會議。推動會議的決定的實際力量是家長和大家族長，而執行決議的權力則在氏族長手裡。氏族長是四個氏族推舉的，即部落領袖，是許多大家族長聯合起來的最高領袖，同時又同其他三個氏族長聯合起來成為部落政府的。這一種組織形態完全是原始民主制的。
這一種典型的母系氏族制社會，可能在新石器時期還相當普遍地存在。但鑑於馬來亞瓜家遺址夫妻合葬情況看來，父系氏族制顯然已經出現了。
可是從另一方面考察：由於印度尼西亞群島長時期以來成為人類的走廊，新的部落的遷入，舊的部落被逐出，就象海上的浪頭似的一個追著一個向東移去。據有些歷史記載，玻里尼西亞人就是在五世紀前後從印度尼西亞群島上遷移過去的。這種遷移的浪潮往往使新來的部落同舊部落的婦女——那些不便於遠航的人——通婚起來，因而也往往長期保持著母系氏族制。在爪哇極東角的巨石文化中，石棺外往往浮雕著大約是屬尼格里多種族的婦女形象。大眼、厚唇、扁鼻，兩腳叉開，兩手高舉。這可能是一種祖先崇拜的標誌。如果這種浮雕確係祖先崇拜的標誌，那麼,又可以肯定是母系氏族制的標誌。特別給人以深刻印象的是：東爪哇的辛陀王國建立以後，王權的世襲權是屬於母系的，即女兒的丈夫得以繼承王權，直到麻喏巴歇王朝時還是如此。這無疑是母系氏族制的殘餘。怕正也是由於新部落的入侵與舊部落的被逐的頻繁發生，於是有所謂雙系制的出現和存在。這裡，我們似乎從玻里尼西亞人的氏族制中可以探測到這種雙系制的秘密。據報導：
玻里尼西亞人的家族制度，一般是在男性家長支配之下的。但婦女不僅有財產繼承權，而且還保留著母系制繼承的形跡。一個人社會地位的高下不依據於其父親的身份，而依據於母親的門第。根據土阿拉島上某個上侯的世系圖，在它三十二代的世系中，由男子世系的是十三代土侯塔馬勒拉尼開始的，以前的世系都是婦女的名字。那土侯的前五代，代代是由母傳女的，掌握實權的丈夫卻不載在世系譜上。這一情況，有人歸因於征服部落收容了被征服部落的如女而產生的結果。儘管實權在男性手裡，但繼承權卻還保持在母系手裡。印度尼西亞存在過雙系制可能是由於同樣的原因。
但這裡所謂雙系制應該看作是由母系氏族制向父系氏族制的一種過渡，儘管繼承權屬於母系，但財產的管理權以及行政管理權卻操在男性家長乎中的。
由於農業、畜牧業和手工業的顯著發展，男子在生產中地位的日益重要，還由於母系氏族中作為母系家族公社的代表的最年長婦女的男性親人(舅父或舅祖父)在氏族部落公共事務中的權力的加強，這也就逐漸過渡到父系氏族制社會去了。首先在家族公社內的財產繼承關係有了改變，使母系本位的世系改變為父系本位的世系，讓子女留在父系家族裡，把財產繼承權歸之於男子，女子則從父系氏族出嫁到其他氏族去，不象母系氏族那樣是其他氏族的男子「入贅」到母系氏族的家族裡來。但這種改變，只涉及財產繼承權的移置，而並不曾馬上發生破壞集體共有制的。在父權制確立以後，婚姻和家族形態也改變了。母系氏族制的婚姻一般為對偶婚，到了父系氏族制，婚姻就改變為一夫一妻制，母系大家族就讓位給父系大家族了。這又轉過來促進了部落的大氏族長(酋長)的權力，並且也逐漸削弱了部落原始民主制的政治作用，並為階級社會——奴隸制創造了某些條件。總之，這一切都是起因於社會生產和家族經濟中男女所處的地位的變化，即分工而來的。但由於印度尼西亞境內島嶼的分散，部落遷入的時間的先後，社會發展不平衡的規律在整個民族歷史中起著一定的作用。在相同的某一歷史時期，母系氏族社會和父系氏族社會可能在各島之間，或在一個島的不同區域裡是局時並存的。
間於銅鐵器時期和新石器時期的巨石文化的表現中可以看出一些母系制過渡到父系制，和父系制日益確立的徵象。在中蘇拉威西的巨石文化中，作為祖先崇拜的浮雕像，女性的遠比男性的為少。蘇門答臘帕西馬離原，就很少女性的浮雕像，而有些石棺中卻表現了富裕階層的出現。父系制正是促使社會向階級分化的一個原因。
在父系氏族制社會裡還往往出現了所謂「統治氏族」。在一個部落里有二個氏族是固定互通婚姻而不與其他氏族通婚的，這兩個氏族就成為統治氏族。或者在一個部落下的每一個村落里有兩個主要氏族，他們大都是最老的氏族，其他氏族是由這兩個氏族分支出去的，因而成為統治氏族。有的地方這種統治氏族的每個男代表還都自稱是酋長。但也有一個統治氏族並未規定一個特定氏族和它通婚的。這種統治氏族往往賦有對部落的某些特權。例如蘇門答臘的巴塔族，統治氏族的酋長有課某種商業稅的特權，例如出賣大牲畜要徵稅等等。但這也許是後來發展的情況。
還有一種長屋制流行於印度尼西亞。長屋制也就如摩爾根在《古代社會》中講到易洛魁部落的長屋那樣：「他們建造長形的共同住宅，其面積之大足以居住五個家族、十個家族乃至二十個家族，每個家族都實行生活上的共產制。」這種長屋制在印度尼西亞的巴塔、加約(Gayo)、米南加保、達雅克、托拉查、桑義赫、伊里安查里、卡伊等地很為流行。達雅克人的長屋有達200米乃至300米的，各個家族都有自己的房間。前後都有長長的走廊。前廊為男性休憩或接待客人之用，後部則為女性做女工或紡織之用。這種長屋是幾個家族共同建築的。因而也得以共同使用。有些地方，一個長屋就成為一個村落。香來，這種長屋制是同氏族社會的共產制分不開的；由于氏族繁衍不盛，在一定的居住地上，為了防衛的必要，也為了共同勞動的方便，於懸出現了這種長屋。據稱米南加保定住於一個鄉付的只是一個家族，所謂Kampuang一調，是以血緣為紐帶的共同體的稱呼。之後馬來語中的Kampong,用來指稱鄉村，實際上後者是由前音演變而來的，但即由前者由血緣紐帶結成的共同體而衍變為後者的地方性的共同體。前者就是米南加保的大家族公社。米南加保人的長屋可以住七、八十人，他們都是由一個女性的先祖傳下來的。這種長屋制也阻礙著氏族社會的分化。看來，長屋制也正是部落集團在移遷過程中應於必要而產生的。
族外婚制度總是和氏族社會密切相關的，不論它是母系氏族社會或父系氏族社會，都實行族外婚制度。在印度尼西亞當時大概也存在著各種形式的族外婚制度。有一種形式是某一氏族固定地和另一氏族聯姻通婚。這在部落的兩個「統治氏族」之間，固然有這種情況，但也不限於「統治氏族」。這種固定的氏族間的通婚形式，又有兩種方式，一種是對等關係的，比如說，甲氏族的男子必須娶乙氏族的女子，反過來，乙氏族的男子也必須娶甲氏族的女子。另一種是聯鎖式的，比如甲氏族的男子必須婆乙氏族的女子，而乙氏族的男子，則必須要丙氏族的女子，丙氏族的男子則必須娶丁氏族的女子，丁氏族的男子則必須娶甲氏族的女子。這種聯鎖式的族外婚制度更使部落得以鞏固起來。這種族外婚制度無論在母系氏族社會或父系氏族社會裡都存在過。但它所選擇的女子往往總是母親的兄弟的女兒，以母系親屬為選婚的對象的。
這種聯鎖式的族外婚制度和父系氏族社會中的姑舅表通婚制不同。比如甲氏族男子必須娶乙氏族的女子為妻，甲氏族的兩個.家族的母親，都屬於乙氏族的，兩者也就是乙氏族的姊妹，兩家族間的男孩子和女孩子不能互為婚配，而必須娶母系氏族的母親的兄弟的子女。這就是說禁止從父系說來是從兄妹的婚配，從母系說來是姨母的兄妹的婚配，而只許娶母親的兄弟輩——舅父的女兒為妻。從女子方面說，是嫁給了姑母的兒子，從男子方面說來是娶了舅父的女兒。這就是姑舅表結婚。但反過來，男子不能娶姑母的女兒，女子自然也不能嫁姑夫的兒子。巴塔人把這一禁例是這樣解釋的「水怎麼會倒流到源頭上去呢。」
父系氏族社會一般是一夫一妻制的，但由於男權的加強，也往往會出現一夫多妻的情況。雖然如此，但還有所限制：一個男子不得同時娶兩個同胞姊妹，兩個同母兄弟也不得分娶兩個同胞姊妹。他們對這種禁例是這樣解釋的：「如果這樣，那就把兩塊磨石放在一個轉軸上了。」
在這種婚姻關係上，婦女已成為氏族家庭中的財產，於是出現了兄、弟如婚和妻、姊妹婚，即兄長死了後，嫂子就得嫁給其弟；妻子死了後，妻子的妹妹就得嫁給姊夫。在這裡，女子已經降落到奴隸的地位了。
但還有一種族外婚的形式，即在雙系氏族家庭里，男子必須娶母親所屬氏族的女子，在通婚上保持了母系氏族的傳統，但在財產繼承權上則實行父權制的，即只有丈夫有土地占有權等等。
總之，由於部落的不斷的移入，島嶼的分散，印度尼西亞社會發展不平衡的規律也反映在各種形式的族外婚制度上。但不論怎樣，原始共產制的社會性質在這一時期里還沒有被破壞，私有制還沒有出現。在當時，土地、獵場和山林都是屬於部落的公共財產，為各氏族所共同所有。在部落和氏族較發達的地區，逐漸將土地分給各大家族公社開墾和種植，成為家族公社的公共財產，但獵場和河沼、山林，依然為各氏族所共有，全體居民有權在那裡砍伐、採集和漁獵。而在勞動時，或者以氏族為單位或者以家族公社為單位，實行共同勞動。這種共同勞動的專名名詞，
在爪哇就叫做「戈同羅戎」(Gotong Royong);在馬來族之間就叫「克爾查沙馬」(Kerja Sama)。隨著歷史的發展，它在日後成為農村公社的變工組織，抵抗外來壓迫的手段，而有互助合作的意義。
在發展了農業、畜牧業和手工業的氏族社會裡，自然也出現了更明確的男女的勞動分工。在一般情況下，農業、畜牧業主要是男子擔任的，手工業象編織業和樹皮布的製造以及部分手制陶器，是婦女擔任的，居國的建築則大抵歸男子擔任，這樣，在分工基礎上男子地位就比女子遠為重要了，母系氏族制也就過渡到父系氏族制了。但也有特殊情況，或者另子更著重於大型家畜的放牧，從事漁撈和打獵，或者由於部落間的戰爭頻繁等等原因，女子成為主要的農業勞動者，這樣母系氏族制就歷久保存下來。蘇門答臘的米南加保族的母系氏族制一直保存到近代，就因為他們的婦女是主要的農業勞動者的緣故。
在這一時期，存在於印度尼西亞社會裡的圖騰制也有了發展。圖騰制是一定生產勞動的反映，大概起源於對自然的崇拜。狩獵氏族總以動物作為白己氏族的圖騰，畜牧業和農業出現了，於是有以畜牧和植物為氏族的圖騰，氏族聯合為部落時也就出現了部落的圖騰。民族學者調查了南部巴塔人的氏族圖騰，知道虎和豹是巴比亞特(Babiyat)氏族的圖騰；狗是東普爾(Tom-Pul)氏族的圖騰；猿和山羊是錫勒加(Siregar)氏族的圖騰；鴿是哈脂哈普(HarahaP)氏族的引騰；貓是錫薄斷博斯(Si-Pospos)氏族的圖騰。巴塔族的圖騰特徵是和他們以「遊牧」命名自己一族的情況相一致的。象這樣的附騰倒，看來是普遍於當時全印度尼兩亞的。凡是屬于氏族的圖騰的動物和植物都是禁上食用的。
氏族圖騰的發展就有部族圖騰的出現。或者以原始氏族發展為部落，那一氏族的圖騰就成為部族的圖騰，象澳大利亞人的氏族部落那樣。或者整個部落發展了某種生產作業，例如飼養水牛等，就以這一種生產作業作為部族的圖騰。如果米南加保的原名，確如范·德·瓦爾的辭典指出那樣：Menangkabau是Pinang Kabau的轉訛，那很有可能解釋為水牛部族的檳榔氏族。他們的天地創造的傳說也同大牯牛有關。他們認為地球就象一個圓盤，放在一條大牯牛的角上。大牯牛站在一個卵上，卵又在一尾魚背上，魚則在無垠的大海上慢慢遊動。在海底下有著黑暗的空間。有時飛蟲進入牛耳里，牛便搖頭而成為地震。這一傳說看來是同他們部落生產有關係的，牛的飼養已成為部落的主要生產。水牛也就成為他們部落的圖騰了。
據民族學者指出：印度支那的占婆人從古以來就有兩大氏族，即檳榔氏族和椰子氏族。在傳說中檳榔氏族的建國，是一個檳榔花苞中剖出來的一個男子，由牛奶餵大，同一個部落酋長女兒結婚，因而成為國王；椰子氏族的建國，是一個椰子實中出來的孩子，成為部落酋長的飼牛者，並同酋長女兒結婚而為國王。這些傳說，雖然各有不同的氏族圖騰，但都與畜牧業——飼牛發生聯繫，並且它們都是同酋長女兒結婚而成為國王的，這又表明是從一母系氏族轉變到父系氏族的形跡。這一傳說也出現在《馬來紀年》的傳說中。占婆人正是印度尼西亞人種系的一個部族，和米南加保人是屬於同一種族的。這一關於檳榔部落和椰子部落的傳說，可能同米南加保人的命名由來有關。
氏族和部族的圖騰是和原始社會的自然崇拜觀念有聯繫的，而自然崇拜觀念又往往是在生產勞動中產生的。在印度尼西亞當時，由於農業的普遍出現，便有「米母親」的崇拜，把米母親看作為是同人有同樣的靈魂的事物。他們認為米是會思想會感覺的東西，米的靈魂存在於每株稻子和每顆米里，在舉行收穫祭時，由田裡拔出一株稻子代表米靈魂的集中，稱它為「母親」或「祖母」,「舅舅」或「祖父」,而把其他田裡的稻子稱作「孩子」或「外甥」。於是對「米母親」就有種種禁忌，在稻田裡不敢脫衣服，
難產的女屍不能經過稻田，在稻田內不得談穢衰話等等。這種對米的崇拜，不僅反映了印度尼西亞是個農業民族，而且反映了對農業勞動的尊崇心理，但這已越出了氏族圖騰的範圍了。
在對米的崇拜同時或者還較早出現的是對方角石錛或鶴嘴錛和有肩石斧的崇拜，即對生產工具的崇拜。我們在中石器時期，
已指出當時居民對手的崇拜是一種雙手征服自然的不自覺的勝利感的反映；對生產工具的崇拜，也可說是對手的崇拜的勝利感的繼續。石鋒石斧等生產工具正是人類的手的繼續發展或延長，也是對人類自己創造的用來征服自然的「武器」的崇拜，是人類的自豪感和信心不自覺的反映。在印度支那的束埔寨三隆森新石器遺址中，發現一種肩柄不很發展的石斧，但磨製極為光澤，並且保持幾何學的勻整，而石質則是不堪實用的。在越南南部多樂新石器遺址中發現兩個磨製石器，是一種尺寸極大的長方形有肩石斧由蛇紋岩製成，是已發現物中磨製得最精巧的。在南蘇門答臘和西爪哇，不少的鶴嘴錛和方角石鑄常常是用半透明的蛇紋岩、玉髓和瑪瑙等次等寶石製成的，而且有些尺寸特別大，沒有使用痕跡。這一突出的現象曾使某些考古學者認為那種石斧、石鑄是在舉行某種祭儀時使用的。但不論它如何作為祭儀時的供祭物，而其本質的意義則是勞動人民對生產工具的崇拜觀念的反映，是對自然崇拜觀念的對立的發展，是他們賦予石器工具有一種超自然力量的神秘觀念的反映。這就為後來巨石文化的出現準備了條件。
由于氏族社會的進一步鞏固，與這種自然崇拜和對生產工具崇拜觀念同時出現所謂祖先崇拜的觀念。祖先崇拜觀念在印度尼西亞整個萬史進程中始終是存在的。不少印度尼西亞的鄉村，有在村的入口處或在村中豎立一個木雕像的習慣。這雕像就是同一氏族的村子裡的祖先。在印度尼西亞的木雕塑像中，有男子的雕像、也有女子的雕像。在巨石文化中，大都在石棺前面刻有女性肖像或石像，這種祖先崇拜的風習，大概是起源於新石器時代印度尼西亞氏族社會發達階段的。
圖騰觀念、自然崇拜和祖先崇拜等等觀念的結合便產生了萬物有靈論，出現了原始宗教。原始宗教觀念固然是人類對自然現象的幻想的反映，是人類對自然力量無法克服的軟弱的表示，但它的每一觀念的產生沒有一樣不和他們的生產和生活鬥爭有聯繫的。一方面對每一自然現象給以生命和靈魂，並且賦予以神秘力量而尊之為神；另一方面卻又賦予人類本身以神秘力量，出現了魔法，並且隨著氏族部落的發展，特殊的人物也相應出現了，有所謂「祭司」和「巫現」(Pawang dan Tukang Sihir)。這樣，原始宗教信仰又轉過來為階級社會出現準備了條件。
據民族學者調查：印度尼西亞最落後的民大威族，相信在自然界存在著幾種神祗，他們把天神叫做Tai-ka-manat,把海神叫做Tai-ka-bagakoat,把林神叫做Tai-ka-leleu,把土地神叫做Tai-ka-Polak。這種不是對個別自然現象給以神的名稱，而對某種類別的自然現象給以神的名稱，那就表現出他們的思維活動已從具體的個別的認識而進到抽象的一般的認識，原始宗教也就在這種抽象的一般的認識(自然是以歪曲的形式出現的)基礎上建立起來了。
雖然如此，由于氏族社會階級分化還沒有出現，抽象的宗教觀念並沒有十分發展。印度尼西亞人在生產和生活的鬥爭中，始終還保持對人類本身力量的信心。雖然把人類看作是自然的一部分，處於自然人的狀態，但也表現了人類力量的強大，對手的崇拜和對生產工具的崇拜是一種突出的表現，就在他們的諺語中也有把人類看作是自然的集中的表現，認為人死後也就還原為各種自然現象，他們說人死了是——
靈魂變成了精靈，
頭髮變成了草叢；
內體變成了土地，
骨頭變成了礫石；
血變成了流水，
呼吸變成了風吹。
同生產和生產技術發展一起，這一時期的印度尼西亞人，也相應地豐富了藝術感和出現了各種藝術品。除石器工具製造已具有幾何學的均整，和有特殊寶石制的祭儀時用的非常精美的石斧、石錛外，還有各種帶有幾何圖案的刻紋陶。這些幾何圖案，有波紋的、回龍紋的、葉紋的、圈紋的、樓角紋的、金錢型紋的和線紋的，都以相互對稱形式出現。建築藝術也有相當的發現，特別表現在今天還遺留在巴塔人和托拉查人馬鞍型屋頂的建築藝術上。這種屋子大都是樁上家屋，有的是架在石柱上，有的牆壁象斗似的向外傾斜，屋頂形式是馬鞍形的，有一條隆起的脊樑，脊端極為尖銳，象兩支彎而上翹的牛角，所以又象牛頭。這種建築形式也見之於後一時期的銅器的刻鑄上，肯定是早已出現於印度尼西亞的銅鐵器時代之前的新石器時期了。同時，貝鐲和石鐲作為裝飾用的藝術品也出現了，而且還分布得相當廣的。編織藝術和各種盛物袋的製造——工藝美木，在中石器時代已有發展，在這時期也必有更多的發展了。