印度尼西亞建國的歷史是和港口的繁榮分不開的，而港口的繁榮又往往同貿易航道的改變而有變化。這似乎已成為群島國家興衰的歷史規律之一。
自從馬六甲在1511年為葡萄牙所占領以來，素丹馬哈茂德以賓當島為根據地，不斷進行了反葡鬥爭：製造內部事變，策動陸上進攻，實行海上封鎖。因之，馬六甲海峽顯然不再是很好的唯一的交通航道了。各國商人為了避開馬六甲海峽這一不安全地帶，往往經由巽他海峽，繞道蘇門答臘西部海上，作為航行的通路。淡目王國的尤奴斯在1512年進軍馬六甲，繞道蘇門答臘的西部海上，又從亞齊的北面海上折向馬六甲海峽，這一大膽的措施雖然失敗了，但卻為各國商人開闢了一條新的航路。因此，爪哇的西部萬丹區域，蘇門答臘北部的亞齊區域都逐漸成為重要的港口了。而且白於淡日王國的建立，爪哇的政治中心也移向中爪哇。這也改變了麻喏巴歇王朝時代對西爪哇鞭長莫及的形勢.淡目的霸權是在向東部爪哇和西部爪哇同時發展基礎上建立的。
馬六甲的陷落無疑阻礙了爪哇商業勢力向馬來半島的發展。這就促進了淡目王國對爪哇本部統一國內市場的要求：所以在1521年特林加納親王即位後，就對異教徒(指信仰濕婆教和佛教的)的小王國實行武力征討和宗教滲透辦法來統一爪哇。
西爪哇巽他地區，雖然經過麻喏巴歇王朝的一度征服，並且成為它的屬國，但它始終保持著獨立，有它自己獨立發展的歷史。早在一個世紀以前，那裡存在著一個名為帕查查蘭的印度教派的王國；首都是在怕庫安，即今日的茂物附近地方。-這個王國在十六世紀初，領有萬丹、巽他卡拉帕(即今日的雅加達),及其他象朋坦、芝坎迪、坦格朗(文登)、芝馬斯等各港口。但這個國家偏向西陲，不是從馬六甲到馬魯古的重要航線必經的港口。十五世紀以來，爪畦的重要港口又有革兒昔、查帕拉等地，這樣，益發使它與世隔絕了。當時，他作為一個商業國家是意義不大的。
這個國家的人民，大半還閉關自守地生活著；儘管那裡是生產胡椒的一個重要區域，但大都給集中到中爪哇和東爪哇去出口。直到十六世紀初，他們還崇春著印度教派的天神，各地有祭神社廟。據說，當時那裡還存在著尼姑庵，庵內棲隱著不願結婚的處女。名門貴族的女兒，如果得不到好的配偶也往往由兩親送去尼庵棲居，丈夫死時而沒有勇氣殉死投入火葬場中的女人也到那裡去過完她的殘生。當時的西爪哇還保存著這種古老的風習。
這個國家最大的輸出物便是胡椒。據記錄，其年產額達300萬磅。麻喏巴歇王朝哀落以後，胡椒大部分是由中國商人的船舶運載出口的。大概由於封建剝削的嚴重，生產的不發達，居民中有出賣子女的習俗。人們需要奴隸，往往到這裡來購買，國家也不予禁止。
我們說過，由於素丹馬哈茂德的十五年的反葡鬥爭，貿易船舶的航道，改由巽他海峽走向西方，這個爪哇的西北海岸地方就成為重要的貿易交通的港口了。再說，由於葡萄牙人在馬六甲採取打擊伊斯蘭教商人的政策以及它的繁重的榨取和掠奪，馬六甲的伊斯蘭教徒和商人，除逃往亞齊外，也有來這裡定居的。這裡的港口城市，也就逐漸形成而且日益繁榮了。
葡萄牙占領馬六甲的目的，在於擴大它在東方的商品掠奪。他們知道群島上的胡椒，在中國有廣大的市場。他們在同素丹馬哈茂德的不斷鬥爭中，決不會忘卻他們的商業利益。在1521年，他們攻略了蘇門答臘的帕西，因為那裡也是蘇北的胡椒的集散港口。他們又垂涎巽他地區。當時的馬六甲要塞司令或總督是喬治·亞伯奎，他於1522年派遣漢里克·勒默，攜帶禮物來到巽他。他在芝利翁河口的都市卡拉帕謁見了帕查查蘭王國的國王。勾結印度教派的舊勢力，打擊伊斯蘭教的新勢力，本是葡萄牙的既定政策。而這個印度教派的國王，卻也為了牽制日益得勢的伊斯蘭教徒，願意同葡萄牙結成同盟。於是兩者之間就在同年8月21日締結了一個條約。巽他方面許可葡萄牙人在境內設立一個要塞，並定期輸出葡方所需要的一定數量的胡椒；而葡方則以輸入巽他方面所需要的貨物作為交換。同時，巽他方面為表示友好起見，於要塞工事著手之日起每年贈送葡王一千袋胡椒(約351,000磅)。條約還訂明：這一防禦工事，是對付公司的敵人伊斯蘭教徒和保護印度教徒的。在慶祝締約的典禮時還建立了一塊紀念碑在河的右岸。
葡王得到這一報告後，立即命令著手建築城堡。但我們知道，正是1521年和1525年間素丹馬哈茂德和葡萄牙鬥爭最為激烈，葡人無力來巽他建立要塞。而這個面臨沒落運命的國王，企圖利用外力壓制日益得勢的伊斯蘭教徒勢力，也等於畫餅充飢了。
素丹馬哈茂德的反葡鬥爭於1526年被鎮壓下去了，王都賓當失陷。這樣，葡萄牙人又得抽出手來向巽他擴張。1527年初，他們派了佛朗西科·德·沙來巽他，準備著手要塞工事。但當他到達巽他時，船隻在卡拉帕附近觸了礁。幾天後，他的船員到達卡拉帕，為伊斯蘭教徒所殺害。從1521年，淡目國王特林加納執政以來，西爪哇的一部分領上已歸屬於淡目王國的版圖，西爪哇港口城市的伊斯蘭教徒，實際上也歸附於他。而伊斯蘭教徒中又有在馬六甲陷落後除受葡萄牙逼害的人，他們是再也不能放任葡萄牙人來到這塊土地上橫行了。他們在殺害了葡萄牙船員之後，又把這個港口城市也從那個同葡萄牙締結條約的印度教派的國王手中奪了過來，連國王本人也被他們殺死。據葡萄牙人報告：領導這次起義的是出身於下層社會的伊斯蘭教徒首領法列塔漢(Fale-tahan)。看來這個人就是後來得到西爪哇人民極大尊敬的蘇南·古農·查提(Sunan Gunung Jati).法列塔漢是蘇門答臘帕西國出生的伊斯蘭教徒。1521年，帕西為葡萄牙所攻掠，他出奔到麥加去。他在那裡住了些年，學習伊斯蘭教義。曾有一個時候回到過帕西。他再從那裡經查柏拉到淡目國。由於他傳教有名，娶淡目素丹特林加納親王的妹妹為妻。他知道了西爪哇印度教派國王同葡萄牙人結盟的事，曾和妻兄作過審慎的計議，乃被派赴萬丹傳教，為當地的怕查查蘭國的太守所歡迎。這太守，受法列塔漢的教導，也版依了伊斯蘭教。這使他的傳教得以頗利推行。但他的目的是為奪取當地的政權，只是等待時機成熟吧了。正當1527年葡萄牙再派使節來時，他認為時機已經成熟，向淡目方面請求派遣軍隊。太守突然看到有二千爪哇人到來，不免驚惶失措，馬上向國王報急。但王國首都在巽他內地，一時鞭長莫及，而這時，正好葡萄牙的海員在卡拉帕登陸。當時法列塔漢已在萬丹方面舉行起義。萬丹及其附近地方都落入於法列塔漢手中。於是法列塔漢又向巽他卡拉帕進攻。這就引起殺戮葡萄牙海員和國王事件。而佛朗西斯科的船隻，也為起義軍所驅逐。
要年，即1528年，葡萄牙人為報殺害船員之仇，第二次向瓜哇遠征，但依然遭到失敗。
這樣，法列塔漢就確保了萬丹和巽他卡拉帕的領地和港口。巽他卡拉帕後來就被名為雅加達，即查亞克爾塔(Jayakerta)的縮寫，是繁榮幸福之意。巽他卡拉帕以「幸溜繁榮的城市」而聞名於世，是從1527年以後的事。不久，他又征服了並里汶，使自己擁有自萬丹到井裡汶的全爪哇1/4的北海岸地帶。
但這些地方仍然是在淡目素丹的主權之下的：法列塔漢是作為淡目王國的屬侯而進行活動的。不久，葡萄牙人不能不對這強有力的人物表示友好，再也不計較過去的屬辱，同巽他卡拉帕訂立了通商條約。
法列塔漢雖然征服了沿海各地，但對箱查查蘭王國的首都泊庫安並未下於，他並不懼怕帕庫安來個側面攻擊。再說，港口都掌握在他零里，他也須有內地的生產品的支援，只要可以作為出口的商品不受阻礙，一時也沒有興師動眾的必要。到了1546年時候，淡目王國企圖最後消滅異教徒勢力，發兵征討帕納魯坎國，要他出兵支報，他也應召而去了。
這次淡目國王派來的使節是一位名叫濕伊·奔巴亞的老婦人。以一個老婦人出任為對外交涉的使節，這是爪哇人尊重母系傳統的歷史形成的習俗。據當時一個葡萄牙人平托的記載，他目擊法列塔漢以極大的教意迎接這位使者，並伴送她到宮廷。使者辭歸後，萬丹的統治者就馬上準備了40艘軍瓶，7,000士兵晌應淡目國王的召喚。其中有些艇只是得自葡萄牙人的。
法列塔漢於1552年建立萬丹政府，開始作一個獨立國家的布置，立他的長子哈桑奴丁(Hasanuddi n)為嗣君，但其版圖恐怕只限於萬丹。井裡汶為法列塔漢的末子，一個側室所出的帕沙蘭親王(Pangeran Pasarean)的領地。而他白己則專心於傳教事業，定住於井裡汶。那地方當時是一個沒有防禦的寒村，不是王者之坡。地方上人口稀薄，虎象出沒其間，鱷魚充斥於河間。但它地臨海岸，他仿佛看到它將來是可開闢為重要港口的。
在法列塔漢開拓西爪哇領土期間，正是淡目素丹特林加納在位(1521—1546)的時候，淡目王國的霸權在他死後就削弱了。法列塔漢於1552年正式建立萬丹政權，就導因於此。但在特林加納親王執政時期，几子將爪哇所有的領土都歸入於他的版圖之內了。我們曾經談到過執政初期，淡目征討過一個小小的印度教王國蘇比特烏朗，而予以征服。之後，又征服了馬塔蘭國和答哈國。大約在瑪琅以西的麻喏巴歇王朝分裂出去的小王國都被他征服了。這些內地的小小的異教徒國家的征服，對於以港口的商業活動為主要基地的淡日王國的重要意義是不言而喻的，因為他們可以提供更多的農村的剩餘勞動產品作為它輸出的商品，同時又為輸入品提供更廣闊的國內市場。
談目王國對於異教能的印度教派的小王國終是訴之於宗教滲透和武力征服兩手政策的。對於同是伊斯蘭教的港口獨立小邦，則是採取聯姻的合併政策，而有時也訴之於武力。素丹特林加納之所以得到王位也訴之於武力。
特林加納的第二個兒子(也是末子)提穆爾親王在位以後，積極地同勃興的馬塔蘭國作戰。長女同馬都拉的奇阿依·格德·三邦的兒子朗加爾親王結婚；次女明臘圖·卡利·涅馬特(RatuKali Nyqmqt)嫁給查帕拉的太守卡利·涅馬特·這裡就看出淡目王國還踏裘麻喏巴歇的聯姻政策的殘餘。也是這個女王臘圖·卡利·涅馬特，以勇於同葡萄牙人鬥爭而聞名。她最初在1550年柔佛對葡戰鬥中，其次在1573年及1574年的亞齊對葡戰役中都積極支援過他們。女王的夫妹是嫁給井裡汶的帕沙蘭親王的。但她先是嫁給萬丹的哈桑奴丁的；以後又改嫁給這位親王。
素丹特林加納的第三個女兒嫁給潘吉爾(即帕章)的太守基·克博·肯南加之子馬斯·克勒貝特(Mas Kerebet)。這人有許多名字，例如金克爾、潘旋·馬斯、阿迪·威查亞等等。他是麻喏巴歇王族的後商。
在這種同樣以聯姻關係結合起來的淡目王國的統治網結，在以後也還同樣以相互殺戮的辦法來轉移王國的政權。
關於淡目素丹特林加納在位時期的事跡，我們得到的報導不多。大概，他忙於對前素丹所征服的各港口太守及內地的王國加強聯繫和控制，並且在他統治的末期，那些屬地和屬國已發生過戰亂。據葡萄牙人平托的記載，在1546年，淡目王國一個素丹逝世後，引起了國內的紛亂。這個素丹多半就是特林加納親王。
上面已經談到：萬丹的統治者法列塔漢於1546年奉特林加納親王的命令，參加了對帕納魯坎這個印度教派王國的征討。征討是大規模地計劃好進行的。因為這個帕納魯坎國還自稱是所謂麻喏巴歇的正統。或者它確實是達哈或杜馬板被攻陷後，他們的王族逃到那裡建立起來的一個王國。淡目素丹覺得非最後予以消滅不可。水師提督率領了一個很大的艦隊和數千士兵從這個國家的都城出發。帕納魯坎方面，看到侵入軍搭置炮台構築工事整整進行了兩天，士兵已陷於極度疲勞。市民就在那侵略軍登陸後第二個夜晚，打開四門，猛烈地沖了出來，殺傷了數千敵軍。這時，淡目素丹自己和他藩侯一同負傷逃遁。
痛恨這次失敗的素丹，在他安頓下來以後，於是對《古蘭經》發誓：「如果不屠此城，或者我還不至於失掉自己的王冠，我決不退陣。」但是包圍經過了整整3個月，還是攻不下城來。而士兵的損失卻日益見多。為了向城中放射大炮彈而建築起來的高塔，卻又為守城的士兵以必死的決心所破壞，終於失掉了作用。
一天，捉來一個出城的士兵，得到些情報。素丹正召集諸將領討論大戰方略，並如何進行突擊，長時間得不到決定。素丹為要吃著葉，幾次命令捧持老葉盤的10歲少年，而少年競不之應。
但素丹一面正專心於軍事會議，也未注意於此。一個貴族因之以自己的老葉盤呈奉素丹。這使索丹頓時醒悟了，乃柏著這少年的頭皮責問他。而這個少年，正如《瀛涯勝覽》所記：「若人以手觸摸其頭」「便拔刀刺之」,認為是極大的凌辱，便從腰上拔出佩刀，突向素丹胸口刺去。素丹就此喪命。那個少年固然被殺了，一家人也遭到誅滅。但淡目軍隊為此不得不撤去包圍，整裝回國，素丹的遺屍也送回淡目。在軍隊撤退時候，又遭到帕納魯坎的居民的追擊，遭受了重大的損失。
特林加納親王死後，王族中的劇烈鬥爭也展開了。當時，特林加納的長子普臘瓦納想取得王位的繼承權，但為被他殺死的伯父的兒子阿里亞·帕曼桑所刺殺。
但煽動阿里亞·帕愛桑復仇的卻是他的老師蘇南·古突斯。他想提潑他的弟子繼承王位。在老師的慫恿下，是他派遣了刺客殺死帕臘瓦納及其妻子的。
阿里亞·帕曼桑並沒有達到目的。王族中還是立了死者的遺孤阿里亞·潘吉里(Aria Panggil),而由帕臘二妹夫卡利·涅馬特(查帕拉)的親王哈迪里(Hadiri)作為他的保護人。一天，哈迪裡帶著他賣子一同去訪問蘇南·古突斯，控訴他們兄長被殺害的事，希望他作為教長能把刺客拿來法辦。但在回歸路上，哈邊里又為阿里亞·帕曼桑的刺客所殺害。
為此，哈達里的妻子，臘圖·卡利·涅馬特立誓不除此兇手，身上將不穿一寸絲織品，把自己關閉在達納臘查山上的聖院裡，並且獲得了帕章國國王阿迪·威查亞的支援。阿里亞·帕曼桑為要掃除這個妨害他前途的障礙，對他舉行襲擊，但沒有達到目的。其後，蘇南·古突斯還把阿迪·威查亞誘到自己的住宅，試圖殺害他，也同樣沒有達到目的。
看來，當時的伊斯蘭教長，往往利用宗教職權，玩弄政治陰謀的。
這樣，這個帕章國王阿迪·威查亞就舉行反叛了。他聲言：有準協助他打倒阿里亞·帕曼桑的，他將為他所合併的馬塔蘭作為采邑分封給他。他親自向阿里亞·帕曼桑挑戰：兩人馬上決定在馬上決鬥。正在決戰時，帕章王的隨從施了一條詭計，突然放出若干牝馬，去引動阿里亞·柏曼桑的社馬。牡馬狂亂吼叫，阿一里亞帕曼桑跌落下馬，為埋伏的士兵殺掉。阿迪·威查亞於是把阿里亞·帕受桑在南旺州南部的齊龐領土，也收並在帕章版圖之內。
這樣，王族中爭奪王位的人都殺盡了，阿迪·威查亞便順理成章地取得了淡目王國的王位繼承權。他把存在於淡目的舊日麻齧巴歇王國的重要「國寶」——藉以表示王統的——又從淡目搬到帕章。他並且於1568年親魁吉里，祈求蘇南·吉里教長的祝福。
蘇南·吉里教長接受了他的訪問，並且授他以素丹的稱號。
他想藉此來確定他作為一個伊斯蘭教王國的權力。到了帕臘瓦納的兒子阿里亞·潘吉里長大的時候，使他領有淡目區的舊領地，作為怕章王國的一個屬侯，並且娶阿迫·威查亞的女兒為妻。
也在這個時候，淡目王國的東北海岸地區都各自獨立出去了。特林加納的末子提穆爾親王做了馬都拉的太守。已故素丹的女婿，在馬都拉三邦的朗加爾親王則還統治著西達尤、革幾昔、蘇魯馬益以及後來收回的巴蘇魯安這些地方，他們幾乎保持了自己的獨立權利，對各地派出他們的代理官員。
正當爪哇建立伊斯蘭王國的運動日益加強，並且發展到西爪哇巽他地區的時候，而在西部群島的反葡鬥爭也在轉移陣地。大約自1528年馬六甲王國的素丹馬哈茂德逝世後，領導反葡鬥爭的，任務，主要是由亞齊擔負起來了。
亞齊在十二世紀末、十三世紀初，稱為藍無里。這是阿拉伯人給予它的名稱。這一事實說明：亞齊之成為國際交通港口是由阿拉伯人的船隻在那裡寄港時候開始的。有種種跡象證明：大概自十世紀末和十一世紀初，阿拉伯人來東方通商，日甚一日。他們的海舶已經能夠從錫蘭橫渡到蘇門答臘島的這個角上了。藍無里這個地方日益為航海家和商人所熟知。但自十三世紀末期，自印度而來的伊斯蘭教徒，首先在佩爾拉和帕西傳教。1292年馬可波羅經過蘇門答臘北部各小國時，在那裡的城市裡已有伊斯蘭教信仰者，但在亞齊本土的藍無里伊斯蘭教卻還沒有傳入。1364年前藍無里已成為麻喏巴歇的屬國，與一系列蘇北地區的小國，、例如須文答刺、巴臘特、佩爾拉、淡洋、阿魯等並列。到了伊斯蘭教以須文答刺一柏西為中心而擴大開來的時候，蘇北地區的政治經濟中心也就集中在須文答刺一帕西王國里。十五世紀初，鄭和-七次下西洋，他從群島向印度、阿拉伯、波斯和東非沿岸航渡時就以須文答刺一帕西為第一個出發點，他並且在那裡設有電積貨物的商館。這麼一來，藍無里作為一個國際商業港口的意義就削弱了。到十五世紀中葉，馬六甲強大起來，並且成為東亞最大的貿易中心；連須文答剌一帕西的地位也降落了。1511年，亞伯奎率領艦隊進攻馬六甲時，據報導：帕西正遭受內部的叛亂；帕西素丹曾親臨爪哇上國求援不得要領；而帕西本國又復遭到葡萄牙的襲擊。帕西素丹在回國途中的馬六甲海峽上又為葡萄牙艦隊所俘虜。到了同年馬六甲陷落後不久，被拘禁的帕西素丹失蹤了，看來，未必不是為葡萄牙人所殺害的。在素丹馬哈茂德進行反葡鬥爭時期，葡萄牙又於1521年攻略過帕西，因為那裡還是胡椒集散地。但伊斯蘭教商人也早已不把這個地方看作為安全地帶了。
在馬六甲陷落後，葡萄牙人對信仰伊斯蘭教的所謂摩爾人，其中絕大部分是印度的古吉拉特人，採取了極其殘酷的打擊、排擠和鎮壓政策，他們都逃避到亞齊去—一這個曾經是阿拉伯人認為是重要港口的藍無里——這樣，它就成為來自古里、孟加拉、錫蘭、白古，甚至土開其的商人的集中地了。再說，第一，由於素丹馬哈茂德的反葡鬥爭在馬六甲海峽展開海峽的航道不甚安全。印度尼西亞東部群島的貿易航道改由巽他海峽經蘇門答臘西海岸的海上而到達亞齊；亞齊正和西爪哇的萬丹一樣，成為當時航行的重要寄航地了。第二，還由於簡萄牙人對外國船舶港口稅十分繁重和對伊斯蘭教商人的貿易的限制，東方各國的商人要對蘇門答臘東海岸進行貿易十分困難，這也使地處北部的亞齊崛起成為葡人的勁敵。在1519年，亞齊實際上尚未強大得足以同馬六甲競爭，但當時，它已敢於同葡萄牙人進行鬥爭。他們掠奪了一艘在海岸的葡萄牙船隻，殺死了幾名水手，俘獲了其餘的人。據說是經過帕西的港舶長大力營救，始得釋放的。其後，喬治·布里多訪問了亞齊。他聽說亞齊的一個伊斯蘭教堂中滿藏著黃金。這個利慾薰心的西方強盜，竟不顧主人的友好歡迎，改變主意，突然向亞齊的港口發動進攻，準備洗劫亞齊，終於為亞齊人所擊退，敗興而回。
當時亞齊顯然已建立了伊斯蘭教王國。國王是阿里·穆哈亞·沙(Ali Mughayat Shah)。他不久征服了皮迪及須文答刺一帕西。這是兩個重要的胡椒集散港口，使亞齊和古吉拉特商·人在對胡椒貿易上日趨繁盛；但更大規模的貿易卻是對中國的。
但亞齊是早有圖於馬六甲的。據稱在1529年葡王又任命加爾，西亞·德·沙拉為駐馬六甲總督。亞齊人和馬六甲富商桑·納亞議定汁劃，合謀起義。他們準備等到基督教徒赴教堂舉行祈禱解除武裝時，即行奪取誠池。但因他們計劃尚未付之實行時候就舉行慶祝競技，使加爾西亞·德·沙拉警覺起來，加爾西亞·德·沙拉馬上就將桑·納亞逮捕起來，經過嚴刑審訊，探知實情，立即判處死刑。其處死之方法，極為殘酷：竟將桑·納亞從要塞的哨望若摔下，摔成肉泥。殖民主義者的殘酷，自然震動了馬來民族，無不想乘機報復。
1533年，瓦斯科·達·伽馬的几子艾斯特伏·達·伽馬繼任為馬六甲總督。白1528年以來，素丹馬哈茂德已死，馬六甲海峽上的反葡鬥爭暫告間歇。葡萄牙人正也乘此間隙，把他們的勢力向馬魯古群島這方面發展。雖然當時在馬來半島上已興起了兩個獨立王國即霹靂王國和柔佛王國，都是素丹馬哈茂德的後裔，已如前述。馬六甲的葡萄牙人對這些新興國家也無能為力，而這兩個國家一時之間也同樣無力反攻。正當達·伽馬就任那一年，柔佛的水軍提督端·巴卡拉爾率戰艦27艘，自霹靂回航，道經馬六甲，特託名歡迎新任總督達·伽馬訪問馬六甲，並且表示：柔佛素丹阿老瓦丁二世，願與葡萄牙人友好。當時達·伽馬未予重視，但達·伽馬為了不失禮貌起見，派一使節到阿老瓦丁二世的新都。
馬來人正氣憤於加爾西亞·德·沙拉處死桑納亞的殘酷，又知達·加馬之傲慢，遂認為使者不過是一個問諜，特來探聽柔佛的虛，實的，而事實上，達·伽馬之派遣使節，未必沒有此意圖.於是他們也取「以其人之道還治其人之身」的辦法，將來使懸於樹頂，擲地而死.同時馬來戰船，又集中於麻坡河，擾亂馬六甲的商務，並向一隊葡萄牙艦隊襲擊；殺死葡軍30餘人，達·伽馬的弟弟保羅·達·伽馬也在戰鬥中陣亡。這樣，第二階段以亞齊為主的反葡鬥爭，就從這一件事的衝突中重新燃起了烽火。柔佛是開始出擊的第一仗。
柔佛地處通中國的要道。達·伽馬不僅為了報復麻坡河口的失敗之辱，而旦為了打通航道，都得有除去這個心腹之患的必要。到了1535年6月達·伽馬終於親率艦隊向柔佛進攻了。他率領大舶兩艘，小船20艘，士兵400人，航抵柔佛河的7英里處，向阿老瓦丁二世的要塞猛烈炮轟。但並未見效。這個堡壘遺址，至今尚在，位於哥打丁宜的塔洛河畔。馬來人堅強抵抗，要塞不能攻下。達·伽馬遂令軍隊登陸，與馬來軍短兵相搏。達·伽馬見馬來人如此勇敢殺來，又因軍火缺乏，士兵疲憊不堪，決定下令撤退。馬來軍乘勝追擊。達·伽馬反軍回擊，以致馬來軍反遭失敗，損失慘重，而不得不自行撤退。但撤退時又道萄軍追擊，馬來軍乃在沙戎河口橫一大樹，以阻敵軍追擊。(現在那個伐木地方就叫做勒巴，意即「倒伏」。)這樣，達·伽馬又得以毀去塔洛河上的要塞。
可是柔佛並未因此停止反葡鬥爭。柔佛艦隊依舊擾亂馬六甲的航運，繼續不斷。達·伽馬乃於1536年又率軍進攻柔佛。這次不僅有葡軍400人，而且有不少馬來人的僱傭兵。他仍然航至柔佛河，用大炮向馬來軍濫轟。馬來軍儘管奮勇抵抗，但終不敵葡萄牙人的猛烈炮火；在馬來人方面受了嚴重的損失與傷亡後，阿老瓦丁二世只得求和。封建主的抗戰，往往為自己階級的利益，是並不十分堅決的。葡萄牙人允許阿老瓦丁二世居住於麻坡城內，表面上成為葡萄牙的朋友。但不論怎樣，柔佛對馬六甲航運的攻擊是已經停止了。商業又復繁榮起來。據當時葡莓牙人平托的記載，當時葡萄牙在彭亨有一土庫(即商館),有馬六甲總督委任的商館長托美·洛博駐紮於此，商務極為興盛。在北大年也有一商館，葡人之在北經商的已達300名之多。
柔佛與葡萄牙修好，即導致今後反葡鬥爭的複雜化。不僅不能建立一個共同反葡戰線，而且引起馬來民族中內部的互斗，使葡萄牙人得以收漁人之利。繼柔佛與葡萄牙修好的，有霹靂與彭亨。但儘管如此，亞齊人還是揭起反葡萄牙殖民主義者的大旗。
亞齊在十六世紀三十年代已將領土獷大，白皮邊到帕西，而帕西又是十四世紀以來一個重要商業港口，這就使蘇門答臘的東北海岸的貿易為它所獨占。1528年，亞齊國王阿里·穆哈亞去世，子阿老瓦丁·黎阿耶特·沙(Alaudin Riayat Shah)即位，亞齊國勢更為強大。黎阿耶特·沙於1537年9月，派亞齊軍3,000,首次向馬六甲進攻。第一晚，軍隊登陸後同葡軍接戰不久，便被擊退，重返船上。隨後兩晚，只高舉火炬，對葡軍作示威性的行動，未予攻擊。迨葡軍出戰，亞齊軍也就撤退。看來，亞齊軍這次行動的目的，在於探測葡軍的虛實，為對萄萄牙進攻的序幕而已。
為了擴大白己的領土和商業利益，或者為了進攻馬六甲，使自己有更多的海岸線的根據地，1539年，亞齊王阿老瓦丁·黎阿耶特·沙決定掠取阿魯王國。阿魯很早就是個伊斯蘭教國家，《明史》卷三二五載：「永樂九年(1411)王速魯唐忽先遣使附古里諸國入貢」,這就可見這個國家是伊斯蘭教的，並且此後兩國互有使節往來，至1430年鄭和最後一次出使曾親蒞其地，以後就沒有往來了。大慨到了十五世紀後半期，它成為馬六甲的屬國。當時阿老瓦丁·黎阿耶特·沙所統率的軍隊達一萬數千名，戰艦160艘，都是敏捷的快艇，由來自馬拉巴爾和古吉特拉的水手駕駛。而軍隊中，還有土耳其人和衣索比亞人。這一軍隊的組成成分，反映當時亞齊港口的國際性質。但亞齊初攻阿魯時，並未得手。5個月後，阿魯人得到葡萄牙人的指示，要他們求助於柔佛。辦法是使阿魯公主，逃出阿魯，到柔佛同阿老互丁二世結婚，慫恿柔佛出兵援助。1540年，柔佛國王傳檄錫亞克和霹靂，共同出兵，不僅艦隊之數超過亞齊，而且對進攻阿魯的亞齊軍，形成首尾夾擊，南北並進之勢。再說，亞齊艦隊中的駕駛人員又昧於潮汐的知識，進退為難，竟遭慘敗。全部戰役，亞齊方面死兵上13,500名，司令員一名，戰艦得以逃回亞齊的只有14艘。
這一戰役就其本質意義上說，是葡萄牙人利用分化政策而挑起的。亞齊勢力向阿魯發展，不僅在商業利益上是對馬六甲的打擊，而且地近馬六甲，帆船順風三日可達，亞齊如得阿魯是對馬六甲的直接威脅，這是葡萄牙殖民主義者所必須排除的。這樣，他就促使柔佛協助阿魯，並利用封建主之間的利益的矛盾，使之互相殘殺。
但亞齊在當時畢竟是個新興的強國，爪哇的萬丹港口的開群，繞蘇門答臘島西部航行的打通，自印度方面而來的貿易商船的增多，都使亞齊很容易恢復了元氣。自1547年起，亞齊國王阿老瓦丁·黎阿耶特·沙派遣20艘大舶，由王子統率，出沒於馬六甲海峽之中，截阻商船，掠奪有些船上的糧食，藉此來封鎖馬六甲。一時幾乎沒有敢同他們抗爭的。「有一天，亞齊艦隊駛至馬六甲港口，聲言並無敵意，不過暫避風浪。據葡萄牙人記載，王子竟不守約言，晚間派軍隊登陸，因捕鵝數頭，驚動葡軍戌兵，使亞齊軍立即回艦。亞齊軍乃在港口，焚毀葡舶兩艘，並拘捕若干人，漱血寫成血書一通，著其送交葡萄牙總督，正式宣戰。這時葡萄牙駐馬六甲總督是西貌·德·梅洛以自己軍力薄弱，怯於應戰，但又故作鎮靜，認為這種惡劣行為，不足與較，未予之理。亞齊人深知馬六甲要塞堅固，炮火猛烈，不能陸攻，利在於海上作戰。馬六甲既按兵不動，只好自己撤出。但葡人等到亞齊艦隊撤去，便派一快艇，陰隨於後，以偵察他們去向。這年7月問，葡傳教師聖芳濟正在馬六甲，他本有兩艘淺水帆船。他逕自勸說葡商，迅速組成一個艦隊。計有2艘大舶，2艘大划船，6艘快艇，由佛朗西斯科·德卡統率尾追亞齊人。恰好這時有葡腙兩艘，由迪奧果·胡阿雷斯·德·梅洛統率，從北大年駛回馬六甲，於是又一併聯合起來，追趕亞齊人。追船到了吉打附近，探知亞齊入原來早已在玻璃市河附近，建立了一座要塞，用作襲擊航行於馬六甲、孟加拉和白古之間的葡萄牙商船的根據地。這使葡萄牙人為之膽戰心驚。吉打素丹為此逃避到北大年。
正當這個時候，同一血統的柔佛、霹靂和彭亨三邦深恐吉打投降北大年，柔佛乃集中300艘戰船，8,000名士兵，進駐於麻坡河口，以為進攻北大年的準備。北大年受此威脅，遣使言和，願與上述三邦訂立盟約。這樣，柔佛的艦隊就轉助葡萄牙人，合抗亞齊。葡軍得柔佛之助，軍力雄厚，乃同亞齊軍戰于吉打沿岸。亞齊遭到沉重的打擊，死4,000人，大舶20艘被擊沉的達半數。葡軍又復鹵獲銃300枚，槍千支。玻璃市河旁的亞齊要塞也被摧毀，但葡軍之所以能獲此巨大勝利，在於得到柔佛之助。殖民主義者往往是利用封建主之間的矛盾來伸張白己的勢力的。
但柔佛封建主和葡萄牙殖民者的利益終究是無法調和的，而馬來人民更是對這橫行不法的殖民者切齒痛恨，終於在1551年6月，柔佛素丹阿老瓦丁二世決定進攻馬六甲。他聯合了霹靂和彭亭王的從兄弟，還聯合了爪哇的查帕拉的女王臘圖·涅馬特(這時候的淡目王國已由阿邊·威查亞篡奪了政權，並且把首都從淡目搬到帕章。正如前述，查帕拉一時有更大的自由行動的權利.)結集一支龐大艦隊，計有戰船200艘，戰士5,000名，向馬六甲進攻。其中查帕拉女王所派出的大綜達80艘，而小船則有222艘。但葡軍卻早有準備。因為馬來軍隊中出了一個內奸。而這個內奸卻又是一位年老的水軍提督。柔佛為掩蓋自己進攻馬六甲的目的，特派遣這個水軍提督的兒子通知葡萄牙人，聲言柔佛將大舉進攻亞齊，請萄方派戰船兩艘協助。但這個水軍提督卻趁此機會另有一密函，通知當時葡苟牙的總督彼德羅·德·西爾瓦，說明馬來軍的行動目的，不在亞齊，而在馬六甲。
同年6月11日，馬來軍先在港口笑毀葡人船隻6艘。接著向城中猛攻，占據了城郊，奪得了糧食無數。最後企圖向要塞進攻，但萄人已有準備，將排木、石塊及手榴彈等居高臨下地教擲下來，致馬來軍傷亡800餘人，不得不稍稍後退。馬來軍準備久圍馬六甲坡，藉以斷絕城中糧食。而葡方則散放謠言，盛傳葡艦隊的援軍已駛入柔佛、彭亨及霹靂河口。這使馬來軍軍心動搖，自行退出陣地。但爪哇軍還堅持圍城不去，幾乎圍困了三個月以上，後為葡軍突圍擊退。爪哇軍乃返回查帕拉。這是9月16日的事。柔佛素丹返國後得悉水軍提督私通葡萄牙人的事，於是立即將其父子兩人處死。
1564年當葡萄牙人安東尼奧·德·諾倫哈來到果阿時，就聽到當時亞齊組織3個伊斯蘭教王公聯盟，反對基督教徒。亞齊之有所謂「王公聯盟」,事實上是當時亞齊為了反對葡萄牙而建立起來的烏略巴朗制度。這本是一種軍事組織。每一個烏略巴朗，包括一個出海港口和若干鄉村(穆金)。烏略巴朗是屬內最高統治者，掌握軍事、民政、司法大權。在對外作戰時，就成為一個獨立的作戰單位。亞齊的這一制度事實上就在當時反葡鬥爭中發展起來的。因之效外人稱之為「王公聯盟」.儘管當時亞齊的軍事封建主的反簡鬥爭有他們自己商業的利益，但客觀上卻是有反殖民主義鬥爭的意義的。當時亞齊還得到士耳其的援助。土作其王派來炮兵500名，並供應大宗軍火。因為亞齊商船航行於印度及紅海沿岸，常常遭到萄萄牙人擊沉。西方殖民主義強盜總是想獨占海上貿易。而對亞齊人說來，要想擊敗葡萄牙的海上獨占權，就非在蘇門答脂和馬來半島兩地有廣大的基地和要塞不可；而活躍於中國海的前藥牙人的商業活動如果要予以致命的打出，則又須奪取柔佛這一重要港口。再說，柔佛助紂為虐，還曾經給予亞齊以沉重的打擊，也非報復不可。亞齊於1554年，又一次進攻阿魯，終將阿魯征聚。之後，又以進攻北大年為名—-那裡正是葡萄牙人的重要商業據點-—轉而進攻柔佛。毀壞了桑佛的要塞，焚毀了房屋，把柔佛的第一個素丹阿老瓦丁二世俘房而去，給予采佛以沉重的打擊。柔佛往日協助葡萄牙，無疑為虎添翼，在對葡萄牙鬥爭中是非翦除不可的，這是亞齊人的戰略意圖。但它卻不理解柔佛封建主同樣是同葡萄牙人有極大矛盾，並且對馬六甲發動過進攻的。這裡又顯出封建主之間的利益矛盾，也往往是無法調和的。
這樣，亞齊就在1568年大舉進攻馬六甲了。它組織了一個龐大的艦隊，有大舶3艘，由馬拉巴爾人駕駛，平船4艘，帆船及大艇60艘，快艇300餘艘，有戰士15,000名。另有土耳其人400名，銅炮200尊。素丹親白指揮，他伴言他要遠征爪哇的淡目王國，因為它拒絕參加伊斯蘭教的同盟。派遣一使者到馬六甲去，說明艦隊僅經過馬六甲，並無其他目的。但殖民主義者並沒有喪失警覺，葡人嚴詢使者之後，始知亞齊真實意圖，在於進攻馬六甲。乃新來使之首，並砍去手足，將無肢之屍體，置於一小船上，令其浮返亞齊艦隊。素丹見此情景，佯作不知，依然說要採辦糧食過境，到艦隊進入港口，立即發動進攻，圖圖城池。當時葡萄牙駐馬六甲總督為佩雷拉，手下僅有守軍1,500名，其中葡萄牙人不過200名。所以只有堅守，不敢出擊。他一方面派遣使者去柔佛、吉打，請求援助。亞齊素丹擬誘勸僑居於馬六甲的泰米爾入和爪哇人作為內應，但此事並未成功。2月16日，素丹身先士卒，發動總攻，又未得手。而亞齊方面兵士傷亡者達4,000餘名，被派為阿魯的太守的素丹的長子阿布杜拉(Abdulah),在戰鬥中陣亡，亞齊軍只好撤退了。柔佛素丹於接到葡萄牙人求授信後，竟也率艦60艘前來助戰。但當時亞齊軍則已解圍撤去了。
1570年，亞齊恨柔佛之助葡萄牙人，又一次進攻柔佛，焚毀柔佛河上的村舍。同時，再組織起各地酋長，向馬六甲進攻，可是它的艦隊為當時葡萄牙總督路易士·德·梅洛所擊退。1573年，亞齊艦隊90艘，戰士7,000名，再次擾亂馬六甲的航運，並派軍隊登陸，焚毀南郊，但因當時風浪猛烈，艦隊被迫撤回了。
亞齊在他堅持反葡鬥爭中逐漸了解到聯盟的必要性。在以後年月里，還擁立了馬六甲王統的人為國王。但由於封建主的私利，還不免相互間發生衝突，而為西方殖民主義者所利用，達不到驅逐西方殖民勢力的日的。只有亞齊木國卻是始終堅持與葡萄牙鬥爭到底的決心。這不能不說，為群島人民的反殖民主義和反帝鬥爭樹立了一個光輝的榜樣。