1911年10月10日，武昌首義爆發，緊接著，漢陽、漢口相繼光復。清廷舉朝譁然，載灃急任陸軍大臣蔭昌為第一軍軍統，率部分北洋軍南下討伐，同時任命馮國璋為第二軍軍統，前往湖北增援。
馮國璋接到命令後，馬不停蹄地趕到河南彰德。三年前，袁世凱被罷官後，便來到此地過起「隱居」生活。他建造了「洹上村」巨型豪宅，表面看來寄情山水，不問外間事，實際時刻關注政局變化，伺機東山再起。
馮國璋到達「洹上村」，被袁世凱親切地迎進宅中正廳「養壽堂」。袁世凱設家宴款待馮國璋，關懷備至，極盡熱情。看得出，袁世凱此時心情激動，武昌起義的爆發，使他看到了三年隱居生活的盡頭。他知道清廷約有兵力20餘萬，但南方幾省的新軍是由留學生帶出的，大多傾向革命，倘若派他們去武漢鎮壓革命，恐怕適得其反。因此清廷只能依賴北洋軍，而北洋軍又唯袁世凱馬首是瞻，只要袁世凱一句話，蔭昌對北洋軍的指揮就會失靈。到時，離了請袁世凱出山，清廷別無選擇。
馮國璋向袁世凱請示機宜，袁世凱胸有成竹，面授馮國璋「六字真經」：「慢慢走，等等看。」
「大人的意思是……」馮國璋一時不解其意。
「華甫啊，不要急著進攻。如今是朝廷用著我們漢人的時候了，我們要讓他們知道，排漢是要付出代價的。」
馮國璋連連點頭，心領神會。離開「洹上村」，馮國璋督師緩行，令先頭部隊在到湖北前線後先安營紮寨，修築工事；後續部隊斷斷續續，走走停停。對於蔭昌「火速進軍」的命令，馮國璋以「墜馬受傷，力不從心」為藉口，軟磨硬抗。
果然不出袁世凱所料，蔭昌指揮不動北洋軍，清廷不得已，只好請袁世凱出山。10月14日，載灃下令，任命袁世凱為湖廣總督。接到任命，袁世凱一陣冷笑：隱忍三年，豈能為一個小小的湖廣總督出山！他以「足疾未愈」為藉口拒絕出山，以此要挾清廷，逼迫清廷做出讓步。
在袁世凱與清廷的「討價還價」中，馮國璋仍遵袁世凱之囑，在湖北戰地「暫作守勢」。隨著戰事日益緊急，10月27日，清廷連發四道上諭，授予袁世凱欽差大臣，交給他前線的全權指揮權。拿到前線指揮權，袁世凱立刻指揮前線反攻，他要向清廷顯示自己的能力，更要打擊一下革命軍的氣焰。
而馮國璋終於等來了袁世凱「進攻」的命令，在此前的25日，馮國璋已奉命改任第一軍統，此刻即率第一軍進攻漢口，11月2日占領漢口，11月27日攻陷漢陽，隨後又炮擊武昌，使革命軍受到更為嚴重的威脅。而對於朝廷來說，前線捷報頻傳，內外一片歡騰，清廷下詔賞賜馮國璋「二等男爵」。馮國璋受寵若驚，情緒高漲，一再表示「願為朝廷效死」。他對情緒同樣激昂的官兵們大聲疾呼：「讓我們一鼓作氣，攻下武昌！」
然而，就在馮國璋準備渡江攻取武昌的時候，袁世凱突然下達了停戰的命令。
此時，袁世凱已於11月2日被清廷任命為內閣總理大臣，16日在北京正式組閣。在馮國璋看來，袁世凱已經得到了他想要的，而此時武昌又是唾手可得，為什麼要停戰呢？他完全沒有想到，袁世凱另有個人的「深謀遠慮」。
就在馮國璋焦急和疑惑之際，他的前哨來報，說發現一名可疑的渡江者。
「這個時候渡江過來的，很有可能就是間諜，對他嚴加審問！」馮國璋斷然下令。
時隔不久，這名前哨再次來報，呈上了在「間諜」身上發現的「欽差大臣袁」的護照。馮國璋接過「護照」看了一下，更是疑竇叢生：袁世凱可以公開與他聯絡，完全沒必要派「間諜」偷偷摸摸行事！
「把他帶過來，我要親自審訊！」
豈料，這名「間諜」見到馮國璋，不僅大大地鬆了口氣，而且語氣中帶著指責與不滿：
「馮大人，我是袁公子派來與湖北都督黎元洪接洽和談的，你的人卻把我當成間諜抓起來，真是豈有此理！」
「這裡是前線，一切形跡可疑的人都要抓起來盤查，這有什麼錯？」馮國璋很生氣，回敬道，「如果真如你所說，袁大人為什麼不通知我？」
「我叫朱芾煌，你可以向袁公子求證。」
袁公子就是袁世凱的長子袁克定，若果真如來人所言，袁克定此舉必是受袁世凱指使。於是，馮國璋直接與袁世凱聯繫，袁世凱在電話里說：「這個事情我不是很清楚，雲台這會兒不在，等他回來後再說吧。」
隔天，馮國璋就收到袁克定的回電：「朱即是我，我即是朱，若對朱加以危害，願來漢與之拼命。」口氣之狂妄，不可一世，令馮國璋火冒三丈。
「老子在前方灑血玩命，卻成了他們父子要挾朝廷的一顆棋子，真是豈有此理！」馮國璋氣得破口大罵。他其實並不在乎被當成一顆棋子，他在乎的是被人當傻瓜耍弄！他已明白袁世凱停戰的目的，那便是借革命軍逼迫清廷退位，當共和總統。
對袁世凱取清廷而代之的目的，馮國璋說不清是反對還是擁護，但對袁氏父子的做法產生了強烈不滿，尤其老子裝傻，兒子目中無人，使他對袁氏父子的看法有了很大改變。加上他對清廷原本是有些感情的，腦子裡依舊存在對皇帝的愚忠，眼下又身處前線手握重兵，只需一鼓作氣，拿下武昌便指日可待，那時將成為朝廷的大功臣，威名蓋世，功成名就！
於是，馮國璋向隆裕太后秘密啟奏，表示自己能夠獨自承擔討伐革命軍這一任務，無須依靠袁世凱，但需要朝廷撥付餉銀四百萬兩。隆裕太后看過馮國璋的奏摺後表示，短時間內難以籌齊這麼多餉銀，但可以立刻撥給三個月的餉銀。三個月的餉銀也足夠了，馮國璋聞訊欣喜若狂，立刻摩拳擦掌，準備進攻武昌。
然而，馮國璋背後的小動作豈能逃得過袁世凱的耳目！袁世凱立刻面見隆裕太后。隆裕太后本無主見，被袁世凱一要挾，便又收回了成命。三個月餉銀泡湯了，馮國璋氣急敗壞，但仍不肯放棄攻打武昌的計劃。
此時袁世凱最擔心的便是握有重兵的馮國璋發難，在連發七道急令後，又接二連三地派出心腹「使者」，赴前線探摸馮國璋的底細。
馮國璋經歷了這一系列變故，本來心中十分惱火，袁世凱又派「使者」來探底，心裡更加窩火，第一次來的「使者」問：「革命黨一旦反攻過來，你打算怎麼辦？」馮國璋說：「我只有盡忠報國，絕不輕言退卻。」
第二次來的「使者」好言相勸：「天下紛擾，世事多變，你不要固執己見，如時機到來，最好酌情行事。」馮國璋說：「我自有主張。」
馮國璋的表示令袁世凱極為不滿，他第三次派出「使者」，直接命令馮國璋「立即班師回京」！「使者」趾高氣揚，口氣狂傲，令馮國璋怒不可遏，與「使者」針鋒相對：
「既如此，請呈交上諭！」
「沒上諭！」來人也不甘示弱，理直氣壯地說，「這是袁大人的口諭！」
「啪！」馮國璋拍案而起，怒斥道：「袁大人口諭，何以證明？其中恐怕有詐！來人，將此人抓起來，押回朝廷審問！」
然而，在押送北京途中，路過彰德時，袁克定派人將「使者」大搖大擺地接走了。
袁世凱三次摸底試探，發現馮國璋尚有對清廷的愚忠，留在前線唯恐對自己不利，於是，一道命令，將馮國璋調回北京，由第二軍軍統段祺瑞接替馮國璋第一軍軍統之職。
馮國璋到底圓滑世故，一到北京便率先拜見袁世凱，裝作對袁世凱的野心一無所知的樣子，誠惶誠恐地解釋：「華甫太愚鈍，竟沒能明白袁大人的意思，差點壞了大事，真是罪該萬死，罪該萬死！」
袁世凱也裝作毫無嫌隙的樣子，對馮國璋說：「華甫啊，調你回來，是因為禁衛軍軍統出缺，除了你，沒有更合適的人選。」
禁衛軍是攝政王載灃開始監國時編練的一支皇室親軍，是一支捍衛宮廷的重要武裝力量，擔任訓練大臣的載灃、鐵良等均是皇室貴胄。其中除第三標是漢人外，其餘全是滿人，共一鎮一協，計一萬二千人。袁世凱掌握軍政大權後，禁衛軍仍掌握在滿族少壯派親貴載濤手中，讓袁世凱不無忌憚。於是袁世凱向清廷建議：「應使皇族大臣出征南方，以表率各軍。」嚇得載濤慌忙辭掉禁衛軍軍統一職。
於是，袁世凱內閣提議由馮國璋出掌禁衛軍。馮國璋畢竟是袁世凱一手栽培的北洋將領，由他擔任禁衛軍軍統，總比由滿人擔任放心得多。如果他繼續為自己效命，以後再委以重任；倘若不是如此，把他調到眼皮底下，諒他也鬧不出什麼亂子。所以對他仍表現得像從前一樣信任與重用。
當時，清廷很清楚袁世凱「養兵自重」的企圖，而馮國璋以行動證明了他反對袁世凱與革命軍和談。馮國璋從前線撤下來，清廷以為他已與袁世凱決裂，攝政王載灃非常高興，特地設宴為馮國璋接風洗塵，同意馮國璋出掌禁衛軍，統籌京畿防務。
馮國璋上任後，採取兩面討好的辦法。作為以滿族人勢力為主的禁衛軍統帥，馮國璋處處表現出對朝廷的忠誠，表面上與袁世凱保持著距離，背後依然聽命於袁世凱的指揮。當袁世凱加緊逼宮的時候，馮國璋一面為協助袁世凱賣力，一面為優待清室奔走。當時很多人主張徹底廢除帝制，馮國璋卻主張優待清室，最後達成《優待清室條例》，規定民國政府每年為清室提供400萬歲銀，保留清室帝號，允許皇室暫居紫禁城，以後遷至頤和園。
1912年2月3日，隆裕太后在被迫不得已的情況下，宣布，「全權授予袁世凱同南京方面磋商退位條件」，消息一經傳出，西苑禁衛軍群情激怒，他們以為皇室覆沒的同時，整個滿族也將跟著同歸於盡，一個個急紅了眼，一邊叫喊著將漢族軍官全部看管起來，一邊摩拳擦掌，準備殺進京城，與袁世凱同歸於盡。
如何消弭這場一觸即發的戰火，對馮國璋是一個嚴峻的考驗，畢竟他是漢人，但他已別無選擇，只有冒著生命危險背水一戰，協助袁世凱穩定局勢。他帶著一名隨員，親赴禁衛軍聚集的司令部廣場，面對一萬多名荷槍實彈、怒不可遏的官兵，馮國璋憑藉在滿清官員中的威信和二等男爵的身份，沉著冷靜，登上廣場的高台。他首先沉痛地宣布了隆裕太后的決定，然後大聲公布皇室、滿蒙將得到的優厚待遇，尤其強調禁衛軍的一切待遇不變。他慷慨陳詞：
「今後，無論本人調任何職，必以禁衛軍相隨；本人絕不與革命軍為伍，若有與今日之言相背離者，准許本軍之人隨時槍殺，本人家屬絕不報復。」他甚至當場請全軍選舉出兩人，委派為副官，跟隨自己左右，以便監視。
馮國璋的講話，字字句句解釋著禁衛軍官兵心中的疑團，官兵們的情緒漸漸平靜下來，繼而紛紛歸隊持槍肅立。一場偌大的風波瞬間被平息。以後馮國璋果然履行諾言，就任直隸總督時仍兼任禁衛軍軍統，改任江蘇督軍後將禁衛軍改編為第十六師。當選臨時大總統後，由十六師與十五師負責公府警衛，後來卸任回到直隸河間，仍抽調十六師的兩個連負責護衛。再度返回北京後，聽說十五師、十六師擬將劃歸陸軍部管轄，考慮到當初對禁衛軍的承諾，即與徐世昌、段祺瑞商議，將兩師重歸馮國璋節制。直至馮國璋逝世，十六師與他的關係才徹底結束。
在馮國璋及時平息禁衛軍風波後，2月10日，清廷正式宣布退位，3月10日，袁世凱宣誓就任中華民國臨時大總統。由於馮國璋為袁世凱逼宮立下了汗馬功勞，袁世凱對其信任如初。1912年9月，馮國璋被委以直隸總督兼民政長的重任，同時兼任禁衛軍總統官。