袁世凱做夢都不曾想到，他的稱帝，不僅沒有使皇帝的位子在他的子孫中萬代傳承，還使他的政治生命戛然而止，將他本人也推進萬劫不復的深淵。
就在袁世凱稱帝，大肆賞爵封侯的時候，12月25日，蔡鍔、李烈鈞、唐繼堯宣布雲南獨立，通電討袁，首先組織護國軍，以蔡鍔為第一軍總司令，出兵川、貴；李烈鈞為第二軍總司令，出兵廣西；唐繼堯為第三軍總司令，留守雲南，掀起反袁護國運動。
這一切突如其來的變化對袁世凱來說，無異于晴天霹靂。他趕緊在公府豐澤園成立「征滇臨時軍務處」，決定採取三面包圍的策略，以曹錕的第三師、張敬堯的第七師由四川攻打雲南，以馬繼增的第六師出湖南入貴州；以龍濟光率粵軍會合桂軍假道廣西百色進攻滇南。但他沒有料到，不久，貴州、廣西相繼宣布獨立，而出師四川的曹錕部與張敬堯部，開始時與討袁軍打了幾個硬仗，很快便敗績連連。
隨著反袁鬥爭在全國各地迅速發展，帝國主義也紛紛轉變態度，英、美、日、德、意等國正式表示反對袁世凱稱帝。
袁世凱慌了，茫然四顧，竟沒有一個得力助手，軍事、外交、內政他都要事必躬親，忙得焦頭爛額。他想重新起用段祺瑞，但考慮到段祺瑞的火爆脾氣，只好先做鋪墊，把段祺瑞的「靈魂」徐樹錚請出來委任為軍委事務廳廳長，接著請段祺瑞出來「共濟時艱」，卻被段祺瑞以「宿疾未愈」一口回絕。
袁世凱又想到馮國璋，決定命馮國璋率軍出征。由於馮國璋在恢復帝制過程中消極抵抗，袁世凱在1915年末便決定使用調虎離山計，委任馮國璋為參謀總長，將其調到北京，控制在身邊。但馮國璋根本不買帳，堅決要求以江蘇將軍遙領此職，令袁世凱白白送了個「參謀總長」。如今正值用人之際，袁世凱再次致電馮國璋，委任他為參謀總長兼征滇軍總司令，令其出兵討伐滇軍。不料，馮國璋以身體不適予以回絕，令袁世凱怒不可遏。
1916年2月，袁世凱派蔣雁行到南京一探虛實，結果馮國璋毫無病容。馮國璋對蔣雁行並不隱瞞實情，直接發牢騷說：「我跟了總統一輩子，沒有功勞也有苦勞，可到現在，總統不把我當作自己人！」
馮國璋所言，是指袁世凱稱帝一事，在整個過程中，馮國璋都被排斥在外。非但如此，馮國璋聽到復辟帝制的消息後，曾到北京當面詢問袁世凱，袁世凱當即一口否定，而且十分懇切地說：「華甫，你我在一起多年，難道你還不懂我的心事？我現在的地位已與皇帝無異，如果我真的想當皇帝，那只能是為了我的子孫。可我的大兒子身有殘疾，二兒子想要做名士，三兒子不達時務，其餘的則都年幼，你再看我現在的身體，我哪裡會有稱帝的心思呢！」
袁世凱一番「推心置腹」，讓馮國璋信以為真。直到袁世凱稱帝，馮國璋才明白自己被騙了。他就是想不通，袁世凱為什麼要對他隱瞞，要知道這種事情根本瞞不住的。其實不止是對馮國璋，對段祺瑞，袁世凱採取的也是同樣手段。之所以如此，袁世凱擔心這些於民國有功的實力派大員，一旦成為「洪憲」朝的開國元勛，勢必對其後代繼承皇位造成威脅。
蔣雁行將馮國璋的情況密報袁世凱後，袁世凱指示收買江寧鎮守使王廷楨，令其取馮而代之，不料偷雞不成蝕把米，王廷楨不僅不上鉤，還將此陰謀戳穿，使袁、馮矛盾進一步惡化。袁世凱仍不死心，又先後派楊善德和盧永祥進駐上海、吳淞口，以包圍態勢挾持馮國璋，使馮國璋對袁世凱的嫌怨愈發加深。
馮國璋被完全推到了對立面，儘管他口頭上還是「擁護總統」，但已開始在北洋派內部另立山頭，煽動反袁情緒，並與南方反袁勢力相聯繫，化敵為友。
3月18日，馮國璋聯絡山東將軍靳雲鵬、浙江將軍朱瑞、長江巡閱使張勳、江西將軍李純，以五人名義秘密緻電其他各省將軍，就迫使袁世凱取消帝制，懲辦禍首，停戰議和等徵求各省將軍的同意。
這封電報並沒有發給袁世凱，但直隸將軍兼巡按使朱家寶將它送進了中南海居仁堂。看完這封電報，袁世凱目光呆滯，渾身發抖，半晌說不出話，幾乎昏倒在床上。直到這時他才明白，他一手培養起來的北洋大將，已經變成了他的敵人。而內部的敵人比外部的敵人更可怕。他呆呆地望著坐在旁邊的內史夏壽田說：
「完了！一切都完了！」
夏壽田想安慰他幾句，卻不知說什麼好。袁世凱卻自說自話地念叨起袁氏家族的「豪門魔咒」：
「我生父51歲離世，嗣父48歲離世，堂叔51歲離世，如今我已經活了57歲，終究還是逃不過那個魔咒……」
袁世凱臉色蠟黃，聲音顫抖，目光里充滿著對死亡的恐懼：
「昨晚有巨星隕落，這時我生平所見的第二次。第一次應在文忠公（李鴻章）身上，這次，說不定就輪到我了。」
早在稱帝之初，袁世凱便在過度操勞與憂慮中病倒，如今受五將軍密電打擊，病情驟然加重。在走投無路的情況下，袁世凱只好派人從天津請來徐世昌。此前徐世昌聽說蔡鍔率部起義後，曾喜滋滋地對人說：「他們快完蛋了！」這是徐世昌幾個月來第一次心情如此愉悅，由此可見對袁世凱稱帝的憤恨。但畢竟是多年的老朋友、把兄弟，聽說袁世凱病重，徐世昌即刻返回北京。
一見到袁世凱，徐世昌便提出取消帝制，請段祺瑞出山，並說：「一旦取消帝制，我相信芝泉會答應出山的。」
袁世凱當即表示可以取消帝制，但隨後在袁克定的堅決反對下又猶豫起來。袁克定說：「他們不讓你做皇帝，你便取消帝制；下一步他們不讓你做總統，你是不是總統也不當了？」
袁世凱無言以對。事實上，不到迫不得已的時候，他是不會取消帝制的。但由於川、湘前方傳回的消息一個比一個可怕，不僅僅是勝負問題，而是前方將士人心浮動，紛紛停戰觀望，甚至與南方討袁軍私下謀和，令袁世凱焦急萬分。只好以病重為名，請段祺瑞到中南海探視，段祺瑞也動了惻隱之心。
3月21日下午，袁世凱稱帝前的三大員：段祺瑞、徐世昌、黎元洪齊聚公府參加緊急會議。會上，袁世凱首先宣布取消帝制，復任大總統，隨後任命段祺瑞為參謀總長、徐世昌為國務卿，黎元洪仍為副總統，責成三人穩定局勢。3月22日，袁世凱通電宣布取消帝制，恢復「中華民國」年號。3月24日，段祺瑞、徐世昌、黎元洪三人聯名向護國軍首領陸榮廷、梁啓超、蔡鍔等人發出議和通電。
4月1日，袁世凱根據自己的願望親擬議和條件，與南方談判。卻不料，西南方面議和的首要條件便是堅決要求袁世凱下野，稱袁世凱復辟帝制，已經背叛了民國，沒有資格再任民國大總統。這對於袁世凱來說，無異於致命的一擊。
在此情況下，袁世凱繼續當大總統的出路只有一條，那便是武力解決。但段祺瑞仍然主張和談，堅決反對付諸武力。而除了段祺瑞，沒有人可以指揮北洋軍。正在束手無策之際，更沉重的打擊接踵而來——
5月22日，陳宧致電袁世凱，稱：「自今日始，四川省與袁氏個人斷絕關係；袁氏在任一日，其以政府名義處分川事者，川省均視為無效……」聽到這裡，袁世凱兩眼一黑，一頭栽倒在床上，昏厥過去。
陳宧是被袁世凱視為西南柱石的心腹干將，是被袁世凱派往四川，從「四川軍務會辦」一手提拔起來，成為盤踞一方的封疆大吏。陳宧對袁世凱感恩戴德，由於與袁克定為結拜兄弟，與袁世凱的關係也更近一層。此次入川前，陳宧向袁世凱辭行，行過三跪九叩大禮猶嫌不夠，還跪在地上三嗅袁世凱的雙腳。就是這樣忠誠的親信，竟然也會背叛自己，對袁世凱打擊太大了。
袁世凱醒來後，兩眼流淚，嘴中喃喃低語：「人心大變，人心大變，人心大變……」
而此前的5月9日，袁世凱的另一親信陝西將軍陳樹藩宣布陝西獨立，袁世凱已深受打擊。緊接著5月29日，袁世凱的又一名親信湖南將軍湯薌銘宣布湖南獨立。這個消息，左右曾幾度想隱瞞，終究沒有瞞住，袁世凱為此再度昏厥，從此一病不起。
關於袁世凱的病，最初只是急性前列腺炎或膀胱結石症之類，症狀為小便困難，如果能夠及時住院治療，或許不會有性命之虞。無奈袁世凱一生中只信中醫，不信西醫，以致耽誤了治療，發展為尿毒症，全身青腫，無藥可醫。
看到袁世凱病情一天比一天惡化，長子袁克定心中十分著急，他不顧袁世凱反對，找來法國醫生貝希葉。貝希葉是袁世凱在朝鮮時結交的老朋友，袁家人對他十分信任，他為袁世凱進行了導尿，結果導出的都是血色尿水。這之後，袁世凱的病情更加嚴重。
6月5日，袁克定又請貝希葉為袁世凱治療，貝希葉檢查過袁世凱的病情，說無大礙，只是精神不好，需要打一針提提神。於是，屋子裡的四個人按住袁世凱的身體，貝希葉連續為袁世凱注射兩針。打第一針時，袁世凱大喊「疼」，打第二針時，疼痛全無。
中午，袁世凱的病情大見好轉，吃了不少東西，人也精神了許多。可到了午後，袁世凱開始渾身劇痛，袁克定趕緊去找貝希葉，卻再也尋不到他的蹤影……
1916年6月6日上午10時40分，57歲的袁世凱與世長辭。
其實，袁世凱從病倒之日起，便被那個「豪門魔咒」所困擾，認為自己也逃不過「長祿不長壽」的厄運。
關於稱帝，他在病中曾說：「從1月1日起到3月22日，我總共當了83天皇帝，這是天意。我不是被別人趕下台，而是我的氣數已盡。我早先曾向看風水的郭先生問起我在位的年數，他說是八三之數，我又問他是八十三年還是八年零三個月，他說天機不可預泄，現在才知道是八十三天。唉，果真是天意難違呀！」
但人們普遍認為，袁世凱「病起六君子，命送二陳湯」。六君子即籌安會中攛掇袁世凱稱帝的那幫小人，二陳湯即陳宧、陳樹藩、湯薌銘。
袁世凱去世第二天，即6月7日，繼任總統黎元洪、國務總理段祺瑞發布政府令，按國家元首例撥款50萬為袁世凱舉行隆重國葬，致送儀葬費100萬元，通令各官署軍營軍艦海關下半旗27日，文武官吏停止宴會、服喪27日，民間停止娛樂7日。
同日，袁世凱頭戴平天冠，身著祭天禮服，入殮。23日，段祺瑞代表總統主持公祭。28日出殯，由居仁堂起靈，以80人抬棺，舉棺時，北京城內外各廟宇鳴鐘101響。大總統黎元洪向靈柩鞠躬，全體內閣成員、清室代表及各國顧問執紼，執紼人員文官著大禮服，武官穿制服。由新華門到東安門到中華門，沿途街道肅清，軍警林立，全程警戒。送柩專車抵達前門外車站準備出發，鳴禮炮101響。專車沿途停車受祭，29日到達河南彰德。
按照袁世凱生前遺願，其墓地選中洹上村東北的太平莊，自1916年6月開始，段祺瑞下令由河南巡按使田文烈負責為袁修建陵墓。袁世凱墓冢形制則仿美國第十八任總統格蘭特廬墓而建，內包水泥，外砌石牆。墓冢最大的特點是平地起墓，即打好地基再建墓室。墓室分左、右兩個，左邊為袁世凱，右邊留給其元配夫人于氏。墓冢前立有一座碑亭，上刻「大總統袁世凱之墓」八個字，乃徐世昌手筆。
墓冢建造完工後，8月24日，袁世凱靈柩落葬。
此後歷經兩年之久，耗銀150萬兩，整個墓園最終於1918年6月竣工。陵園占地139畝，由袁世凱遺屬出資，在陵園四周種植樹木5000株，名「袁公林」，又名「袁林」。
「袁林」氣勢恢宏，形制仿明清帝陵而建，規模較之略小。整個袁林採用中西合璧建築風格，以神道為中軸線，由南至北分別有照壁、牌樓、碑亭、東西配殿、景仁堂、墓台等建築，南北長達兩公里。其中最南面雕刻精美的照壁，其規模至今仍列全國之首。照壁北面的牌樓，為六柱五樓沖天式，沿用了中國傳統建築樣式，卻選擇西方的水泥築成，在中國陵墓建築史上極為罕見。
神道兩邊分布的文武翁仲，極具特色，文官頭戴平天冠，身著祭天禮服；武官身著北洋軍服，手拄軍刀。其身材矮胖，一如墓主。
「袁林」建成後，舉行了隆重的落成典禮。袁世凱的遺屬、故友及北洋政府官員約百人前往祭奠。
1922年5月，馮玉祥任河南督軍，為表示對復辟帝制的袁世凱的憎惡，將「袁林」改為安陽高級中學，「袁林」殿堂和配房改做針織廠，這是「袁林」第一次遭毀壞。而袁世凱在洹上村的遺產也被沒收充公。日軍侵華時，在「袁林」附近修建飛機場，毀壞了一些柏樹。而長60餘米，堅固厚實的照壁，成為日軍的槍靶子，供日軍練習槍法。國共大決戰時，「袁林」受戰火波及，再次遭毀壞，直至面目全非。
「文革」時期，袁林自然難逃一劫。但袁世凱墓冢以水泥澆築而成，堅固異常，竟頂住紅衛兵的炸藥，因而逃過一劫。