按照袁世凱本人制定的《修正大總統選舉法》規定，總統候選人由現任總統推薦。袁世凱去世前，已將三名候選人的名字寫在「嘉禾金簡」上，藏在「金匱石屋」中。袁世凱去世後，眾人從金匱石屋中取出「嘉禾金簡」，只見上面寫著黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人的名字。
據說這候選人名單中本來有袁克定的名字，可袁世凱在逝世前終於想通，自己在世時尚不能保全皇位，死後又如何能指望別人輔佐自己的兒子？所以在去世前幾天，他瞞著袁克定，將其名字改成了段祺瑞。
那麼，三人中由誰繼任總統呢？最後由徐世昌提議，段祺瑞拍板，由黎元洪出任總統。段祺瑞自然也想做總統，他之所以將總統的位子讓給黎元洪，自然有自己的打算。由於黎元洪是副總統，又是「金簡」名單中的第一號人物，無論按南方承認的「舊約法」，還是按袁世凱制定的「新約法」，他都是理所當然的法定繼承人。而黎元洪又是武昌首義的革命元勛，是護國軍擁護的領袖，由他出任總統，還可以籠絡南方的護國軍和國民黨。
而段祺瑞本身是內閣總理，按南方承認的「舊約法」，做總統可謂名不正言不順，尤其西南方面反對北洋系繼續獨霸中央政權，希望一個與南方有關的人物出任總統，因此若由他出任總統，勢必會帶來南北大動干戈。而北洋軍內部並不團結，馮國璋對北洋派領袖的位置虎視眈眈，此時若打起仗來，很難說最終鹿死誰手。反不如把總統的位子讓出去，一可以團結北洋軍內部，二可以保持和平。而黎元洪無一兵一卒，可任意擺布，段祺瑞可以內閣總理身份實行軍事獨裁統治。
6月7日，黎元洪在東廠胡同私宅舉行就職典禮，繼任大總統，段祺瑞因反對帝制並在取消帝制過程中立有頭功，被稱為「二造共和」的功臣。29日，段祺瑞就任內閣總理，負責組織新內閣，同時兼任陸軍總長。黎元洪自然明白他這個總統是要看總理的眼色行事的，因此對段祺瑞言聽計從，處處忍讓，唯獨在討論內閣班子時，黎元洪提出了一個條件：
「誰干秘書長都可以，只有徐樹錚不能幹。」
「為什麼？」段祺瑞頗為好奇。因為黎元洪完全沒有必要像袁世凱一樣擔心他如虎添翼。
「我，我害怕他。」黎元洪不好意思地說。
段祺瑞聽後哈哈大笑。
原來，早在1913年袁世凱當權時，黎元洪就任副總統，卻遲遲不肯北上就職。任憑袁世凱怎樣催促，黎元洪自有一定之規：絕不就範。他滯留武漢，控制著湖北地區，讓袁世凱寢食難安。為了幫袁世凱排憂解難，段祺瑞主動請命，決定劫持黎元洪北上。
段祺瑞以看望黎元洪為名，帶著徐樹錚幾人來到武漢，渡江前往黎元洪的住處。段祺瑞時任陸軍總長，按照官場的規矩，告辭時黎元洪需要親自送行。他將段祺瑞送至江邊，然後揮手告別。不料就在這時，徐樹錚迅速走到黎元洪身邊，附在他的耳邊說：「黎副總統知道又錚的脾氣吧，又錚歷來說一不二！」同時將手槍抵住黎元洪的腰部。
黎元洪頓時驚出一身冷汗，顫聲說：「好，我跟你們走，千萬別開槍……」
就這樣，黎元洪被段祺瑞劫到北京，一路上都被徐樹錚看管。至今，只要一想到徐樹錚那副凶神惡煞的模樣，黎元洪就忍不住顫抖。一旦徐樹錚做了秘書長，黎元洪就少不了要與他打交道，這是他最最不能忍受的。因此黎元洪一再強調：「我寧願不做這個總統，也不能和徐樹錚共事。」
但段祺瑞任國務總理，就必定要讓徐樹錚出任國務院秘書長，袁世凱在位時未能如願，如今段祺瑞主持國政，豈能再受他人掣肘。段祺瑞好言相勸，說盡徐樹錚的好處，後來又搬出徐世昌說項。黎元洪對徐世昌說：
「請你轉告總理，一萬件事我都可以同意，唯獨這件事不行。」
「一萬件事你都可以不同意，唯獨這件事不行！」徐世昌也不含糊，他對段祺瑞的了解遠在黎元洪之上。
事實正是如此，不管黎元洪同不同意，段祺瑞都會讓徐樹錚做秘書長的。段祺瑞徵求黎元洪的同意，也算是對他的尊重。而他的一再反對，只能加深他與徐樹錚之間的隔閡。徐樹錚對黎元洪阻撓自己出任秘書長了如指掌，上任後便對黎元洪頤指氣使，沒有一點尊重的意思。有一次，徐樹錚拿著一份文件去總統府蓋章，那是一份對幾位外省廳長的委任令，黎元洪看了一下上面的任命，疑惑地問：「咦，這是誰，還有這個，我沒有聽說過這幾人的名字……」
「這些與你何干？」徐樹錚毫無情面地頂撞道，「我忙得很，沒時間陪你囉唆！你趕快蓋章，閒話少說。」
黎元洪氣得漲紅了臉，卻又不敢與徐樹錚理論，只好忍氣吞聲。對於徐樹錚的專橫霸道，黎元洪能忍，他的親信、幕僚卻忍不住了，尤其是內務部長孫洪伊。孫洪伊是在反對袁世凱稱帝中脫穎而出的，在政治上相當活躍。黎元洪之所以將他提名入閣，是看中了他在國會中的影響，以及與直系馮國璋的特殊關係。由於他一貫主張以直排皖，黎元洪一方面把他當做對付段祺瑞的武器，一方面通過他進而討好直系馮國璋。一旦得到馮國璋的支持，黎元洪便可挺直腰杆，用不著再怕段祺瑞了。
孫洪伊果然出手不凡，他以黎元洪為靠山，聯合國會中的反段力量，聯直排皖，聯馮排段，與徐樹錚針鋒相對，頻頻引發衝突。段祺瑞見孫洪伊處處與皖系作對，一怒之下簽署了對孫洪伊的罷免令。豈料，總統府秘書長丁世嶧主張拒絕蓋章，黎元洪也以為孫洪伊有馮國璋做奧援，開始與段祺瑞叫板，使府院之爭升級。
就在雙方劍拔弩張之時，黎元洪請出北洋元老徐世昌進行調解，徐世昌提出各打五十大板的方案，將徐樹錚、孫洪伊二人一起免職，但段祺瑞猶嫌不夠，指定再加一個總統府秘書長丁世嶧。總統府本來對「一比一」的方案都不願接受，如今變成了「一比二」，豈能善罷甘休。
為了給黎元洪壯膽，使其頂住這次不公正的罷免，孫洪伊請馮國璋出面說話。殊料，馮國璋的回電卻是對段祺瑞的支持。儘管在北洋內部段、馮一直互爭上下，但對外方面還是會一致考慮共同利益的。
黎元洪失去靠山，只好同意「二比一」罷免方案。孫洪伊被罷免後，原想利用國會繼續與段祺瑞抗爭，不料其住宅突然遭到警察搜查，只好連夜出逃。而徐樹錚被罷免國務院秘書長一職後，仍然任陸軍次長。第一輪的府院之爭以黎元洪敗北而告終。
但府院之爭遠遠沒有結束，不久，更大的風波再次發生。1917年2月3日，美國宣布與德國絕交。開始時，府院一致贊成對德宣戰。但當內閣會議順利通過對德絕交案，請黎元洪在對德絕交咨文上蓋章時，黎元洪卻變卦了。
由於段祺瑞是親日派，黎元洪走的是親美路線。美、日雙方都想通過中國對德宣戰取得在華的最大利益。但美國很快發現，如果中國對德宣戰，將有利於日本乘虛而入，擴大在華影響，嚴重影響美國的在華利益，於是改變主意，不再支持中國參戰，黎元洪便跟著改變了態度。但黎元洪不敢與段祺瑞硬頂，只好委婉地說：「我認為不能操之過急，畢竟絕交之後就是宣戰，我們應該先徵求一下軍界的意見再做決定。」
段祺瑞立刻反唇相譏：「軍界意見用不著總統操心，我自然會處理好的，總統只需蓋章便可！」
但無論段祺瑞如何氣勢洶洶，黎元洪主意已定，支支吾吾地拖延時間就是不肯蓋章，段祺瑞一氣之下使出殺手鐧——乾脆辭職去了天津。這一招對黎元洪果然奏效，黎元洪立刻轉變態度，派人前往天津請回段祺瑞，3月6日段祺瑞回到北京，黎元洪乖乖地在咨文上蓋章，3月14日，北京政府正式照會德國公使，宣布對德絕交。
但接下來是否參戰，成為府院之爭的新焦點。為了達到參戰目的，段祺瑞將下屬十幾個督軍請到北京，組成「督軍團」，以「督軍團」為工具，對黎元洪施加壓力。黎元洪則以國會為外援，與之對抗。儘管後來黎元洪做出讓步，在段祺瑞的「對德宣戰書」上，勉強加蓋了總統大印，但段祺瑞猶嫌不足，又在國會開會討論時以一支支「公民團」、「請願團」大肆干涉，終於招致眾怒，內閣成員紛紛辭職，最後只剩下段祺瑞一個光杆總理。
恰在此時，英文《京報》披露了段祺瑞與日本簽訂一億元軍事借款的秘密，使段祺瑞在國會所做「中日之間絕無秘密外交」的證詞被揭穿，段祺瑞陷入被動之中。儘管如此，段祺瑞也沒有想到黎元洪會挺起腰杆，一改往日唯唯諾諾的柔弱作風，於5月23日果斷下令，免除了段祺瑞國務總理與陸軍總長的職務。
段祺瑞萬分震驚與震怒，鼻子氣歪足有二指之多，可謂空前絕後，請來醫生按摩良久才得以復原。從憤怒之中回過神來，段祺瑞指責黎元洪濫用職權，根據臨時約法，總統無權撤銷總理職務，因此不承認黎元洪的免職令。
與此同時，段祺瑞離京赴津，在天津的住所很快便車水馬龍，門庭若市。段祺瑞也很快弄清了黎元洪挺直腰杆的原因，他得到了一位實力派人物的支持，這位實力派人物便是大名鼎鼎的「辮子大帥」、駐紮徐州的長江巡閱使張勳。
在民初的軍界中，張勳可謂一大「怪物」。民國六年了，他依舊垂著一條大辮子，人稱「辮帥」。他的定武軍全體將士，也人人拖著一條大辮子，被稱為「辮子軍」。張勳擁有58個營，2萬多兵力。而張勳願向黎元洪伸出橄欖枝，不過是想藉機出兵，行復辟清廷之實。
在段祺瑞電召各省督軍進京參加軍事會議的時候，張勳僅派了一名代表進京，他本人坐鎮徐州，靜觀北京政局變化，隨後電召督軍代表20多人到徐州開會。段祺瑞派徐樹錚參加了徐州會議。此間，張勳想從徐樹錚口中窺探段祺瑞對復辟清廷的態度。
徐樹錚見張勳明確表示要「還大政於今上」，決定促成張勳復辟，以假張勳之手趕走黎元洪，解散國會，然後讓段祺瑞以擁護共和為名，攻打張勳，重掌政權。於是，徐樹錚對張勳說：「芝老只希望趕走黎元洪，至於採取什麼措施全不在意。」這就給張勳造成一錯覺，即段祺瑞不會反對復辟，最低限度，會保持沉默。
徐樹錚回到天津後，對段祺瑞匯報了徐州會議的情況，並講了自己的連環妙計。段祺瑞不置可否，但表示不會公開支持張勳的復辟活動。
而黎元洪罷免段祺瑞後，陷入內外交困之中，新內閣組不起來，各省督軍紛紛宣布獨立，北京局勢動盪不安，各國使節紛紛表示「憂慮」。在孤立無援的情況下，黎元洪把扭轉局面的希望寄托在張勳身上。6月1日，黎元洪以總統令急調張勳火速入京。
6月7日，張勳親率4000精銳辮子兵，以拱衛京師、武裝調停為名，北上「勤王」。途經天津時，張勳首先拜見段祺瑞，徵詢段祺瑞對復辟的意見，段祺瑞說：「我反對袁項城搞復辟，自然也會反對你搞復辟。你敢讓小皇帝復位，我就敢派兵打你。」
但當時張勳復辟心切，根本聽不進段祺瑞的勸告。後來張勳再赴段宅，段祺瑞的態度便模稜兩可起來。6月13日，張勳邀請段祺瑞赴京「共籌國是」，段祺瑞婉言謝絕，但對復辟之事不置一詞。
而張勳由於抵津後受到徐世昌、段祺瑞等人的勸阻，尤其日本政府的干涉，態度有所動搖，準備將復辟的步子放緩，先扶植李經羲內閣做過渡，然後再尋機復辟。赴京後即通電各省，稱「組織內閣萬不能緩」。
段祺瑞見此反而著急起來，生怕拖延下去夜長夢多，與徐樹錚商議後，決定給張勳復辟燒一把火，促其快速將生米煮成熟飯。於是，段祺瑞先指使各省督軍反對李經羲組閣，隨後又指使安徽督軍倪嗣沖於19日通電取消獨立，在各省督軍紛紛效仿的情況下，張勳不免飄飄然起來。雖然李經羲於25日通電宣布就職，但各省督軍在段祺瑞的授意下，仍採取不合作態度，內閣仍遲遲不能組成。
既然各省督軍取消了獨立，又反對李經羲組閣，何必再為組閣之事浪費時間；加上康有為等復辟派慫恿，張勳決定直接發動復辟。6月30日晚，張勳入清宮召開「御前會議」；當夜，辮子軍占領火車站、郵電局等要地；7月1日凌晨，張勳穿上清代的朝服朝冠，率康有為、王士珍等50餘人，擁12歲的溥儀登基。張勳自任議政大臣、直隸總督兼北洋大臣，掌握了軍政大權。
黎元洪沒想到搬來的救星原來是災星。7月2日，黎元洪秘密簽署了罷免李經羲總理一職的命令，重新任命段祺瑞為國務總理，並下令段祺瑞討伐張勳；又簽發了由副總統馮國璋代理大總統職務的電報，隨後躲進了東交民巷。
段祺瑞早在7月1日張勳復辟當天，開始籌劃出兵討伐事宜，7月3日在天津附近的馬廠組成「討逆軍」。段祺瑞以討逆軍總司令的名義，發出討伐張勳的通電，並發布討逆檄文。討逆軍很快攻入北京，辮子軍復辟不得人心，士氣大減，一觸即潰。7月12日，張勳倉皇逃入荷蘭使館，溥儀再次宣布退位。
段祺瑞贏得了「三造共和」的美譽，於7月14日進京，重掌政府大權。