在爪哇蘇門答腈和馬來半島上的急劇的變化和各種勢力的相互鬥爭中，群島的東部和加里曼丹是決不會沒有影響和變化的。
當時的加里曼丹是以淳泥的名稱而為世所知的。在1521年麥哲倫的艦隊航行世界一周的時候，他們的艦隊中的殘餘人員共150人(當時麥哲倫已死於宿務的人民的刺刀之下)曾經巴拉望而到達加里曼丹的汶萊(即滓泥)。據稱，當時的汶萊是一個領土很大的王國。汶萊同中國的關係是非常密切的。他們常常派使節中國。在1425年一年之中曾四次派遺使節到中國。之後便良少往來。在1530年問，有退羅、占城、琉球、爪哇，淳泥五國的使節去中國，他們部從廣東的東莞入境。後來因為每次入貢帶去了許多私商，中國政府也就謝絕了。
當時的汶萊已有強大的海軍力量，其勢力一直到達加里曼丹的海岸地區，並且進入到菲律賓群島。當西班牙人到來的時候，學泥派出了200隻船舶，並且全部武裝，準備同西班牙人一戰。西班牙人看到這個陣容，恐怕白己船隻被包圍和毀滅，他們燒毀了幾隻馬來艦隻，自行撤離。但到後來，葡萄牙人和西班牙人為了獲得當地的土特產，也曾派人到文菜的國王那裡訪問，並致送禮品。
汶萊，正同群島上所有重要的「港口王國」一樣，自十五世紀以來都信仰了伊斯蘭教。加里曼丹的汶萊王國，蘇拉威西的望加錫王國，馬魯古群島上的德那第、提多列、巴常王國以及在哈爾馬赫拉的佐伊洛洛王國，當時都信仰了伊斯蘭教。在菲律賓群島方面，當西班牙人初到時，他們也發現蘇祿群島、巴拉望島、棉蘭老島的海岸地帶以及民都洛和呂宋島的南部都有伊斯蘭教徒。白然，這些伊斯蘭教徒，大都是馬來人；而是以馬六甲為中心經過加里受丹移入到那裡來經商的。當時加里曼丹的汶萊王國勢力的強大，是和伊斯蘭教商人勢力的發展不可分開的，1511年馬六甲陷落後，國王素舟馬哈茂德以賓當島為根據地同葡萄牙的侵將者進行了15年的鬥爭。這就打斷了葡每牙向加里曼丹和東部群島地區的滲入進程。直到1530年，即素丹馬哈茂德死後二年期問，葡萄牙人得到了喘息的時間，又復派遣人員到汶萊王國來。在這前後，他們也派遣人員到群島各地去，象萬丹和馬魯古群島等地。他們請求素丹恢復汶萊和馬六甲的通商關係。這樣，汶萊王國的經濟也就更繁榮起來了。港口有很多船隻停泊。他們從別的地方帶來糧食，而從汶萊換取沉香、片腦和金剛石。當時汶萊王國的勢力越來越擴大。沙撈越、棉蘭老、呂宋和：菲律賓群島的其他島嶼都在汶萊王國勢力範圍之內。因之汶萊王國就同菲律賓的西班牙人的勢力發生了衝突。
我們知道：西班牙王於1519年8月間派遣麥哲倫率領艦隊尋求通印度和香料群島的航路。麥哲倫率領了5隻海船，270人，向大西洋徵發，於1520年11月繞過聖徒海峽——現在已改名為麥哲倫海峽——而發現了另一個大洋，當時因風平浪靜，麥哲倫就名：之為太平洋。他們向北航行，尋求香料群島。經過了三個多月，始到達有人居住的馬里亞納群島。他們從馬里亞納群島西航，於1521年3月，發現一高山，即三描島。他們在那裡停留了八天，因糧食缺乏又西航到禮智島之南的利馬沙瓦島，這裡有繁盛的村落，當地居民種植水稻及麵包果，農產品相當豐富，椰子、柑桔、香蕉、檸檬均有出產。但它是一今小島。他們在那裡遇見了棉蘭老島上兩位酋長：羅閣·卡蘭布(Raja Kalambu)和羅閣·沙古(Raja Saigu),相互贈送禮物，表示親善。麥哲倫離開這島之前，在島上樹立了一個十字架，表明是西班牙王的領土，並且把這一群島取名為聖拉柴魯斯群島。殖民主義者之壤奪領土就象惡霸地主標立界址攘奪農民的土地一樣。
他們離開利馬沙瓦島時，由一當地酋長引導到宿務島。當時宿務島上的國王是胡馬本、有兵士2,000人皆持槍以待，防衛甚嚴。島上有8個部落，各有酋長，服屬於國王。鄰近各小島也在國王統治之下。宿務島同中國和香料群島都有商業往來。麥哲倫他們到達前數日，有暹羅的船隻停舶港口，專營黃金和奴隸貿易。市上有中國的銅鑼出售。
宿務王起初拒絕西班牙人登陸，麥哲倫備致殷勤，贈送禮物，始得上陸，並允許入城貿易。麥哲倫以鈴、鏡、玻璃珠、紅帽及其他物品與當地人換取大米、豬、羊及家禽。又復宣傳天主教，使國王胡馬本及王后和居民入教，計受洗禮的有800多人。
麥哲倫並且送王后一個聖嬰的畫像，約定國王服從西班牙王的命令。這是殖民主義者又…種掠奪土地的方法。
宿務附近有一小島馬克坦(Maktan)。這島上有一個村落，其居民不服從西班牙。麥哲倫寬大肆鞭打。馬克坦島上有兩個部落酋長：蘇拉和拉普拉普，兩人有隙，相互攻戰。蘇拉同麥哲倫相當友好，他派兒子乞援於麥哲倫。麥哲倫居然以主人自居，率領3艘西班牙船隻，2艘宿務入船隻，前去征討。拉普拉普並不示弱，相互交戰，終於打敗了西班牙人，逼使他們退入船中，麥哲倫為居民穿胸刺死。麥哲倫死後，其部屬公推杜阿特·巴博柴和賽拉諾為領袖。但殖民主義者總是橫行不法的，巴博柴十分虐待馬來人一通譯。因之，這馬來人就暗地勸說宿務國王，把西班牙艦隻扣留下來。宿務王佯請西班牙首領23人赴宴，席中殺掉了巴博柴，又把賽拉諾囚禁起來。
這樣，西班牙就焚去其他艦隻，只留下2條，由150殘餘人員分乘，經棉蘭老西岸及巴拉望而到達文菜。在這一時期，西班牙人的勢力並未真正進入於菲律賓群島。
西班牙人為汶萊所驅逐，於是再折向東航行，抵棉蘭老，找到一個當地人做響導，終於在1521年11月到達了香料群島。又於1522年12月回圖。
但在馬魯古群島上，葡萄牙人早於1512年滲入了。這就引起西、葡兩國的爭執。因為在1493年西、葡兩國為分創地球上的勢力範圍，曾畫出兩國的分界線：自北極至南極，經大西洋劃一線，線在阿速爾群島西100海黑處，線東屬葡萄牙，線西屬西班牙。但至1494年，又改至維德角群島西370海里處，線東屬葡萄牙，線西屬西班牙。四為當時地理知識有限，他們不能確定菲律賓與香料群島，應歸誰屬。
自1522年麥哲倫的殘餘船隻回國後，西班牙王決定另派遠征隊至東方。委任德·洛伊沙為遠征隊隊長及駐馬魯古總督。1525年7月，船隊自西班牙科魯納出航，同行的有烏爾達內塔及德爾·卡諾。德爾·卡諾，也就是參加麥哲倫艦隊遠航而得以返回本國的。1526年3月，遠征隊通過麥哲倫海峽，渡太平洋，至馬里亞納群島，最後航至棉蘭老島的海岸。本擬航至宿務，為風所吹，南航至馬魯古群島。在航程中，未抵麥哲倫海峽時已失去3隻船舶。渡太平洋初，隊長德·洛伊沙死去，由德爾·卡諾代理隊長。四日後，他又復死去。及抵棉蘭老，竟無所得，抵馬魯古後，又為葡萄牙所降服。
1527年，西班牙另遣艦隊遠征東方。自新西班牙之柴古廷紐港出發。這是西班牙艦隊從墨西哥出發的第一次。隊長沙維達臘。其目的為探尋1521年為宿務所拘留的賽拉諾及其他西班牙人，以及1526年德·洛伊沙和德爾·卡諾等遠征隊之下落。沙維達臘於1527年12月抵馬里亞納群島，又至棉蘭老，停留很久，始去馬魯古，到提多列島，始與德·洛伊沙艦隊的殘餘入員相會合。他們曾兩次想回航至墨西哥，但都為逆風所吹回，不得已，又復降服於葡萄牙。
西、葡兩國爭奪馬魯古群島互久不決。至1529年兩國召集會議於薩拉戈薩。西班牙承認放棄馬魯古群島，惟葡萄牙須出35萬金幣作為對西班牙的賠償，世界分界線，改在馬魯古以東17度。
1542年，西班牙王又遣維拉洛博斯遠征東方諸島。1542年11月1口自墨西哥的納維達德港出航，1543年2月平安渡太平洋而抵棉蘭老。為季節風所吹，飄至鄰島薩蘭加尼。於是在薩蘭加尼海岸建設堡壘，準備久久占領，還企圖展開貿易，傳布天主教。但因當地居民反抗，既不得食物，堡壘又遭攻擊，乃復撒退，北航宿務，尋找食糧，經三描島登陸。當時三描島本名坦達亞，維拉洛博斯特名之為菲律賓以紀念西班牙王太子菲律普。嗣後，維拉洛博斯就把這群島名為菲律賓，以代從前的西洋群島之名。麥哲倫給它的聖拉柴魯斯的稱呼，也不再為人所知了。
但維拉洛博斯在菲律賓群島上始終未能建立起殖民地，當地人民很之切骨，不斷反抗，以致不能獲得食糧。不得已離開那裡，義為風所吹，飄至馬魯古群島的佐伊洛之帛，為葡萄牙人所擒，後死於安汶。
1556年西班牙王查理五世逝世，太子非律善即位，王號菲律普二世。1559年即命墨西哥總督派遣遠征隊去菲律賓。延遲5年，於1564年11月始白墨西哥納維達德港出發。命黎牙實比為首領，烏爾達內塔為政務領袖及航海指導。率大船2艘，小船2艘，水手150人，兵士200人，僧侶2人，官吏數人，共有380人。
遠征隊於1565年1月，至太平洋上的馬里亞納群島。3月間到宿務島。當地居民拒絕他們上陸。義因食糧缺乏航行各島求食。到禮智島，也遭到當地居民的拒絕。始欲往棉蘭老，中途停於保和島，得到島上居民的優待；在該島附近，又掠奪到一艘從加里曼丹來的貨船，於是乃遣一艦隊，南至棉蘭老，另一艦隊回宿務。
保和島的部落酋長錫卡圖納，在勸誘之下，同黎牙實比歃血為盟，變成了莫逆之交。黎牙實比乃同部下商議，決定殖民於宿務，唯僧侶們表示反對。但有若干官吏贊成，決定殖民於宿務。
1565年4月27日，西班牙遠征隊回到宿務。宿務當時人口甚密，沿海有村落十四、五處，拒絕西班牙人登陸，黎牙實比乃發兵攻擊，占領了城市，焚毀房屋百餘所，居民逃入山中。
西班牙人占領宿務後，即從事於建立居留地，築教堂，建住屋，鑿井梁。市街作三角形，兩面向海，用巨炮保衛。一面圍木柵。因西班牙人在…個當地居民中搜得一聖嬰畫像(即麥哲倫贈與那時宿務王后的，後棄置於民間),就名這個居留地為聖嬰城。
黎牙實比定居征務後，開始採取懷梁政策，同宿務王土帕斯訂立條約。勸人民回村居住，西班牙人與當地居民犯法的同等治罪。要宿務人民承認為西班牙的臣民。每年向西班牙王納貨。當地居民售物給西班牙人的，不得高抬價格。戰爭時，應堅持攻守同盟，獲得的戰利品，兩方均分。
但殖民主義者的嘴臉是裝扮不出和善面貌的，西班牙士兵常酗酒殺人，夜掘當地人墳墓，竊取寶石首飾。實行強迫貢獻和勞役，尤為當地居民所切齒痛恨。因之人民紛紛離開宿務而他運，生產低落，食糧缺乏，西班牙人不能不派遣艦隊到班乃島、禮智島、內格羅斯島以至棉蘭老的布土安各地求食。因之部下發生變亂，首先有水手威尼斯人和法蘭西人企圖逃出菲律賓，以事泄未果，還有一群水手，擬掠取自馬尼拉來的摩爾人的商船，逃往馬魯古，也為一法蘭西人所告發。第三次的叛亂，由一葡萄牙人為首，黎牙實比花了極大努力，才得平定。
黎牙實比住在宿務島後，常遭葡萄牙人的襲擊。又因根食缺乏，計劃另覓新地，乃決計遷往班乃島。不僅此地產米豐富，而且如遭葡萄牙人襲擊，可移居內地。這一居留地開闢在河流之旁。
黎牙實比抵菲後不久，即派遣船隻回墨西哥，報告經過。由烏爾達內塔率領從人200人返思墨西哥。西班牙王接到報告後，即詔令將群島收入西球牙版圖，任命黎牙實比為總督，並予以貴爵，賞將士們一些授地。黎牙實比接到敕令後，即在宿務建立政府，推舉拉維柴里斯為市長。
至1570年間，西班牙對於菲律賓群島情況略有所知，其勢力也擴展到各島上去。1569年間已探悉馬示描地、布里阿斯、帝加奧。同時還到達呂宋，黎牙實比的孫子璜·沙爾西多，還率兵征服了伊林和盧邦，並在盧邦設立了兩個炮台。極為富庶的棉蘭老的曼布臘奧城也為西班牙人所攻陷，劫掠一空。
班乃島的居民，十分不滿於西班牙人，常常作消極抵抗，荒蕪田畝，不予耕種，使西班牙人得不到食糧。黎牙實比聽到馬尼拉有一摩爾入城市，十分繁盛，決意往征。他任命馬丁·德·果提為元帥，率西班牙士兵及水手100名，米沙鄢人百名前往。航經民都洛島，與中國人的商船相遇，即行掠奪。至呂宋停泊，致書於當時馬尼拉國王蘇利曼(Raja Soliman)。馬尼拉城為伊斯蘭教徒所建立，在帕西格河的南岸，圍以木棚，柵門陣列小炮，柵內駐有守兵，這也就是蘇利曼的王城。
蘇利曼答覆西班牙人，願與西班牙人在海濱會見。蘇利曼答應對西班牙人以友好相待，但西班牙人不得擾亂他的人民，西班牙人自然接受這個約定。但西班牙人定居後，忽然要求蘇利曼應服屬於西班牙王。蘇利曼拒絕這無禮要求，雙方即行開戰。1570年1月西班牙人炮攻王城，焚燒房屋，占領了馬尼拉域。而當時葡萄牙人的勢力也到達馬尼拉。在戰爭中，馬尼拉方面，即有葡萄牙人的炮手。果提占領馬尼拉後，因恐季節風至，即回班乃島。
第二年，黎牙實比親率艦隊到馬尼拉。當地居民自焚城市，逃往唐多。唐多的部落酋長拉坎·多拉開初與西班牙人尚好，擬調停西班牙人與蘇利曼的衝突。黎牙實比接受這一提議，但因蘇利曼不願臣服西班牙王，又開戰端。附近城市如馬卡比比及哈果納伊都來協助馬尼拉王。他們集戰艦於馬尼拉灣北岸，欲驅逐西班牙人，然而戰爭結果，蘇利曼國王陣亡，馬尼拉又為西班牙人所占領。
黎牙實比於是重建馬尼拉城，劃定市區，恢復堡壘，為奧古斯丁僧侶建立教堂；又建木屋150間，供西班牙入居住，建立一官邸，供總督居住。定馬尼拉為中心都市，即為菲律賓群島的首都；組織市政府，任命審判官二人，參事會員12人及官吏若干人。黎牙實比儼然做了個殖民地的總督了。
西班牙人征服了呂宋的馬尼拉城後，鄰近諸島也逐一被征服，到遼遠島上的居民仍不服從。黎牙實比曾派其孫子沙爾西多前往征討。沙爾西多率軍士百人，大炮三尊，克內湖的坎塔、塔塔等城。沿內湖南岸穿山越嶺而至太平洋沿岸，發現了帕臘克的金礦，始四馬尼拉。同時，果提征服了邦板牙河流域，北征克多城，直至仁加因灣而獲得馬尼拉以北的平原。1572年沙爾西多又克服三描禮示、班詩蘭及伊羅戈，繞北呂宋海岸至波列洛島，由內湖而國到馬尼拉。1572年8月20日，黎牙實比逝世，年71歲。
1573年沙爾西多又征服了比科爾(米骨)等省。7月率軍士120人，自馬尼拉出發，征服甘馬糞、阿爾拜(阿眉)、卡坦杜安內等地。這樣菲律賓群島之加入西班牙版圖的，由呂宋及米沙鄢諸島的海岸而深入內河。在呂宋島只有東海岸尚未被征服，米沙鄢諸島除班乃、內格羅斯，宿務及三描島外，也有許多未被征服。棉蘭老之北境有西班牙的殖民地，但這些島嶼的內地，直到十九世紀西班牙的統治權也還沒有到達。
就在西班牙王菲律普二世時候，菲律賓總督佛朗西斯科·桑德，得菲律普二世的指令，要同當時的汶萊和棉蘭老的素丹勒克柴爾(Rexar)修好。桑德為完成這項使命，親赴文菜，但他卻又要求汶萊素丹不要向非律賓傳播伊斯蘭教。相反，卻要求允許天主教會向汶萊傳道。這顯然是別有用心的。這兩個條件當被素丹拒絕。桑德竟以此藉口征討汶萊。他親自率領一強大艦隊同汶萊作戰，驅逐了素丹勒克柴爾，以他自己的兄弟西雷拉(一名馬列拉)接替勒克柴爾。勒克柴爾則退守至群島內地。桑德使西雷拉作為汶萊的素丹後，還預定自1578年4月20日起，把汶萊也歸併為西班牙王的財產。
勒克柴爾也曾一度得到葡萄牙人的援助，恢復了汶萊王國的寶座。但是不久之後，又為西班牙人所驅逐。從這時開始，加里曼丹的馬來人王國主權，一時之間，就落入於外國人手中了。
在群島東部，主要是馬魯古群島地區，葡萄牙勢力的滲入、侵略和占領的歷史，也是馬魯古群島人民的反葡鬥爭的歷史。
馬魯古首先見之於中國史書的是《諸蕃志》。《諸蕃志》在蘇吉丹條中談及闊婆的屬國，就有「勿奴孤」。嗣後，見之於《島夷志略》,稱文老古。「地產丁香，其樹滿山，然多不常生，三年中間或二年熟。」貿易之貨中有巫倫八節那澗布。同時，還著錄文誕，即班達，「地產肉豆蔻、黑小廝、豆蔻花、小丁皮」。古里地悶，即帝汶，地產檀香木。足見在十三世紀，馬魯古己以香料而聞名於世了。自十五世紀起，馬魯古群島也同其他島嶼一樣，伊斯蘭教勢力深入於群島的重要島嶼及港口地帶，並且建立了伊斯蘭教王國。有跡象證明：馬魯古的伊斯蘭教大半是從爪哇傳入的，它是同爪哇尤其是查帕拉港口的大米輸出的活動分不開的。伊斯蘭教的傳入，也改變了當時群島的社會組織。由於馬魯古群島十分細碎和分散，島嶼的面積也比較小，較大的也只有哈爾馬赫拉島、西蘭島、帝汶島(帝汶一般不包括在馬魯古群島之內，但當時的歐洲人往往將兩者聯在一起)。所以各島上都存在著部落和獨立的小國。如古里地悶，據《島夷志略》稱：「地謂之馬頭，凡十有二所，有酋長」,足見當時在古里地悶有12個部落。(所謂「馬頭」,即Batu的音譯，而Batu Sempa-dan即為境界石之意。)伊斯蘭教傳入馬魯古，同時也展開了商業活動，在商業聯繫中也發生了政治聯盟性質的國家，這在亞齊我們已看到這種形式，在馬魯古群島也是一樣。
在葡萄牙滲入馬魯古群島時，在那裡已存在四個王國。即德那第、蒂多雷(或稱索阿修),巴常和在哈爾馬赫拉島上的佐伊洛洛等王國。但以德那第和蒂多雷的素丹王國為最著名。這兩個王國幾世紀來為了爭奪印度尼西亞東部周圍島上的統治權，相互間進行著鬥爭。因之，這兩個王國各自建立了聯盟。其一，是烏利利馬(即五部落聯盟),另一是烏利利西瓦(即九部落聯盟)。五部落聯盟承認德那第為盟主，九部落聯盟承認蒂多雷為盟主。各個聯盟都有自己的特殊的「聖地」,還規定一般的習慣法和祭典儀式。這兩個聯盟各自為爭奪東部群島上主權展開了激烈的不斷的斗條。儘管兩國先後都改宗為伊斯蘭教，而鬥爭還是依然進行著，甚至為了商業利益，鬥爭更加激烈。因之，他們都歡迎外來的援助。
在葡萄牙還沒有在馬魯古群島建立根據地的時候，他們已經有好幾次到安汶和班達島上來採購丁香和肉豆蔻。而安汶和班達是服屬於德那第的。1512年當時葡萄牙人第一次來馬魯古時，是向德那第素丹巴常·烏拉(Bajang u1lah)致以最好的敬意的。他們的船舶滿載貨物，被允許在德那第屬下的任何地方停泊。到了1513年，他們進行第二次訪問。1518年，他們進行了第三次訪問。自然，在這些訪問中，他們主要是為的採購香料。到了1522年由安東尼奧·德·布里多率領的艦隊來到馬魯古群島，他們決定駐紮下來。這就抱有占領的企圖了。索丹巴常·烏拉是同葡萄牙人很友好的，但當時已經逝世了。而巴常·烏拉的兒子阿亞洛(Ayalo)還沒有成年，便由他的母親作為攝政女王代理政務。這位皇太后從素丹巴常·烏拉那裡得到的印象：認為應該同葡萄牙人友好相處，所以德·布里多請求選擇一個地方，建立要塞，也就答應下來了。
但是，這一基於友好原則的聯繫沒有繼續好久。葡萄牙商人只想在香料貿易中謀求自己的需要和利益，葡萄牙官吏在各方面都隨心所欲，胡作非為。葡萄牙士兵和商人更不把當地人民當作人看待。這就發生了雙方之間的衝突，那是必然的。恰巧這個時候，蒂多雷素丹對西班牙人的到來表示友好；西班牙人從菲律賓群島來到這裡，我們已在上面談到，因之又發生了西、葡兩國對馬魯古群島的爭奪。但他們於1529年訂立了條約，決定把馬魯古群島，劃歸為葡萄牙的勢力範圍。
皇太后攝政是由首相塔魯威斯協助的。由於塔魯威斯對於葡萄牙人的舉動感到不滿，同葡萄牙的關係形成緊張。首相塔魯威斯為他們所殺害。若干親王和皇太后受此威脅，就同一些隨從也離開了德那第首都。而王子阿亞洛被迫作為「人質」,拘禁於葡萄牙人的堡壘裡面，當了「傀儡國王」。事實上，,葡萄牙人是把德那第完全作為殖民地來對待了。但儘管如此，葡萄牙人自己也不斷發生衝突。葡萄牙的官吏不斷地被更換。只有在對待當地居民方面，葡萄牙人是一致的：實行暴虐和鎮壓。葡萄牙的新宮剛剛上任，不久就被捕，關進新建的官員牢獄中去。官吏們不斷從果阿送來，又送到果阿去，受總督的處分。也正因為如此，每一新官吏到來，巴望能在最短的時間內，剝取居民身上最多的血汗。
同時，他們又同西班牙人所占領的蒂多雷王國，進行戰鬥。西班牙人幾次到來，幾次被降服，最後，蒂多雷王國也落在葡萄牙人控制之下。葡萄牙人同樣在那裡建立起要塞來，同樣剝削和鎮壓蒂多雷王國屬下的居民。
由於1529年西、葡兩國簽討了分贓協定，又由於葡萄牙殖民者在馬六甲海峽方面暫時平息了素丹馬哈茂德的反抗，因之，他們想緩和一下馬魯古人民的憤怒，採取一些懷柔政策。1531年素丹阿亞洛由當時的葡萄牙佩雷臘政府予以釋放，並且提拔一個名叫卡季爾·哈土的人，作為素丹的首相。但是殖民主義的死硬派不懂得這種懷柔政策的意義。這一派人以半西卡為首，更歡喜素丹阿亞洛的義弟塔巴里查做德那第的國王。兩派之中自然有他們利益的衝突，因之，半西卡就實行對佩雷臘的叛亂。在雙方戰鬥之中,素丹阿亞洛得以逃到哈爾馬赫拉的佐伊洛洛素丹王國。塔巴里查也就被捧出來做素丹了。但只隔兩年工夫，即1533年10月，阿塔伊德作為殖民政府的首腦被派到德那第來。豐西卡便被撤職，素丹塔巴里查被捕，銬上了鐐銬，送往果阿。塔巴里查的兄弟，叫哈倫的，或叫艾伊羅，被捧出來做素丹，但是他得住在要塞里而，沒有行動自由。自古迄今，殖民主義者總是喜歡導演這類傀儡戲的。但葡萄牙人的虛政，對待居民的污辱行動
是始終不會改變的。這種污等並且同樣施之於各個島上的國王和素丹。因之，巴常素丹就聯合了馬魯古所有島上的國王討立了一個攻守同盟，賓布對阿塔伊德進行聖戰。阿亞洛和德那第的舊日官吏們也站在馬魯古各王國聯盟一邊，他擔任了對德那第的進攻任務。同盟號召對所有島上凡是有葡萄牙人居住的地方，實行全面進攻。正在這個時候，1536年間安東尼奧·加爾伏率領了一支葡萄牙艦隊到來。這個殖民主義強盜，運用他集巾優勢兵力突破一點的戰略，向起義的中心蒂多雷進攻。在這次進攻中，阿亞洛受了傷，以致於死去。而蒂多雷素丹也不久投降了。
戰爭以葡萄牙人的勝利告了一個段落。加爾伏又開始建設德那第，要塞重加修理和鞏固。商館也開始建立起來，並且勸導居民重新開闢種植園。對居民也採取一些懷柔政策。這樣，各地的船舶又雲集德那第的港口。但是葡萄牙人的商業壟斷政策是決不會改變的。因之，葡萄牙人同爪哇、望加錫及武吉斯商人發生了衝突。因為他們的商業活動往往受到葡萄牙人百般的習難。然而，最後勝利還是屬於葡萄牙人方面。
另一方而，素丹塔巴里查由阿塔伊德作為一個囚人於1535年送去果阿。他住在果阿有八年之久，而對他的事件卻沒有作出判決。在那裡，他認識了一位名叫費勒伊塔斯的人。他們相互之間十分友好。同時，塔巴里查也改信了基督教。看來一切有關事件的公文已送到里斯本。1543年來了一份決定書：承認素丹塔巴里查對於德那第和它的屬地的主權。素丹塔巴里查(這時已取基督教徒的名字馬努厄爾),還給費勒伊塔斯一份禮物，即把安汶島割讓給他。另…方面費勒伊塔斯被委任為德那第的總司令官。同年，他們兩人就從果阿動身去馬魯古。舊傀儡穿上新袍服又登場了。殖民主義者不僅使用武力占領土地，並且以宗教作為精神武器來製造一個新傀儡。
因為他們知道，要把那個在位已達十年之久的素丹哈倫趕走，那是並不容易的。所以由費勒伊塔斯先去德那第，而馬努厄爾暫且留在馬六甲。
費勒伊塔斯到了德那第，設法逮捕了哈倫，並且馬上強迫他登上早已準備好的船隻送到果阿去。可是在馬六甲方面卻另有企圖，買取了斷然的手段。1545年6月30日，當素丹哈倫到達馬六印時，素丹馬努厄爾就逝世了。這一突然的逝世，必然出於葡萄牙人的陰謀。因為這樣…來，他的一切主權和領土，即德那第和它的屬領都落入於葡萄牙王國的手裡了。現在葡萄牙最高政府對於承認素丹哈倫享有德那第及其屬領的統治權再也沒有其他阻力了。他舉行了即位典禮，之後，他同葡萄牙政府新派來的負責人德·索烏沙一起，於1546年4月赴馬魯古。德·索烏沙把在馬魯古的西班牙人驅逐出去，佐伊洛洛素丹和蒂多雷素丹的權力也給他長時間抑壓下來。而德那第王國的統治則越來越強大了。
但是對於殖民主義的橫徵暴斂，即使最順從的傀儡，有時也忍受不了的，因為直接削弱了他們自己的利益。1555年，葡萄牙人杜阿爾托·德厄沙強迫素丹哈倫將馬基安島上所有的土產(特別是丁香)全部讓渡給他。素丹不能馬上同意。素丹同他的母親和兄弟就都被逮捕起來，關到黑牢里去。當時葡萄牙殖民當局知道這一舉動將會引起不可預測的後果，因此下令把德厄沙革職，並且上了銬，送到果阿去，並且強迫德厄沙向索丹哈倫請求寬恕，可是事情並未就此了結了。
德那第終於揚起反葡的鬥爭，並且把這鬥爭的火焰也延燒到安汶。德那第的一支艦隊駛向安汶，要把安汶從葡萄牙人手中奪取過來。當時，在安汶島上有30個村莊改信了基督教，烏利阿沙島有13個村莊改信了基督教，他們都在葡萄牙人管轄之下。
德那第的進攻使得許多村落居民又復改信伊斯蘭教。在安汶這種宗教上的衝突日益劇烈了。素丹哈倫是同情起義人員一邊的，他命令自己的兒子巴阿布拉(Baabullah)率領一支艦隊去幫助他們。共有4,000兵士，在爪哇人的船隻協助下，到達安汶。德那第的軍隊包圍了在拉伊帝汶的奴沙尼維的基督教徒城市。但當時素丹巴常已加入了基督教，葡萄牙人由於他的幫助，這個城市才得以解圍。
巴阿布拉被迫撒退到希都。到了帕厄斯擔任安汶政府之職時，基督教徒和伊斯蘭教徒的鬥爭才告平息。
1564年帕厄斯去世，希都人就向拉伊帝汶進攻，所有的基督教村莊都被毀滅。奴沙尼維村和哈提維村全被燒光，不許葡萄牙人的船隻停泊在那裡，哪怕是很少一些船隻也不被允許。烏利阿沙也被進攻，以致在這列島之上再也沒有葡萄牙人的勢力了。但是到1569年葡萄牙人馬臘馬克得到了蒂多雷和巴常素丹的協助，打敗了希都人，儘管希都人也得到爪哇人的幫助。但是，馬臘馬克還是在安汶的希都地方建立起一座要塞。
宗教鬥爭的本質意義就是反殖民主義者同殖民主義者的鬥爭。
到了1564年11月12日，德那第正式宣布為葡萄牙殖民地。在這一天，素丹哈倫和他的兒子，為了把主權交給葡萄牙，要在條約上簽字。雖然素丹方面希望能得到葡萄牙人某些尊重，但是葡萄牙官吏還是依然那樣的暴戾恣睢。
在簽字的宴會上，素丹哈倫對著《可蘭經》宣誓，在德那第的葡萄牙政府首腦梅斯奎塔對著天主教聖經宣誓，表示兩不干涉，互相尊重。
聚會有葡萄牙和德那第的所有高級官吏到場。可是這宣誓不過是狼的誓言。到了1570年11月28日，梅斯奎塔派人刺死了素丹哈倫。執行這任務的是安東尼奧·皮門特爾，這人就是梅其奎塔的侄子。
這一無恥的罪惡事件，不能不激起德那第人的無比憤怒。所有的德那第人都拿起了武器，奉戴巴阿布拉為自己的素丹，幾乎整整有五個年頭把德那第要塞包圍了起來，並且到處搜索簡萄牙人的蹤跡。到了1575年，德那第的葡萄牙入向素丹巴阿布拉投降。德那第要塞里所有葡萄牙人和站在他們一邊的德那第人，得到了素丹巴阿布拉的允許，可以各自帶著式器離開德那第。素丹巴阿布拉並且約定：仆麼時候葡萄牙人對刺殺他的父親、素丹哈倫表示贖罪，他們就什麼時候可以回來。這種對敵人表示「恕道」,其原因是他們都是剝削階級，有共同的利益。到了1576年新年到來的前一個晚上，葡萄牙人的國旗就從德那第的二空降落了。
素丹巴阿布拉企圖成為全馬魯古群島上的最高統治者，但巴常和蒂多雷素丹不予同意，他們又請求葡萄牙人援助。因之，又復發生了戰爭。素丹巴阿布拉於1583年的一次戰爭中中槍身死。其後，由他的兒子夏希德·巴卡特(Syahid Barkat)繼任王位。素丹夏希德·巴卡特是一位勇敢的戰士，在不斷的戰爭中，他的勢力終於進入全巴常國，除了拉布哈一地外，人們都信仰了伊斯蘭教。
1580年葡萄牙和西班牙都在菲律普二世的統治之下。壓追其他民族的民族是不能得到自由的，葡萄牙卻在海外的殖民掠奪中也日益腐朽了。在十六世紀八十年代裡，葡萄牙曾經幾次聯合西班牙想征服素丹夏希德·巴卡特都沒有成功。德那第王國的統治日益強大，葡萄牙的勢力日益衰弱。在荷蘭殖民主義者沒有到來之前，素丹夏希德·巴卡特已經統治了72個島嶼，有13萬居民，可以隨時動員武裝起來。
德那第王國自索丹巴阿布拉出現以後，自始至終不懈於反葡鬥爭。一個敢於鬥爭的民族，是一定會強大起來的。德那第的強大決不是偶然的。