自從1546年，阿迪·威查亞把王國的中心從淡目搬移到帕章，人們就把它稱做帕章王國。它本來是帕章的布帕提，篡奪了淡目的政權而興起的國家。這個稱為帕章王國的首都就在今天梭羅區的西南部。
正如前述，帕章王國開始建立時，過去的淡目王國的有些領土也就分裂出去了。西達尤、革兒昔、蘇魯馬益和巴蘇魯安，隸屬於朗加爾親王的權力之下，同帕章相對抗。這自然是阿迪·威查亞所不能默認的。而上述這些地區的太守，也不願受馬都拉、三邦的朗加爾親王的節制，不久就叛變了他。以蘇魯馬益的太守為盟主，同帕章王國聯合起來。這裡無疑有經濟利害的衝突和一致。帕章就其地理位置而說，不是一個港口王國，它還領有馬塔蘭的這個中爪哇的平原地帶。內陸的豐富的農產品以及當時最為出名的巫倫布，這對於提供港口城市的出口品是非常需要的。而西達尤、革兒昔、蘇魯馬益和巴蘇魯安都是屬於東爪畦的北海岸港口。他們同帕章王國的聯合就會取得貿易上更大的好處。因此，阿迪·威查亞的版圖就得以擴大了。阿迪·威查亞還任命蘇魯馬益的太守為副王，管領以上各地，以資羈縻。蘇魯馬益的太守，成為東爪哇的最高統治者。
大概，在爪哇的各海口伊斯蘭教勢力發展的同時，那個在爪哇極東角的北海岸上一個港口帕納魯坎，也有不少伊斯蘭教徒進入。因為港口城市總是以國內外貿易為它生命線的，而在十六世紀中，爪哇的商業活動已經同伊斯蘭教的傳播不可分割了。伊斯蘭教之進入這個印度教派的港口城市，一定在帕章王國成立之前，但當蘇魯馬益太守作為帕章王國的副王而加強了爪哇東部的管轄的時候，帕章王國的勢力也在帕納魯坎的伊斯蘭教商人中起了決定性的影響。這不能不使當時的巴藍班甘的濕婆教王國感到不安。1575年巴藍班甘王國的桑塔·古納王得到巴厘和松巴哇的援助，征討了帕納魯坎，伊斯蘭教徒被擊敗和驅逐。這自然使帕章王國遭受到很大的損失。
事實上，帕章王國同淡目王國一樣是一個聯盟組織。歷史上任何王國都或多或少地具有聯盟性質，這是同爪哇的以農村公社為基礎的那種具有閉塞性的獨立自主的社會組織有關係的。帕章王國的領土除王國直轄領地帕章本土外，還有所謂「自由領地」和「藩屬」。這些自由領地和藩屬，一共有10個，都是由親王們掌握了政治權力。而這些自由領地和藩屬有相當部分還是由部落氏族的首腦掌握著某些部分(特別是在土地的分配方面)的自治權利的。但外國人往往總把這些親王們也稱道為國王。10個「自由領地」和「藩屬」就是蘇魯馬益、杜板、帕提、淡目、帕馬朗(直葛的古稱)、普爾巴亞(即茉莉芬)、勿里達、塞拉隆即萬由馬斯、克臘帕亞克(在今日葛都南部)及馬塔蘭。這樣王國的領土幾乎囊括了中爪哇和東爪哇。但必須指出：當時的查帕拉這個重要商業港口，似乎並不包括在王國版圖之內。在1574年，這個查帕拉王國的女王還曾獨立地發動過對葡萄牙人的馬六甲的戰爭。
馬塔蘭領地並不是親王們掌握的，而是一個出身卑賤的被稱為奇阿依·格德·帕馬納漢(Kyai Gede Pamanahan)管轄著。他就是阿迪·威查亞同阿里亞·帕曼桑在馬上決戰時，施行詭計，放出牝馬去的一個親衛隊長。據傳說，他是從前淡目王的一個僕人，或者是太守的一個著葉盒的侍童。他本名錫魯布特(Sirubut),也叫做卡斯提翁(Kastiung)。因他行為不檢，畏罪潛逃，投奔到帕章王那裡來。由於得到帕章王的寵幸，提拔為親衛隊長。而又以擊斃阿里亞·帕曼桑有功，依照國王的許諾，分封為馬塔蘭的領主。但事與願違，阿迪·威查亞是並不歡喜他攫得這樣高的職位的。國王只賦予他一個「帕今登」(看守者)的官銜，而且並不把它當作一個藩侯看待的，只希望他約束一下地方和要他同蘇南·卡利·查卡(Sunan Kali Jaga)之間作些聯繫。但他終於領有了馬塔蘭這塊古代文化的土地。他住在哥打格德(又名為巴剎格德)地方，並號稱為奇阿依·格德·帕馬納漢了。
奇阿依·格德·帕馬納漢的兒子蘇塔·威查亞(Suta Wija-ya)是由阿迪·威查亞收養而成長的，也就成為阿迪·威查亞的養子，並獲得國王的寵愛。這個青年和王太子巴納瓦親王十分要好，長大後又被任為國王的親衛隊長，並且獲得了貴族的頭銜和稱號。他既名為拉登·巴古斯(Raden Bagus),又名為雅貝依·洛爾·英·帕沙親王(Pangeran Ngabehi Lor ing Pasar)。
1575年奇阿依·格德·帕馬納漢病歿時，馬塔蘭的領地也擴大了。據說，他在行政上是頗得人民的愛戴的，就有不少村落，願意依附在他的管轄區域之內，他死後就葬在巴剎格德。現在那裡還存在著他的墳墓。同時，蘇塔·威查亞又被帕章素丹阿迪·威查亞指定為馬塔蘭的後繼人，給予他森納帕提·英·阿加拉·沙希丁·帕納塔加馬(Senapati ing Agala Sahidin Panata-gama)的封號。
森納帕提是一個有板大野心的人物。他企圖奪取帕章的霸權，但為他叔父基·儒馬塔尼(Ki Jurmartani)所勸阻，抑制了他的輕舉妄動。他的叔父是他的保護人，對他表示很器重。
森納帕提開始表示反叛意思的，是他阻止了某些地區長官在穆罕默德誕生日向帕章素丹表示敬禮這一舉動。在帕章王國里，規定這一日是各藩侯和地方長官要參覲國王，呈獻貢品，為國王上壽的。他不僅自己忽視這一制度，並且糾集同黨，予以攔阻。
恰巧有葛都和馬吉冷的官吏們為致送貢品，途經巴剎格德，他就要他們響應他的主張。結果，除一個人物外，大多官吏的貢品不再送往帕章而呈奉給森納帕提了，就是其中不願交出貢品的那一個人，最後也為他所懷柔。而這一行動，無疑是放出了奪取帕章霸權的信號。
當時，在巴剎格德，還沒有防禦設備，但從他實行反叛的時候起，就在市區周圍，築起石造的城牆。城牆周圍都弼了溝濠，準備帕章的攻擊的到來。
阿迪·威查亞知道了這個消息以後，就派王太子巴納瓦親王到馬塔蘭去探聽事實的真相。可是森納帕提的行動，在這個唯一無二的好友的眼裡卻發現不出可疑之處。父三也為他這個寵臣的狡計所蒙蔽，相信王太子的報告，沒有採納幾位大臣的忠告。
於是，森納帕提更加公開地反叛了。他有一個義兄杜孟公·馬揚(Tumenggung Mayang),因為他兒子拉登·帕比朗(Ra-den Paberang)犯了罪，觸怒素丹。素丹就把父子兩人。一起放逐到三寶瓏去。森納帕提聽到這個消息，就召集服屬於他的葛都和馬吉冷的官吏攔路劫奪了押解隊伍，釋放了杜孟公·馬揚父子。押解隊伍的人員不少喪失了生命。這就使素丹阿迪·威查亞不得不興師征討。戰爭發生了。可是戰爭的勝利，常常歸於森納帕提。素丹在戰敗後退卻，途中從坐象上墮地，為此得了病。森納帕提列陣於都城的西方待戰。1582年，素丹再一次出城應戰時，中了他的毒箭死亡。
素丹阿迪·威查亞死後，國王的位子沒有落在巴納瓦王太子身上，而由國王的女婿，舊日的淡日國王的長子蘇南·巴臘瓦納的兒子阿里亞·潘吉里(Aria Pangiri)繼任為素丹。這樣，王位即歸到特林加納王的世系了。阿迪·威查亞的兒子得到齊龐一塊領地，擔任「阿迪帕提」的職務，這自然是使他悻悻不平的。
阿里亞·潘吉里對於當時周圍環境具有危險的景象，不能說是完全沒有感覺的。也許正因為這樣，他不能不培植他從淡目帶來的一部分僚屬的勢力。他竟把帕查人所有的水田。沒收了三分之一，分給這些僚屬。這就觸犯了那些村落的共有利益，引起公社農民的極大不滿。他們因之向馬塔蘭求助。但森納帕提一時沒有接受他們的要求，反而裝做沒有反叛帕章素丹的意思。看來還是由於馬塔蘭是一個內陸國家，它不能同有淡目港口和其他港口的這個帕章王國完全斷絕關係。但他並沒有放過機會來探聽帕章內部的變化。等到他知道王城對他有舉行討伐的企圖，而他又受到齊龐的阿道帕提巴納瓦親王的慫恿，他就舉起反叛之旗了。
帕章的素丹阿里亞·潘古里由於自己的失策，竟得不到任何一方面的援助，陷於四面楚歌之中。只有身受素丹特典獲得水田的淡目僚屬以及國王的家奴(武吉斯人，巴厘人和望加錫人)對他表示忠誠。帕章王國就象冰山一樣倒下去了。戰爭的結果，素丹本人由於他妻子對征服者乞求赦免，得以留下一條生命。這位王妃就是阿迫·威查亞的女兒，而阿迪·威查亞畢競是森納帕提的養父。也許森納帕提更多是看在王妃的兄長，即好友巴納瓦的面上的。但條件是阿里亞·潘吉里必須退讓素丹的位子——引退到淡目去。
現在登上帕章的王位的，應該是巴納瓦王太子了。但巴納瓦自知不是森納帕提的敵手，不政貪戀素丹的職位，就由他讓位於這個抱有野心的朋友。森納帕提不願建都於帕章，把從淡目搬來的所謂「國寶」移到馬塔蘭。他封巴臘瓦納為帕章的藩侯，領有帕章本土的領地。這樣，森納帕提就委身於征戰，以獲致全爪哇的霸權。
西爪哇的萬丹地區，自從淡目的霸權落入於帕章以後，就逐漸脫離了中爪哇而獨立了。
我們知道：蘇南·古農·查提從萬丹移到井裡汶時，他同淡目公主所生的兒子哈桑奴丁就作為「帕南巴漢」登上萬丹的統治者地位的。這個年輕的帕南巴漢娶特林加納親王的女兒，也就是他的表妹為妻。就是他，看到淡目的自特林加納親王逝世後國內大亂，帕章終於取代了淡目的霸權，就於1556年宣布萬丹的獨立。他自稱為萬丹素丹一世。這就一反他父親時代的作法，拋去了屬國和屬侯的地位了。
哈桑奴丁曾經參詣過麥加，對普及伊斯蘭教十分努力。但當他在世時，被看為異教國的帕查查蘭還依然存在，不過已經為伊斯蘭教的勢力所封鎖了。
在萬丹對岸南榜地方，有一個多郎婆皇部落，在中國唐朝時已見之於著錄；稱之為多郎婆皇國。這個部落的酋長邀請哈桑奴丁到那裡去，他就汜伊斯蘭教在那裡普及起來，並且把這一部落隸屬於他權力之下，成為萬丹的藩屬。同多郎婆皇鄰接的還有個因陀羅補羅部落。部落的酋長把女兒嫁給他，作為嫁裝，還把西列巴爾地方割讓給他。我們知道：萬丹的興起是和貿易航道改從巽他海峽分不開的。因之，萬丹的勢力之伸入南榜地區，同樣是同貿易航道的開闢有關。
哈桑奴了的都城萬丹，本來是海濱的一個寒村。伊斯蘭教傳來以前，這裡的都城是在萬丹吉朗(Bantan Girang)。這地方在1526年由蘇南·古農·查提所征服。萬丹作為一個港口要比巽他卡拉帕為遜，但一經成為伊斯蘭教王國的首都後，急速地興盛起來了。葡萄牙人已經在1545年來到這裡經營貿易。在哈桑奴丁時期，都市日益擴大，沿海岸長約750米，陸地方圓為1,600米。都市的一邊用煉磚築起一道胸牆，上架木造的炮架，備有銳利的大炮。市內除連著廣場的王宮外，還有一個伊斯蘭教堂和一個市場。
哈桑奴丁有許多子女，已知的就有15人。其中長女臘圖·潘巴戎(Ratu Pambayun)嫁給雅加達的統治者臘圖·巴右斯·安特(Ratu Bagus Ante),次子尤蘇普親王(Pangeran Yu-sup)。另一子阿里亞親王(Pangeran Aria),應淡目素丹特林加納親王的邀請，幼時即去淡目，為伯母臘圖·卡利·涅馬特所撫養。這女人就是為世所知的查帕拉王后。他以後就成為查帕拉親王，抱著野心回到萬丹來。
哈桑奴丁於1570年逝世，和他父親蘇南·古農·查提的逝世是同年的。他葬在市內伊斯蘭教堂的一邊，那裡被稱做「沙巴京京」(也就是墓場之意),後來成為他後嗣的墓葬場。墳墓是用豎立的石頭建造的，外觀極為別致。因之後世也就把哈桑奴丁稱之為「沙巴京京親王」,或「蘇蘇南·沙巴京京」。
1570年帕南巴漢·尤蘇普即位。這位素丹在位時間不長，到1580年就逝世了，只有10年的統治時間，但他對西爪哇的政治措施具有重要意義。由於萬丹的商業日益發展，對農產品等的需要也日益逼切。他首先獎勵入民開拓水田耕作。在古代，巽他居民顯然和爪哇其他地方居民一樣，是熟知水田耕作方法的。我們應該.還記得，在四世紀末和五世紀初補爾那跋摩王的多羅磨國，是曾經修築一條運河以便利於居民的灌溉的事。而據三世紀以前的印度的記載，描寫著一個出產大米(所謂稷或大麥)、富有黃金的國家，在島的西部，也就是指這個巽他區域。但由於當時印度殖民者的殘暴統治，以及中爪哇、東爪哇相繼迭興，西爪哇的政治地位日益衰落，對外的聯繫實際上中斷了。自七世紀末到十三世紀前又遭蘇門答臘的三佛齊王國的踩躪，成為它的屬國；生產日益室息於完全的自給自足的閉塞狀態中。同時，那裡當時還有廣大的森林地區，居民以刀耕火耨的旱地耕作最為方便，水田耕作反而不發展了。素丹尤蘇普努力於使人民固定於一個地方安居樂業，這就非實行水田耕作來代替按時搬動的旱田耕作不可了。而定居也便於使居民接受伊斯蘭教的文化。
國王在位時，對水利工程作了不少的努力。為了導引水源，分布水利，築造了不少溝渠和堤防。許多新的農村就這樣建立起來了。
在尤蘇普逝世的前一年，他終於滅亡了印度教派的帕查查蘭小王國。當時在巴庫安的怕查查蘭王是帕臘布·賽德。據稱，這國家在一次選任大臣時，一個外舅當了選：這使國王的弟弟感到不滿。而國王這位弟弟早已皈依了伊斯蘭教，他同萬丹的陸軍軍土的基·戎佐互通聲款。到了1579年，基·戎佐向帕南巴漢·尤蘇普建議，只要給他500名兵士，他就可以打下巴庫安都城。如果成功，只要永久免除他自己和子孫的稅賦就行了。這建議得到允准。他便率領了500士兵去到巴庫安都城的南門。在那裡負防守之責的就是賽德國王的弟弟。雙方相互約定，入夜，他和部下一起入城。奇襲的目的終於達到。賽德國王和居民對此意想不到的內應，狼狽失措。只將一部分婦女和孩子移到森林的安全地帶，剩下的人全部遭到殺害。國王和王妃以及大多數廷臣也都殞命。巴庫安的軍隊終於投降。有些大官們以改宗伊斯蘭教為條件，在新王(國王的弟弟)統治下依然任職。信仰濕婆教的居民，一部分竄入南萬丹的荒僻的山地。今天居住在那裡的巴杜伊人。據說就是這些異教徒的後裔。
尤蘇普還完成了哈桑奴丁(或者他祖父時期已經開始了的)在萬丹的防禦工事。他在那些胸牆上還設置用煉磚和珊瑚礁石建築的堡壘。這個都市的一座大伊斯蘭教堂也是在他在位時建成的。
1580年帕南巴漢·尤蘇普逝世。嫡出的王子莫拉納·穆罕默德(Molana Mohamad)當時僅止9歲，在由5位大臣保護之下繼承了王位。在尤蘇普病危時候，曾把國政委託於孟庫布米。但尤蘇普病重消息已傳到查帕拉。在臘圖·卡利·涅馬特撫養下成長的王弟查帕拉親王得到這個消息後，他便帶著以水師提督為首的一支艦隊來到萬丹，並同孟庫布米談判。
在尤蘇普死後，馬上召開大臣會議。這首相提議推戴查帕拉親王為萬丹國王，得到大臣們的贊同，他便告訴了查帕拉親王這個決定。可是年幼的王子保護人之一哈只(大祭司),聽到了這個消息，馬上召集其他4位大臣，也得到他們贊同；擁護幼主。哈只乃致書首相，忠告他不要忘掉對前王的忠誠。孟庫布米理解這個意思，在不為查帕拉親王羽黨所知的情況下，又召開大臣會議。這次，他提議由幼主繼承王位，也一樣得到4大臣的照例認可。這樣，首相便定下一條卻退查帕拉親王的計策。他備了一隻船，親自到查帕拉親王那裡。接著，又同水軍提督基·特芒和查帕拉親王的侍從及儀仗隊，迎到廣場相近的地方。首相乃請他們停止下來。他一個人獨自渡過廣場前面的河道而去。在宮殿外門的廂廊下，那幼主抱在哈只的手裡坐著，圍繞著大臣。首相渡過河後，廣場上正聚集著無數老百姓，表現出國王登基，萬民歡呼的氣氛。於是首相又渡河回來，告訴查帕拉親王，說是他奉親王侄子莫拉納·穆罕默德的命令，阻止他進入廣場。這使查帕拉親王措手莫及。水師提督基·特芒憤恨首相反覆無常，正在煽動他主人訴之於兵力的時候，又為首相所刺殺。查帕拉親王見形勢於已不利，也就率領殘餘人員離開萬丹。
莫拉納·穆罕默德即了王位，號稱臘圖·萬丹親王(Pange-ran Ratu Bantan)。哈只於是將主要保護人的職位讓給孟庫布米。這是1580年間所發生的事。
在這一時期里，巽他卡拉帕已改名為雅加達。共領上大概日益向今日雅加達州和勃良安州接境的分水嶺的南面擴大著。但它依然是隸屬於萬丹的，最初由哈桑奴丁的女婿臘圖·巴古斯·安特統治著，之後為他的几子雅加達親王所替代。
這個都市有許多沼澤地帶，也沒有建造城牆。為了防禦，只在四周圍上柵檻。都市的中心，位置於芝利翁河的西岸。那裡有親王的竹造的宮殿和廣場、伊斯蘭教寺院和市場。還有一批屬於王室的水田。河的東岸也有住宅，當時是從事於商業活動的中國人居住的。由於萬丹的勃興，這裡作為商業都市的意義日益削弱了。但這裡的農產品非常豐富：椰子，各種椰子酒，非常出名。大概以前的巽他卡拉帕(即椰子)的名稱是由此而來的。但它當時同樣為原始森林所包圍，棲息著各種野獸，同井裡汶一樣。
井裡汶已如上述，為蘇南·古農·查提所開闢，1570年，他逝世後由他的曾孫臘圖親王(Pangeran Ratu)統治著，它幾乎是獨立的。他竭力設法逃避萬丹對這地方的主權的干涉。他也把自己的領土擴展開來。勃良安州除南部一帶地方外，大都是屬於井裡汶的。它的東方同帕章的屬領萬由馬斯接境，西方一時達到芝塔隆河流域，大體上以芝馬斯河為界。
再講到亞齊，這時它又將霹靂征服。霹靂王的寡妃及王子等16人盡成俘虜。王子中有霹靂素丹艾哈邁德(Sultan Ahmad)的長子，至亞齊後，妻之以亞齊素丹的公子阿布德爾·卡納(Abdel-Khana),並且擁立為亞齊素丹。霹靂是馬六甲素丹馬哈茂德長子建立的王國，同柔佛國王為同一王族。亞齊擁霹靂王子為亞齊國王，何見亞齊是並不以霹靂和柔佛為仇的。固然，依照亞齊王國的政治結構，國王並不是擁有絕對權力的。這個國家是由若干烏略巴朗(或可譯為列侯)聯合而建立起來，國王不過是這種聯合的象徵。亞齊有一個成規「十二烏略巴朗選國王」.國家的大權是操在烏略已朗手裡的。為了避免烏略巴朗之間爭奪王國政權，所以往往推選外族人，甚至是俘房成為國王的。但亞齊這一舉措，無論如何是表現了它是以葡萄牙為它的主要敵人，並企圖同柔佛和霹靂和好的。
露靂王子即位為亞齊素丹，上王號為阿老瓦丁·曼殊爾·沙(Alauddin Mansur Shah)。據稱他是一個非常虔誠的伊斯蘭教徒，常令群臣日誦《可蘭經》五次。這個亞齊的馬來王阿老瓦丁還把自己的女兒嫁給了柔佛素丹黎阿耶特·沙(Ali JallaAbdul Jali Riayat Shah)。這位柔佛素丹黎阿耶特·沙，本來是彭亨的王子，本名羅闊·奧馬爾(Raja Omar)。奧馬爾曾娶柔佛的第一世王阿老瓦丁二世的女兒法提馬(Raja Fatim-ah)為妻，生一子，名阿布杜爾·查利·沙(Abdul Jali Shah),幼時即被奉為柔佛國王，但1580年年儀9歲即夭折。因之，他的父親奧馬爾即繼任為柔佛國王。黎阿耶特·沙即位後(1580一1597),又娶亞齊王阿老瓦丁·曼殊爾·沙之女為妻、婚後生子羅閣·阿森(Raja Ashem),即送往亞齊，被立為亞齊王的儲君。這一種複雜的、以聯姻政策為基礎的聯盟，其意圖是明顯的：這就是設法把亞齊人和各馬來族人王國的勢力聯合起來，共同對付西方的殖民主義強盜葡萄牙人。這在當時看來是反映了印度尼西亞人民的共同要求的。但是封建主的相互間的矛盾，往往會違反人民的共同要求。據稱：亞齊的水軍提督，於1585年競將阿老瓦丁·曼殊爾·沙刺死，而被立為副王。其時大概已登上王位的幼君羅閣·阿森，於1588年又為阿老瓦丁·黎阿耶特·沙所刺死，並且自立為亞齊王。
可是在另一方面，就在上述這種聯姻政策初步實施的時候，即亞齊王阿老瓦丁·曼殊爾·沙剛將女兒許嫁柔佛新王黎阿耶特·沙第二年，即1582年，亞齊就發動了對柔佛的進攻。原因是當時有一位名辛加臘查(Singaraja)的，駕了一隻大舶，滿載珍寶物資，從亞齊逃往柔佛。而柔佛王竟然收容了他。亞齊王因之大怒，遣軍征討柔佛。柔佛得到葡萄牙12艘戰艦的援助，將亞齊軍擊退。因之，柔佛同葡萄牙的關係就又有了改變。柔佛王黎阿耶特·沙還親自往馬六甲感謝葡萄牙的援助。
這時候，柔佛和馬六甲兩地商務十分發達，香料和金屬成為貿易大宗，大量的錫在馬六甲交易。至1584年葡萄牙在柔佛的商人，自行撤退。無疑是柔佛的興盛有損於馬六甲的商業；而爪哇的大腙貿易卻願駛柔佛港口，並且納稅，不再駛往馬六甲。這又使葡萄牙人遭受威脅，貿易的壟斷希望再次遭到打擊，乃復施展其強盜木性，恣意掠奪柔佛海上商船。柔佛王黎阿耶特·沙極為憤怒，用船滿載石塊，並鑿沉之而填之於新加坡海峽之中，藉此使來自中國和馬魯古群島的船觸無法通過新加坡海峽；荷萄牙人乃於新加坡之南，另闢一條航道，以便船隻出入。這一新航道仿效葡萄牙人國內運河之名，曰桑塔巴巴臘。封建主與殖民主義者的商業競爭，日見激烈。終於在1586年黎阿耶特·沙派遣艦隊百艘，其中有大餘16艘；另遣一支陸軍向馬六甲挺進，以與海軍相配合，包圍和封鎖了馬六甲。當時，居住於南寧及林茂的米南加保人，專以販賣薯葉為業，也幫助柔佛陸上的進攻。我們還應該記得，在素丹馬哈茂德進行反葡鬥爭、封鎖馬六甲海峽，藉以斷絕馬六甲糧食的時候，馬六甲是以打通同米南加保人的關係，取得大米和黃金的。但在馬六甲馬來國王統治時代，米南加保人已同馬六甲有商業聯繫，米南加保的人民已有不少定居於南寧和林茂。這兩個地方本來是馬來王國時代槃陀訶羅的領地。這時葡萄牙軍隊恃其精銳的炮火，先將米南加保2千人的南寧居住地，一掃而空。他們在南寧的村舍，全部被焚，殘餘的人員退往林茂。在林茂，柔佛本來建有一座要塞，並有統領駐紮，等到葡軍追擊而來，也就撤出，陸上的進攻既被阻止，水軍亦未得手。1587年1月，柔佛王黎阿耶特·沙又率艦隊120艘，再攻馬六甲。其間，也曾通過馬六甲天主教主教同柔佛談判。但談判遭到失敗。黎阿耶特·沙於馬六甲城的一面登陸，它的將領辛加臘查則在城的另一面進攻。但仍為葡軍所擊退。柔佛並不因此罷手，於是從海陸兩路來封鎖馬六甲港口。使馬六甲一切運輸都行停頓；往來於中國和印度的葡萄牙船隻也受到威脅。馬六甲發發殆危，葡萄牙人也無法打破這一封鎖。
這種情況使在印度的果阿的葡萄牙總督，十分擔優，決定在果阿、巴生和注輦三城籌集款項，派遣軍隊以解馬六甲之危。
4月28日，葡萄牙艦隊由保羅·達·利馬統率，共有大舶3艘，平船2艘，巨艇4艘，帆艇7艘，載士兵700名，駛來馬六甲。同年7月，安東尼奧·德·諾倫哈率大舶數艘，游弋於柔佛河口，監視馬來軍的行動。但馬來快艇行動如飛，他也無可如何。等到阿布留率領快艇前來，遂率領大舶，溯柔佛河而上。馬來船20艘，出而應戰，不敵而退。葡軍再進，抵舊柔佛，即用炮猛轟石堡，歷時兩日(7月20至22日),使馬來方面的船隻和房屋的損失，共計20萬杜卡特。
德·諾倫哈自以為乘勝進攻，一定能占領石堡，決定率精銳之師300人，登陸進攻。阿布留力言不可，他也不予置信。但舊柔佛的要塞十分堅固，守軍在1萬人以上。要塞上架有大炮，守衛的都是爪哇的武士：、米南加保人和來白丁家奴、英得臘其利和監篦的士卒。他們都奮勇抗擊，使德·諾倫哈遭到慘敗。只是依賴另一支葡軍前來救助，始得脫險。
到了8月6日，達·利馬到達了前線，測看舊柔佛的地形。堡壘雖然堅固，但該地並無城牆，又無譙樓，僅有若干小阜，而且三面環水。達·利馬決定於8月15日發動總攻，卒將防線衝破。馬來軍乃散伏丁周圍森林中，等待機會反攻。利馬乃下令焚毀首都，放縱士兵，進行掠奪，得到了不少戰利品，連地下埋藏著的貴金屬和貴重物品，也挖掘出來，足見其掠奪本領的「高妙」。 (據稱，在以後人們在那裡仍能掘出破器、史前燒珠、錢幣、麻喏巴歇王朝的護身符以及無數中國瓷器的碎片)。這些都是在通航至少達二千年以上的一條河道上的一個最大城市的遺物。從舊柔佛再上潮幾里，即為Siluyat,其地，有人認為即唐賈耽所說的羅越國。此外還俘獲了大小船隻2,000艘，小炮1,000門，槍1,500文。馬來軍傷亡者以千計，而葡萄牙人僅傷亡80人。達·利馬率師回馬六甲時，還恐怕馬來人進行報復，遂順道至賓當島，再一次進行焚燒和掠奪。在這一次戰役的後一年，即1588年，在亞齊的馬來王子羅閻·阿森為阿老瓦丁·黎阿耶特·沙所刺死了。而當時的亞齊卻已不如過去的強盛。同時，英荷的勢力也滲入亞齊了。
十六世紀末和十七世紀初，西歐勢力再度侵入，在印度尼西亞境內常常因殖民主義者之間互相爭奪而形成各部落和小國的混戰局面。一個新的時期又開始了。