張勳復辟失敗後，黎元洪自知引狼入室，中斷民國，無顏再做總統，只好灰溜溜下台，馮國璋做了代理大總統。
由馮國璋做總統，對段祺瑞來說也是萬般無奈之舉。兩人雖是北洋武備學堂的老同學，又同為小站宿將，也都是袁世凱的心腹，但多年來總是在暗中較勁。袁世凱死後，兩人一北一南，實力相當，互不服氣，北洋派無法形成一個中心。段祺瑞雖多年沒有直接統兵，但在陸軍中黨羽眾多，在政界更有一批支持者；馮國璋占據江蘇一省地盤，統兵數萬，又有一些南方省份相呼應，兩人的勢力在北洋中逐漸形成皖、直兩系，段、馮兩人為了誰執北洋牛耳，明爭暗鬥，互不相讓。
馮國璋進京之初，段、馮二人合作還算愉快，8月14日，即將黎元洪為此下台的導火索——對德宣戰案，以總統令順利發布。但好景不長，新的府院之爭在南北統一問題上凸顯出來。
由於段祺瑞廢除約法拒絕恢復國會，遭到以孫中山為首的國民黨的強烈反對。孫中山聯合西南各省召開非常國會，成立了與北京政府對峙的護法軍政府，掀起轟轟烈烈的護法運動。對此，段祺瑞力主「武力統一」，其公開目的是削平西南地區的陸榮廷、唐繼堯兩大山頭，消滅孫中山領導的武裝力量。而背後的目的則是「以皖統直」，借直系力量討伐護法軍，在消滅護法軍的同時，削弱直系勢力，擴大皖系力量。
馮國璋自然明白段祺瑞的目的，針鋒相對地提出了「和平統一」的主張。
馮國璋當初被國會選為副總統，得益於國民黨議員的投票，而一些國民黨議員也曾得到過馮國璋的保護。且馮國璋與陸榮廷一直保持著秘密盟友的關係。同時，馮國璋認為其副總統是經國會選舉而來，代理總統職位法律上有依據，因此南方反對的是段祺瑞，而非馮國璋。
在此背景下，府院之間圍繞「主戰」還是「主和」展開殊死搏殺，揭開「虎狗之爭」的序幕。
段祺瑞的戰略計劃是攻湘以占領兩廣，入川以進攻雲貴。8月初，段祺瑞任命其親信傅良佐為湖南督軍，王汝賢、范國璋為攻湘各軍正、副司令，開始了第一次南伐。然而，當北洋軍剛剛攻占衡山、寶慶，準備由此進軍兩廣時，遭遇戰局突變。10月20日，馮國璋授命其親信「長江三督」李純、陳光遠、王占元通電主和，發出「倒段」先聲。接著，又由「長江三督」鼓動處於湖南前線的攻湘總司令王汝賢、副司令范國璋公開背叛段祺瑞，通電「停戰主和」！
馮國璋這一釜底抽薪之計，使湖南戰事急轉直下，令段祺瑞腹背受敵。段祺瑞驚異萬分，他無論如何不曾料到前方軍人竟然公開背叛他，尤其他對王汝賢有提攜之恩。他忽略了王、範本身為直隸人，其官兵中又多出於直隸，因此出於鄉誼，常為直隸所左右。
這第一個回合的較量，使段祺瑞敗下陣來。加上北洋軍在四川戰場上失利，段祺瑞被迫於11月中旬，先後辭去陸軍總長與國務總理之職，返回天津。
段祺瑞下野後，馮國璋的日子並沒有想像的那麼好過。段祺瑞雖辭職，卻「陰魂不散」，不僅日本人出面干涉，來自北洋派內部的勸阻更是不絕於耳。尤其北洋元老徐世昌，早已有了明顯擁段排馮的態度，如今更是站在段祺瑞一邊；而另一位北洋元老王士珍，深知其中利害，唯恐避之不及，以致馮國璋竟然找不到一個可以接任國務總理的人，最後不得不問計於段祺瑞。段祺瑞出於北洋派內部團結的考慮，說服王士珍出山。
與此同時，段、馮兩人的心腹在背後展開了較量，較量的焦點，則是對直隸督軍曹錕的爭奪。曹錕一向為直、皖兩棲將軍，直、皖兩系哪邊都不得罪，而由於其實力強大，偏向任何一邊都有著舉足輕重的作用。馮國璋的親信「長江三督」率先出擊，拉攏曹錕發「巧電」停戰議和，一下子使「長江三督」變為「直系四督」，給段祺瑞以更沉重打擊。哪曾想，曹錕根本就不想得罪段祺瑞，發「巧電」後即矢口否認此事，使「長江三督」弄巧成拙。
而段祺瑞的心腹徐樹錚，遠比「長江三督」棋高一招，他用一個「副總統」的允諾，便將曹錕拉向了皖系，使持中立立場的曹錕，搖身一變成為了主戰派急先鋒。接著，在徐樹錚的活動下，「督軍團」迅速復活，以曹錕為首的七省三區督軍、都統、護軍使會議於12月2日在天津隆重召開，會議除「長江三督」外，囊括了北洋控制的各個省區。其中心議題便是主戰和對西南用兵，決定由各省出兵，集六萬之眾南征。
在天津會議的壓力下，12月15日，馮國璋不得不下達對西南的討伐令。三天後，再次對皖系做出讓步，任命段祺瑞為「參戰督辦」，段芝貴為陸軍總長，使皖系完全控制了北京政府的兵權。這第二個回合，段祺瑞扳回一局。
在接下來的較量中，段祺瑞雖處於優勢，但依然無法控制前方戰局。馮國璋在南方的壓力下曾一度下令停戰，並於1918年1月25日突然通電宣布南巡閱兵，26日晚即乘車南下，令段祺瑞頓生疑竇。
當時的前線在湖南湖北，馮國璋南巡閱兵應走京漢線，而他走的是京浦線；其次，既是南巡，卻挑選一個旅重兵護衛，並攜帶子彈200箱，輜重數十車，一路上行色匆匆，徐樹錚當即便提醒段祺瑞說：「總統該不是藉機溜回南京吧？」
「完全有可能！」段祺瑞早已意識到問題的嚴重性，一旦馮國璋回到南京，另立中央，說不定會下達對皖系的討伐令，到那時局面將不可收拾，「馬上給倪嗣沖發電報，要他無論如何在蚌埠將總統截回！」
1月28日，馮國璋的專車抵達蚌埠，倪嗣沖登車拜謁，請總統下車視察。在此前，專車抵達天津時，曹錕上車拜謁；抵達濟南時，張懷芝上車拜謁並隨行；車到徐州，張敬堯也登車拜謁隨同南下。唯獨在蚌埠，車站重兵把守，令馮國璋頗感意外。
「怎麼車站有這麼多部隊？」
「特地調來保衛總統安全的。」
倪嗣沖回答得十分恭順。馮國璋明知並非如此，卻也無話可說。但在接下來的接風宴中，倪嗣沖的部下奉命將總統專車的車頭卸了，馮國璋心裡暗暗吃驚，表面上卻不敢發作，只好隱忍著用半開玩笑的口吻說：
「丹忱你這是什麼意思啊，不是想讓我長期住在蚌埠吧？」
「豈敢？總統既然到了蚌埠，我就要為總統的安全負責。南方戰火紛飛，總統若南下，恕我不能從命。總統若回京，我立刻掛車頭。」
倪嗣衝口口聲聲為總統安全著想，並且口氣軟中帶硬，馮國璋自然明白是受段祺瑞指使，只好乖乖返回北京。1月30日，在皖系強大力量的壓迫下，馮國璋再次被迫下達了對西南的討伐令。
緊接著，北洋軍在兩湖前線連連取得勝利，段祺瑞歡欣鼓舞，終於看到了武力統一全國的希望。偏偏在此時，第十六混成旅開到湖北武穴，其旅長馮玉祥立即與「長江三督」相呼應，於2月14日發表主和通電。
馮玉祥的主和通電激怒了段祺瑞。由於馮玉祥的舅父陸建章是總統府顧問，段祺瑞認為馮玉祥是受其舅父指使，因此遷怒於馮國璋，認為馮國璋言而無信，表里不一，決定逐馮國璋下台。但由於京津沒有足夠兵力支持其這一計劃，情急之中，段祺瑞決定鋌而走險，藉助奉軍勢力趕走馮國璋。
其實早在年初的時候，徐樹錚就向段祺瑞建議，請奉軍入關以震懾馮國璋，但段祺瑞深知「請神容易送神難」的道理，遲遲未予採納。在段祺瑞看來，土匪出身的張作霖並非北洋嫡系，他與馮國璋作為正統北洋元老，其爭鬥顯然是北洋內部的爭鬥，讓一個局外人插手豈不貽笑大方。可如今段祺瑞被馮國璋氣昏了頭，一想到自己好不容易建立起的討伐局面很可能再次被馮國璋擊毀，便毫不猶豫地採納了徐樹錚的建議。
而徐樹錚對拉攏奉系早有策劃，在段祺瑞任總理時曾和日本簽訂秘密協定，其中一項是從日本購買27000支新式步槍及彈藥。這些軍械彈藥除準備給晉、陝兩省調撥一部分外，其餘由中央支配，馮國璋決定利用這批軍械擴充其嫡系部隊。徐樹錚得知這一情報後，做出一個大膽決定——利用奉軍截奪軍械，既使馮國璋擴充計劃落空，又可拉攏奉係為皖系效力。
得知徐樹錚要送如此一份豐厚「大禮」，張作霖立刻派參謀長楊宇霆和旅長張景惠，率兩個步兵營、一個機槍連，前往秦皇島劫收武器。楊宇霆等人抵達秦皇島時，馮國璋派出接收軍械的政府軍官員已同時到達。按照徐樹錚的部署，楊宇霆一行特地與政府軍官員住進同一客棧，並天天約請這些官員吃喝玩樂，取得其信任。
日本載運軍械的貨船抵達秦皇島港口時，楊宇霆等人裝作好心，幫政府軍卸貨。待軍械全部裝上火車，政府軍官員與日方辦理完交接手續後，楊宇霆等人立刻率兵將政府軍官員包圍，拿出徐樹錚開具的接收軍械證明，說明這批軍械已經得到中央允許，調撥奉天。與此同時，早有部屬倒掛火車頭，載著滿車軍械揚長而去。
1918年2月23日，在段祺瑞決定引奉軍入關的時候，截械一事已在徐、張運作之中。在截械當日，奉軍已有部隊開進灤州、秦皇島。
馮國璋聞訊，既震驚，又大為恐慌。而劫收軍械令段祺瑞也大吃一驚，氣得對徐樹錚大加訓斥：「胡鬧！你是在教猱升木，總有一天你會壞我大事！」段祺瑞所言沒錯，徐樹錚此舉雖在眼下幫了大忙，但卻埋下了永久禍根。
張作霖拿到2.7萬支新式步槍後，一口氣擴編了六個旅。3月5日，奉軍前隊抵達廊坊；3月7日馮國璋通電辭職；3月9日，內閣總理王士珍掛冠而去；3月12日，奉軍在軍糧城設立總司令部，張作霖為總司令，徐樹錚為副總司令代行總司令職權；3月23日，段祺瑞重新出山，再任內閣總理。
為了緩和局勢，段祺瑞沒有同意馮國璋辭職，而是決定「合法驅馮」。此時京津一帶已完全控制在皖系與奉軍手中，湖南前線北洋軍也接連取得勝利，助長了主戰派的聲勢。
同年9月，段祺瑞操縱安福國會選舉徐世昌繼任大總統，馮國璋於10月10日屆滿卸任，隨後返回直隸河間老家，從此不問政事，「虎狗之爭」終於以馮國璋的失敗而閉幕。
沒有了權力之爭，作為多年的老同學、老朋友，段祺瑞與馮國璋很快和好如初。1919年9月，馮國璋重返北京，從此兩人經常聚在一起，把盞小酌，無話不談。10月1日，段祺瑞又設家宴招待馮國璋。席間，二人談起北洋軍內部派系林立，難以統一，深感痛心不已。直皖本是同根並蒂，非弄到煮豆燃萁的地步，是馮、段兩人都不願接受的。回想當年小站練兵的情景，以及此前的「虎狗之爭」，兩人感慨良多。
馮國璋語重心長地勸段祺瑞說：「芝泉，不要再那麼偏信徐樹錚，他樹敵太多，早晚會害了你！」
段祺瑞何嘗不知道徐樹錚的個性，但徐樹錚對他忠心耿耿，又才幹超群，對他的信任誰都無力動搖。馮國璋見段祺瑞對自己的話聽不進去，也只能悻悻地住嘴，但心中不免擔憂。
然而，讓段祺瑞萬萬沒有想到的是，兩個月後，馮國璋突然病危，12月28日竟溘然長逝！段祺瑞聞訊趕到馮府，當眾失聲痛哭。1920年1月12日，段祺瑞再次到馮府弔唁，回想與馮國璋幾十年的交往，以及其中的爭爭鬥斗，無不讓段祺瑞悲痛不已，淚流不止。
事後，段祺瑞曾對親信感慨道：「我和華甫鬥來鬥去許多年，結果誰也沒得到什麼好處，反倒弄得兩敗俱傷，想想真感到無地自容……」