1609年荷蘭同西班牙的12年的休戰協定並沒有阻止葡萄牙人、西班牙人同荷蘭人在印度尼西亞海域上的掠奪戰爭，而且在某一意義上看，雙方各在協定於一年後生效的延緩期間，掠奪戰爭是更激烈了，而且由於英國勢力的侵入，戰爭更為複雜化，對當地居民的暴力箕壓也越來越頻繁。荷蘭人對班達奈拉和班達隆托爾的戰爭就是如此。但這一切，並沒有給聯合東印度公司帶來優厚的利潤。公司創立之初，股票的價值幾乎達到140%,而到1609年前競降低到47%和48%,就是證明。這裡面的原因自然是很多的。用人不當是原因之一。有人說：「無知、放蕩、淫逸和濫用職權，以及一切不正當的行為，就是公司雇員的一般特徵。」這是確實的。因為在這樣一個進行海外掠奪的公司組織，其本身就具有強盜性質，它所招募的人員也不可能不是一些流氓、匪徒、和鋌而走險的失業者。殖民主義事業的時興時衰，掠奪的利潤時厚時薄是它本身性質決定的。殖民主義從起伏和曲折的道路上向頂峰發展，又從頂峰跌落於死亡的深淵，這就是它的規律。但從荷蘭殖民主義本身方面來加以分析，公司利潤的下降，卻還有二個實際原因。其一，他們侵入南洋的第一個敵人是西班牙殖民主義，而西班牙人和葡萄牙人在南洋群島的殖民活動已有百多年的歷史。在這時侯，果阿、馬六甲和馬尼拉都有葡萄牙和西班牙的重要的據點和殖民地。雖然這兩個老牌殖民主義國家已逐漸削弱下去，但根底畢竟是深厚的。同時，又有一個新興的殖民主義國家——英國出現了。1609年弗爾霍夫在班達隆托爾的死亡，就是因為當地居民得到英國人的協助。另一重要原因是，在同西班牙人和葡萄牙人的作戰中，荷蘭人沒有採取集中攻擊一點，逐步拔取敵人據點的策略，而是以各別的艦隊向各地發動進攻，既缺乏統一指揮，又分散了兵力，從而無法以優勢兵力擊敗敵人。公司從非洲的東岸、印度、錫蘭以至馬六甲海峽的亞齊、柔佛、北大年、直到日本，又從萬丹擴向馬魯古群島，據點多而戰線長，自然是顧此失彼，難以應付不斷變化的局勢的。為了解決這個矛盾，荷蘭東印度公司吸取了葡萄牙人在馬六甲建立中心根據地的經驗，認為自己也必須有個中心根據地來統制和展開各方面的活動。同時，公司還認識到必須有個統一指揮的組織和人物，使所有到達的荷蘭船隊，所有各地設立的荷蘭商館，都歸它節制和管轄。因之公司的最高董事會就建議任命一個總督，再設立一個5人組成的東印度評議會來協助總督。這樣，荷蘭議會就於1609年通過了這個建議，並作出決定，於三個月後派任彼德爾·博斯為總督。公司給他的訓令規定：他擁有廣泛的行政上的自由權力：細心監督商館和職員，取締公司職員的私人貿易和他們之間的其他惡弊；探查一個地方作為海軍的根據地，同時又可作為政府的所在地；調查各地的國王和貴族的意向；就中以占領香料群島(即馬魯古)為最重要的一項措施。商館的法律以現在的對船隊指揮官所規定的規章為準則而酌情處理。
不久，總督彼德爾·博斯率領11艘船」舶起程，航行約12個月，到達萬丹。船上除海員和兵士外，還有書記、工匠，及一部分人的家族。當時，荷蘭的殖民目的已經是十分明確了。特別對馬魯古群島是如此。
博斯是1610年12月19日在萬丹登陸的，正是公司同雅加達訂立條約後一個月。他到萬丹後設立了一個除自己以外有4個商館重要負責人參加的東印度評議會，任命一個書記長和一個總檢察官，來考察各地商館的經營情況。他調整了一些人事工作。正如他給董事會的報告所說，「雇員們的行為不只是醜惡，而且是可怕又可恨的」。也如一個布羅維爾的船隊指揮官所說：「只要一考察在這裡的歐洲人的生活方式，誰都馬上可以感到：那是使好人辛苦，使惡人得勢的。」這一切表明強盜頭日還須要「盜亦有道」,而嘍囉們卻越過了強盜的「道」了。當時萬丹商館的總館長是雅各·列赫爾米特，他被任命為評議員後，由科特爾斯來代替他，成為萬丹商館總館長。這個人到任不久，表現得十分惡劣，盡情揮霍，恣意放蕩，對當地貴族的妻女，任意侮辱，對下層居民，非常粗暴。駐雅加達的商館館長杜尼受，也是同樣的貨色。這就暴露了殖民主義者的本來面目。博斯當時調整人事也就是如比而已。
博斯到萬丹後還計劃選定確保安全集中船舶的適當地點。他擬以萬丹、柔佛和雅加達作為中心根據地的馬魯古的補給地點。由於萬丹首相臘納孟加拉對荷蘭採取不友好態度，他轉而對雅加達給以更多的注意，希望在那裡得到建立一個要塞的許可。
1611年1月，博斯為此特赴雅加達。他到後探悉從雅加達親王那裡將不容易得到這種許可。連1610年所締結的條約，雅加達親王也認為過於寬大了。博斯於是以退為進：願意用曾經得到免稅的糧食輸出品來償付關稅，並且以1,200里阿爾賠償金來補償以前幾個月免付的關稅。這樣他取得了有利的一個商館和要塞的場地。這地方就在芝利翁河的東岸，鄰接海口，原來隸屬於船主華丁的中國人村落的一部分。之後，博斯就動身去馬魯古，想在那裡設立公司的權力中心地和政府所在地。
博斯同另一個評議員范·德爾·哈甘(即首次被任命為水軍提督的)一同去馬魯古。安汶是荷蘭人立足比較穩圓的地方，但班達群島上對荷蘭人的敵對氣氛並未消除。而且班達人根本討厭訂立什麼契約。博斯以他的狡猾與機敏手段，經過不斷的努力，還是訂立了一個收購肉豆蔻的契約。在德那第，西班牙的指揮官根本拒絕承認休戰協定，同荷蘭人相對抗。博斯沒有執行「實力政策」,極力克制自己，以求鞏周各個立足點。他只就德那第的商館事務加以整頓。他還派遣斯霍特率領一支船隊去布敦島。斯霍特在那裡也訂立了一個商業契約。接著斯霍特又駛往葡萄牙在索洛爾和帝汶的殖民地，考察那裡珍貴的檀否木，因之同葡萄牙人發生了一次前哨戰，結果是荷蘭方面勝利。儘管這次前哨戰沒有掠奪到什麼商品，但還是在帝汶的安坊，設立了一個商館。固然，這個商館建立時間不長，其後又轉手給葡萄牙人。
1613年，荷蘭本國派來了援軍，博斯企圖把葡萄牙人趕出帶多雷，只取得局部的成功。不久，他又回到爪哇。在爪哇，荷蘭已在三個地方設立商館，即萬丹、雅加達和查臘登。前面已經提到革兒昔—查臘登已於1612年為馬塔蘭所破環。在博斯時期，馬塔蘭曾派一高級官吏，建議荷蘭可以在查帕拉建立商館。中爪哇是個產米最多的地方，各地商館正需要米糧，荷方自然同意。1614年4月，荷蘭為探悉當時最為強大的馬塔蘭王國的虛實，派了一個以范·祖爾克為首的使節團去格德克爾塔，但當時的馬塔蘭國王卻要荷蘭協助他來攻打萬丹。事情沒有完全解決。
在雅加達，博斯獲得了建立商館的場地後，就在芝利翁河東岸建立了一座石造的商館。大約是同一年(1611年),又非法占領了昂魯斯特島，在那裡設立一個造船廠。1616年，荷蘭又建立第二個石造建築物，命名為模里西斯。但雅加達是萬丹國的屬國。萬丹的封建主非常警惕歐洲人在雅加達勢力強大起來，尤其反對歐洲人建立要塞。萬丹的事業也沒有能如荷蘭殖民主義者所希望那樣發展。有許多公開的、秘密的反對者。公司已於1613年秋，另委萊恩斯特(Rynst)為東印度的總督。博斯於1614年末登上了回國的旅程，在模里西斯島的角上，因船舶損壞而死亡。在他動身前，委任燕·彼德爾遜·昆為萬丹和雅加達兩地商館的總館長。
萊恩斯特本米是布拉邦特公司的前經理，對東印度有豐富的知識。博斯任總督時，他是馬魯古的監督(或總檢察長)。1614年末，萊恩斯特就任總督，改組了評議會。范·德爾·哈甘和燕·彼德爾遜·昆也被任命為評議員。前者是遠征過馬魯古的水軍提督，後者在何安進攻班達時參與過戰役，對班達人非常仇恨。燕·彼德爾遜·昆當時還兼任萬丹和雅加達的商館總館長。因為，這兩個地方越來越顯得重要了。英國人勢力已在那裡出現，也建立了商館，並且積極地展開了活動。競爭是激烈的。
在1611年到1619年間，荷蘭還是選擇馬魯古群島為殖民政府的常駐地。這一地區鬥爭日益激化，所有殖民主義者都把這裡看作是一塊肥肉。葡萄牙人既在馬六甲有主要根據地，在德那第和蒂多雷又有鞏固的要塞，幾乎能夠擊退任何攻擊。英國人儘管出現較晚，但也在逐步擴展勢力，除萬丹和雅加達外，還在望加錫設立了商館，這是蘇拉威西一個重要港口都市。這裡一向是望加錫人和武吉斯人轉運商品的重要港口。英國在此設立商館，同樣打擊了荷蘭的獨占欲望。
在列塔爾擔任馬魯古的監督時候，曾想策動據稱是海盜出身的萬鴉老的索洛克王來反對西班牙人。1614年他還帶有某種目的去過暹羅和馬尼拉，但都沒有得到最後結果。而西班牙人也決不示弱，西班牙駐菲律賓總督璜·德·錫爾瓦也曾經計劃同馬六甲組成一個聯合艦隊進攻過荷蘭的據點和萬丹，但馬六甲艦隊給范·德爾·哈甘擊破了，計劃終於不能實行。
當時對荷蘭殖民主義者來說，英國構成最大的威脅。荷蘭和英國的矛盾，以及萬丹和雅加達的矛盾，相互交錯，越來越尖銳了。
雅加達是萬丹的屬國。自1611年稚加達開港以來，萬丹方面深恐失掉商業的繁榮，總想千方百計地壓制雅加達的發展。1613年，荷蘭殖民主義的最狡猾與陰狠的兇手燕·彼德爾遜·昆擔任了公司的書記長併兼任萬丹和雅加達的商館的總館長。他就利用這一矛盾來施展他侵略的伎倆。在他看來，如果萬丹的臘納孟加拉首相和雅加達的威查亞克臘馬親王協和一致，那就會常常增加各種貨物的輸出稅，對公司極為不利。他於是從輸入品著手，把從印度的科羅曼德爾販來的布科和被服品不輸入到徵收輸入稅的萬丹去，而輸入到免稅的雅加達。而萬丹卻正需要這類布料，它終於不得不放棄徵稅了。因之，萬丹對雅加達這個屬國極端不滿，幾乎要訴諸於戰爭。而昆不斷地玩弄兩面政策，充分利用萬丹和雅加達之間的矛盾，同時又使雙方不至爆發戰爭。
萬丹的首相臘納孟加拉是一位極其精悍的人物，他決不放鬆對荷蘭人的限制。荷蘭人想利用萬丹王朝內部的矛盾，當時企圖.通過已經22歲的萬丹國王來搞掉這個首相。荷蘭人知道，首相對宮廷費用也限制極嚴，國王自己和全宮廷的給養，一天僅止10盾。國王不得任意支用王室的經費。宮嬪們要每日從事印花布的工藝，把這些東西賣出去，用來增加財源。首相對他自己的兄弟和臣下也極為嚴格，不許任意動用公款，因之成為眾怨之府。但誰都懼怕他精悍無比的人格，不敢背叛他。這樣，他又一時杜絕了荷蘭人利用內部矛盾來推翻首相的機會。
萊恩斯特總督於1615年死去，勞倫斯·列埃爾繼任為總督。在萊恩斯特的任期中，英國人和荷蘭人的關係不論在班達或者在萬丹都越來越緊張了。英國人除在望加錫設立商館外，在萬丹和雅加達也建立了商館，而在雅加達的商館恰恰義在芝利翁河的西岸，同荷蘭的商館遙遙相對。英國人購入商品比荷蘭人的價格要高。荷蘭人固執著契約的限價，無視當地人的不滿。而在萬丹在減少輸入稅的同時，卻又提高了輸出稅，這樣來拉住荷蘭人又壓制荷蘭人，致使雙方不時發生糾紛。英國人也沒有一刻忘記利用雙方間的矛盾。當時，英國人曾試圖在安汶的昆貝洛建立商館，為萊恩斯特所阻止，但卻在1614年占領了爪哇的阿伊島，據為己有，荷蘭一時也沒有辦法。勞倫斯·列誒爾繼任為總督後，即在1616年派艦隊指揮官藍姆驅逐了阿伊島上的英國人，並占領了該島。繼而又復占領了魯姆島。但他被迫訂立了一個新的協定，訂下了比以前要高的價格收購土產。可是事情發生以後不久，阿伊島和魯姆島的居民宣布，他們不願同荷蘭人保持關係，情願承認英國國王的主權。藍姆當時又同西班牙進行一場戰爭，不能不回到馬魯古去。他的兵力已經削弱，不能採取反對英國人的行動。英國人的勢力又回到這兩個島上來。
在萬丹，荷蘭人既同英國人有矛盾，又同當地的政府有矛~盾。此外又有一些竟爭者，其中有丹麥人、法國人和荷蘭本國人，即不屬於東印度公司的荷蘭人。在同英國和萬丹的矛盾中，主要集中於胡椒的收購方面。萬丹要提高收購價格，而荷蘭則要儘量壓低價格，但偏又有英國人播弄其間，逼得荷蘭非另想出路不可。而荷蘭又不願從萬丹撤退，一任這些競爭者大做生意。於是昆在1615年採取了斷然手段，先從可下手的方面做起。他採取了強硬手段，扣留了荷蘭私人船隻，送回尼德蘭去。接著他又扣留了兩艘法國船隻，將其中的荷蘭船員悉數逮捕起來。這一手段無疑打出了萬丹的主權國的地位。荷蘭人的非公司所屬的船隻同東印度公司具有平等的法人地位，同樣受到萬丹法律的保護和監督。荷蘭更無權在萬丹的領域內扣留法國船隻。萬丹首相臘納孟加拉決不允許發生這種事情，他向荷蘭公司提出了強烈的抗議，並要求釋放俘虜。昆拒絕了這個要求。萬丹以取消同公司的通商關係相威脅，並百般困擾荷蘭人。於是昆以撤退荷蘭人作為反威脅。這卻促進了首相臘納孟加拉同那些不希望荷蘭人撤退的國王及其他大臣問的矛盾。握有大權的首相，這回更不能不退讓了。他改變了堅定的態度，反來勸告荷蘭人留下，並且約定改善待遇。這樣，雙方關係又保持在原來狀態中。荷蘭對法國船隻的扣留，由公司出了一筆賠償金了事。
列埃爾就任總督以後，深深感到白己缺乏處理這樣複雜鬥爭的形勢的能力，二年以後便自動告退。他本來是東印度方面任命的，沒有得到公司的董事會的任命。1618年昆被任命為總督。
在荷蘭人不再以撤出萬丹相威脅以後，胡椒貿易依然是中心問題。昆利用可以在萬丹購買胡椒的權利，想儘量壓低胡椒價格。但偏偏當時有數艘中國船隻來到，市上胡椒價格一時飛漲。昆想廉價購入胡椒便成為不可能。這位胡作妄為的荷蘭殖民頭日，競焊然下命令：在荷蘭人購置胡椒沒有完成以前，中國船隻不許載運胡椒出口；否則將在海上消滅中國人的胡椒船隻。昆以萬丹的太上皇自居，做出此種橫蠻舉動，萬丹市民無不譁然，首相也非常憤怒，但又無法切實對付。事情經過了四個月之久，陷於僵局。
但荷蘭對萬丹的壓制卻促使雅加達繁榮起來。而昆則儘量利用兩者之間的矛盾，坐收漁利。東印度公司每當同萬丹發生糾紛的時候，就以轉移到雅加達相威脅，迫使萬丹不得不作出讓步。而雅加達卻因此而日益繁榮了。
荷蘭在雅加達的商館，於1613年已建立一座石造貨棧，命名為拿騷石造貨棧。這是二層石屋。樓上住人。1616年荷蘭得到了西班牙將從馬六甲派出艦隊前來進攻的消息，昆和其他人員及貨物都從萬丹般到這裡。雅加達商館地位由此益發重要。昆也發現雅加達較之萬丹是更為安全，更便於他實現獨占的計劃。1616年，他另造一座模里西斯石造貨棧。它同芝利翁河河岸平行，同拿騷石造貨棧形成直角。樓上設有迴廊，四周築起柵欄。柵欄內住有300名荷蘭人。此外還有2,000名士兵。在昂魯斯島上建立一座醫院，一個造船廠，都在一座炮台掩護之下。大約與此同時，民還強迫雅加達親王在翁東爪哇附近芝沙丹尼河口建立一座要塞。威查亞·克臘馬對這一要求表示猶豫，但這消息傳到萬丹後，首相脂納孟加拉對威查亞·克臘馬予以嚴重的警告，致使雅加達迫深感不安。
昆的橫蠻行動促使雅加達親王的覺醒。他逐漸同萬丹接近起來。據傳當時萬丹有個計劃，擬對雅加達進行側面的攻擊，同時，又企圖把荷蘭人從井裡汶驅逐出去。這傳說未必真實，但當時爪哇人的反荷情緒日益明顯，卻是事實。荷蘭設在中爪哇的查帕拉商館，雖然是在同馬塔蘭友好協商下成立的，這時也遭到搶劫。而在這樣的形勢之下，一向仇視荷蘭人的臘納孟加拉卻表示了友好之意，並且表示對英國人的敵意，這不能不引起昆的警惕。同時，臘納孟加拉的弟弟加邦親王為了狩獵，進入雅加達境內縱覽了一下雅加達荷蘭人的住宅。而入晚時候，威查亞·克臘馬親王又率500從人，出現於商館之前。昆為防止襲擊，馬上召集50名兵士，明火扶仗地站立在模里西斯石造貨棧的迴廊上。襲擊沒有發生，但萬丹和雅加達的意圖卻透露了。此外，還謠傳萬丹人的刺客曾幾次想謀刺總督米遂。
昆以此為藉口，於同年10月22日，不再徵得雅加達的許可，就在居留地周圍，建築起完備的堡壘。東印度評議會還下令：禁止人們出入昆居住的宮城。雅加達親王幾次邀請昆來相會，也被後者置之不理。親王乃親自來到商館，表示自己對荷蘭的信任。但昆早已擬定計劃：在印度尼西亞群島上必須有一個海軍根據地和一個樞紐地點作為殖民政府的所在地。本來選定萬丹，只因萬丹當時還甚強大，不易下手，現在就選擇了雅加達。雅知達親王對昆表示信任，認為沒有建築這樣防禦工事的必要，在昆看來是完全可笑的表白。
於是雅加達的大臣下令所有人民不得參加工事的建築，萬丹也下了同樣的命令。但昆不需要其他幫助，工事著著進行下去。為此，雅加達的威查亞·克臘馬親王也不得不在他的都市內建起城牆和堡壘。無疑，在萬丹和雅加達的背後，還有英國人的勢力。英國人贈送了雅加達一門大炮，並設法用木筏堵塞了芝利翁河的河口。雅加達親王表面上還同昆表示友好，藉口說建築城牆是為了防止馬塔蘭的進攻，並為他的防禦工事向昆借款1000里阿爾。昆佯作坦然，慨然借予1000里阿爾，還加贈200里阿爾。而自己則反對評議會中有人提出的撤退建議，在要塞的各方面，再築起堡壘和城牆來。
在萬丹，英國人得悉英國的艦隊，即將由達列和普令指揮下開來。這一艦隊開來的目的是要驅逐荷蘭人在爪哇的勢力。英國人於是對留在萬丹的荷蘭人施加種種威脅，並且奪去荷蘭船一艘。英國人在雅加達本已有一個商館，在芝利翁河西岸，築有一座小石屋，並且築起一道防禦城牆。昆竟以領主自居，警告英國入必須拆毀城牆。因為遵到拒絕，1618年12月23日他竟奇襲了英國人的居留地，破壞了他們的城牆，同時又拆毀了要塞南面的中國人住宅。同一天，荷蘭人炮轟了雅加達市區，足足消耗了火藥儲藏的1/4。
12月29日，荷蘭人看到有11艘船舶組成的英國艦隊到來。這就是由達列率領的艦隊，已在萬丹停泊了一些日子，現在抵達雅加達了。戰爭是不可避免的了。但昆預計到在馬魯古群島將要發生敵對行動，不能不派出船去，留下的只有7艘船，滿載著商品。但還必須派船去迎擊英國艦隊。結果城內只留下350人左右。
英荷兩艦隊相互對峙，勝負不決。在此場合，昆決定停止突擊和戰鬥，退守要塞，而船隊則決定遁走，既保存了商品，又可向馬魯古求援，重返雅加達作戰。昆預計到英國人必然不願意轟毀要塞，而把它據為己有。因為這麼一來就會同雅加達和萬丹發生矛盾。結果多數的荷蘭船舶突圍出去了，並告誡留守雅加達要塞的人和守備的指揮官范·登·布魯克，必須堅守要塞直到最後一刻。萬一不能抵抗，要塞也只能向英國人投降。這表明，殖民主義者還有他們共同的利益。
當時包圍雅加達荷蘭要塞的形勢是英國人用5艘船舶封鎖要塞的北面；要塞的南面和西面為雅加達人的陣地；萬丹軍隊列陣於芝利翁河西岸的安克河邊。如果三方協同作戰是不難將荷蘭要塞一鼓夷平的。但三方抱有各不相同的目的。英國人原本想驅逐荷蘭人勢力而占有其地位，不願摧毀要寒。萬丹和雅加達都要摧毀要塞，但又各自希望荷蘭人能夠回來，經營商業，也可以抵制英國人勢力之過分擴大。這樣，在最初十日中，什麼戰爭也沒有發生。到了1月14日，荷蘭人就同雅加達親王重開談判，約定在昆回來之前，實行休戰。要塞儘可能維持原狀，英國人和雅加達人的陣地撤退到若於距離之外。而在荷蘭人方面則付出6,000里阿爾的貨幣和布匹，作為賠償。雅加達親王接受這個建議，締結了協定。但這對英國人是不利的。英國人教唆雅加達親王在拿到金子後，假借為鞏周協議，宴請要塞司令范·登·布魯克。當布魯克率領7個從人赴宴時，他們就被雅加達親王的手下人逮捕了。因此荷蘭人的防守益發嚴格起來。
英國人乘機向雅加達親王提議，願山2,000里阿爾締結一項永遠驅逐荷蘭人，禁止他們在雅加達經商的協定。並且相互協議攻下要塞後，要塞歸威查亞·克臘馬，鹵獲品則兩方平分。協定就這樣訂下來了。現在英國人得在為荷蘭人所破壞的商館的舊址上建起一座新的炮台，並配置4門大炮，又在芝利翁河上架起一座轎。看來將開始大舉進攻了。
但英國人和雅加達人還不敢馬上動手，他們首先勸告荷蘭要塞投降。荷蘭人見敵我勢力懸殊，也就努力以有利條件談判和平。2月1日，雙方達成協議。被圍者向英國人投降，要塞和彈藥交給英國人。個人財產及旅行必需品可以隨身攜帶，由英國船送他們到科羅曼德爾海岸去。雅加達親王則受領金錢及商品和其他公司財產。為進行這些事宜，英國人和雅加達人必須進入要塞，荷蘭方面必須先交出12個荷蘭人作為「人質」,保障進入要寒的英國人和雅加達人的安全。但這一英國人炮製的協定，遇到了障礙。其一，英國人要占有要塞是不合前議的。其二，雅加達是萬丹的屬國，而這一切安排，竟置萬丹於不顧，萬丹人對此大為不滿。因之，萬丹首相臘納孟加拉要求英國人應將要塞交給萬丹，要求雅加達應將荷方俘房引渡給萬丹。萬丹人並且威脅說：如不答應這個要求，將把英國人在萬丹的居留地盡行破壞。萬丹還派出了4,000名兵士，切斷英國的炮台和它的兵艦之間的交通要道。這樣，英國的指揮官好不容易才逃回船上去了。
因之，荷蘭的要塞依然在荷蘭人手中，不曾投降。
現在萬丹人企圖自己來接管雅加達的要塞。荷蘭人也決定在萬丹提出的協定上籤寧。這個協定規定：荷蘭人把要塞交給萬丹國王，他們可以攜帶所有物品去萬丹。他們在萬丹將得到保護，直到總督昆回來為止。東印度公司財產的1/4,大炮的一半，交給萬丹。
荷蘭人首先要求由水路赴萬丹，主張由萬丹首相作中間人，從英國人那裡取得自由通航證明書。臘納孟加拉不願承擔此項責任。但他認為英國是不至於拒絕這一請求的。1619年2月15日晚，雅加達威查亞·克臘馬親王被萬丹人逮捕，並被放逐到萬丹的卡登雅罕村。萬丹又沒收了親王的所有財產，其中有值3萬里阿爾的金條，並把雅加達的領土併入萬丹。這自然不僅為了對付雅加達親王，而且也是為了便於控制荷蘭人。
在這個過程中，英國人賄賂了萬丹一筆金錢，以防止荷蘭人攜帶財物去萬丹。因之，首相臘納孟加拉又通知荷蘭人：把堡壘拆毀，大炮交出，荷蘭人可以在萬丹人保護下留在雅加達。被包圍的荷蘭人深感這一措置沒有安全保障，而且他們還聽到臘納孟加拉又抱著與英國人合作的意向，到了2月26日，他們也改變主意：決定死守要塞，不給敵人任何東西。
1619年4月間，荷蘭人奪得了芝利翁河東面為萬丹人守備的炮台，並把它燒毀了。要塞附近的「敵人」也被他們趕走了。同月28日，有17隻艦隻入港。船員分批上陸。1619年5月30日，大約以一千名的兵力，一舉攻下了雅加達的都市。雅加達人和萬丹人都被驅逐出去。實際上並未經過若何戰鬥，荷方只死一人，負傷若干人。萬丹方面也只遺骸九具而已。荷人於是焚燒了雅加達都市，拆毀了城牆。荷蘭人在雅加達舊城的廢墟上，建立了新城。為了紀念荷蘭的古民族「巴達夫」,1621年這個新城被命名為「巴達維亞」。從此，巴達維亞成為荷蘭在印度尼西亞的殖民統治中心。
順便提一下，當昆從馬魯古回到雅加達的途中，這個殖民主義者為了報復荷蘭人在查帕拉商館被搶劫，竟中途上陸，將查翰拉港口的市區也給焚毀了。
昆於是派使者到萬丹去，報告萬丹首相臘納孟加拉：他已經歸來，查帕拉和雅加達兩個都市已被他破壞了；不久，他將親自去萬丹來迎接范·登·布魯克和他的部下。他們是在戰爭中被押送到萬丹的。這一報告，無疑是帶有恫嚇的性質。萬丹首相似乎沒有為這侗嚇所屈服。萬丹首相從各地召集攏壯丁，晝夜建築防禦工事。並且命令都市西面的華人區的居民全部撤走。1619年6月7日，荷蘭的艦隊出現於萬丹港口。萬丹人靜待敵人的進攻，他們不象雅加達人那樣驚慌逃竄。臘納孟加拉於是向荷蘭人正式宜告：如果荷蘭人敢於破壞城市，萬丹人就將所有胡椒樹都砍掉，荷蘭人也將一無所得。講究實利的昆，對萬丹人的警告不得不認真考慮了。他只要求引渡荷蘭戰俘。萬丹首相則堅持在沒有得到不觸動都市的保證以前，決不放還俘房。直到荷蘭人發出限24小時答覆的最後通牒後，萬丹的主和派才強迫首相把100名荷蘭戰俘交還。
數日間，荷蘭的艦隊還列陣於萬丹市前面，竟也未敢予以炮愛。這時萬丹國王派遣使者向荷蘭提議恢復舊好，並准予和平貿易。但萬丹政府依然下令，如果沒有官員在場，任何人不得與荷蘭入通話。這表明王國內部在如何對待荷蘭人問題上存在意見分歧，即分為主和與主戰兩派。兩派僵持下去。但荷蘭人終於強迫國王改變態度，聲明除荷蘭外，不許其他外國人自由貿易，任何外國人不許出入萬丹。為了保證這海盜式的獨占性要求繼續有效，荷蘭把4艘船隻留在萬丹停泊場，作為威脅手段。因之，首先是英國人，撤銷了商館，帶著他們的全部人員和全部財產，撤離萬丹。
顯然，雅加達的陷落，不在於荷蘭殖民主義者的強大，而在於萬丹和雅加達雙方的不統一，封建主為自己利益打算多，為居民的利益考慮少，甚至可說是沒有考慮。這就無法動員居民敵愾同讎地來抗擊侵略者。同時還在於利用英國和荷蘭兩個殖民主義者之間的矛盾時，不論是雅加達親王，或者是萬丹首相，都沒有很好掌握主動權。他們既想利用矛盾，但又對荷蘭殖民主義者存有幻想，以為荷蘭終會回來進行和平貿易的，所以對荷蘭要塞始終沒有進行攻擊。然而，雅加達的陷落，也為荷蘭殖民主義者獲得了一個理想的經濟與政治的總匯點和海軍根據地，從而為荷蘭在印度尼西亞的殖民統治奠定了第一塊的基石。從這一歷史意義上說，馬塔蘭國王素丹阿貢兩次進攻雅加達成為印度尼西亞歷史的轉折點。這是印度尼西亞(爪哇)封建主義者的最後保衛戰，這也是印度尼西亞社會變成半殖民地封建社會的起腳點。