袁世凱做了共和制總統，但對「共和」的含義卻不甚明了，他曾就此向中國近現代史上著名外交家顧維鈞請教，顧維鈞告訴他，共和國是人民大眾的國家。袁世凱反駁說：「中國的女僕在打掃房間時，都把髒土倒在街上，她們只關心自己屋裡是否乾淨，這樣的公民如何能夠管理國家？」
袁世凱口頭上表示支持共和，骨子裡卻始終認為共和道路在中國行不通。所以，當上臨時大總統後，他首先做的便是極力加強專制獨裁統治。他提名唐紹儀擔任內閣總理，以為唐紹儀會對他言聽計從，沒想到唐紹儀也主張和同盟會合作，強調發揮責任內閣的作用。袁世凱極力想擺脫內閣的制約，於是便設法架空和排擠唐紹儀，最後唐紹儀與同盟會閣員被迫全體辭職，袁世凱又任命親信趙秉鈞代理內閣總理，強迫參議院通過補充閣員名單，使得責任內閣完全成為他的附屬機關。
1912年，孫中山將同盟會改組為國民黨，為了限制袁世凱的權力，試圖組織政黨內閣。袁世凱對此極為牴觸，竟策動北洋軍警進行干涉，逼迫國民黨人退出內閣。就在袁世凱極力排擠國民黨時，宋教仁被刺一案，將他推向輿論的風口浪尖。
宋教仁是實際主持國民黨的代理理事長（孫中山為理事長），也是在組織政黨內閣活動中首當其衝之人。1913年2月，中國首次根據《臨時約法》的規定，進行國會選舉，國民黨獲得多數席位。國民黨人陶醉了，準備由國民黨組閣，由宋教仁出任內閣總理。
1913年春，宋教仁南下，到處發表演說，抨擊時政。3月20日，宋教仁接到袁世凱急電，準備從上海返回北京。當晚10點左右，宋教仁尚未踏上北上的列車，便在上海車站遭到歹徒槍擊。由於子彈上塗了毒藥，32歲的宋教仁因搶救無效而逝世。
袁世凱得知宋教仁被殺後，立即下令緝拿兇手。然而，他本人卻成為第一個被懷疑對象。
令人不可思議的是，在當時上海灘刺殺案迭出，多數懸而不破的情況下，宋案的破獲卻出奇的順利，其速度之快令人咂舌。首先有一個叫王阿發的「古董商」到公共租界巡捕房報案，說兇手是上海青幫大佬應桂馨。因為一周前他曾去應府賣古董，應桂馨提出以1000塊錢為報酬，要他去殺一個人，並拿出一張照片讓他看，他沒有答應。宋案發生後，他看到報紙上所登宋教仁的照片，正是應桂馨給他看的照片上那個人。
就在案發第三天，租界巡捕在一家妓院抓獲應桂馨後，又在其家中搜出與內務部秘書洪述祖來往的多封密電，內容里都有兩個字：毀宋。密電中還有兩封是袁世凱的心腹、內務總長趙秉鈞發來的，從中可以看出，袁世凱和趙秉鈞知道「毀宋」一事。由此，袁世凱被認為是刺殺宋教仁一案的策動者。
但也有人指出，「毀宋」並非殺宋，而是搜尋宋教仁的醜聞，通過媒體曝光。但應桂馨由於找不到能醜化宋教仁的證據，面對洪述祖越來越高的報酬，應桂馨變「毀宋」為「去宋」，即除掉宋教仁以獲取巨額報酬。而「去宋」這件事只有洪述祖和應桂馨知道，並沒有直接證據指向趙秉鈞與袁世凱。
更巧的是，在對應桂馨家裡進行搜索時，巡捕們竟發現了一個神色慌張行為可疑的人，一盤問，此人竟是直接殺害宋教仁的兇手武士英。令人不解的是，應桂馨本人並不在家中，武士英卻在他的家中；而武士英被捕後表現從容淡定，完全沒有被發現時的驚慌失措。然而，就在預審的前一天，身體強健的武士英突然死亡。
當時上海是國民黨勢力的大本營，宋教仁被刺一案的破案、審判等工作基本都是在國民黨的控制下進行的。而武士英被關押在上海海運局滬軍六十一團的軍營，該部隊是由滬軍都督、身兼革命家和青幫代表雙重身份的陳其美的老部隊改編。如果說殺人滅口，袁世凱的勢力恐怕難以滲透到國民黨內部。最大的可能不應是袁世凱，而是應桂馨的幫會系統或陳其美的國民黨內部勢力。然而，自然而然的，這頂「殺人滅口」的帽子，又落到了袁世凱頭上。
宋案順利偵破，沒有人去追究其中為何有如此順利的一系列巧合，袁世凱毫無懸念地成為了殺宋主謀，一時間，激烈抨擊袁世凱的輿論鋪天蓋地而來。
袁世凱惱羞成怒，決心用武力消滅國民黨，未經現任國會批准，他便與英、法、德、俄、日五國銀行團簽訂了2500萬英鎊的借款合約，準備用於發動戰爭的經費。但不等袁世凱動手，國民黨率先發動「二次革命」，於7月上旬興師討袁。只是與北洋軍實力懸殊，很快導致失敗。
不久，應桂馨成功越獄。他直接給袁世凱寫信，索取殺宋報酬50萬元，而且還要求授予他「勛二位」。或許袁世凱在宋案中真是無辜的，他恨透了應桂馨，隨即派人將應桂馨亂刀砍死。從某種意義上來說，應桂馨的被殺，也算是為宋教仁報了仇。但應桂馨為誰所指使殺宋，也終成為歷史的一個謎。
鎮壓了「二次革命」，袁世凱一不做二不休，先於1913年10月6日，用武力逼迫國會選舉他為正式大總統，緊接著過河拆橋，解散國民黨、解散國會，廢除《臨時約法》，頒布《中華民國約法》，制定了總統終身制，規定總統有權指定傳位人，傳位人可以是自己的兒子。至此，袁世凱已與專制皇帝無異。
但即便如此，袁世凱的野心仍未得到滿足，他的最終目標是名正言順當皇帝。於是乎，各種真龍天子將現身的預兆，在北京城頻頻流傳：
袁世凱的茶童看到熟睡中的袁世凱變成了一條金龍，金鱗燦燦，昂著頭呈騰飛之勢……
袁世凱生父袁保中的墓旁，長出一條紫藤，蜿蜒盤繞，就像一條騰空而起的龍……
一位天文學家上書，說從某日起，三更之後，將有帝星照某某緯度，正是河南項城縣地區，這顆帝星會慢慢朝北移動，約一個月可到達北京……
1914年5月1日，袁世凱撤銷國務院，改設政事廳，仿前清御史台設立肅政廳，仿前清都察院設立平政院，又品定官階。
同年冬至之日，袁世凱效仿過去的皇帝，到天壇「祭天」。而祭祀所著衣冠，幾乎同清代皇朝一模一樣。
袁世凱的一系列復古措施，使得一些前清遺老想入非非，以為袁世凱打算「還政於清室」，於是四處奔走，廣為宣傳。對此，袁世凱不置一詞，他有意滋長復辟輿論，以此作為登基稱帝的墊腳石。同時，美國霍普金斯大學校長弗蘭克·J·古德諾以及文人楊度，也不斷發表演說、評論，鼓吹君主立憲。
1915年8月14日，楊度聯合孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛六人，宣布發起成立「籌安會」，為袁世凱復辟帝制製造輿論。8月23日，籌安會在石駙馬大街正式掛牌，以楊度為理事長，孫毓筠為副理事長，其他幾人為理事。他們向各省將軍、巡按使郵寄投票紙，請他們表態是否贊成帝制，迫於袁世凱的威力，他們只能紛紛表示贊成。
當時為帝制製造輿論者，除了「籌安會」的六人外，還有朱啟衿、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮芳、雷震春和袁乃寬，人稱十三太保。此外，還有一位幕後人物楊士琦。
而帝國主義如日本內閣總理大臣大隈重信、英國駐華公使朱爾典，也都代表本國政府表示贊成袁世凱稱帝。
9月上旬，段芝貴領銜14省將軍通電，請求變更國體，並請袁世凱速正大位。而14名將軍中，唯獨沒有舉足輕重的重量級人物：江蘇督軍馮國璋、長江巡閱使張勳。
9月19日，袁世凱親信梁士詒組織「全國請願聯合會」，兩次請願儘快決定國體。隨後，在「全國國民代表大會」名義下，各省選出國民代表1993人，分省進行國體投票，然後再將票匯集北京。10月，各省開始舉行國體投票；12月11日，參議院以「國民代表大會總代表」名義匯查各省投票，結果以1993票全票通過君主立憲。當日，參議院上書「勸進」。
而此時，襄助袁世凱多年的「北洋三傑」王士珍、段祺瑞、馮國璋，以及袁世凱的老把兄弟徐世昌，全部對袁世凱稱帝持反對意見，或公開對抗，或消極抵抗。王士珍因此退隱還鄉，回了直隸正定老家；段祺瑞因反對帝制早已被撤銷本兼各職回家養「疴」；馮國璋因段芝貴反覆說服終於沒有站出來唱反調。徐世昌見袁世凱決心已定，於10月26日請辭國務卿一職，袁世凱再三挽留，袁克定卻在一旁說：「徐太傅願意做清室遺臣，何不成全他呢！」但徐世昌不管是否「成全」，仍掛冠而去。
偏偏此時京城裡傳出謠言，說段祺瑞受徐世昌策動，將起兵討袁。袁世凱雖然不相信，但還是擔心段、徐同時留在北京對自己不利，而徐世昌若住到寧、滬一帶，則擔心與國民黨有染，於是規定徐世昌必須住在天津。
12月12日，袁世凱宣布接受帝位，改國號為「中華帝國」，以下年為「洪憲」元年，並定於1916年元月1日舉行登基大典。然而袁世凱卻有些等不及了，尤其袁克定急於當太子，鼓動袁世凱先在內部舉行登基典禮。
12月13日早上8時許，各部司局長以上及各軍師長以上官員突然接到通知，一個小時後到居仁堂大廳朝賀。9時許，文武官員抵達居仁堂大廳。大廳前方擺著龍案、龍椅，袁世凱光著頭，身著平日所穿大元帥軍裝，在幾名貼身侍衛的簇擁下，走到龍椅旁。他沒有坐下，而是站在龍椅旁邊，扶著龍椅擱臂，接受文武官員的跪拜之禮。由於沒有司儀，官員們跪拜極不整齊。
大典舉行之匆忙，讓官員們難免失望，私下裡議論紛紛：難道這就是改朝換代了？如此重大的事情怎可以辦得如此不成體統？這簡直就是關起門來做皇帝。
但袁世凱、袁克定不以為意，認為先在內部登基正位大有必要，起碼先在總統府實行皇族禮儀、規矩，待正式登基典禮後，再逐步完善。不曾想，不等正式登基典禮，他們的帝王夢便在風起雲湧的護國運動中煙消雲散。