常言說，物極必反，袁世凱完全沒有想到，當他仕途通達如日中天的時候，頃刻間會從天上掉到地下。
1908年11月14日、15日，光緒帝和慈禧太后先後駕崩，年僅3歲的溥儀繼位，由其父醇親王載灃攝政，而載灃正是光緒的弟弟。
關於光緒帝的死因，歷來眾說紛紜。而光緒死前曾服下大量砒霜，是經過現代科學手段所證實的。是誰毒死了光緒？一說是慈禧，一說是袁世凱。當時袁世凱身為軍機大臣，主掌北洋軍，是完全有這個條件謀害皇帝的。據溥儀的回憶錄《我的前半生》中記載，說慈禧太后臨終前一天，本來「上午還好好的光緒皇帝，吃了一劑藥便突然壞了事，後來才知道，那一劑藥是袁世凱送進來的」。
有人說光緒留下一道遺詔，寫了一個「斬」字，後面的「袁」字只寫了一半；有人說光緒死前告訴皇后隆裕：「殺我的是袁世凱」；並說光緒在臨終前，囑咐載灃誅殺袁世凱，為自己報仇。這些雖未被證實，但光緒對袁世凱的恨之入骨是不容置疑的。正因為此，當載灃晉封為攝政王之後，袁世凱便覺察到形勢對他十分不利，不由得驚恐萬分，其黨羽也都因此惴惴不安。
載灃的確想替哥哥報仇，而他要除掉袁世凱更重要的原因，是袁世凱的勢力已經到了不可控制的程度。載灃政治上並不糊塗，只是優柔寡斷，無統御之才，因此問計於奕劻、張之洞等朝廷重臣，遭到兩人的反對。奕劻與張之洞認為，袁世凱手握重兵，朝廷內外各方面奧援頗多，又值太后剛剛去世，南方革命黨活動頻繁之際，萬一引發兵變局勢難以控制。
正猶豫間，段祺瑞已藉故北京南苑「兵變」，帶著洋槍洋炮從保定跑到北京城腳下，「名正言順」地開炮彈壓了。轟隆隆的炮聲震得滿族親貴們心驚膽戰，朝廷里頓時亂作一團，都說段祺瑞醉翁之意不在酒，怕是專程為袁世凱而來。載灃急忙做出讓步，以袁世凱患「足疾」為由，解除其本兼各職，一紙詔書將其開缺回籍。
1909年1月2日，袁世凱接到攝政王載灃以宣統帝名義所下詔書後，一刻也不敢停留，趕緊攜家小離開北京錫拉胡同的寓所，返回河南，開始了長達三年的隱居生活。
到河南後，袁世凱沒有回老家項城，而是先在輝縣住了一段日子，後又到河南彰德「隱居」。早年當政時他曾在洹河北岸購買原天津鹽商何炳瑩的一幢別墅，經過擴建修繕，成為占地13.3公頃的「洹上村」巨型豪宅。巨宅四周築起高大圍牆，四角建有炮台。宅中正廳為「養壽堂」，西側為住宅，夫人、姨太太們各居一院。東側是花園，名為「養壽園」，園內奇花異草，溪水長流，山林峻石，亭台水榭，美不勝收。
離「洹上村」不遠，是著名的風景區百泉和蘇門山，袁世凱自稱「洹上老人」，時常頭戴斗笠，手執釣竿，往返於青山碧水之間，過著遊山玩水的生活。他還特地將自己頭戴斗笠、泛舟湖上的照片，拿到上海雜誌上發表。
在外間人看來，袁世凱寄情山水，不問政事，已是閒雲野鶴與世無爭。但事實上，這只是袁世凱的韜光養晦之術。他從回到洹上村開始，政治活動一刻都沒有停止過。他在家中設置了秘密電台，來自北京以及全國各地的信息源源不斷地送進洹上村，北洋將領、安插在各政要部門的屬下，以及各地官紳也都紛紛前來拜訪，向他報告外間一切變化。袁世凱足不出戶，便盡覽天下事，他在等待東山再起的時機。
等得無可奈何之際，袁世凱請來一個在彰德小有名氣的算命先生，讓他算算什麼時候可以東山再起。算命先生是個瞎子，他告訴袁世凱：到辛亥八月節，官星就動了。袁世凱聽後大喜過望。
不知算命先生所言是後人附會，還是此瞎子果然靈驗，巧合的是，到了辛亥年農曆八月，即1911年10月，武昌起義爆發，武漢三鎮失守，湖廣總督瑞澄，第八鎮統制張彪棄城逃跑，10月12日，清政府派出陸軍大臣蔭昌率部分北洋軍隊前去鎮壓……
消息傳到袁世凱耳中，袁世凱悄悄樂了，他知道蔭昌根本指揮不動他的北洋軍。當天，袁世凱的老部下被任命為第一軍軍統的馮國璋，背著蔭昌來到洹上村，向袁世凱請示機宜。袁世凱賜給他六字秘訣：「慢慢走，等等看。」馮國璋心領神會，得計而去。
蔭昌也是有自知之明之人，論關係他與袁世凱也是交情不淺的老朋友，所以馮國璋前腳走，蔭昌後腳便來到洹上村。但對袁世凱來說，交情歸交情，關係到個人利益尤其是政治生命，那是半點馬虎不得，所以當下人一報上蔭昌的名諱，袁世凱就「病倒」了。蔭昌在「養壽堂」恭候良久，袁世凱才被下人攙扶著顫顫巍巍地走來。談起軍國大計，袁世凱欷歔良久，說：
「離開京城三年之久，對外間事知之甚少，這帶兵打仗的事自然也不敢多加評判了……」
蔭昌不得要領而去，到了前線，果然指揮不動袁世凱一手培植起來的北洋軍隊。
此時的清廷已亂作一團，對於攝政王載灃來說，不到萬不得已是不肯起用袁世凱的。但袁世凱在滿清親貴中不乏奧援。早在1903年榮祿去世前，袁世凱便與新任軍機領班奕劻建立了良好關係。凡這位慶親王的年節、壽日以及慶王府的婚喪嫁娶等，全部由袁世凱事先布置，一切開銷由袁世凱支付。袁世凱並與奕劻之子載振結拜為異姓兄弟，與奕劻的關係便遠遠超過了榮祿。
果然，奕劻率先提出敦請袁世凱出山，在帝國主義的敦促下，載灃只好採納，任命袁世凱為湖廣總督。但蟄伏三年等來的這個任命，並沒有讓袁世凱喜出望外。隱忍三年的代價，僅僅是一個小小的「湖廣總督」，他覺得太可笑，太滑稽！他當即回復清廷：
「『足疾』未愈，不能上任。」
奕劻心有靈犀，立即派袁世凱的老朋友徐世昌去河南彰德，私下問明袁世凱出山的條件。袁世凱對老把兄徐世昌自然有什麼說什麼，他提出了六個條件：
一、明年即開國會；
二、組織責任內閣；
三、寬容參與此事件諸人；
四、解除黨禁；
五、須委袁世凱以指揮水陸各軍及關於軍隊編制的全權；
六、須與袁世凱以十分充足的軍費。
毫無疑問，這六個條件對載灃來說太過苛刻，但袁世凱胸有成竹，穩坐家中待價而沽。後來起義的省份不斷增多，戰事越來越緊急，英法德美等國為保護在華利益不斷地對清廷施加壓力，清廷不得不一條一條地滿足了袁世凱的要求。10月27日，清廷連發四道上諭，授予袁世凱欽差大臣，交給他前線的全權指揮權。
袁世凱接受了這個任命，即指揮全線反攻。同日，馮國璋進攻漢口，11月2日占領漢口。與此同時，袁世凱還指揮北洋軍鎮壓石家莊、太原、灤州等地的革命軍，不僅向清廷展示了自己的能力，也讓革命軍看到了北洋軍的威力。清廷無可奈何，只得於11月2日任命袁世凱為內閣總理大臣。11月16日，袁世凱在北京正式組成責任內閣。
而此時，馮國璋經過八晝夜激戰，已於27日攻占漢陽，緊接著炮擊武昌，準備拿下革命軍的最後陣地。袁世凱在北京連發七次電報，命令他停戰。但馮國璋仿佛不得要領，袁世凱只好將他從前線撤下，調回北京，將第二軍軍統段祺瑞調到前線，兼任第一軍軍統。因為袁世凱要通過養敵自重，利用革命軍脅迫清廷談條件，又借立憲之名架空皇室，如此一來，他既可成就再造國家的抱負，又不需背負背叛清室的罵名。而接下來，他就要利用清廷向革命軍「討價還價」了。
袁世凱首先要探明革命黨對自己的態度，他曾致書被革命黨人強迫推舉為湖北都督的黎元洪，提出以實行君主立憲和平解決戰事的要求。而黎元洪在回覆中拒絕了君主立憲，稱如果袁世凱贊同共和，他一定推舉袁世凱為第一任中華共和總統。同盟會第二號人物、戰時總司令黃興也致信袁世凱，做出同黎元洪一樣的許諾。12月2日，各省都督代表在漢口開會，正式決議「如袁反正，將擁其為總統」。
12月7日，袁世凱以唐紹儀為全權代表，派他前往武漢與革命軍商談大局，史稱「南北議和」。就在雙方反覆磋商時，孫中山自海外翩然歸來，讓南方革命黨人為之一振，反對議和的呼聲隨之高漲，1912年1月1日，孫中山在南京就任中華民國臨時大總統。
為顧全黎元洪等人與袁世凱早先達成的默契，孫中山就職後，立即通電袁世凱，表示「虛位以待」，即清帝退位後，大總統位置一定讓給袁世凱。
可袁世凱此時還不敢明確向清廷提出退位要求，因為一些朝廷親貴為了維護滿人政權，組織了一個「宗社黨」，宗社黨堅決反對共和，堅持以武力鎮壓革命黨人，得知袁世凱打算議和後，對袁世凱恨之入骨。袁世凱因此不願頂風而上，事情便延擱下來。但他沒料到會被革命黨人誤會，以為他沒有和談誠意，由此險遭殺身之禍。
1912年1月16日上午11時許，袁世凱從宮廷出來，乘坐雙輪馬車前往外務部新衙門。馬車剛到丁家街三義茶館門前，忽然一顆炸彈從茶館二樓飛下，好在投偏，轅馬受驚，拉著袁世凱飛馳而去。不料，車過祥宜坊酒樓門口，又一顆炸彈從樓上落下，但再次投偏，在緊隨車後的衛隊中炸開，警衛隊長和兩名巡警當場斃命。
此事發生後，雖然袁世凱驚魂未定，卻因此洗清了與革命黨人勾結脅迫清廷退位的嫌疑。緊接著，26日，宗社黨骨幹良弼外出回家，在自家門口被革命黨人炸傷，送到醫院後死亡。而行刺的革命黨人彭家珍被彈片擊碎頭骨，當場殞命。
接連兩樁暗殺案，使朝廷親貴們人人自危、人心惶惶。袁世凱在被刺殺當日，便與內閣大臣聯銜上折，開始逼宮。袁世凱親自捧著摺子到養心殿覲見隆裕太后和宣統皇帝。據溥儀後來回憶說，當時他幼小無知，只見一個陌生的矮胖老頭跪在紅氈墊上與隆裕太后相對流涕，傷心欲絕，他當時不知道發生了什麼事，更不知道貌似忠心耿耿的矮胖老頭袁世凱，哽咽著說出的竟是一派逼他退位的勸誘恫嚇之詞。
良弼被刺殺當日，段祺瑞率領前線北洋將領46人，聯名電奏朝廷，請清帝退位。隆裕太后見大勢已去，於1912年2月12日以宣統皇帝的名義頒發退位詔書，在中國延續兩千多年的封建帝制自此告終。
2月15日，袁世凱被選舉為中華民國臨時大總統，於3月10日在北京宣誓就職。