荷蘭殖民主義者第一次入侵到印度尼西亞群島來是在1596年。在這以前，整個十六世紀，印度尼西亞群島上的殖民主義者只有葡萄牙和西班牙。1580年葡萄牙被並於西班牙，兩國在東方的殖民利益也就合而為一了。因之，西班牙政府在歐測本土也實施某些限制貿易的政策。甚至象在1595年，西班牙政府沒收了荷蘭400隻商船，這益發刺激荷蘭人非開闢到東方的航線不可了。
本來，一些並未渡航來東方的其他歐洲國家，大都是從里斯本取得東方的商品的，特別是香料。香料在當時不僅是作為調昧品，而且是作為醫約用品的。當時胃病、內臟病、胸膈痛，頭疼，往往以香料作為藥劑，還作為滯食時的消化劑，所以香料在歐洲當時是同黃金一樣貴重的。十六世紀，荷蘭和英國來地中海通航已經非常活躍，荷蘭一時也滿足於作為東方商品的仲介商的地位。在里斯本的貿易受到限制以後，他們就積極設法要打通來東方和群島各地的航路。而這條航路的知識卻是西、葡兩國嚴守的秘密，不許外國人染指的。荷蘭於是利用服務於葡萄牙和西班牙船上的荷蘭船員，並且特派些人去西、葡政府中服務以便竊取有關這方面知識的資料，為開闢通往東方的航路作準備。荷蘭人和英國人一樣，曾經試圖向北經過歐洲與亞洲到達印度，荷蘭人曾經試航了三次，都遵到了失敗，那就非採取南航的路線不可了。而南航則又非避開葡尚牙人在印度和馬六甲的據點不可，否則，沒有不被俘房而遵到失敗的。
1590年有個在葡萄牙船上服務的荷蘭青年邦普回到故鄉。他出身於恩克霍伊曾。小時隨父母居住於里斯本。回鄉後他談起中國天朝的事，他給這個中國城市起了個混名「Gerrit China」 (喜鵲支那)。憑他的經驗和能力，畫了一張航海圖。
但頁重要的是1579年被派到西班牙去學習貿易事務的范·林斯豪頓(又譯范·林旭登)。1583年他航行到果阿，在那裡住了一個很長時期，1592年回國後，出版了兩本書。一本是講到葡萄牙人航行印度的。另一本書是關於印度及整個群島的土地、人民的百科辭典式的記錄，還包括他本人的回憶以及怎樣避開葡萄牙人的警戒而航行的種種暗示。這兩本書，對於荷蘭侵入印度尼西正群島自然有很大幫助。但荷蘭殖民主義者還從各方面動員來獲得更豐富的航海知識。阿姆斯特丹的幾家商人特派一位叫霍特曼的人到里斯本去搜集有關南亞貿易必須知道的秘密情報。他於1534年得到了一些秘密情報，平安地回國了。他們還利用牧師柏蘭修斯，離開自己的富饒的故鄉弗萊明戈移住到阿姆斯特丹來的機會組織海員訓練，因為柏蘭修斯對地理學和航海術有所研究。他還同一位海圖製作者瓦格罕納合作，出版了一冊荷蘭領海圖書。他還成功地把當時航海使用的工具加以改良。
荷蘭殖民主義者作了這樣精心的安排和動員後，於是一今荷蘭船隊由霍特曼和在柏蘭修斯那裡學過航海學的德·克澤爾率領，於1595年4月2日揚帆開往印度尼西亞群島。他們組織了一個公司，定名為「遠洋公司」,裝備了4隻船和248名船員，得到政府的批准和由政府資助了一些武器。該公司任命霍特曼為商業主任，克澤爾為航海長。在248名海員中，大部分是經歷過海上掠奪訓練的粗暴的船員和為商業利潤所陶醉的富家青年。他們出航後比較順利，但經過赤道時發生了嚴重的壞血病。到達馬達加斯加時，船員死亡達70人。他們金圖登陸，恢復健康，因為船員對居民的粗暴態度而被強迫離開了。再經過五個月的航行，他們於1596年8月23日到達了萬丹港口。他們是根據范·林斯豪頓的報導，知道葡萄牙人在西爪哇是沒有什麼勢力的。他們繞過了蘇門答臘的西面海上，進入巽他海峽，原本是要到巽他卡拉帕去的，但沒有想到卻到了萬丹。
顯然，這些由海盜、流浪漢和置險家組成的船隊是未必能很好相處的。他們之間爭執十分激烈，幾個月後，航海長克澤爾在莫明其妙的狀況下死去了。
他們到達萬丹後，萬丹政府曾一度想借用他們的武力，合攻浮淋邦，沒有成功。幾經曲折，荷蘭獲准在萬丹開始貿易。但他們最初想壓低胡椒價格不予收購，已蔥萬丹人的不滿。後來又聽到葡琦牙人的流言，說荷蘭人來此，並非經商，而是想測量地形占領這今國家的。恰巧萬丹的太傅，購買了若干荷蘭商品，約定以胡椒償付，對方沒有及時交貨，能特曼除與太傅交涉外，又向孟庫布米恫嚇說，如果不履行合約，就將炮轟都市。而荷蘭人竟也在此時來得政府許可，任意測量停泊場所。這使萬丹人再不能忍受了，就將篌特曼及其他8名人員予以逮摘。荷蘭人也以海盜的方法，擄掠了停泊場上的別國的船隻，並且向市內實行炮轟。第二天，又復如此。萬丹官方本已宣告霍特曼等死刑，但尚未執行。這時，礙於市民的請求和建議，結果以4,500盾的賠償金，贖回霍特曼等，並允許荷蘭人得以和平經商。
萬丹這時已成國際都市，除東方人外，又有葡萄牙人。葡萄牙人是最不願在印度尼西亞群島地區出現一個歐洲的竟爭者的。當時，從馬六甲派來一個葡萄牙人，用1萬里阿爾買通萬丹孟庫布米：禁止荷蘭人貿易，並捕拿其船舶。荷蘭人為了報復，又採取海盜手段，炮表葡萄牙人船隻，捕拿了萬丹人的船隻。這樣，荷蘭人以自己的行動證明他們確實是海盜了。他們再也不能在萬丹停留，艦隊不得不向東航行。而爪哇的沿海居民，也知道了荷蘭人的惡劣行徑，都提高了警惕。他們的一隻船舶就在西達尤遭到當地人民的襲擊，船長和一些海員被殺死。而當他們的船隻經過馬都拉時，又復開炮示威。這樣，荷蘭人要開入爪哇港口就成為不可能了。他們只好向香料群島駛去。但著看船隻和船員的情形，他們又覺得不可能實行這個計劃。於是他們就到峇里島作暫時的停泊。1597年初，3隻殘破的荷蘭船隻和89名船員，掉頭返航荷蘭了。
結果自然是悲慘的。但荷蘭殖民主義冒險家並不灰心。他們又成立了另一個公司。這個公司與前一公司合併，稱做「老公司」。它組成了有8隻船舶的船隊，在所謂提督范·內克和副提督范·瓦爾威克指揮之下，揚帆遠征。他們的一大部分船隊於1598年11月28日到達萬丹。這時萬丹的形勢有所改變。萬丹當局同葡萄牙人衝突甚烈。而范·內克也接受了霍特曼的教訓，把強盜改裝了佛面，用狡猾代替了暴虐，儘量討好當地封建主、貴族和王公。荷蘭人為了呈獻一隻有腳的黃金杯子，還請求謁見年幼的國王，乘機探聽宮廷中的虛實。而同時又以覲見國王為榮，招搖於人前，以便於取得經商的利便。當時萬丹的孟庫布米又一次向荷蘭人建議共同征討滹淋邦，並且召開了會議，除萬丹、荷蘭外，還有雅加達已故穆罕默德親王的兄弟三人參加。萬丹人同荷蘭人約定：攻占薦淋那後，將給予胡椒總額的二成。荷方建議實行遠征前先交一成，攻占後又交一成。萬丹方面則詢問如果淳淋邦不能攻下，先付的一成胡椒是否送還。荷方認為這應該成為業已為萬丹盡了力的報酬，不能再送還了。雙方討價還價，沒有達成協議。但這在印度尼西亞人民說來，卻成了開門揖盜，成為封建主與殖民主義者共同分贓的惡劣先例。從此使荷蘭殖民主義者更了解到印度尼西亞封建主之間的相互矛盾和鬥爭，大可以利用它來為自己的殖民侵略服務。
協議雖然沒有達成，狡猾的范·內克卻贏得了萬丹封建主們的好感。不久之後，滿滿地裝載了三船貨物回到荷蘭本國去。他的船隊的其他船隻決定向馬魯古駛去。航途中曾在雅加達、杜板、查臘坦、革兒昔等爪哇北海岸港口停靠，調查情況，並做些贏得人心的聯絡。到了馬都拉的阿羅斯巴亞的時候，遭到居民的攻擊，有幾個船員被逮捕，出了一筆贖金後釋放。他們首先到馬魯古群島的安汶島的希都，收購了一些香料，但貯藏量不多。他們又去班達島，在那裡，他們非常成功，又得裝滿兩船貨物送回祖國。同時還留下20人來收購土產。另外留下兩條船，在范·瓦爾威克率領下駛去德那第。范·瓦爾威克受到當地素丹的歡迎。因為那裡丁香的存貨不多，決定在那裡設立一個商館，兩條船也就回航荷蘭，於1600年9月間到達。這一次荷蘭殖民主義者竟獲利在400%以上。這就益發刺激起他們的殖民欲望了。
但殖民主義者並不是每次出航都順利的。在1598年間就有不少於22隻船開出去，有的滿載而歸，有的則以失致告終。1598年，有個從弗萊明戈移住到米德爾堡的商人莫濟蘭，準備了兩條船，在霍特曼和他兄弟弗雷德里克指揮下出航。他們到了亞齊。正如上述，這時亞齊素丹是篡位者阿老瓦丁·黎阿耶特·沙。他正同葡萄牙勾結，派使節去果阿修好。果阿還派一僧侶作為通譯跟隨使節返回亞齊。這時正好荷蘭船到達，素丹接受葡萄牙僧溫的建議，把荷蘭船員全體逮捕起來，並且將霍特曼殺死。弗雷德里克及其他船員，過了二年囚徒生活，才放還返國。同年，荷蘭還有二次試驗，探索經麥哲倫海峽到達印度的航程，但都遭失敗。第一次從鹿特丹出發，5隻船損失了4隻，1隻到達日本，但被扣留起來。第二次由范諾爾特率領，航行世界一周，曾到達加里受丹的汶萊，取道巴厘海峽，繞爪哇南海岸回國。
1599年，「老公司」又派出船隊去，由斯提芬·范·德爾·哈甘率領3條船出航，11月到達萬丹。由於西歐對香料爭購，存貨缺少，價格上漲，乃逕自開往馬魯古。在馬魯古群島的安汶島上的列提穆爾居民，正展開反抗葡萄牙人的鬥爭，他們看到荷蘭人的到來，便要求援助。他們訂立了香料專買契約，作為援助條件。他們共同攻擊葡萄牙人的要塞，但沒有成功，而荷蘭人卻趁機建立起了自己的要塞，取名為遠方堡壘，關留下一小隊警備隊，這樣，荷蘭就第一次實行土地占領了。當時，在班達島上由范·瓦爾威克建立的兩個商館，正避到爪哇艦隊的威脅。他們會合起來擊退了爪哇艦隊，掠奪了大量貨物。
上述這些出航正發生於范·內克回國的時候。他的成功就為醞釀新公司的成立創造了條件。新公司是以同中國通商為主要目的的，但並不放棄在印度尼西亞群島上的貿易。新公司還是由老公司提供船隻，於1599年末的一天派出兩個船隊去。每一船隊有4條船。一隊山威爾肯指揮，另一隊由范·卡爾頓指揮。他們都先後到過萬丹和亞齊，在亞齊都受到葡萄牙人的阻礙，沒有什麼收穫，而在萬丹，他們卻都裝滿了兩船貨物。范·卡爾頓的一隊早回國了，威爾肯還在萬丹設法設立一個高館後才駛向安汶。他把貯藏在要塞中的貨物，裝運上船，託辭不能保護當地人，把要塞毀掉，因而也撕毀了條約。殖民主義以利益為轉移，是並不講求什麼信興的。
1600年，這公司又派出一船隊，由范·內克率領。他先到萬丹，後到馬魯古。他在德那第頗有收穫，但在蒂多雷卻迪到西、葡的阻碼，並且發生敵對行動。於是范·內克駛往中國，偶然在澳門登陸。許多船員為當地居民所逮捕，處了絞刑。於是折回，駛往北大年。他受到當地頭人很好接待，但又受到葡萄牙人、暹羅人和日本人的阻礙。他於是回到萬丹。在萬丹碰上幾隻自己的船，他命令這些船去中國，自已駛返本國。去中國的船經過許多危險，僅能到達交趾支那，於1604年才回本國。
在1600年和1601年間，有好幾個船隊去亞齊，自從亞齊素丹拒絕葡萄牙人建立要塞以來，亞齊與葡萄牙的關係日趨惡劣，而這卻給予荷蘭殖民主義者侵入的機會。不僅荷蘭船隊受到很好的接待，弗雷德里克等得以釋放，而且還由亞齊派了一個使節到那時荷蘭聯省共和國首領毛里斯大公那裡去致敬。其他船隊的先遭船隻取道萬丹。當時萬丹卻為由孟多扎指揮下的西班牙船隊所封鎖。因之。荷蘭船隊便駛往馬魯古，之後又去北大年，在那裡建立了一個商館。
1601年，由阿姆斯特丹兩個公司組成的船隊也出航了兩次。一隊由范·希姆斯克爾克率領，另一隊由哈爾梅茲率領。後一船隊首先到達萬丹。萬丹依然被西班牙船隊封鎖著。當時西、葡船隻共有20艘，而哈爾梅茲則僅有5艘。但荷蘭人決定予以攻擊，經過三日的戰鬥，敵人敗退，便繼續追擊。時在1602年1月1日。其後哈爾梅茲航行到馬魯古。在那裡訂立了幾個合約，也得到一些貨物。當他們在德那第時得到葡萄牙船隊到來的情報後，唯恐船上貨物為葡萄牙人掠奪，就匆匆返國了。
在范·希姆斯克爾克指揮下的船隊，也同西班牙船隊交戰。到萬丹後，范·希姆斯克爾克送了兩船貨物回國，留下一艘供航行爪哇北海岸之用，但由于丹麥船員叛變，損失了一部分船員。之後，他又率領船隊駛往北大年和澳門。荷蘭船隊兩次同西班牙船隊發生戰爭，排獲了滿載貨物的兩隻西班牙船，其中一隻有17門大炮，700個船員。這樣，西方殖民主義者不僅在陸上向當地入民進行掠奪，而且，在海上他們相互之間又進行著掠奪戰爭。
在東印度公司成立以前，在這一區域內，荷蘭最後一次的航行是由斯比爾堡率領的。他沿著非洲海岸到達錫蘭和亞齊。在錫蘭得到坎迪的摩訶羅閣的款待。在亞齊，他同英國船隊聯合攻擊葡萄牙船隊，掠奪了其中的一艘。他在亞齊留下一個代理人科內里斯·斯比克斯用來促進商業收購工作。白已則回國去了荷蘭入侵印度尼西亞群島的初期就充分表明了它那殖民主義強盜的本色。為了商業利潤，各個公司就象餓荒了的野獸紛紛四出尋食。對當地的封建主或威脅，或利誘，或以契約為誘餌，或以要塞作威脅，無所不用其極。對各自的競爭者，特別是對西班牙人和葡萄牙人則索性展開了戰爭和掠奪。競爭的激烈，引起了物價的高漲，轉而加重了對當地人民的榨取和剝削.殖民主義者帶給印度尼西亞群島居民的，就是無窮無盡的災難。
在這些年頭裡，荷蘭一共派出了65艘船隻，其中11艘完全損失了，大部分船員遭到死亡，…部分船主受到沉重的打擊，另一部分船主得到了大量的利潤。他們於是深深感到各自分散活動，細小的資本是經不起這一激烈的競爭的，否則荷蘭對東印度貿易必然要遭到毀滅。就因為這一理由，並且看到英國已經組織了一個東印度公司的聯合組織，他們也深深地覺得有積極聯合起來的必要了。
在這樣形勢下，荷蘭殖民主義者為了增進他們的國家和公司雙方的利益，就提出把各別的小公司聯合為一大公司的建議。這個建議是當時荷蘭政界領袖范·奧頓巴尼菲提出的。他認為各公司一經聯合，不僅可以在各個公司中避免競爭，而且可以成功地壓制和打擊在東方的西班牙和葡萄牙的勢力。1601年5月，這問題引起議會的注意。在議會中提出一個提案：成立一個聯合公司，以王公和議會的名義給它在東印度進行壟斷貿易的特許證。這一提案引起了哄然的議論，提案一時沒有通過，因為阿姆斯特丹商人要求享有這樣的壟斷權。但這個決定必須由議會來作出的。1601年12月31日，議會召集一次各船舶業公司代表會議，西蘭否決了這個對阿姆斯特丹有巨大利益的提案，終於達不成協議。
但到第二年1月，各公司妥協了，事情終丁解決了。3月20日發給聯合東印度公司享有壟斷權的特許證。這就是以VOC(全稱為Vereenigde Oost-Indische Compagnie)的標誌而為世人所知的聯合東印度公司。
所有聯合的各公司都是住在最重要海岸的大商人設立的，這同英國的東印度公司的組織一樣。過去的各公司，分別成為新的聯合公司的董事局，繼續存在著。這樣6個董事局即阿姆斯特丹、西蘭、德爾夫特、鹿特丹、霍恩和恩克霍伊曾各自派出船隻去。他們是以如下的比例分擔準備資金的：阿姆斯特丹占一半，西蘭占1/4,德爾夫特和鹿特丹組成一個摩斯河董事局，霍恩和恩克霍伊曾組成一「北部地區董事局」,分別各負擔1/16。股分的比例也一樣，各個董事局聯合也就代表總董事會。
為防止阿姆斯特丹濫用占半數的投票大權，就指定若干理事組成一個監察委員會，其中監察委員會會長由西蘭、摩斯河董事局和北方地區董事局輪流派定。另設一調整船隊出發和目的地事宜的執行董事會，或稱十七人委員會。執行董事會設置在阿姆斯特丹，連續6年。之後，設置在米德爾，僅2年。其他總董事會中董事名額的分配也同股分的比例一樣。但作為一個董事必須擁有6千盾的股票，霍恩和恩克霍伊曾兩地的董事握有3千盾也夠資格。董事得依照準備資金多少在船貨中抽成1%.每10年提出一次決算。所以這些董事不同於一般股票持有者，因為他們在行動上.被授予了同政府官員一樣的特權。
聯合東印度公司從政府得到種種的特權：首先被認可有繞好望角或麥哲倫海峽在東印度經營和貿易的壟斷權，期限21年，期滿後可以繼續延長。其次，公司有權代表國家同外國締結條約，宣戰和媾和，召募軍隊，建築要塞，發行貨幣，建立法庭和行政機構，任命官吏等等。公司幾乎是一個海外小國家，有無限制的特權。官吏要對聯省共和國和公司雙方宣誓效忠，而公司本身則只聽從議會的命令。公司擁有在當時看來是一筆極大的資金：850萬盾。從它所擁有的權力來說，荷蘭殖民主義者從組織這聯合東印度公司時起就準備在數千里外建立一個殖民帝國的。執行董事會就是用這樣一種口氣，給艦隊指揮官發布命令的：「各個公司和船隊，你們從尼德蘭聯省共和國航行到東印度去，要認清在那裡的西班牙人和葡萄牙人就是我們全體國民的敵人。從我們每天接觸到的經驗來香，他們總是努力於用不正當的手段和暴行來妨害我們的。……這個國家的國民是怎樣從海上來奪取萬丹的城市，並且還怎樣殘酷地殺戮安汶和其他馬魯古島上的居民!只是因為他們曾經同我們進行過交易.…此外，還用陰險手段煽動當地的國王和酋長，並且收買他們來反對我們…為此，我們為了我們自己的國民，為了我們的朋友，島上的本地居民，並且為了我們在東印度群島上貿易的發展和安全，我們必須對西班牙人和葡萄牙人執行敵對戰略，展開鬥爭!」這訓令簡直象一篇開戰的宣言。荷蘭殖民主義者的兩眼看來是已經吐著血紅的利慾的火花，聯合東印度公司的船隊在1602年出航，由3隻船組成，這是在公司合併前就準備好的。船隊由德·維爾特指揮，曾到過錫蘭和亞齊。他們到達錫蘭後，即派二艘船赴亞齊，自己則停留在錫蘭。拜訪了坎迫的摩訶羅閣，錫蘭的封建主正同其他地方的封建主一樣，希望求得荷蘭的幫助，從葡萄牙入手中奪回加里和科侖坡。這樣，國王將供給他們大量的肉桂。德·維爾特為此赴亞齊取船，正好第二船隊同時到達亞齊，他取回了6隻船，其中3隻是第二船隊的。但事情又發生了變化。國王要在戰爭中將葡蜀牙的俘虜交給錫蘭方面，而德·維爾特拒絕這個要求。再加上荷蘭船員隨意搶掠居民的家禽，引起錫蘭人的憤怒。這就不能不引起錫蘭人的報復。當德·維爾特帶著隨從去海濱時，遭到錫蘭人的襲擊，並且把他殺死了。因之，在群眾的饋怒的鐵拳下，荷蘭入只好起錨離開。船隊分為兩部分，一部分駛向亞齊，一部分駛向北大年。後一隊錯了航線，竟駛向葡萄牙人封鎖著的柔佛。經過一次激烈的戰鬥，葡萄牙人被擊退，而荷蘭竟被柔佛看作是解救者和期友，受到熱烈的歡迎。這卻在無意中為荷蘭今後籠絡柔佛以奪取馬六甲打開了門路。然後船隊又去北大年，在那裡收購到一批等於掠奪的減價的貨物，裝了滿船回國。
1602年7月，第二船隊繼續航行。由范·瓦爾威克率領，一共有11艘船舶，其中3艘開往亞齊，就是由德·維爾特召喚去錫蘭的。其餘的船舶由范·瓦爾威克率領，航行了317天後到達萬丹。他在那裡得到允許建立石造的商館。所謂石造的商館，他自然有兼作要塞的用意的。他還派了一個駐紮的官員，賦予廣泛的權利。這種權利不僅是關於貿易的，還有關於法制事宜的，財產繼承權的，以及防止別人和實現自己獨占權的權力。之後，又到查臘登，也得到建立商館的權利，只是加上不許迫害葡萄牙人的附帶條件。
他從爪哇出發又航向加里受丹的蘇卡達納、柔佛、北大年和遐羅，只是沒有實現訪問中國的企圖，最後經萬丹回國。船隊於離國5年後，在1607年回到本國。范·瓦爾威克這次出航可以說是在印度尼西亞群島的西部諸島(包括爪哇在內)為今後進一步侵.略布了局。
但荷蘭殖民主義者的目的，在於首先摧毀西班牙和葡萄牙在群島上的勢力，他們曾派遣一支由13艘船舶組成的備有強大武器的艦隊。艦隊由范·德爾·哈甘率領。給他的指令是：列陣於非洲或東印度的葡萄牙人領地的前面，儘可能地困擾敵人。但當敵人被趕出去後，就要同本地的王公訂立有效的條約。
但他們對於在莫三比克和果阿的葡萄牙人的要塞似乎干不出什麼大事來，只捕獲了幾隻船舶。而另一方面，他們同馬拉巴爾海岸上的卡利卡特的薩馬林，訂立了攻守同盟的雙重條約。他們還允許荷蘭人在領地上構築要塞。
1604年的元旦，范·德爾·哈甘到達萬丹。他想在那裡等待從安汶來的消息。他得悉西班牙提督德·曼多扎由於安汶居民曾經給荷蘭人幫助而正對那裡的居民採取了報復措施，情況十分危險。他在萬丹僅留一個月，就駛向安汶。他到達後第二天，西班牙人放棄了要塞。他就得同希都的酋長訂立了一個友好條約。希都的酋長並且向荷蘭議會表示歸順並宣誓效忠，保證公司對丁香的獨占權。這樣，荷蘭在印度尼西亞就有了第一個殖民地。弗雷德里克·德·霍特曼便被派為安汶的第一任總督。
另一船隊被派遣到蒂多雷去，它曾經征服了西班牙的要塞。但因為荷蘭留在那裡的守備隊力量薄弱，不能阻止西班牙再一次奪回要塞。其結果，德那第和若多雷兩地仍然受西班牙的控制。
范·德爾·哈甘自己又從安汶去班達。他在那裡建立了一個商館，又得到豆蔻的壟斷權，並且獲得了保證信教自由的權利。
但是在印度尼西亞群島，荷蘭人的勢力並不是強大的。在馬魯古的北部地區，爭奪領地的戰爭依然繼續著。而扼印度尼西亞群島西北部入口的葡萄牙人在馬六甲的要塞，幾乎是不可攻破的。為了攻占這個要塞，荷蘭殖民主義者於1605年派出一支堅強的船隊，由馬特里失率領。他到達馬六甲海峽區域後，就同柔佛訂立了一個共同進擊葡萄牙人的條約。條約規定：馬六甲被占領後歸荷蘭所有，而素丹可以奪取這城市的鄰近地方。可是看來當時的條件並未成熟。葡萄牙人從果阿派來援軍，荷蘭和柔佛的聯合進攻遭到失敗。雙方損失極大，荷蘭的船隊節節敗退。之後，同一船隊又開往柔佛，要在巴土沙瓦爾建立一座要塞，藉以抗衡
葡萄牙人在這一地區的勢力。當時荷蘭人深知柔佛與亞齊之間矛盾甚深，但又知道兩方面對於歐洲人設置貿易據點、構築要塞都抱反對態度。荷蘭只有利用他們對葡萄牙人的長期仇恨態度，作為一個同情者出現，才能插足於其問。因之，他們總是或聯合柔佛，或聯合亞齊，如果可能，雙方都聯合起來，來奪取馬六甲。
馬特里夫的船隊在柔佛並無多大收穫，也就離開了。他們再向馬六甲海峽進航，遇到全副武裝的葡萄牙戰艦，保衛貨船駛往馬六甲。他馬上發動攻擊，打壞葡船7隻，殺死葡方的歐洲人700人，葡軍共計傷亡達6,000人。這使荷蘭人的威名大震。但消息傳來，荷蘭在馬魯古的情況日趨惡化，荷蘭殖民主義者征服馬六甲的企圖只好暫時放棄了。
馬特里夫把自己的船隊一分為二。一部分去亞齊，希望在那裡建立一個海軍基地。結果，同亞齊素丹訂立一個條約，准許在那裡建立商館。另一部分由自己率領，駛往萬丹，以聽取從馬魯古方面來的消息。
儘管從1580年以來德那第王國勢力非常強大，在馬魯古群島上領有72個島嶼，13萬居民，但不久，西班牙人的勢力又深入了，在德那第和蒂多雷都築有要塞。1604年前後，荷蘭人曾一度奪取了西班牙人要塞，但在1606年春季，德那第和落多雷的要塞又為西班牙人奪回。當地居民都逃避一空，素丹以誘騙辦法被捕，解送到馬尼拉去。荷蘭人正處於逆境，派使者來萬丹求援。馬特里夾於是開船去安汶。1607年4月下句到達目的地。他首先要在安汶鞏固下來。他第一次允許荷蘭人與當地婦女結婚。這樣，不僅可以鼓勵荷蘭士兵賣命，而且也可以取得當地居民的好感。之後，他去德那第，他想在那裡得到個立足點，但他得不到酋長和居民的任何幫助。他還是堅持著建築要寨的主張。7月間，在他強追的手段下，要塞築成了，訂立了一個新的條約，使這地方成為公司的保護地，丁香的獨占權也解決了。但西班牙人依然威脅這個地方，他們從馬尼拉不斷派來援軍。
馬特里夫在這裡略為安頓後，開船去占婆和中國，但並沒有得到什麼利益。他的船隊於1607年11月回到萬丹。在那裡他碰到范·卡爾頓的船隊。范·卡爾頓在1604年4月從本國出航來此，共有船7艘。他本想奪取葡萄牙人的莫三比克，沒有成功。現在他接到執行董事會的命令：前去征服馬六甲，並且必須在柔佛設立商館。可是馬特里夫不願意再去進攻烏六甲，因為正值西風季節。而且他還向范·卡爾頓建議，駛往德那第，驅逐西班牙人。1608年5月，范·卡爾頓船隊到達德那第。經過激烈戰鬥，荷蘭人占領了在馬基安島上的西班牙人要塞。9月間，范·卡爾頓被西班牙人所捕獲。他在德那第西班牙人的要塞中禁囚了兩年。馬特里夫則於1608年初伴著暹羅使節回國，留下雅各·列赫爾米特為萬丹的商館館長。
當時，荷蘭的主要目的是要在印度尼西亞群島獲得堅固的基地，作為日後擴張殖民勢力的據點。因此，它暫時採取以退為進的策略。它在歐洲同西班牙訂立了12年的休戰協定。
1607年荷蘭議會支持東印度公司再派出一支強大的艦隊出去，由提督弗爾霍夫和副提督維特爾特率領，並且命令擊敗海上一切敵人，進攻東方航路上的主要據點，例如葡萄牙人在莫三比克、果阿和馬六甲等地的要塞。但是這些努力都歸於失敗。在進攻烏六甲失敗後，荷蘭船隊開往柔佛。柔佛入也不敢再同荷蘭人站在一起，對他們採取非常冷淡的態度。弗爾霍夫為保持雙方好感，送給柔佛若干軍需物資，留下一些船隻，即開往馬魯古去。
就在這時候，荷蘭同西班牙的和平協議將要實現了。荷蘭東印度公司執行董事會發出命令說：「班達和馬魯古群島是我們主要奪取的目標。除了對島上的丁香和豆蔻要加以特別注意以外，我們沒有更重要的命令給你了。我們命令你要努力在以後的日子裡贏.得這些島嶼，不管是用條約或用武力。」荷蘭人之所以同西班牙訂立12年休戰條約，事實上是想贏得時間，並用以麻痹西班牙人。
在這之間，荷蘭又得到許可同日本通商的通牒。因此，北大年的商船的重要性增加了。北大年是日本所需要的商品的集中地，那裡還有許多中國商人來此貿易。1609年荷蘭在日本平戶建立了個商業據點。1611年柔佛素丹被迫同葡萄牙訂立了和約。荷蘭在柔佛的商館也衰落了，不得不轉移到亞齊。
弗爾霍夫去日本完成了建立商業據點任務後回到萬丹，把海軍力量分為兩部分。一部分由維特爾特率領，開往望加錫。另一部分由自己率領開往班達。維特爾達同望加錫訂立了一個建立殖民地的條約。又同德那第更換了一個新條約，從而占領了莫提爾小島。藉此得以打擊馬尼拉海上的西、葡敵人。維特爾特最初雖然取得些勝利，但最後還是失敗，連自己也戰死了。
同樣，弗爾霍夫也遭到了災難。他於1609年4月到達班達。他接到命令要在班達建立荷蘭的鞏固的權力。弗爾霍夫就努力於建立要塞。班達居民最初消極抵抗，接著便公開反抗了。在同班達奈拉和班達倫托爾雙方長期商議後，終於達成協議，允許修復班達奈拉的葡萄牙舊要塞，並同意定期收購物產。弗爾霍夫為了最後確定這一協議而登陸時，突然遭到了襲擊。他同30個同行全部被殺，而在班達倫托爾的荷蘭人也都被殺了。
荷蘭殖民主義者由於接連遭到失敗，於是就採取了瘋狂的屠殺手段來對付當地的居民。代替弗爾霍夫的是何安。他用暴力占領了班達奈拉，並且縱使海員殘暴屠殺當地居民。在暴力屠殺和鎮壓下建立起一座命名為拿騷的要塞，任命比特爾為長官，宣布此島為荷蘭領地。班達奈拉人民被迫淪為奴隸，服強制性的勞役，將出產的香料交納給荷蘭，嚴禁香料的自由貿易，外國商人也非服從荷蘭的法令不可。
在班達倫托爾卻是另一情形。當時英國的船隊已出現在馬魯古群島的海面上了。這艦隊由克林指揮，他同班達倫託兒居民有了聯繫。每當荷蘭船隊有所活動，居民從克林的船上旗信號中便知道了。所以往往能將荷蘭人擊退。因之，荷蘭人就強迫英國船隊離開。不久，班達倫托爾的抵抗也被他擊破了。
在班達群島的事情告一段落後，何安乃赴安汶，換訂了一個新的條約，鄰近的西蘭和馬尼帕島上的酋長也參加簽字。之後，他訪問了德那第，上是維特爾特船隊失敗後不久，雖然攻擊西班牙要塞失敗了，但成功地建立了一座要塞，命名為威廉斯塔特。另一方面，西班牙人放棄了在巴常的要塞，荷蘭人予以占領，於1609年9月，把它命名為巴爾內菲爾特。何安還同巴常訂立了一個商品獨占條約。在蒂多雷，他封鎖了葡萄牙人在馬魯古最重要的要塞，但因1610年1月何安突然死去，沒有予以奪取和占領。這時，被俘的范·卡爾頓得以作為戰俘交換歸來，但不到一個月，他又被捕。這樣，海軍指揮權就交給海軍會議，可是相互之間，意見分歧很大，什麼也不能幹。
在班達的事態又趨於惡化了，一隻英國船到來。指揮官米達列頓煽動當地居民，並分發兵器和彈藥，用來交換香料。這樣島上居民就得以對荷蘭人進行報復，凡有荷蘭人外出，必遭殺戮，只是要塞本身尚未坡攻破而已。荷蘭在班達的地位，幾乎不能維.持下去了。
自從1596年荷蘭第一次出現在印度尼西亞群島以後，馬上引起西班牙、葡萄牙的警戒，企圖予以各方的阻攔和打擊，而荷蘭的入侵目的不僅要從西班牙、葡萄牙手裡奪取東方的貿易大權，而且要在東方建立據點和殖民地。這樣，它就不能不同西班牙、葡萄牙發生直接的衝突，而且也不能不和印度尼西亞群島上各國王公和人民發生直接的衝突。在荷蘭殖民主義者入侵的頭十多年中(1596~-1609),在某些地區訂立了條約，建立了商館，例如在亞齊、買佛、北大年、萬丹、查臘登(革兒昔)、德那第、馬基安、安汶和班達。而在德那第等島上，還構築了要塞。由於馬六甲海峽區城和馬魯古群島區域是百年來葡萄牙和西班牙勢力最為強大的地區，所以在這十餘年中荷蘭在這兩個海域上同西班牙和葡萄牙兩國發生直接武裝衝突和海上掠奪，而尤以馬魯古海威最為激烈。在爪哇海和爪哇本土，荷蘭則主要和當地王公打交道，以便為以後的侵咯擴張打下基礎。但在這十餘年的後期，荷蘭在馬魯古群島上漸占優勢，英國的殖民勢力插了進來，矛盾更為複雜，也更為深化，以致同島上居民發生了直接的衝突。這是殖民主義勢力發展的必然結果。未來的殘酷的屠殺，還要更大地展開呢。
至於殖民主義者之間的所謂和平協議，即1609年間同西班牙的所謂12年休戰協定，不僅因為它規定協定於縮結後一年生效，因而延長了相互間的衝突，而且在締結的當時本來就是互相欺騙，各自都把它當作爭取時間以獲得勝利的手段而已，客觀上不過是一張廢紙。這也證明在以掠奪和剝削為生的殖民主義強盜的心中是沒有絲毫信義，或什麼條約義務的。