大致在三世紀以前，印度尼西亞是有自己的獨特的文化和宗教思想的。但在這以後，印度勢力的侵入帶來了印度的宗教和文化，並且逐漸深入於印度尼西亞社會，而成為統治階級的指導思想了。
自從一世紀印度人勢力向南海各地發展以來，就帶來各種的宗教思想。在印度尼西亞範圍來說，首先是佛教，在巨港、爪哇和蘇拉威西，都留下了三世紀以前阿摩羅跋胝式的銅佛像和石佛像；但同時也已由印度商人帶來了婆羅門教。共中以印度教的濕婆教派為最主要。首先在東加里曼丹出現濕婆教的古戴王國。在西爪哇曾一度出現過信仰毗濕奴教派的多羅磨王國。但之後，印度教之在中爪哇，大體上以濕婆教派為主了。也許這一濕婆教派同東加里曼丹的古戴王國有些聯繫，如果我們考慮到中爪哇的迪延高原的濕婆教聖地和東爪哇迪納雅石碑上出現的婆羅羯濕婆羅或缽底羯濕婆羅聖地是同古戴王國婆羅羯濕婆蘭的聖地的意義相同的話。
據七世紀末義淨報導：南海各國佛教當時還都是小乘教派，只有末羅游稍有大乘教派。但到八世紀後，僅就爪哇來說，已是大乘教興盛時代了。大乘教在印度大致興起於紀元前三世紀而盛行於五、六世紀，七世紀佛教在印度已經衰落，當時僅以帕拉王國的那爛陀寺為中心。相反，佛教打向中國和東南亞大大發展了。八世紀前後，印度尼西亞一時成為東西方佛教徒訪問的中心。大乘佛教是更適合於統治者階級利益的。它認為，人人都有佛性，人人都可求菩薩道。所謂菩薩道，也就是「上求菩提，下化眾生」。自龍樹至無著和世親即自以「空」的哲學為基礎的中道論，到以「妙有」為基礎的唯識論，也就日益發展為統治階級利益服務了。
龍樹的所謂「空」,並非是「虛無」,而是「非無非有」,一切皆空的「空」,不是有，也不是無，也不是有無。正如他說「眾因緣生活，我說即是空，是亦為假名，亦名中道義，未曾有一法，不從因緣生，是故一切法，無不是空者。」他還說：「佛說大乘諸法，若有色無法，有漏無漏，有為無為等諸法相：入於法性，一切皆空，有為法空，無為法亦空，我空，無我亦空，生死空，澀槃亦空。煩惱空，菩提亦空，有空，無眾空。」(中論)這裡所謂空，也就是說是抹殺生死、有無、人我以及共他一切對立物的界限，而使之成為一體，無以名之，名之曰「空」。這就是幫助統治階級，下化眾生，調和壓迫者與被壓迫者之間的矛盾而說教的。龍樹的巾歡論或中道論正如其名稱所表示的是為統治階級說教的折衷主義指導思想，是階級調和論的反動思想。
但「真空」還必須「妙有」。無著世親繼之而起，提倡萬法唯識論。他認為識有八識：(一)眼識(二)耳識(三)鼻識(四)舌識(五)身識(六)意識(七)末那識(八)阿賴耶識。其中，第六識意識是就心向外思辨和了別的意識活動，第七識宋那識，是就心向內面思量審察的意識活動。第八識阿賴耶識，即藏識，是一切諸法的根本，攝持諸法種子的心。宇宙萬物都是從包藏在這個識中叫做種子的功能勢力而開發而生起的。這是絕對主觀唯心主義的哲學。這是為絕對專制主義的君主和奴隸主說教的，故有人也把阿賴耶識說成是心王。宇宙萬物既是阿賴耶識的種子所生起，則世間眾生，自也應受最高統治者所支配：生殺予奪必須唯命是聽。眾識依存於藏識，即心之王，則眾生亦唯有依存於統治者的王了。
唯識論是同印度的瑜珈恩想相混合的，並且導向密宗。《瑜珈經》說為獲得神通力須有五種方法即：「生得、藥品、咒文、苦行、三昧。」
而到了佛教的俱舍論也就成為-—「神境五：修、生、咒、藥、業、成故。」這樣，統治者階級就得以獲得通神之力來統治人民了。而其巾虛偽的「苦行」,念念有詞的「咒文」,就成了欺騙人民、威嚇人民的重要手段。
「印度教」在印度是新婆羅門教。它是同佛教幾乎同時產生的，是婆羅門教的革新運動，是從多神教向一神教發展過程中產生的。最初出現的是婆伽吠陀教，以信仰毗舍提婆為最高神。以後就演變而為毗濕奴教派。另外還出現濕婆教。在印度尼西亞七世紀以後，濕婆教派便極盛行。
濕婆教的信仰的特徵就是對林加的讚美。林加是性的標誌。這是一種原始民族對生殖器崇拜的遺留。據稱性標的崇拜是起源於印度原住民達羅毗茶人，次第侵入到雅利安人的文化中成為信仰的一種要素。同這有關聯的，對女神的崇拜也從達羅毗茶人的信仰而被確認了。
濕婆的配偶神通常是烏摩或杜爾加。前者己見於《奧義書》,後者則見之於《摩訶婆羅多》。杜爾加是住在文迪亞山中的處女神，是殺戮水牛魔的女英雄，好酒肉及其他犧牲，又說是克利希那(象鼻神)的妹妹。據稱她也許是居住於尚未開化的文迪亞山上原住民所崇拜的處女神。所以在印度教中，女神崇拜頗為盛行。婆羅摩神的配偶神是薩羅伏帝，毗濕婆神的配偶神是羅羯須彌。在三塊856年建立林加的屬於昆巴約尼的碑銘中也看到對這個羅羯須彌女神的頌讚。
在毗濕奴教派下有兩大宗，即婆伽吠多宗和潘查羅多羅宗。兩大宗下又有小派別。後者共有五個小派別，其中有羅摩小派，這是以頌《羅摩衍那》為主的一派，把羅摩看作是毗濕奴的化身，說他是常住的梵，予以崇拜的。作為毗濕奴派之一的還有阿加斯查派。
總之，正統的印度教大體可以分為(一)以毗濕奴為最高神的毗濕奴教派。(二)以濕婆為最高神的濕婆教派。(三)以女性原理——從對杜爾加女沖的崇拜到對性力的崇拜—-為基礎的薩克提派。(四)不甚流行的婆羅摩派等。
但不論佛教還是印度教到了印度尼西亞後都有些不同的特色。
關於佛教遺址，在印度尼西亞以中爪哇為最集中。儘管佛教的最早傳入是在蘇門答臘，特別是巨港。最著名的蘇門答臘的佛教遺址是在巴塔人地區的巴東拉瓦斯，但這裡的佛教建築大都是在十世紀以後的；巴唐哈里河旁的佛教遺址和甘巴河的上游穆阿臘塔庫斯地方的佛教遺址也是一樣，雖然其中偶然有一些六世紀的雕塑樣式的石佛像。這看來，在室利佛逝時期是以蘇門答臘的巨港為它國際貿易的中心，而以中爪哇的馬吉冷和普蘭巴南平原為它的佛教聖地而建築起來的。在這裡，第一個佛教建築，據778年卡拉散碑銘報導，是為崇奉一位叫多羅的女菩薩而建立的。人人具有佛性，只要能行善事，人人可以求得菩薩道以至於佛陀。這是大乘教義。但為女菩薩建立聖殿在佛教中是少見的。我們把多羅女菩薩看作是由求那跋摩勸說而改信佛教的閣婆國王母不是完全無理的。在碑銘中還說到將卡拉散村(這個村現在還保存著)施含給僧侶團體，作證人的有「盤固」、「塔宛」和「帝力卜」。這些職務名稱也不能從梵文中找到，必然是爪哇固有的，或者他們是部落中的職位稱號，或者是寺院中的職務稱號。雖然賜村或「村封」是佛教國家常見的事，但它還是按照爪哇古老習俗來行事的。
大概有五塊用古納加里文字書寫的碑銘保留至今。在一塊782年克路拉克碑銘上說到夏連德拉王朝的因陀羅王，由於來自高迪的高僧庫馬臘果夏建立一個文殊室利菩薩像，但是婆羅摩、毗濕奴和摩酸濕婆羅(濕婆)還是更高的存在。同時還指示這石像要由後王保護。這就可以看到把佛教的菩薩和印度教的天神混合在一起是當時佛教的一種思潮。這表明佛教當時還為自然力量所形成的因素所限制，在佛教思想中還同時祈禱印度教的天神。這也可以看出爪哇社會是為奉祀天神(自然神)的一種潛勢力所支配的。所以，久而久之終於成為濕婆教盛行的地方。這一碑銘不能著作是婆羅門教的天神世界已服屬於一種佛教思想，而是把佛陀和濕婆神看作是同樣的最高存在。這裡可以看到兩個教派的混合主義。這不同於印度，佛門與外道往往是兩種對立的勢力。
人們鄭把帕旺陵廟、門杜陵廟和婆羅浮圖陵廟看作是代表大乘佛教的建築。「帕旺」這詞在爪哇語中是「廚房」的意思，是因陀羅王建築它用來焚燒自己的骨灰的。據稱「Candi」這個詞是出之於印度的「Chandigriha」,意思Chandi之家。「Cha-ndi」則是死之女神。所以所有被稱為「陵廟」的建築，大部是儲藏和埋葬國王的骨灰的地方。從巨石文化傳統來考察，印度尼西亞人並不流行火葬的。火葬是印度傳來的風習。但象婆羅浮圖那樣的佛諾是否是理葬國王的骨灰，在過去並沒有人提到過。相反，根據佛教聲言，佛祖死後，舉行火化，其遺灰分給八城瘞葬。其後阿育王下令掘開七處，取遺灰分置8,4萬個瓶瓮中，凡佛教徒所到之處即授予一瓶，令其就地埋葬。許多佛塔總是有作佛祖埋葬骨灰的。但近來有人主張，認為婆羅浮圖連日本占領時期發現的最下一層，一共十層，是因陀羅王為埋葬他九代祖先的遺灰而建築的。因陀羅建築了門杜陵廟和帕旺陵廟。在門杜陵廟中有一尊佛陀雕像，它坐在兩個菩薩雕像的中間。同時還在壁上刻上九個佛教徒像。人們認為這個佛教徒像實際上就是因陀羅的九世祖先。因而也把婆羅浮圖的露在地面九層也認為是埋葬他的九世祖先的骨灰的。據日本占領時期的發現，其最下一層，即第十層的建築和雕刻和露出的一樣；但給它埋住丁，不知由於什麼事故沒有把因陀羅骨灰埋在那裡。據824年卡朗登加碑銘，山帝王朝已經要由帕塔潘贈賜土地來保護陵廟的看守人生活，也許正當婆羅浮圖建成以後，王朝已經衰微；帕塔潘這個崛起者曾一度把山帝王朝推翻了，而讓它保留了一些村地苟延殘喘下來。
但這是一種推論，未必合乎事實。就婆羅浮圖的結構和石刻來著：顯然是以佛教大乘教的教義為指導的。據報導在行廊的上層石欄，從主壁上層和下層的雕刻和浮雕來看，除主壁上層為佛陀生前行事外，都是各科流行於印度的民間故事。而這些故事都脫離不了菩薩，即「上求菩提，下化眾生」的精神，抹殺階級界限，提倡善有善報，以及營薩捨身救濟眾生等等。它硝實盡了為統治階級說教的作用。而它之所以建成十層，也正合大乘教「十地」之意，即要修成佛陵的十個階段。據稱有一塊842年夏連德拉女王帕臘莫達凡達尼的碑，稱婆羅浮圖為十層積德之地就是大乘佛教「卜地」之義。
但從雕刻藝術的角度來看，婆羅浮圖顯然是具有爪哇本土的風格的。石工們根據自己的生活體驗，結合了印度故事，馳騁著想像，因而構成了畫面。首先，這佛塔是建立在一個山丘之山。這是同印度人的信仰須彌山的觀念相吻合的，他們以須彌山居天地之中，成為世界的軸心，分布五嶽。但這也同印度尼西亞人設地壇以祭山川之神的觀念相適應。石地壇即象徵高山。而有些印度尼西亞人的石地運也正建立在高山上的。在壁雕和欄刻中雖都是印變故事，但生活畫面卻是印度尼西亞的。例如椰樹型的植物和出海的船舶，很容易使人想到銅鼓上刻繪的載魂船和象沙拉亞納銅鼓上的樹木之類。但它顯然已將這些傳統的技巧運用到磚刻上，而更多滲入了印度藝術的因素。其巾保持印度藝術因素最多的自然是佛陀像，所謂禪定佛，看來都採取了印度藝術的風格。
可是其他陵廟，特別是濕婆教的陵廟，十、九都是國王理葬骨灰之所。而這種陵廟則又大都同「自由領地」結合在一起建立的。當時的印度教和佛教的統治者都把自己看作是天上的神降生於世問的，而死後則又轉化為神。所以在陵廟中埋葬骨灰的地方總是在佛陀像或濕婆像豎立處的下面石寇之中。
關於印度尼西亞的濕婆教，實際上也是混雜了大乘教和毗濕奴教的某些因素和傳說的。我們看到在832年帕塔潘的甘達蘇利的碑銘上，一開始就寫道「敬奉濕婆，獻身於大乘佛教」,好象兩者是「合而為一」的。我們在前面講到，阿加斯查教派本來是屬於毗濕奴教這個大教派之下的羅摩教派的，也就以頌禱羅摩，宣揚羅摩衍那的神力為職責的。但在爪哇，特別是東爪哇，卻把它——阿加斯查聖人隸屬於濕婆教派之內。這多半是由於印度教傳入的當時，東爪哇還處於母系公社的緣故。濕婆教的最主要的特徵是對林加的崇拜。同時，女性的神也提到很高的地位。人們指出這是文迪亞山上原始居民和達羅毗茶人文化影響了雅利安文化的結果。而更正確地說，是母系氏族公社的社會結構在宗教思想上的反映。如果讓我們把建立於葛都的732年章加爾碑銘和建立於臘圖巴卡的856年的三個簡短碑銘加以比較，則所謂濕婆教也更趨向於神秘化了，對性力的崇拜也更明顯了。它一方面把現實的人王給予天上的神王的名稱，既講到苦修的生活，又講到女性隨侍左右，稱頌毗濕奴之配偶神羅羯須彌的英勇無敵，把地上的爭奪政權的鬥爭幻化為天上神國的戰爭。這種對神權的高歌頌揚，事實上正表現現實的政權的虛弱。歷史正處於變革的時代。
傳入東爪哇的印度宗教文化無疑是緊接著那裡的巨石文化的。從巨石文化的石棺墓上的浮雕女人像來看，我們認為那裡還是大量地存在著母系氏族公社制。這就對於濕婆教的性標柱的崇拜和女神的崇拜有了很好的土壤。但印度教的傳播者卻往往以羅摩衍那的故事來吸引群眾，這樣也就把本來在印度屬於毗濕奴教派系統的阿加斯查小教派同濕婆教的性標柱的崇拜混合起來了。
不論東爪哇或中爪哇，濕婆教的傳播和深入是同僧侶及王族之兼併土地分不開的。這在我們前一節的「自由土地」的分割里已經談到。因為，也只有在濕婆教義更能適應公社的現實情況，並且爭取得更多信徒的時候，這種掠奪部落或公社土地的「自由領地」制才便於確立起來。但因之，公社的成員卻也往往利用濕婆教來團結自己一階層人起來反對維護這一制度的統治者。歷史因之就被這一動力從奴隸制推進到封建制去了。
但印度文化的輸入，對印度尼西亞人說來，其最大的「功績」是文字的出現。
在印度尼西亞首先有文字記載的歷史是四世紀古戴王國和多羅磨王國的碑銘。但它們都是用拔羅婆字體書寫的梵文。它顯然不是屬於印度尼西亞人自己的文字和語言。只有到了七世紀末，義淨所說的崑崙語才不僅只是生活上的語言，而且還成為溝通梵文的中間語言了。這就是說，它已能負擔起對梵文經典的翻譯的任務了。而在683年，我們就看到用拔羅婆字體書寫的古馬來語的碑銘。這應該說是印度尼西亞人文化上的一大步躍進。
據阿拉伯人報導，被稱為闊婆格的室利佛逝王國，是有「國史」的。但我們不知道這國史遺留下來，也許在戰爭中失去了，也許用貝葉寫的國史不易保存而消失了。可是我們由此卻知道它文化所達到的階段。
之後，在750年的迪納雅碑銘上終於出現了古爪哇字體，即所謂卡威字體。由此向前發展，我們又在諫義里附近蘇甲巫眉村地方為建立哈林津河渠而建立的784年的碑銘，就是以古爪哇字體來書寫古爪哇語了。之後，又在824年的卡朗登加碑的一部分上面出現古爪畦語碑銘，在832年的甘達蘇利石刻上出現古馬來語碑銘。古爪哇語和古馬來語基本上是相同的，大概就是義淨所稱為「崑崙語」。這樣，印度尼西亞人的語言的文字化就一步步向前推進了。這不僅是文化上向前推進的標誌，而且還是印度尼西亞王國和政權的民族化和本土化的重要標誌。在這一方面說來，室利佛逝王國的建立是首先起了推動作用的。
據報導，在爪哇的山帝王朝不僅在建築藝術上有很大的發展(例如婆羅浮圖的建築，十九世紀初的英國殖民者萊佛士曾譽之為遠遠超過埃及的金字塔。雖然它們都是花盡了奴隸勞動，榨盡了人民血汗，但它藝術的精深卻正是勞動人民智慧的發揮。),而且在文學上也加以注意。據稱有個名為季登達臘的羅闔，曾命令把梵文的《阿摩羅摩羅》翻譯為爪哇語言。這是印度的一本著名文學作品。這作品有許多天神的名字，就它還留下來的破爛的一部分來看，大都是在印度原梵文名字下，就用爪哇語來注釋，就像一部詞典那樣的。它成為爪畦人學習梵文的很好工具。看來它對後來爪哇對梵文文學作品如《摩訶婆羅多》、《羅摩衍那》之類的翻譯起了很大的作用的。
最後，我們對印度尼西亞自一世紀前後到九世紀末的歷史大致可以概括為如下幾點：
(一)在這一整個歷史時期，大致可以認為馬克思所描述的以東方公社為基礎的普遍奴隸制的階段。而在廣大的島嶼上還存在著部落制度；但在主要的島嶼和港口上卻已建立了奴隸制的專制主義的王國。
(二)自一世紀到三世紀，是印度人勢力侵入印度尼西亞的第一個階段。印度人也許在個別地方已建立了奴隸制王國，如毗.騫國。但在絕大部分地方，還只限於商業勢力和佛教勢力的滲透。而在個別港口有了商業殖民地，如西爪哇的多羅磨王國的前身葉調國，而象巨港那樣，則出現諸薄國，象占碑那樣出現歌營國。看來諸薄國也許是印度化的國家，而歌營國也許是印度人殖民王國。
(三)但自四世紀起到六世紀，印度人的殖民王國更多了。古戴和多羅磨是顯著的例子。而蘇門答臘的婆利國，很可能是毗霉國的繼續，占碑和英德臘其利的訶羅單國，以及後起的干陀利王國，若不是印度人的殖民王國，便是印度化的國家。而在爪哇則出現了婆皇國，多半是建築迪延高原濕婆教聖地的印度人殖民王國；還有馬吉冷一帶的娑達或槃達國，多半是求那跋摩勸說改信為佛教的閱婆國。在這時期，法顯所到的耶婆提國，應該就是多羅磨國。這是印度殖民勢力普遍發展時期。
(四)「物極必反」。印度人殖民必然引來了反響，民族化、本土化的潮流興起了。七世紀末葉，以馬來人為中心的室利佛逝王國興起了，直到九世紀末，它的勢力不僅及於爪哇，而且擁有了整個馬來亞，直到班當灣。其中作為它的同盟的有中爪哇的山帝王朝；作為它們的共同屬國的有散查亞王室；而在整個印度尼西亞群島則有如義淨所說「九個洲」等大小國家。在這時期里，就是印度人所建立的王國也本上化了，印度王族的血統也混合到本地人裡面去了，因而構或了印度尼西亞的貴族階級和奴隸主階級的因素之一。散查亞王室和卡查亞納王室可能混有印度人血統，但他們已是印度尼西亞人了。其證據之一，他們都是由母系氏族的繼承權而獲得王位的。
(五)在這最後一個階段的歷史時期里，社會還是普遍奴隸制社會，即以東方公社生產形態為基礎的；但已出現了奴隸主莊園制，即「自由池區」的分割。這樣引起了幾對矛盾：一、部落和「自由領地」的矛盾；二、所謂「統一體」的國家和「自由領地」及部落的矛盾；三、世俗地主「法定地區」的出現同部落的矛盾；四、但最主要的是廣大部落制度下公社成員和奴隸同奴隸主及世俗地主的矛盾。歷史就在這些矛盾中開闢了道路。
(六)在所謂國家政權中則是一種教階制的國家，是政權和神權的統一的國家，國家政府中的宮吏也都有宗教等級的身分，正如我們在伯羅碑銘和阿爾加普臘碑銘中所看到的。因之，在社會上也出現了各種宗教團體，有的還形成為教族。九世紀中葉以後，中爪哇的山帝王朝是沒落了，而濕婆教的教團或教族則興起了。碑銘上所謂蒲·昆巴約尼多半是由東爪哇發展過來的教族，而所謂蒲·馬奴庫可能是存在於中爪哇的一個教團或教派的名稱，教團和教族的興起，則又成為削弱教階制的高級單位的奴隸主國家的統治力量的。
而印度尼西亞奴隸制王國也就此要結束了。